genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  88  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27271947--27271997	11	4.9	11	81	13	72	17	1	5	74	1.11
27271948--27271985	19	2.0	19	100	0	76	15	0	5	78	0.91
27271952--27271994	19	2.3	19	83	0	50	16	2	6	74	1.14
27273152--27273198	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
27275799--27275904	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
27277575--27277621	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
27283511--27283557	20	2.4	19	83	13	60	23	21	23	31	1.98
27286569--27286650	24	3.5	24	76	18	84	30	10	13	45	1.78
27286569--27286660	45	2.0	45	85	4	123	29	15	13	42	1.84
27286753--27286784	11	3.1	11	82	17	50	62	18	0	18	1.33
27286941--27287031	19	4.9	19	72	12	91	43	13	10	31	1.78
27286912--27287050	54	2.6	54	92	0	224	40	14	10	34	1.81
27300406--27300487	35	2.3	35	85	4	112	28	15	14	41	1.87
27308278--27308410	66	2.0	66	89	0	203	33	19	10	36	1.86
27309623--27309662	21	1.9	21	94	0	71	37	10	10	42	1.72
27311975--27312325	39	9.0	39	95	0	567	47	23	2	27	1.66
27315812--27315922	6	18.0	6	74	3	96	6	18	2	72	1.19
27318568--27318613	20	2.3	20	84	0	56	23	17	30	28	1.97
27318577--27318615	20	2.0	20	89	0	60	20	17	33	28	1.96
27323874--27324320	39	11.5	39	89	1	621	46	21	2	28	1.65
27326740--27327244	27	18.7	27	86	1	582	44	19	15	20	1.87
27327552--27327669	28	4.2	28	90	1	164	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27336784--27336969	40	4.7	40	86	5	225	24	21	26	26	1.99
27336837--27337002	80	2.1	79	85	5	219	25	19	27	27	1.99
27342080--27342387	47	6.6	47	89	3	458	29	29	8	32	1.87
27342080--27342387	96	3.3	96	89	4	479	29	29	8	32	1.87
27342080--27342388	143	2.2	139	88	2	456	29	29	8	32	1.87
27348223--27348408	40	4.7	40	86	5	234	24	20	27	26	1.99
27348276--27348441	40	4.2	40	83	8	205	26	19	27	26	1.99
27356553--27356597	23	1.9	24	90	4	74	53	17	0	28	1.44
27365077--27365151	33	2.2	34	92	2	125	42	13	6	37	1.70
27366920--27366958	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
27372259--27372321	6	10.8	6	81	6	58	73	4	4	17	1.19
27372262--27372335	34	2.2	33	83	9	96	72	5	5	16	1.21
27373965--27373993	13	2.2	13	100	0	58	86	0	0	13	0.58
27373934--27373993	22	2.7	22	76	5	59	73	6	0	20	1.05
27374077--27374155	39	2.0	39	85	4	106	18	10	49	21	1.77
27377800--27377846	18	2.6	18	83	10	60	72	4	2	21	1.12
27378462--27378549	25	3.2	27	71	12	90	55	12	5	26	1.59
27381883--27382212	47	7.0	47	96	0	588	31	9	30	28	1.88
27382331--27382409	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27383624--27383968	40	8.6	40	91	4	545	23	22	29	25	1.99
27383624--27383968	81	4.3	80	91	4	545	23	22	29	25	1.99
27387376--27387658	47	6.0	47	93	0	458	31	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27387508--27387583	22	3.3	22	64	10	62	28	11	30	28	1.92
27387777--27387855	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27401431--27401461	15	2.0	16	93	6	55	70	3	19	6	1.22
27404700--27404737	10	3.8	10	83	13	51	26	13	28	31	1.93
27404703--27404750	20	2.4	20	82	0	60	27	16	33	22	1.96
27411761--27411828	26	2.7	25	86	4	100	38	23	20	17	1.93
27411894--27411960	25	2.7	25	78	15	77	35	19	26	17	1.94
27412853--27412901	25	1.9	26	83	4	64	42	6	4	46	1.47
27419547--27419593	20	2.4	19	82	3	58	27	21	0	51	1.48
27419724--27419767	24	1.9	24	86	9	65	36	25	13	25	1.92
27421888--27422095	44	4.7	44	69	8	154	24	30	20	24	1.99
27421888--27422608	88	8.2	88	88	4	1020	23	26	23	26	2.00
27421893--27422608	355	2.0	352	89	2	1078	23	26	23	26	2.00
27422105--27422594	44	11.1	44	61	13	137	22	25	24	26	2.00
27423839--27423891	21	2.4	23	78	12	67	13	11	0	75	1.05
27424898--27424944	7	6.6	7	82	2	58	14	10	0	74	1.07
27424908--27424953	14	3.3	14	87	6	58	10	8	0	80	0.91
27424898--27424953	21	2.7	21	86	5	78	12	10	0	76	1.01
27425974--27426012	14	2.9	14	92	3	62	12	7	0	79	0.93
27425978--27426012	13	2.6	14	90	4	54	14	8	0	77	0.99
27444229--27444624	51	7.8	51	76	6	358	29	15	25	30	1.96
27444225--27444623	102	3.9	102	82	5	461	29	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448112--27448165	16	3.5	15	80	12	56	24	0	1	74	0.92
27452780--27452811	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
27453798--27453954	77	2.0	77	95	0	278	33	4	16	45	1.67
27453906--27453967	29	2.1	29	100	0	124	35	6	17	40	1.76
27460104--27460700	47	12.6	47	91	3	855	32	9	29	27	1.88
27460362--27460484	22	5.3	22	63	24	65	32	13	30	24	1.93
27460104--27460700	96	6.3	95	92	1	877	32	9	29	27	1.88
27463918--27463953	17	2.1	17	100	0	72	44	22	11	22	1.84
27477270--27477320	26	2.0	26	96	3	95	47	3	11	37	1.59
27481304--27481493	40	4.8	40	90	1	265	24	28	22	25	1.99
27483225--27483265	18	2.5	15	88	11	55	7	14	0	78	0.96
27493163--27493449	138	2.1	138	91	0	457	45	6	6	41	1.57
27495980--27496008	15	1.9	15	100	0	58	13	27	0	58	1.36
27502448--27502494	17	2.7	17	80	3	58	55	0	6	38	1.26
27512528--27512557	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
27520584--27520614	11	2.8	11	95	0	53	29	35	22	12	1.91
27529169--27529228	13	4.6	13	85	8	86	71	3	6	18	1.22
27529169--27529228	26	2.3	26	94	5	104	71	3	6	18	1.22
27538621--27538661	9	4.6	9	90	0	55	39	0	7	53	1.29
27541385--27541440	28	2.0	28	100	0	112	39	17	10	32	1.84
27545673--27545782	22	4.9	22	74	12	98	50	26	12	10	1.73
27557157--27557422	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27564648--27564912	103	2.6	104	91	1	426	19	20	29	29	1.97
27577302--27577372	26	2.7	26	84	6	90	22	29	18	29	1.97
27580863--27581155	39	7.5	38	82	4	327	30	4	21	43	1.73
27580861--27581155	78	3.8	78	87	2	378	30	4	22	42	1.74
27580866--27581152	117	2.5	117	87	2	398	29	4	22	43	1.74
27591797--27591903	50	2.1	50	89	3	162	28	21	29	20	1.98
27592760--27592796	19	2.1	19	85	10	51	35	0	13	51	1.41
27599313--27599457	50	2.9	50	82	0	155	28	21	27	22	1.99
27599661--27599699	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
27599662--27599710	20	2.5	20	86	3	73	59	6	22	12	1.55
27602059--27602209	81	1.9	80	83	1	194	23	24	7	44	1.80
27602059--27602209	27	5.6	26	77	10	126	23	24	7	44	1.80
27602052--27602228	54	3.3	54	79	4	160	23	25	9	41	1.85
27602087--27602229	27	5.3	27	80	8	121	22	25	8	43	1.81
27602526--27602556	15	2.1	15	100	0	62	41	25	12	19	1.87
27611845--27611888	21	2.0	20	87	12	61	38	0	0	61	0.96
27611847--27611893	25	1.9	25	86	4	69	38	0	0	61	0.96
27611960--27612138	68	2.9	59	84	13	259	45	9	5	40	1.59
27612049--27612076	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27611990--27612160	68	2.5	68	97	1	319	47	8	4	39	1.54
27612149--27612190	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27612164--27612222	21	2.8	21	84	2	73	45	1	1	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27611990--27612182	68	3.0	66	91	6	283	47	8	3	39	1.52
27612164--27612222	22	2.7	21	86	5	73	45	1	1	50	1.21
27614333--27614398	25	2.6	25	82	2	78	16	25	15	42	1.87
27618672--27618907	40	5.9	40	89	0	328	25	28	22	23	2.00
27619220--27619291	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
27619278--27619375	43	2.3	43	96	0	178	28	31	13	26	1.94
27621226--27621304	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
27621423--27621945	47	11.1	47	93	0	776	28	30	9	31	1.88
27630698--27630900	41	5.0	40	82	2	217	22	25	16	35	1.95
27630698--27630900	81	2.5	81	83	1	235	22	25	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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