genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  91  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28366533--28366587	12	4.4	12	78	17	51	5	21	0	72	1.04
28367755--28367802	15	3.0	15	80	16	60	16	14	2	66	1.34
28367762--28367803	18	2.4	18	88	7	61	14	9	2	73	1.18
28370085--28370269	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
28370066--28370269	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
28380285--28380321	20	1.9	18	89	10	56	54	5	2	37	1.38
28388672--28388893	79	2.8	77	79	11	211	25	20	28	25	1.99
28388672--28388891	39	5.6	38	79	14	198	25	20	28	25	1.99
28388752--28388926	77	2.3	79	82	5	196	25	21	28	24	1.99
28396176--28396399	79	2.8	78	80	9	206	25	20	28	25	1.99
28396176--28396399	40	5.7	40	80	10	210	25	20	28	25	1.99
28396256--28396432	79	2.2	80	81	4	191	25	21	28	24	1.99
28407357--28407448	44	2.1	44	91	0	148	23	50	13	13	1.76
28414319--28414370	11	5.0	10	83	4	59	63	3	3	28	1.30
28414320--28414370	21	2.4	21	78	9	59	64	3	3	27	1.28
28424175--28424209	18	1.9	18	88	11	54	25	0	5	68	1.11
28433274--28433303	15	2.0	15	93	0	51	13	50	0	36	1.42
28436380--28436413	16	2.1	17	88	5	52	38	0	8	52	1.33
28436995--28437043	26	1.9	25	87	4	71	34	18	6	40	1.75
28437490--28437529	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28437475--28437541	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
28447469--28448012	285	1.9	285	97	0	1025	29	18	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28461992--28462028	15	2.5	15	90	0	56	35	10	0	54	1.36
28462942--28462976	6	5.8	6	100	0	70	34	34	14	17	1.90
28467154--28467189	19	1.9	18	88	5	54	61	0	0	38	0.96
28467210--28467239	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
28472107--28472144	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
28471876--28472355	246	2.0	246	100	0	960	37	14	17	30	1.90
28476457--28476535	25	3.2	25	81	3	97	25	25	21	27	1.99
28476454--28476576	50	2.5	50	81	2	131	27	21	21	28	1.99
28476489--28476576	25	3.5	25	70	6	70	28	21	20	29	1.98
28479323--28479507	79	2.3	81	81	7	218	24	27	22	25	2.00
28479323--28479507	40	4.7	40	80	7	216	24	27	22	25	2.00
28491394--28491426	13	2.4	14	90	5	50	21	6	0	72	1.05
28491394--28491435	14	3.2	13	83	9	50	28	4	0	66	1.12
28496716--28496750	17	2.1	17	94	0	61	31	17	17	34	1.93
28505185--28505235	18	2.7	19	82	14	61	33	1	3	60	1.26
28507418--28507457	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
28507448--28507533	33	2.7	32	75	13	95	26	9	16	47	1.76
28507555--28507593	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
28509571--28509595	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
28516307--28516354	21	2.1	23	85	11	64	47	4	2	45	1.33
28516307--28516359	24	2.4	21	84	9	61	49	3	1	45	1.31
28528569--28528757	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28528596--28528794	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
28528631--28528818	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
28528562--28528855	120	2.4	120	92	1	482	42	3	4	50	1.39
28528683--28528734	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28529069--28529136	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
28537550--28537602	25	2.1	25	96	0	97	33	24	13	28	1.93
28538073--28538307	50	4.6	50	79	4	204	24	26	21	27	1.99
28542266--28542348	36	2.3	36	87	0	130	36	25	15	22	1.94
28564819--28564848	10	3.0	10	90	0	51	83	0	16	0	0.65
28572928--28572961	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
28573413--28573466	21	2.6	21	80	11	65	24	33	9	33	1.87
28579800--28579847	21	2.3	20	75	10	51	47	14	12	25	1.79
28584443--28584493	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
28586574--28586598	12	2.1	12	100	0	50	16	24	24	36	1.94
28590561--28590768	91	2.3	91	86	2	274	45	4	2	47	1.39
28590798--28590829	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
28594431--28594456	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
28594692--28594753	5	12.6	5	76	20	60	43	0	0	56	0.99
28594692--28594747	8	7.0	8	88	8	78	42	0	0	57	0.99
28594705--28594755	13	4.3	12	79	18	54	45	0	0	54	0.99
28594692--28594755	16	4.2	14	81	18	67	43	0	0	56	0.99
28596022--28596117	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28599827--28599864	19	2.0	19	94	0	67	44	18	15	21	1.86
28608659--28608774	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
28608893--28609346	47	9.7	47	98	0	853	29	29	8	32	1.86
28612910--28613092	40	4.6	40	80	6	194	22	26	24	26	2.00
28613395--28613473	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
28613455--28613557	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
28615453--28615516	32	2.0	32	93	3	112	29	31	18	20	1.96
28615655--28616106	47	9.7	47	98	1	853	29	29	7	32	1.86
28616078--28616120	22	2.0	22	85	0	59	37	27	2	32	1.70
28620758--28620812	25	2.1	26	90	10	85	30	18	29	21	1.97
28620758--28620812	27	2.1	26	86	10	76	30	18	29	21	1.97
28620793--28620923	40	3.3	39	90	4	201	24	22	28	25	1.99
28620793--28620956	79	2.1	77	85	5	213	26	21	27	25	1.99
28628664--28628887	40	5.7	40	90	4	312	24	21	26	26	2.00
28636579--28636615	9	4.1	9	85	0	56	43	13	10	32	1.79
28636834--28636893	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
28637114--28637196	17	4.8	17	70	20	55	37	3	4	54	1.39
28637532--28637578	5	9.2	5	80	13	51	23	25	14	36	1.93
28646989--28647157	50	3.3	50	84	5	185	25	20	29	24	1.99
28647042--28647227	50	3.7	50	80	3	180	28	21	26	23	1.99
28648090--28648129	20	2.0	20	85	0	53	57	0	7	35	1.27
28652108--28652144	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653469--28653572	54	1.9	54	82	3	129	19	26	28	25	1.98
28653490--28653630	54	2.6	54	81	2	149	21	31	26	21	1.98
28654539--28654627	37	2.4	37	81	1	99	46	30	8	14	1.75
28662914--28662949	17	2.1	17	94	0	63	41	11	0	47	1.39
28676118--28676211	26	3.6	26	83	1	107	24	23	12	39	1.90
28677359--28677425	26	2.6	26	80	4	82	28	23	8	38	1.85
28681114--28681144	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
28683865--28683949	26	3.2	26	66	21	66	44	15	17	22	1.86
28683865--28683968	55	1.9	55	89	0	163	42	16	17	24	1.88
28684883--28684992	36	3.1	36	89	0	166	27	32	18	21	1.96
28685127--28685177	14	3.5	14	70	19	50	66	1	3	27	1.20
28687239--28687284	21	2.2	21	84	7	58	13	50	8	28	1.70
28691077--28691273	28	7.1	27	75	12	98	31	23	16	28	1.96
28691078--28691273	83	2.4	82	78	10	200	32	23	15	28	1.95
28691105--28691223	55	2.2	54	77	15	136	35	22	15	26	1.94
28692787--28692972	40	4.7	40	88	5	234	25	27	22	24	2.00
28694480--28696040	779	2.0	779	99	0	3086	30	22	14	32	1.94
28699580--28699892	44	7.3	43	69	12	121	30	23	18	27	1.98
28699600--28700271	129	5.3	129	73	11	567	29	23	18	28	1.98
28699987--28700442	44	10.5	44	68	13	203	27	25	19	26	1.99
28700021--28700447	218	2.0	218	90	0	667	27	25	20	26	1.99
28700433--28700697	129	2.1	129	91	0	431	24	24	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28702480--28702528	11	4.4	11	76	5	53	63	4	0	32	1.13
28704503--28704562	21	3.3	17	75	20	59	15	15	0	70	1.18
28704517--28704554	7	5.4	7	81	12	51	15	15	0	68	1.22
28704517--28704561	14	3.1	15	84	12	58	15	15	0	68	1.21
28716160--28716189	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
28716561--28716607	19	2.5	19	96	0	85	48	6	17	27	1.71
28716637--28716681	20	2.2	20	84	7	56	40	4	15	40	1.67
28721700--28722006	47	6.6	47	92	0	492	28	29	8	33	1.87
28726121--28726392	40	6.8	40	91	1	411	26	28	21	23	1.99
28727813--28728080	47	5.6	47	84	8	326	28	28	7	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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