genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  167  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51995082--51995361	139	2.0	139	98	0	542	31	13	6	48	1.68
52002720--52002752	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
52004487--52004521	3	11.7	3	93	0	61	0	37	0	62	0.95
52008021--52008062	22	1.9	22	85	0	57	21	0	4	73	1.01
52024921--52025129	88	2.3	89	83	7	244	35	19	9	34	1.85
52025151--52025187	18	2.1	18	90	5	58	62	2	5	29	1.31
52026044--52026111	16	4.2	16	92	0	109	27	1	36	33	1.66
52026092--52026182	45	2.0	44	82	2	110	30	6	28	34	1.83
52026347--52026381	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
52026234--52026547	157	2.0	157	96	0	574	43	3	5	47	1.42
52026484--52026525	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
52026493--52026534	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
52026961--52026985	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
52032901--52032940	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
52037606--52037638	9	3.7	9	95	0	57	48	6	9	36	1.60
52042051--52042306	122	2.1	122	98	0	494	37	16	18	27	1.92
52043713--52043738	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
52045258--52045364	25	4.4	25	70	8	76	33	18	24	23	1.97
52045404--52045473	24	2.9	24	74	18	72	34	22	22	20	1.97
52054972--52055173	102	2.0	102	86	1	280	33	25	19	21	1.97
52055074--52055325	75	3.4	75	91	1	389	35	26	17	21	1.95
52055150--52055287	42	3.5	41	76	17	157	34	27	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52064445--52064557	42	2.7	42	82	5	113	41	16	22	19	1.90
52071433--52071475	20	2.1	21	82	4	52	48	13	18	18	1.80
52071530--52071585	21	2.7	20	77	5	58	44	17	21	16	1.86
52074000--52074088	44	2.0	44	100	0	178	26	8	20	43	1.81
52075276--52075345	27	2.6	27	90	4	106	20	15	30	34	1.93
52078733--52078827	47	2.0	49	87	4	140	35	25	8	30	1.86
52082821--52082865	23	1.9	24	95	4	83	51	0	0	48	1.00
52082859--52082895	16	2.3	16	90	0	56	51	2	5	40	1.39
52087368--52087399	10	3.2	10	90	0	55	53	0	6	40	1.26
52089500--52089540	19	2.2	19	86	0	55	60	2	9	26	1.40
52093737--52093808	36	2.0	36	91	5	119	22	18	19	40	1.92
52093701--52093950	126	1.9	127	84	9	328	21	18	18	42	1.90
52093773--52093958	90	2.1	90	85	4	250	20	17	18	43	1.88
52093773--52093964	45	4.3	45	81	2	215	20	18	18	42	1.89
52097646--52097807	47	3.2	50	76	12	154	36	29	12	22	1.90
52098827--52098866	15	2.7	15	81	14	55	60	7	7	25	1.50
52100722--52100921	44	4.6	44	75	10	146	27	24	21	27	1.99
52100722--52100842	44	2.7	45	82	8	149	26	25	20	27	1.99
52112779--52112817	15	2.6	15	80	15	53	58	7	7	25	1.52
52113012--52113095	24	3.3	24	77	14	71	53	3	3	39	1.36
52113117--52113149	18	1.9	17	88	11	50	60	3	6	30	1.36
52113400--52113468	24	3.0	22	75	10	59	63	7	8	20	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52119177--52119225	6	8.0	6	93	2	62	16	24	0	59	1.37
52119177--52119225	12	4.0	12	86	2	71	16	24	0	59	1.37
52119620--52119869	130	1.9	129	85	6	344	33	20	15	31	1.93
52121181--52121228	25	1.9	25	91	0	78	35	16	25	22	1.95
52121245--52121353	25	4.4	26	69	16	88	35	21	23	19	1.96
52129001--52129062	25	2.5	25	89	0	97	32	17	29	20	1.96
52129001--52129070	25	2.8	25	82	8	88	32	17	28	21	1.96
52129181--52129228	23	2.1	23	84	0	60	29	16	33	20	1.95
52130019--52130052	17	1.9	18	88	5	52	41	23	0	35	1.55
52130306--52130461	44	3.4	44	85	11	222	30	23	15	30	1.95
52130344--52130456	51	2.2	51	96	0	208	29	23	14	32	1.94
52132008--52132049	21	2.0	21	81	9	50	45	9	4	40	1.58
52132663--52132696	5	6.4	5	93	6	50	38	20	0	41	1.53
52143794--52143951	43	3.7	43	85	2	183	28	16	24	31	1.96
52143844--52143951	44	2.5	43	90	3	162	25	16	26	30	1.97
52146658--52146725	32	2.2	32	91	2	111	32	16	20	30	1.94
52150026--52150063	17	2.2	17	86	9	51	65	0	0	34	0.93
52157218--52157249	1	32.0	1	93	0	55	0	3	0	96	0.20
52170637--52170859	101	2.2	101	87	0	311	27	21	15	34	1.94
52173838--52173909	34	2.1	34	97	0	135	34	20	18	26	1.95
52176630--52176678	20	2.5	20	93	0	80	38	16	6	38	1.73
52176662--52176704	16	2.6	17	85	7	61	44	25	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52176670--52176706	16	2.3	16	95	0	65	43	27	0	29	1.55
52176893--52177103	117	1.8	117	90	0	341	21	10	23	44	1.83
52181947--52181983	16	2.3	16	95	0	65	29	0	27	43	1.55
52185149--52185178	13	2.4	12	89	10	51	0	10	0	90	0.47
52189648--52189736	41	2.2	41	85	2	126	35	20	15	28	1.93
52190669--52190707	21	1.9	20	84	5	51	0	28	0	71	0.86
52191034--52191068	13	2.7	13	100	0	70	45	0	0	54	0.99
52198485--52198528	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
52198489--52198531	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
52204393--52204672	124	2.3	124	94	2	483	29	15	21	33	1.94
52207805--52208441	29	22.0	29	90	4	957	28	0	25	45	1.60
52209555--52209593	7	5.6	7	90	0	60	61	12	2	23	1.43
52210529--52210584	25	2.3	25	80	14	64	62	5	0	32	1.18
52210675--52210740	30	2.2	31	97	2	125	63	0	1	34	1.04
52210774--52210824	22	2.3	21	90	9	84	35	0	35	29	1.58
52210796--52210854	30	2.0	30	96	0	109	35	0	35	28	1.58
52210773--52210875	52	2.0	52	94	0	179	36	0	33	29	1.64
52210826--52210875	22	2.3	22	89	0	73	40	2	32	26	1.67
52216346--52216384	14	2.7	15	84	8	53	64	2	12	20	1.40
52221093--52221136	3	14.7	3	95	0	79	2	31	0	65	1.05
52229700--52229766	28	2.4	28	80	7	75	10	31	29	28	1.90
52242850--52242909	29	2.1	29	100	0	120	38	3	10	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52247264--52247387	43	2.9	43	80	9	137	33	28	17	20	1.96
52248886--52248913	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
52248942--52248986	23	2.0	23	90	0	72	31	8	4	55	1.51
52252388--52252632	101	2.4	100	88	2	355	28	24	15	31	1.96
52255583--52255641	22	2.7	22	83	0	73	18	25	18	37	1.94
52257958--52258015	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
52258364--52258422	21	2.8	21	92	0	100	33	15	25	25	1.95
52260024--52260081	24	2.4	23	72	8	62	27	0	6	65	1.18
52260109--52260317	92	2.3	89	82	4	249	35	22	8	33	1.84
52260319--52260396	19	4.2	18	71	24	56	55	0	2	42	1.13
52260351--52260396	19	2.4	19	82	10	58	54	0	0	45	0.99
52260627--52260699	19	3.8	19	90	0	119	38	10	15	35	1.82
52260640--52260725	19	4.2	21	83	7	90	38	6	16	38	1.75
52262577--52262626	18	2.7	20	81	12	70	24	4	2	70	1.15
52280425--52280459	16	2.2	16	90	10	54	45	2	14	37	1.59
52297251--52297307	19	3.1	19	82	7	73	56	5	0	38	1.22
52297601--52297650	26	2.0	25	84	4	64	30	24	12	34	1.91
52300629--52300688	30	2.0	30	100	0	120	30	20	16	33	1.94
52302627--52302725	46	2.3	40	78	18	119	31	21	17	30	1.96
52302641--52302807	46	3.6	46	87	0	244	28	22	16	32	1.96
52309564--52309602	21	1.9	20	89	5	60	20	0	35	43	1.52
52312665--52313516	27	30.6	27	82	7	886	48	12	3	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52312665--52313499	117	7.4	114	82	10	871	48	12	2	36	1.56
52312665--52313516	18	47.3	18	73	9	592	48	12	3	36	1.57
52319011--52319079	21	3.3	21	89	0	102	34	20	40	4	1.72
52319064--52319091	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
52319544--52319831	43	6.8	42	83	6	323	25	19	22	32	1.98
52324643--52324686	23	1.9	23	86	9	63	47	4	11	36	1.60
52326422--52326798	32	11.8	32	83	0	421	32	11	16	39	1.85
52326421--52326814	96	4.1	97	85	1	472	31	11	16	39	1.85
52329452--52329495	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
52329721--52330156	237	1.8	235	98	1	838	45	9	11	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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