genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  176  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54606384--54606427	13	3.2	14	78	15	56	0	45	0	54	0.99
54606461--54606514	27	2.0	27	88	0	81	18	27	27	25	1.98
54606556--54606594	19	2.1	19	85	0	51	5	2	12	79	1.00
54606586--54606644	22	2.5	24	81	16	77	49	0	6	44	1.29
54610973--54611069	42	2.3	42	82	10	135	27	15	28	27	1.96
54625493--54625650	78	2.0	78	93	2	273	39	13	12	34	1.83
54630544--54630682	46	3.0	46	98	0	269	43	15	16	24	1.86
54638237--54638346	52	2.1	52	98	0	211	14	28	8	49	1.72
54647870--54647936	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
54666507--54666540	17	2.0	17	94	0	59	58	0	2	38	1.13
54671936--54672009	29	2.6	29	93	0	121	35	28	10	25	1.90
54678718--54678949	41	5.7	41	91	2	358	20	20	29	29	1.97
54679241--54679269	14	2.1	14	100	0	58	20	0	34	44	1.52
54679378--54679457	29	2.6	31	80	11	76	27	3	32	36	1.75
54680385--54680427	21	2.0	21	86	9	59	41	39	2	16	1.61
54681311--54681401	46	2.0	46	100	0	182	25	10	8	54	1.63
54684619--54684666	22	2.0	23	84	11	62	54	2	2	41	1.24
54684730--54684978	43	5.9	42	81	5	252	26	19	29	24	1.98
54688954--54689024	35	2.0	35	91	0	115	28	11	15	45	1.80
54689057--54689085	14	2.1	14	93	6	51	41	0	3	55	1.17
54693095--54693127	15	2.1	16	94	5	59	18	12	15	54	1.71
54695033--54695073	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54698464--54698555	39	2.3	41	86	3	125	51	8	3	36	1.49
54699184--54699216	11	3.1	11	86	4	50	21	0	3	75	0.93
54707449--54707513	34	1.9	34	93	0	112	24	30	7	36	1.84
54710185--54710219	10	3.5	10	88	0	52	48	0	0	51	1.00
54714554--54714597	5	9.0	5	85	14	65	40	20	0	38	1.53
54720293--54720511	30	7.2	30	86	1	258	33	7	15	43	1.74
54727874--54727912	20	2.0	20	84	0	51	46	7	0	46	1.31
54728420--54728457	13	2.9	14	84	11	53	42	10	10	36	1.74
54728922--54728986	13	5.1	13	77	3	60	33	30	6	29	1.82
54732157--54732256	49	2.0	49	100	0	200	48	18	12	22	1.80
54742165--54742205	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
54748381--54748429	19	2.7	19	85	14	68	61	4	0	34	1.15
54748395--54748457	22	3.1	20	84	6	65	58	7	4	28	1.47
54758808--54758855	25	1.9	25	86	0	69	31	4	4	60	1.35
54760490--54760693	91	2.2	90	81	6	216	35	19	8	36	1.82
54760740--54760803	18	3.6	18	72	10	60	62	0	0	37	0.95
54761107--54761157	19	2.7	19	93	6	86	35	1	0	62	1.06
54761196--54761365	85	2.0	86	87	3	247	34	9	18	37	1.83
54761201--54761384	85	2.2	82	79	9	206	34	9	16	39	1.81
54762834--54762874	21	2.0	21	85	9	57	36	4	2	56	1.34
54764913--54764960	24	2.0	25	87	4	71	20	10	14	54	1.70
54766138--54766174	18	2.1	18	100	0	74	72	10	0	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54766540--54766579	20	2.0	21	85	5	55	40	0	5	55	1.22
54772288--54772412	33	3.8	32	71	8	99	31	18	26	24	1.98
54772185--54772412	105	2.2	99	80	6	242	33	16	24	25	1.95
54774292--54774321	15	1.9	16	93	6	53	10	13	10	66	1.44
54775012--54775114	25	4.2	24	72	16	86	33	24	25	17	1.96
54775428--54775470	20	2.0	22	86	8	63	46	13	2	37	1.57
54775612--54775651	21	1.9	21	89	0	62	40	25	0	35	1.56
54776755--54776888	47	2.9	47	79	2	117	25	23	13	38	1.91
54778604--54778670	34	1.9	35	85	8	93	38	7	7	46	1.60
54779034--54779085	21	2.5	21	96	0	95	28	28	3	38	1.75
54791114--54791151	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
54795859--54795898	18	2.2	19	86	4	55	12	25	25	37	1.91
54806166--54806190	12	2.1	12	100	0	50	36	48	8	8	1.62
54812761--54812813	9	5.8	9	82	4	52	22	37	3	35	1.72
54830713--54830768	19	2.8	19	89	5	85	37	7	16	39	1.76
54830745--54830791	23	2.0	24	83	4	60	42	2	14	40	1.58
54836433--54836499	26	2.5	26	83	7	82	20	13	5	59	1.55
54838680--54838986	88	3.5	88	85	1	427	29	26	22	21	1.99
54838997--54839118	44	2.8	45	79	9	137	27	16	26	30	1.97
54839482--54839820	44	7.8	45	69	13	138	30	19	21	28	1.97
54839612--54839820	89	2.4	88	79	7	192	30	19	22	28	1.98
54839619--54839860	133	1.8	129	80	10	285	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54840251--54840307	21	2.7	21	97	0	105	38	8	14	38	1.77
54840263--54840330	21	3.0	24	87	8	90	38	7	16	38	1.76
54840514--54840558	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
54842246--54842512	146	1.8	146	84	1	365	43	8	8	39	1.65
54843122--54843254	66	2.0	66	83	2	169	15	23	16	44	1.86
54844066--54844110	11	3.9	11	80	11	54	57	2	0	40	1.11
54846693--54846757	23	2.7	24	79	11	71	23	27	0	49	1.50
54846715--54846770	12	4.8	12	84	4	69	19	30	0	50	1.48
54848836--54848880	11	3.9	11	80	11	54	57	2	0	40	1.11
54849800--54849885	43	2.0	43	84	4	111	51	2	25	20	1.60
54854927--54855011	34	2.5	33	80	3	89	30	14	15	40	1.86
54861296--54861353	20	3.0	18	72	16	53	25	3	1	68	1.14
54863962--54864042	40	2.0	40	100	0	162	39	14	9	35	1.80
54864787--54864850	22	2.9	23	83	6	78	28	4	9	57	1.50
54866272--54866321	21	2.3	22	79	3	57	20	10	20	50	1.76
54866287--54866331	22	2.0	22	86	0	63	20	11	15	53	1.72
54867917--54867952	18	1.9	19	94	5	65	61	0	5	33	1.19
54869994--54870168	89	1.9	91	90	3	282	25	24	18	31	1.98
54870034--54870167	45	3.0	45	70	5	130	23	23	19	32	1.97
54881028--54881063	18	1.9	19	94	5	65	61	0	5	33	1.19
54885447--54885511	32	2.0	32	100	0	130	12	21	21	44	1.85
54890961--54891051	32	3.0	30	65	20	73	40	4	3	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54891618--54891677	24	2.4	26	80	5	79	48	0	0	51	1.00
54891650--54891682	17	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
54892031--54892063	14	2.4	14	90	10	50	57	3	6	33	1.38
54893032--54893056	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
54895942--54895975	16	2.1	17	94	5	61	38	5	11	44	1.65
54899573--54899628	21	2.7	21	88	0	76	30	7	33	28	1.84
54899596--54899639	21	2.1	21	82	0	52	31	4	36	27	1.77
54905358--54905400	12	3.6	12	87	0	50	32	9	20	37	1.85
54906775--54906804	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
54906775--54906804	11	2.6	11	94	5	51	83	0	0	16	0.65
54919005--54919029	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
54919177--54919260	9	9.4	9	81	2	98	35	22	8	33	1.84
54919177--54919260	18	4.7	18	88	2	116	35	22	8	33	1.84
54919176--54919244	26	2.6	26	88	2	102	34	24	8	31	1.86
54919260--54919369	37	3.0	37	86	2	159	48	13	3	34	1.60
54919586--54919651	7	9.3	7	83	3	87	53	13	16	16	1.74
54919654--54919680	13	2.1	13	100	0	54	7	14	33	44	1.73
54919869--54919920	18	2.7	19	82	5	61	23	17	19	40	1.91
54923522--54923697	62	2.9	62	90	4	272	42	20	3	32	1.71
54924983--54925056	23	3.2	23	77	21	73	79	6	9	4	1.03
54924996--54925056	11	5.4	10	75	21	50	80	6	8	4	1.02
54926533--54926985	44	10.3	44	72	6	274	28	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54926532--54926771	132	1.8	132	89	1	383	29	15	25	30	1.95
54926610--54926983	88	4.2	88	82	4	396	28	15	27	29	1.96
54926916--54927296	134	2.8	134	91	1	618	28	18	23	29	1.98
54926916--54927343	134	3.2	131	87	5	540	28	18	23	29	1.98
54927336--54927835	82	6.1	82	91	0	768	31	24	20	23	1.98
54929182--54929229	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
54933895--54934184	108	2.7	108	95	1	503	35	21	15	27	1.94
54934642--54934696	27	2.1	28	83	10	71	54	1	5	38	1.34
54936555--54936903	49	7.1	49	81	1	349	24	18	22	34	1.96
54936555--54936908	98	3.6	98	83	1	388	24	18	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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