genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7285084--7285124	20	2.0	20	95	0	73	14	29	14	41	1.86
7294511--7294560	24	2.1	24	100	0	100	34	0	24	42	1.55
7295016--7295075	25	2.3	26	75	18	61	36	3	13	46	1.60
7297674--7297699	8	3.2	8	100	0	52	0	11	0	88	0.52
7298163--7298194	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
7307769--7308017	50	4.8	50	83	3	282	20	29	22	26	1.99
7307768--7308017	100	2.4	103	87	4	344	21	29	22	26	1.99
7324342--7324588	42	5.9	42	90	1	361	33	22	22	22	1.98
7324342--7324588	83	2.9	82	88	3	341	33	22	22	22	1.98
7324342--7324588	125	2.0	127	89	1	381	33	22	22	22	1.98
7325018--7325064	21	2.2	21	84	0	58	2	44	17	36	1.60
7330090--7330201	9	13.3	9	72	14	87	32	3	19	44	1.68
7330094--7330176	16	5.1	16	74	11	71	32	3	18	45	1.66
7330096--7330201	25	4.2	25	88	0	158	31	3	19	45	1.68
7331501--7331538	6	6.3	6	96	0	67	50	13	0	36	1.42
7332304--7332342	20	1.9	21	94	5	71	41	12	5	41	1.65
7332613--7332648	15	2.3	16	90	4	56	36	2	0	61	1.11
7332799--7332865	35	1.9	35	85	11	93	44	37	2	14	1.61
7338818--7338890	28	2.5	29	91	6	121	38	4	13	43	1.63
7339969--7340028	31	1.9	31	82	0	75	55	6	5	33	1.48
7347698--7347753	22	2.5	23	94	2	96	48	7	8	35	1.62
7347711--7347765	22	2.3	23	81	12	67	61	5	7	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7348455--7348510	28	2.0	28	82	0	67	42	12	0	44	1.42
7348890--7348933	6	7.2	6	79	5	52	45	13	20	20	1.85
7348912--7349017	45	2.4	45	87	3	160	43	18	16	20	1.88
7352721--7352749	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
7353632--7353679	10	4.8	10	78	0	51	39	2	33	25	1.67
7353632--7353675	15	2.9	15	93	0	70	38	2	34	25	1.68
7353993--7354017	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
7354898--7354930	15	2.3	15	94	5	59	18	12	12	57	1.64
7359200--7359248	16	3.0	16	74	14	55	30	0	2	67	1.02
7359349--7359383	17	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
7366988--7367168	21	8.6	21	71	7	109	18	19	15	46	1.84
7366988--7367168	42	4.3	42	74	6	161	18	19	15	46	1.84
7366988--7367168	84	2.2	84	79	4	186	18	19	15	46	1.84
7374941--7374976	13	2.7	14	91	8	58	47	0	2	50	1.15
7376247--7376287	21	2.0	21	86	13	59	73	9	2	14	1.19
7376666--7376706	14	2.9	14	85	0	55	9	4	4	80	1.00
7379103--7379141	18	2.2	18	86	9	53	23	7	0	69	1.14
7381226--7381615	196	2.0	196	91	0	636	31	16	25	26	1.96
7381940--7382035	48	2.0	48	93	0	165	39	9	14	36	1.79
7393672--7395122	755	1.9	746	91	2	2359	35	15	13	36	1.87
7395127--7398379	754	4.3	750	89	2	4889	34	15	13	36	1.87
7399700--7399748	5	9.8	5	78	8	55	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7399698--7399751	7	7.9	7	84	10	67	24	0	0	75	0.80
7399705--7399764	14	4.3	15	82	14	58	21	3	0	75	0.95
7401987--7402354	186	2.0	185	98	0	718	26	18	28	26	1.98
7403401--7403558	27	5.9	27	82	2	151	39	21	19	18	1.92
7403397--7403670	54	5.1	55	78	6	184	37	21	20	20	1.95
7403400--7403696	81	3.7	81	82	7	232	37	21	20	20	1.95
7403516--7403832	27	11.7	27	78	6	293	33	20	22	24	1.97
7403442--7403832	54	7.2	54	78	5	319	35	19	21	23	1.96
7403442--7403774	81	4.1	79	83	6	316	36	19	21	22	1.95
7403863--7403931	24	2.9	24	80	6	70	18	7	24	49	1.73
7404051--7404108	26	2.2	26	81	0	71	20	18	24	36	1.95
7404107--7404347	32	7.5	31	78	9	202	19	18	23	38	1.94
7404139--7404362	64	3.5	64	82	2	243	20	19	22	37	1.94
7404111--7404346	96	2.5	96	82	2	269	19	18	23	38	1.93
7406082--7406113	16	1.9	17	93	6	57	25	6	6	62	1.42
7414377--7414460	17	4.6	17	71	16	60	34	2	0	63	1.08
7414389--7414520	39	3.3	40	88	3	196	35	2	0	62	1.08
7414430--7414459	8	3.6	8	95	4	51	30	0	0	70	0.88
7414430--7414463	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
7414388--7414503	9	12.1	9	70	21	67	37	2	0	59	1.11
7414407--7414511	11	10.4	11	72	22	79	38	2	0	59	1.13
7423773--7423896	40	3.1	40	86	0	176	16	16	25	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7423781--7423911	40	3.4	36	75	14	118	16	13	26	43	1.85
7426744--7427293	274	2.0	274	97	0	1028	31	24	11	32	1.91
7445140--7445185	24	1.9	24	82	8	58	47	4	8	39	1.54
7446846--7446939	27	3.5	27	97	0	170	30	24	31	12	1.93
7446935--7447121	19	9.7	19	67	23	99	33	0	12	53	1.39
7447009--7447121	26	5.0	21	80	17	104	33	0	12	53	1.38
7447058--7447147	8	10.4	8	69	19	56	35	1	15	47	1.53
7447039--7447121	27	3.1	26	92	1	121	36	0	12	51	1.39
7447305--7447350	16	2.9	15	87	9	65	58	0	2	39	1.10
7447384--7447495	38	2.9	38	97	1	206	41	2	2	53	1.29
7447517--7447552	12	2.8	13	91	8	56	41	11	0	47	1.39
7447678--7447844	21	7.2	21	76	16	104	53	14	0	30	1.46
7447731--7447918	19	9.7	19	69	22	108	53	13	0	32	1.40
7447752--7447845	46	2.2	40	88	11	134	54	13	0	31	1.40
7447731--7447835	27	4.1	27	89	7	150	53	13	0	33	1.40
7447755--7447906	67	2.4	60	80	10	144	55	12	0	32	1.37
7449635--7449665	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
7458335--7458387	23	2.3	22	81	15	63	52	0	0	47	1.00
7461520--7461691	30	5.7	30	85	2	202	43	15	9	31	1.79
7468970--7469006	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
7469003--7469060	29	2.1	29	84	12	77	39	6	0	53	1.28
7470115--7470143	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7473075--7473122	5	9.4	5	80	13	53	20	22	14	41	1.89
7476153--7476190	19	2.0	19	85	10	51	21	0	2	76	0.91
7479684--7479726	23	1.9	23	90	4	70	23	0	16	60	1.35
7495178--7495206	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
7497251--7497397	73	2.0	73	85	2	197	32	10	8	48	1.68
7497968--7498030	32	2.0	32	87	6	92	42	3	6	47	1.44
7500673--7500721	20	2.5	18	78	18	53	61	2	4	32	1.26
7501709--7501756	25	2.0	25	87	4	71	39	6	0	54	1.26
7504983--7505031	22	2.2	22	85	10	64	42	0	0	57	0.99
7504989--7505028	20	2.0	20	90	4	64	45	0	0	55	0.99
7511361--7511409	27	1.9	25	84	12	64	48	2	4	44	1.33
7511366--7511418	26	2.0	27	81	3	63	49	1	1	47	1.23
7511401--7511468	31	2.2	32	81	7	86	50	1	2	45	1.26
7511410--7511469	31	1.9	31	89	0	93	50	1	3	45	1.28
7512371--7512433	31	2.0	31	90	0	99	41	7	12	38	1.73
7525130--7525159	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
7528876--7529022	42	3.5	42	87	0	213	29	21	16	32	1.95
7531910--7531942	17	1.9	17	100	0	66	24	0	18	57	1.40
7532040--7532074	18	1.9	18	94	0	61	31	8	20	40	1.82
7533184--7533368	46	4.0	46	89	0	280	37	9	24	28	1.87
7537154--7537183	14	2.1	14	100	0	60	40	30	13	16	1.87
7551608--7551633	7	3.7	7	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7559521--7559842	170	1.9	170	86	0	464	17	15	19	47	1.82
7562918--7562966	25	1.9	26	83	4	64	36	20	0	42	1.52
7571708--7571733	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7571958--7572016	20	2.9	19	82	7	64	38	6	0	54	1.27
7576346--7576383	17	2.3	16	86	13	51	39	2	0	57	1.12
7577896--7577929	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
7577974--7578010	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
7587856--7587901	6	7.5	6	84	15	51	78	0	6	15	0.95
7594227--7594282	24	2.3	24	96	0	103	46	10	5	37	1.62
7599245--7599291	15	3.3	15	77	17	55	12	0	38	48	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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