genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  1  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4329--4371	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
5416--5508	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
5863--5907	3	15.0	3	80	0	54	57	6	0	35	1.25
5863--5909	18	2.6	18	93	0	76	55	8	0	36	1.31
5867--5907	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
6600--6637	15	2.5	15	91	0	58	2	18	7	71	1.23
6783--6850	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
6829--6867	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
15714--15753	19	2.1	19	95	0	71	40	22	5	32	1.76
16495--16522	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
35554--35587	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
40193--40226	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
46617--46685	31	2.2	33	84	5	88	40	15	10	33	1.81
50610--50645	13	2.8	13	91	4	56	41	44	0	13	1.44
50640--50746	39	2.8	39	91	1	171	51	27	2	18	1.60
50880--50988	37	3.0	37	86	8	170	33	4	14	47	1.65
53555--53583	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
103109--103154	23	2.0	22	84	12	58	58	21	0	19	1.39
105515--105556	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
105547--105581	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
113249--113294	22	2.1	22	91	0	74	32	6	26	34	1.82
113447--113498	27	1.9	27	84	7	70	48	3	5	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114489--114526	19	2.0	20	89	5	60	57	0	7	34	1.28
117095--117137	2	20.0	2	81	13	50	44	0	9	46	1.35
117098--117136	7	5.9	7	90	3	55	43	0	10	46	1.37
119277--119441	50	3.2	50	85	5	204	20	30	23	26	1.98
119536--119567	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
125118--125210	18	5.2	18	86	0	123	33	13	22	30	1.93
139048--139086	17	2.3	17	86	0	51	51	5	2	41	1.38
141082--141106	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
146893--147018	60	2.1	60	100	0	252	26	15	11	46	1.79
153101--153161	27	2.3	27	91	0	104	40	4	0	54	1.22
153210--153282	27	2.7	27	82	4	94	32	23	31	12	1.91
153834--153892	19	3.2	19	75	4	75	47	0	11	40	1.40
153837--153897	18	3.3	18	73	11	61	47	1	11	39	1.50
154408--154471	27	2.4	27	86	0	83	15	34	17	32	1.91
154545--154608	28	2.4	28	89	5	105	50	0	9	40	1.35
154545--154606	26	2.3	26	91	5	97	51	0	8	40	1.31
175688--175722	13	2.6	14	86	9	54	82	0	17	0	0.66
183988--184073	27	3.2	27	89	0	127	18	25	34	20	1.96
184599--184627	14	2.1	14	93	6	51	13	0	31	55	1.39
190471--190508	18	2.1	19	90	5	60	23	0	0	76	0.79
196225--196265	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
201346--201384	18	2.2	18	86	9	53	12	7	10	69	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202425--202468	6	6.8	6	80	14	52	47	18	4	29	1.68
212458--212504	23	2.0	23	100	0	94	55	17	0	27	1.42
212674--212824	21	7.2	21	71	3	79	41	17	23	16	1.89
212669--212824	42	3.7	42	78	0	159	40	17	25	17	1.90
240518--240560	17	2.5	17	82	17	54	44	0	0	55	0.99
249065--249098	16	2.1	16	88	0	50	44	23	2	29	1.68
249038--249070	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
249239--249522	152	1.9	152	80	7	335	25	16	18	39	1.91
251575--251619	24	1.9	23	90	4	72	55	0	6	37	1.26
266135--266171	3	12.3	3	94	0	56	67	5	0	27	1.12
266130--266166	18	2.1	17	95	5	65	70	8	0	21	1.13
279608--279685	37	2.1	37	85	4	104	42	5	12	39	1.65
315735--315925	97	2.0	97	97	0	364	28	26	14	29	1.95
320159--320281	59	2.1	58	80	5	133	41	16	17	25	1.89
321737--321812	31	2.5	31	82	4	91	38	21	15	25	1.92
328920--328967	21	2.3	20	82	6	60	27	6	2	64	1.28
329861--329953	18	5.2	18	84	0	123	30	20	15	34	1.93
342821--342912	30	3.0	29	79	15	105	31	6	14	47	1.69
342819--342913	32	3.1	31	84	4	129	30	6	15	47	1.71
342908--343142	48	4.9	48	89	4	330	29	16	22	31	1.96
343049--343197	48	3.4	42	77	14	131	28	14	23	32	1.94
350393--350468	38	2.0	38	100	0	152	44	13	10	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357066--357098	14	2.3	15	89	5	50	39	9	0	51	1.34
357414--357446	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
358377--358416	18	2.3	18	87	12	57	45	5	5	45	1.47
364171--364234	30	2.1	31	94	2	112	26	28	6	39	1.80
364181--364227	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
367679--367714	18	1.9	19	88	5	56	55	0	16	27	1.42
371211--371360	44	3.3	43	65	13	113	39	6	10	43	1.66
371211--371392	91	2.0	91	98	0	355	36	6	11	45	1.67
372788--372825	19	1.9	19	89	5	58	60	0	0	39	0.97
372789--372833	20	2.4	19	81	7	56	66	0	0	33	0.92
377529--377598	29	2.4	29	80	2	77	50	11	7	31	1.65
383838--383883	12	3.5	13	80	17	51	58	0	2	39	1.10
390682--390706	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
392024--392086	30	2.1	30	100	0	126	33	12	12	41	1.81
408753--408807	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
408945--409039	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
409020--409087	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
409563--409736	30	5.8	30	91	1	287	25	48	3	22	1.66
409563--409736	59	2.9	60	96	1	323	25	48	3	22	1.66
409563--409736	89	1.9	90	91	1	287	25	48	3	22	1.66
410220--410351	25	5.5	23	68	16	65	34	4	3	57	1.34
410234--410355	25	5.0	25	70	10	74	36	4	3	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
410307--410390	30	2.8	30	77	8	82	30	5	3	59	1.38
410376--410434	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
410392--410440	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
410602--410635	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
410602--410635	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
410602--410642	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
418934--419110	72	2.5	71	84	2	214	28	14	22	34	1.94
419114--419462	72	4.7	72	84	8	416	30	15	20	33	1.93
419349--419711	126	2.9	123	76	10	360	26	15	23	34	1.94
419611--419748	70	1.9	72	89	5	219	21	15	24	37	1.93
419757--420003	73	3.5	71	85	9	321	32	15	21	30	1.94
420151--420282	69	1.9	69	86	6	187	36	15	18	29	1.92
420335--420513	76	2.4	74	80	11	197	25	17	20	36	1.94
420498--420539	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
420501--420550	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
420351--420763	178	2.3	179	86	8	601	25	16	18	39	1.91
420676--420717	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
420679--420717	15	2.8	14	84	7	53	15	12	5	66	1.41
420693--420726	15	2.3	15	89	0	50	17	8	2	70	1.25
420870--421053	77	2.5	75	85	3	246	33	14	21	30	1.94
421866--422034	29	5.8	30	82	10	217	25	47	3	23	1.67
421866--422034	57	2.9	57	82	11	211	25	47	3	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
421866--422032	86	1.9	87	87	6	250	25	47	3	23	1.67
422592--422666	29	2.6	28	79	10	71	34	5	4	56	1.41
422844--422884	22	1.9	21	85	5	55	31	4	2	60	1.30
422878--422912	15	2.4	15	90	4	54	34	0	2	62	1.10
422862--422920	14	4.0	14	80	8	64	32	1	1	64	1.13
434570--435116	251	2.2	249	82	3	652	43	22	12	22	1.85
451054--451085	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
456095--456128	14	2.4	15	90	9	54	32	2	0	64	1.08
460132--460165	15	2.3	15	94	0	59	35	17	11	35	1.87
466174--466202	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207