genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10101380--10101415	9	3.8	9	89	10	54	25	0	0	75	0.81
10110049--10110085	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
10112735--10112783	16	3.1	16	90	0	80	36	2	34	26	1.68
10112953--10112994	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
10112962--10113003	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
10113063--10113112	15	3.6	14	75	15	50	58	2	0	40	1.10
10112956--10113250	122	2.4	122	92	3	490	50	5	2	41	1.40
10113247--10113478	91	2.5	92	84	4	267	47	5	2	44	1.38
10113291--10113351	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
10113298--10113441	47	3.1	46	65	23	113	49	4	1	44	1.32
10113266--10113468	91	2.2	91	91	0	325	47	4	2	45	1.37
10113291--10113433	44	3.2	43	68	16	119	48	4	1	46	1.30
10113316--10113454	47	3.0	47	68	17	137	49	5	1	43	1.33
10124409--10124442	13	2.6	13	95	0	59	38	23	8	29	1.85
10124475--10124515	20	2.0	20	85	4	55	36	7	7	48	1.59
10141841--10141880	20	2.0	20	95	0	71	47	40	2	10	1.50
10142182--10142464	27	10.6	27	81	2	275	18	18	22	41	1.90
10145565--10145623	29	1.9	31	86	10	86	42	11	15	30	1.83
10145565--10145631	29	2.2	31	82	12	77	40	11	17	29	1.86
10146027--10146306	27	10.4	27	78	1	276	17	20	19	42	1.89
10146022--10146306	107	2.7	106	81	7	301	18	20	19	42	1.89
10146543--10146593	20	2.7	19	76	11	52	21	41	19	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10154490--10154523	17	2.0	17	88	0	50	32	8	2	55	1.45
10155957--10156043	27	3.2	27	95	0	156	31	9	26	33	1.88
10156867--10156952	41	2.1	41	91	0	136	20	17	29	32	1.96
10168533--10168581	23	2.1	23	96	0	89	32	2	4	61	1.26
10177667--10177803	40	3.4	40	91	0	220	29	14	25	29	1.95
10184384--10184408	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
10184568--10184669	9	11.4	9	92	2	161	34	24	9	31	1.88
10184669--10184778	37	3.0	37	87	0	166	49	13	3	33	1.60
10185002--10185060	7	8.3	7	84	3	82	54	13	15	16	1.72
10185063--10185089	13	2.1	13	100	0	54	7	14	33	44	1.73
10185278--10185328	18	2.7	19	84	6	59	23	17	17	41	1.90
10188026--10188093	28	2.4	29	85	7	95	55	5	16	22	1.62
10188043--10188101	28	2.1	28	81	3	66	57	8	11	22	1.61
10189106--10189152	23	2.0	23	87	0	67	25	6	21	46	1.74
10192117--10192191	39	1.9	39	81	5	89	26	4	2	66	1.22
10192110--10192179	9	7.4	9	73	12	52	22	4	2	70	1.19
10198969--10199004	15	2.5	14	91	8	63	44	5	0	50	1.25
10201433--10201525	44	2.1	44	98	2	179	25	8	25	39	1.84
10204263--10204524	127	2.1	127	99	0	517	31	22	9	37	1.86
10207112--10207142	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
10217031--10217266	27	8.9	27	78	9	202	44	19	16	19	1.87
10217031--10217266	81	3.0	80	81	6	266	44	19	16	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10217623--10217688	28	2.4	28	84	5	80	24	19	24	31	1.98
10223451--10223697	27	9.2	25	80	9	210	43	19	17	19	1.88
10223451--10223697	54	4.6	53	85	3	291	43	19	17	19	1.88
10223451--10223697	81	3.1	80	81	4	284	43	19	17	19	1.88
10223872--10223943	26	2.8	25	83	8	81	18	20	20	40	1.92
10223884--10223946	26	2.4	26	89	0	90	15	20	23	39	1.91
10224058--10224132	27	2.7	27	85	6	98	30	20	20	29	1.97
10225140--10225247	43	2.5	42	81	1	126	40	17	24	17	1.90
10225216--10225282	21	3.2	21	73	12	66	40	13	22	23	1.89
10230874--10230958	28	3.1	28	91	6	147	25	21	11	41	1.87
10230873--10230958	26	3.2	26	90	6	136	25	20	11	41	1.86
10236216--10236379	80	2.0	81	80	13	180	43	14	7	34	1.73
10245893--10246180	151	1.9	151	90	4	456	42	4	10	42	1.61
10248180--10248211	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
10248429--10248625	51	3.9	50	78	6	200	29	27	17	25	1.98
10248432--10248652	101	2.2	102	79	5	252	28	28	16	26	1.97
10249563--10249590	13	2.2	13	100	0	56	42	7	17	32	1.77
10251412--10251493	42	2.0	42	83	9	105	30	24	13	31	1.93
10254397--10254495	46	2.2	46	80	8	116	34	24	18	23	1.96
10254491--10254691	51	4.0	51	75	10	196	29	28	16	24	1.97
10254500--10254683	101	1.8	102	86	3	273	30	27	17	24	1.97
10254495--10254714	101	2.2	103	76	8	236	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10255512--10255567	28	2.0	28	96	0	103	35	19	14	30	1.91
10268802--10268896	42	2.3	42	94	0	163	22	18	21	37	1.94
10269352--10269388	18	2.1	18	100	0	74	56	5	5	32	1.45
10274668--10274699	16	2.0	16	93	0	55	34	0	28	37	1.57
10292215--10292278	21	3.0	22	81	9	78	45	18	17	18	1.86
10292188--10292281	22	4.3	22	80	8	95	41	17	23	18	1.90
10301130--10301207	36	2.2	36	95	0	138	23	34	23	19	1.96
10308952--10309003	25	2.1	25	92	7	88	25	26	9	38	1.86
10311463--10311490	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
10311577--10311643	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
10315148--10315191	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
10315236--10315329	45	2.1	45	91	0	152	30	22	18	28	1.97
10324560--10324584	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
10326269--10326331	16	4.0	15	74	13	56	41	14	22	22	1.89
10330631--10330663	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
10337176--10337210	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
10337294--10337330	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
10337414--10337450	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
10337534--10337570	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
10337654--10337690	16	2.2	17	86	13	51	54	2	0	43	1.14
10337156--10337691	120	4.5	120	97	0	959	47	5	2	43	1.41
10337715--10337868	78	2.0	78	94	0	272	48	2	2	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10337825--10337976	47	3.3	47	72	15	172	49	3	2	44	1.32
10337785--10337991	91	2.3	91	95	0	371	48	3	2	44	1.34
10337808--10337961	44	3.4	44	72	15	152	50	2	2	44	1.29
10341968--10342030	23	2.7	23	72	16	58	52	19	6	22	1.68
10341940--10342169	107	2.1	107	97	0	433	44	23	6	26	1.76
10342075--10342137	23	2.7	24	79	16	87	52	22	7	17	1.70
10342104--10342149	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
10343527--10343595	34	2.1	33	83	2	84	53	4	10	31	1.54
10343690--10343740	24	2.1	24	85	7	68	64	7	0	27	1.21
10344850--10344887	14	2.5	15	87	8	51	7	15	28	47	1.74
10345385--10345484	44	2.3	44	89	0	155	32	25	19	24	1.98
10345626--10346499	88	9.9	88	85	0	1093	23	25	23	27	2.00
10345842--10345979	43	3.2	43	70	4	123	26	28	20	25	1.99
10345824--10346488	44	15.1	44	65	7	263	24	26	22	26	2.00
10352202--10352385	42	4.4	42	90	2	264	28	19	22	28	1.98
10355758--10355840	36	2.4	34	77	6	85	55	4	9	30	1.53
10355937--10355988	3	17.3	3	76	7	52	67	3	0	28	1.08
10355935--10355988	18	3.1	17	83	5	63	66	3	0	29	1.09
10358154--10358196	24	1.9	22	86	13	61	46	13	20	18	1.83
10359133--10359216	41	2.0	41	97	0	159	39	9	13	38	1.77
10359396--10359437	22	2.0	21	81	13	50	45	2	2	50	1.27
10364481--10364519	20	2.0	20	100	0	78	51	15	5	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10368850--10368893	23	1.9	23	85	0	61	61	6	2	29	1.34
10370526--10370559	17	2.0	17	88	0	50	2	2	14	79	0.97
10375561--10375859	124	2.4	123	86	6	435	46	7	17	28	1.75
10380383--10380508	50	2.6	49	86	6	157	23	18	28	30	1.97
10380383--10380527	49	2.9	49	79	3	148	23	17	28	31	1.97
10383165--10383218	24	2.2	24	86	0	81	33	37	20	9	1.84
10385201--10385254	19	2.8	19	91	0	90	35	16	11	37	1.84
10386531--10386568	11	3.5	11	89	10	60	52	0	0	47	1.00
10390769--10390796	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
10391804--10391838	13	2.6	13	86	4	52	48	17	17	17	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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