genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  74  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21437581--21437668	37	2.4	37	82	1	104	34	19	13	32	1.91
21447620--21447674	24	2.3	23	78	9	56	40	7	14	38	1.74
21451501--21451565	21	3.3	19	72	20	53	72	1	23	3	1.07
21451495--21451553	22	2.5	24	83	10	68	72	1	20	5	1.12
21455726--21455782	19	2.9	19	86	2	78	40	1	1	56	1.20
21455729--21455791	20	3.2	20	77	16	69	36	1	3	58	1.23
21468886--21468940	24	2.3	24	76	11	60	54	7	1	36	1.39
21469787--21469825	19	2.2	18	90	9	62	48	0	2	48	1.15
21471454--21471569	35	3.3	35	80	7	128	37	17	24	21	1.94
21477865--21477938	37	2.0	37	97	0	139	31	16	17	35	1.92
21481663--21481739	38	2.0	38	97	0	145	36	12	16	33	1.88
21485409--21485447	20	2.0	20	85	10	53	20	2	7	69	1.26
21492108--21492166	24	2.6	22	76	10	64	23	18	15	42	1.88
21496000--21496072	5	14.6	5	100	0	146	41	0	0	58	0.98
21497032--21497108	25	3.1	25	90	0	109	16	22	20	40	1.91
21509719--21509748	15	2.0	15	93	0	51	16	16	0	66	1.25
21525335--21525385	14	3.8	14	77	15	54	68	0	0	31	0.90
21526083--21526135	26	2.0	26	85	0	70	45	15	16	22	1.85
21526323--21526369	3	15.7	3	100	0	94	34	0	31	34	1.58
21526662--21526696	12	2.8	13	86	8	54	8	31	2	57	1.44
21528985--21529097	56	2.0	56	92	0	190	34	16	9	38	1.82
21532335--21532392	13	4.5	13	78	6	55	36	3	25	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21549340--21549389	18	2.7	18	81	12	57	30	0	2	68	1.01
21550018--21550051	10	3.5	10	88	8	52	58	0	0	41	0.98
21560110--21560185	28	2.7	28	85	6	82	63	1	0	35	1.03
21560118--21560185	28	2.4	28	92	0	109	61	1	0	36	1.05
21562452--21562489	18	2.1	18	90	0	58	50	0	50	0	1.00
21562453--21562485	11	2.9	12	91	8	52	48	0	51	0	1.00
21566951--21566991	20	2.0	20	90	0	64	34	7	17	41	1.77
21567534--21567583	18	2.8	18	84	0	64	40	8	38	14	1.75
21576901--21576982	25	3.3	25	94	3	139	43	48	3	3	1.38
21582617--21582703	24	3.7	23	76	11	70	17	22	21	37	1.93
21584467--21584506	20	2.0	21	85	5	55	57	2	0	40	1.12
21588917--21589057	69	2.0	69	87	2	203	30	14	29	26	1.95
21589322--21589462	69	2.0	69	88	0	210	30	13	29	26	1.94
21588749--21589563	405	2.0	405	96	0	1504	29	16	22	31	1.96
21595665--21595731	22	3.0	22	78	8	73	61	0	2	35	1.12
21596421--21596462	19	2.2	20	87	12	61	11	2	9	76	1.12
21596425--21596471	20	2.4	20	82	13	62	17	4	6	72	1.22
21599573--21599606	18	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
21599974--21600006	15	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
21606559--21606693	41	3.3	41	81	2	128	22	28	14	34	1.94
21613011--21613048	16	2.4	16	90	0	58	73	0	0	26	0.83
21613519--21613547	7	4.1	7	100	0	58	0	0	13	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21620682--21620732	25	2.0	25	96	0	93	33	23	0	43	1.54
21621083--21621163	23	3.7	23	83	8	89	40	20	18	19	1.91
21630034--21630067	6	5.7	6	96	0	59	11	17	2	67	1.34
21639897--21639963	34	1.9	35	81	3	82	64	1	11	22	1.35
21640907--21640977	29	2.4	28	80	15	74	39	2	12	45	1.57
21644591--21644658	31	2.2	31	82	10	77	38	1	11	48	1.49
21644840--21644886	21	2.3	21	85	10	62	36	0	8	55	1.31
21644903--21644948	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
21644879--21644984	55	1.9	54	83	7	133	45	0	4	49	1.29
21645117--21645206	45	2.1	43	82	11	107	36	24	5	33	1.79
21645116--21645206	44	2.0	44	87	6	130	36	25	5	32	1.79
21645198--21645260	16	3.9	16	81	8	74	30	30	4	34	1.78
21645198--21645260	32	2.0	32	87	6	92	30	30	4	34	1.78
21648802--21648847	24	1.9	24	86	0	65	47	17	23	10	1.79
21656799--21657218	45	9.5	45	73	14	297	29	19	23	28	1.98
21656799--21657218	89	4.8	89	76	8	428	29	19	23	28	1.98
21656888--21657212	174	1.9	173	85	5	460	29	20	21	28	1.98
21658702--21658753	17	3.2	17	76	20	58	19	0	3	76	0.93
21658693--21658754	14	4.4	14	76	8	54	19	1	3	75	1.02
21658811--21658863	22	2.4	21	79	17	63	26	1	7	64	1.31
21682029--21682074	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
21681935--21682192	120	2.1	120	97	2	491	43	2	5	49	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21682149--21682190	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21682140--21682181	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21682335--21682425	45	2.0	44	82	2	110	35	26	5	32	1.80
21682404--21682457	16	3.4	16	89	0	72	33	31	0	35	1.58
21687146--21687243	16	6.3	15	69	15	56	46	3	4	45	1.37
21688340--21688407	35	1.9	35	93	0	118	41	27	8	22	1.83
21693415--21693447	10	3.3	10	91	8	50	72	0	12	15	1.12
21695895--21695987	48	1.9	48	91	0	150	46	7	23	22	1.77
21700528--21700570	21	2.0	21	100	0	86	27	4	23	44	1.73
21704261--21704308	24	2.0	24	95	0	87	50	10	6	33	1.62
21708486--21708641	45	3.5	45	82	3	197	28	17	20	32	1.96
21710451--21710638	91	2.1	91	80	0	205	34	20	13	31	1.91
21711134--21711167	9	3.8	9	92	0	59	44	14	11	29	1.81
21711225--21711287	29	2.2	29	86	8	85	17	50	0	31	1.46
21712667--21712722	25	2.2	25	96	0	103	25	12	19	42	1.86
21712757--21712810	23	2.3	23	74	0	54	38	1	9	50	1.45
21712793--21712877	44	2.0	42	83	4	107	34	9	10	45	1.71
21714034--21714073	19	2.0	20	90	4	64	30	0	2	67	1.04
21716292--21716344	27	2.0	27	85	3	72	58	0	0	41	0.98
21724915--21725046	61	2.2	61	98	0	255	28	18	23	28	1.98
21726925--21726967	22	2.0	22	90	0	68	44	13	0	41	1.44
21732415--21732613	33	5.5	33	69	19	137	34	26	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21732409--21732618	75	2.8	75	89	0	330	32	26	18	22	1.97
21737244--21737290	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
21740613--21740637	11	2.3	11	100	0	50	44	0	28	28	1.55
21744124--21744171	24	2.0	24	100	0	96	66	8	4	20	1.35
21745360--21745387	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
21745544--21745613	35	2.0	35	82	0	86	51	14	14	20	1.76
21745906--21745944	20	2.0	20	100	0	78	56	0	25	17	1.41
21750590--21750741	74	2.1	74	98	0	295	33	22	7	36	1.83
21753675--21753875	62	3.2	59	73	17	163	50	4	3	40	1.43
21753837--21753869	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
21765043--21765523	91	5.3	91	96	0	854	45	3	3	46	1.38
21765075--21765498	44	9.3	45	63	24	126	45	3	3	47	1.37
21765550--21765738	59	3.2	58	67	19	154	42	4	4	49	1.41
21765660--21765694	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21765613--21765796	56	3.1	59	66	22	148	42	3	6	47	1.45
21765793--21765834	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21765784--21765825	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21765539--21765829	120	2.4	121	94	1	496	43	3	4	48	1.39
21766056--21766097	16	2.6	16	81	7	50	19	35	2	42	1.64
21768838--21768898	29	2.1	29	100	0	122	21	13	16	49	1.79
21780431--21780458	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21783316--21783379	21	3.0	22	68	9	60	18	20	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21783615--21783771	23	7.1	23	74	7	137	22	19	21	37	1.94
21783615--21783771	43	3.5	46	72	9	130	22	19	21	37	1.94
21783615--21783771	66	2.4	66	87	1	233	22	19	21	37	1.94
21788687--21788845	45	3.6	45	80	0	158	30	14	22	32	1.93
21788685--21788857	90	1.9	88	84	2	229	30	15	21	32	1.95
21793513--21793565	23	2.2	25	83	6	65	13	30	20	35	1.91
21793608--21793725	25	4.8	24	78	7	87	19	22	20	37	1.94
21793628--21793725	25	4.0	25	76	11	103	20	22	19	37	1.94
21794699--21794761	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
21800836--21800898	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207