genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7605901--7606124	54	4.1	54	87	0	313	19	13	20	45	1.84
7605901--7606124	81	2.8	80	84	4	288	19	13	20	45	1.84
7626282--7626341	31	1.9	32	89	3	95	36	10	10	43	1.72
7637366--7637435	18	3.8	18	75	11	70	35	17	5	41	1.73
7640848--7640956	44	2.5	44	87	3	148	41	13	20	24	1.89
7640967--7641149	50	3.7	49	83	3	244	28	20	30	19	1.97
7640967--7641149	97	1.9	99	88	3	280	28	20	30	19	1.97
7644169--7644214	21	2.2	20	88	7	74	71	10	17	0	1.13
7644259--7644299	6	6.8	6	100	0	82	14	0	0	85	0.60
7653636--7653693	25	2.3	26	84	3	82	34	22	3	39	1.71
7655410--7655455	22	2.1	22	84	11	60	47	6	4	41	1.49
7662220--7662244	13	1.9	13	100	0	50	24	24	4	48	1.68
7664961--7665009	18	2.7	18	81	6	55	40	4	20	34	1.71
7670595--7670866	63	4.3	63	74	2	217	23	25	26	24	2.00
7670607--7670836	126	1.8	126	83	0	307	25	26	25	23	2.00
7679492--7679532	21	1.9	22	85	14	59	17	14	0	68	1.22
7681662--7681807	45	3.3	45	77	8	147	34	13	22	28	1.92
7681931--7681987	15	3.5	15	78	17	69	40	15	19	24	1.90
7681981--7682040	19	3.4	19	65	25	58	45	15	10	30	1.78
7681919--7682109	34	5.6	34	84	0	256	40	14	14	30	1.85
7687462--7687598	40	3.5	40	87	3	197	32	21	22	24	1.98
7687651--7687799	40	3.8	40	80	0	156	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7690508--7690681	43	4.1	43	82	6	210	29	15	22	32	1.95
7690507--7690675	86	2.0	85	87	5	243	29	15	23	31	1.96
7698159--7698500	180	1.9	180	88	2	517	31	18	15	34	1.92
7703272--7703301	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
7707675--7707737	31	2.0	31	100	0	126	31	12	30	25	1.93
7711240--7711322	40	2.1	40	86	6	116	25	27	21	25	1.99
7712289--7712340	25	2.1	25	96	0	95	40	32	11	15	1.83
7712937--7713139	45	4.5	45	84	2	248	25	19	12	43	1.85
7712937--7713139	89	2.3	90	86	2	275	25	19	12	43	1.85
7713929--7713955	5	5.4	5	100	0	54	37	18	0	44	1.50
7716830--7716921	47	2.0	47	100	0	184	35	10	14	39	1.81
7723154--7723185	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
7731847--7731895	15	3.2	16	75	13	50	53	0	0	46	1.00
7733934--7733969	18	2.0	18	94	0	63	33	36	0	30	1.58
7734468--7734498	15	2.1	15	100	0	62	38	25	16	19	1.92
7737715--7737790	21	3.8	21	81	5	86	19	1	28	50	1.56
7737736--7737797	19	3.1	20	79	6	63	20	3	29	46	1.66
7738237--7738287	20	2.5	20	83	0	57	33	11	21	33	1.90
7740409--7740522	49	2.3	49	87	0	165	28	30	17	23	1.97
7753982--7754096	60	2.0	59	85	10	157	36	16	10	36	1.83
7754537--7754576	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7760031--7760102	7	10.4	7	73	8	58	45	27	2	23	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7760045--7760096	21	2.5	20	81	6	68	46	32	0	21	1.52
7760079--7760141	14	4.6	14	72	7	58	39	30	4	25	1.76
7760490--7760528	13	2.9	13	81	7	51	38	41	7	12	1.72
7760468--7760510	19	2.2	20	83	4	52	44	39	4	11	1.62
7760584--7760678	47	2.0	50	80	14	110	15	5	35	43	1.70
7760854--7761134	141	2.0	142	90	2	440	38	13	14	33	1.85
7766359--7766474	41	2.8	42	83	5	139	20	20	27	31	1.98
7770646--7770676	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7770732--7770774	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
7770985--7771044	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
7774733--7774948	40	5.3	40	79	5	227	40	19	16	24	1.91
7775717--7775976	127	2.0	127	96	0	484	28	10	14	46	1.78
7775964--7776041	40	2.0	40	94	0	138	14	12	19	53	1.72
7779366--7779424	28	2.1	28	100	0	118	50	11	16	20	1.76
7779521--7779606	44	1.9	45	90	6	140	23	16	32	27	1.96
7783146--7783221	28	2.7	29	83	8	93	15	31	14	38	1.88
7794739--7794802	33	1.9	34	87	9	96	43	1	0	54	1.09
7798240--7798281	17	2.4	18	80	11	52	71	4	2	21	1.16
7798311--7798386	30	2.5	31	71	25	72	60	5	3	30	1.37
7800459--7800639	52	3.5	52	91	2	285	28	28	14	29	1.95
7802543--7802590	23	2.1	23	100	0	96	50	16	12	20	1.78
7802900--7803009	25	4.5	25	75	3	98	34	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7803611--7803653	21	2.0	22	86	4	61	39	20	0	39	1.53
7804559--7804656	9	10.9	9	74	13	51	32	4	1	62	1.21
7804596--7804652	9	6.3	9	76	8	53	29	5	0	64	1.15
7804604--7804656	18	2.9	18	81	10	72	30	3	0	66	1.10
7819756--7819782	6	4.5	6	100	0	54	51	33	14	0	1.43
7822816--7823135	44	7.3	44	67	6	155	24	26	25	22	2.00
7822765--7823242	88	5.4	88	85	0	580	25	25	25	23	2.00
7823299--7823597	44	6.8	44	89	3	440	26	16	27	29	1.97
7823826--7824142	127	2.5	128	91	2	528	31	21	21	25	1.98
7824297--7824456	50	3.2	49	74	6	151	33	23	21	21	1.98
7824260--7824456	100	2.0	101	85	5	274	32	22	22	22	1.98
7830282--7830342	18	3.1	18	81	13	68	75	6	3	14	1.13
7832539--7832670	45	3.0	44	68	10	124	28	23	24	24	2.00
7832847--7832970	44	2.8	44	87	3	160	32	19	24	24	1.98
7832701--7832989	132	2.2	132	76	7	282	31	19	21	26	1.97
7833126--7833222	44	2.2	45	83	5	117	26	18	28	25	1.98
7833109--7834294	173	6.9	174	72	9	694	29	17	23	29	1.97
7833387--7834306	44	21.3	44	67	11	240	29	17	23	29	1.97
7832890--7833507	217	2.9	215	89	3	938	30	18	23	27	1.98
7833388--7834285	129	6.9	129	78	5	871	29	17	23	29	1.97
7833626--7834020	217	1.8	217	91	1	648	28	18	24	28	1.98
7833109--7834246	519	2.2	519	91	0	1832	29	17	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7833626--7834074	217	2.1	217	85	2	607	29	18	23	28	1.98
7835964--7836011	23	2.1	22	85	11	62	33	4	0	62	1.14
7843477--7843506	14	2.1	14	93	0	51	43	10	23	23	1.83
7845528--7845638	10	11.4	9	67	16	53	23	5	3	67	1.27
7845519--7845577	9	6.3	10	79	11	63	28	1	0	69	0.98
7845519--7845577	19	3.2	19	81	11	77	28	1	0	69	0.98
7845527--7845599	30	2.5	28	82	10	85	24	5	1	68	1.19
7845527--7845637	19	5.7	20	75	13	72	24	5	3	66	1.29
7845604--7845647	19	2.3	19	84	11	54	27	4	6	61	1.41
7846203--7846258	25	2.2	25	83	0	67	57	0	0	42	0.99
7848460--7848573	25	4.6	25	74	9	101	23	24	21	29	1.99
7848460--7848572	49	2.3	49	83	6	140	23	23	22	30	1.99
7854422--7854488	27	2.5	27	80	0	80	29	16	20	32	1.95
7858685--7858749	24	2.7	24	85	4	96	23	23	23	30	1.99
7866470--7866503	17	2.0	17	100	0	68	23	5	29	41	1.78
7868451--7868484	17	2.0	17	88	0	50	32	26	2	38	1.71
7871053--7871089	19	1.9	19	94	0	65	18	2	5	72	1.15
7873337--7873379	22	1.9	22	85	4	59	53	23	11	11	1.69
7878503--7878542	16	2.5	16	84	11	55	55	0	2	42	1.13
7885861--7885920	30	1.9	32	90	6	97	40	0	41	18	1.50
7886805--7887253	233	1.9	233	93	0	763	32	21	13	33	1.91
7889181--7889313	59	2.3	58	82	13	166	36	17	8	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7889183--7889330	59	2.5	58	82	13	146	33	16	8	40	1.80
7889991--7890017	7	3.9	7	100	0	54	29	11	0	59	1.32
7890848--7890880	16	2.0	17	88	5	50	36	0	3	60	1.12
7890976--7891023	24	2.0	23	84	15	62	37	4	0	58	1.18
7891042--7891150	26	4.0	26	80	13	128	48	1	9	40	1.46
7891043--7891153	29	3.9	28	87	5	145	49	1	9	39	1.45
7891040--7891153	58	2.0	55	88	5	165	49	1	9	39	1.46
7892882--7892940	29	2.0	29	83	9	75	44	13	6	35	1.71
7895131--7895185	12	4.6	12	75	8	58	56	5	1	36	1.33
7895131--7895198	12	5.5	13	71	13	54	58	5	1	33	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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