genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27109741--27109819	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27109938--27110547	47	13.0	47	95	0	1062	29	29	8	31	1.87
27109938--27110547	234	2.6	234	94	1	1060	29	29	8	31	1.87
27110195--27110462	22	11.5	23	60	12	73	31	28	8	32	1.86
27113402--27113741	40	8.5	40	83	3	375	24	27	22	24	2.00
27113402--27113737	159	2.1	159	81	4	383	24	27	22	25	2.00
27114046--27114124	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27114106--27114208	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
27116073--27116149	37	2.1	35	88	4	109	24	31	19	24	1.98
27116267--27116582	47	6.7	47	98	1	589	29	30	8	31	1.88
27118715--27118756	19	2.1	20	86	8	59	52	4	0	42	1.22
27118715--27118761	21	2.2	20	85	14	60	53	4	0	42	1.20
27119521--27119562	21	2.0	21	100	0	84	28	19	14	38	1.90
27125455--27125530	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
27125652--27126062	47	8.7	47	93	0	671	28	29	8	32	1.87
27127962--27127986	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27132741--27132805	7	9.4	7	74	24	50	55	0	3	41	1.15
27132742--27132808	21	3.2	21	80	12	75	56	0	2	40	1.14
27133040--27133101	9	6.9	9	72	26	51	53	0	4	41	1.22
27133040--27133101	16	3.8	16	74	19	56	53	0	4	41	1.22
27133220--27133287	23	3.0	23	95	0	118	47	5	1	45	1.36
27133212--27133282	10	6.6	10	76	19	63	45	5	1	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27135661--27135717	11	5.2	11	73	0	51	66	3	5	24	1.28
27135661--27135717	22	2.6	22	85	0	87	66	3	5	24	1.28
27136106--27136172	24	3.1	24	70	29	78	29	2	0	67	1.06
27136120--27136151	16	2.0	16	100	0	64	25	0	0	75	0.81
27136086--27136228	40	3.5	41	85	8	193	35	2	0	61	1.11
27136175--27136210	11	3.3	11	88	11	56	38	2	0	58	1.13
27136169--27136227	21	2.8	21	73	2	64	38	1	0	59	1.08
27141871--27142294	125	3.4	125	85	3	584	29	18	22	30	1.97
27145852--27145895	18	2.5	19	82	14	58	43	0	4	52	1.22
27146058--27146150	45	2.1	44	86	9	127	35	25	5	33	1.79
27146132--27146187	16	3.5	16	85	9	87	28	28	5	37	1.79
27146891--27146938	17	2.8	17	84	12	55	72	0	2	25	0.95
27152319--27152368	22	2.3	22	92	0	82	20	12	56	12	1.67
27152327--27152372	22	2.1	22	100	0	92	17	8	56	17	1.65
27167236--27167266	15	2.1	15	100	0	62	19	6	32	41	1.77
27170323--27170370	14	3.2	15	83	16	64	52	2	0	45	1.12
27170323--27170370	15	3.2	14	80	13	60	52	2	0	45	1.12
27170420--27170477	21	2.7	22	81	2	64	50	0	3	46	1.18
27182868--27182909	21	2.0	22	86	13	61	61	7	2	28	1.35
27185448--27185481	15	2.2	16	89	5	52	61	5	5	26	1.42
27187526--27187652	50	2.5	51	84	3	159	25	18	25	30	1.98
27187526--27187662	51	2.7	50	84	3	168	24	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27198418--27198470	27	2.0	27	88	0	79	9	28	20	41	1.83
27204559--27204591	11	3.0	11	100	0	66	36	0	0	63	0.95
27204696--27204748	18	3.0	18	77	2	63	50	1	1	45	1.23
27204699--27204769	35	2.0	35	84	10	92	52	2	1	43	1.24
27207875--27208022	25	6.0	25	81	6	142	35	18	21	24	1.96
27208160--27208193	13	2.5	14	85	9	52	47	11	5	35	1.65
27215105--27215169	25	2.6	25	87	4	87	32	21	24	21	1.98
27218233--27218350	59	2.0	59	96	0	218	34	11	6	46	1.67
27228931--27229115	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
27228931--27229115	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
27236895--27237117	117	1.9	120	83	6	294	26	27	21	24	1.99
27236895--27237117	40	5.7	40	87	5	285	26	27	21	24	1.99
27243542--27243673	50	2.6	50	80	2	140	29	24	26	19	1.98
27243606--27243784	49	3.6	49	87	3	227	32	20	24	22	1.98
27243987--27244025	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27247500--27247529	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
27250364--27250687	51	6.4	50	74	4	272	29	13	26	30	1.94
27250360--27250687	102	3.2	102	90	0	514	28	14	26	30	1.95
27250677--27250782	50	2.1	50	89	0	158	33	17	20	28	1.96
27254135--27254714	290	2.0	290	98	0	1133	33	18	19	28	1.95
27257112--27257691	290	2.0	290	98	0	1133	33	18	19	28	1.95
27260089--27260668	290	2.0	290	98	0	1133	33	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27263055--27263634	290	2.0	290	98	0	1133	33	18	19	28	1.95
27266045--27266624	290	2.0	290	98	0	1133	33	18	19	28	1.95
27279821--27279863	10	4.0	10	80	16	50	39	0	2	58	1.11
27283451--27283485	12	2.9	12	87	12	54	28	0	0	71	0.86
27283509--27283549	18	2.3	18	87	8	57	34	0	9	56	1.32
27305389--27305455	30	2.2	31	83	2	82	26	16	7	49	1.72
27321983--27322033	20	2.6	19	84	6	66	64	1	0	33	1.05
27321983--27322034	19	2.7	18	80	13	59	63	1	0	34	1.06
27322495--27322544	22	2.3	22	89	0	73	28	30	0	42	1.56
27322516--27322575	30	2.0	30	96	0	111	30	35	0	35	1.58
27322495--27322594	52	1.9	52	89	4	157	29	32	0	39	1.57
27322546--27322595	23	2.2	23	86	13	68	28	34	0	38	1.57
27322546--27322587	22	1.9	22	90	9	68	30	33	0	35	1.58
27322630--27322697	32	2.2	31	94	2	118	35	0	0	64	0.94
27325004--27325847	29	28.9	29	90	1	1294	43	25	0	30	1.57
27325004--27325847	117	7.2	116	91	1	1312	43	25	0	30	1.57
27328922--27329200	123	2.3	124	93	2	490	33	20	16	29	1.94
27331380--27331430	27	1.9	26	84	4	66	49	0	23	27	1.51
27337808--27337846	14	2.8	14	100	0	78	15	0	35	48	1.45
27344200--27344253	27	2.0	26	86	10	74	31	14	24	29	1.95
27349269--27349623	178	2.0	178	90	0	566	36	23	8	31	1.85
27350153--27350197	21	2.2	20	84	4	54	53	15	4	26	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27355892--27355931	20	2.0	20	100	0	80	50	25	0	25	1.50
27360607--27360637	16	1.9	16	100	0	62	12	41	19	25	1.87
27366911--27366959	23	2.3	20	86	10	62	55	6	2	36	1.37
27367308--27367351	20	2.1	21	91	4	72	45	2	0	52	1.13
27368034--27368084	22	2.4	22	80	9	61	72	0	0	27	0.85
27374786--27374853	29	2.3	29	82	9	86	30	22	17	29	1.97
27378284--27378320	19	1.9	19	88	0	56	32	8	18	40	1.80
27399584--27399632	21	2.2	23	82	7	57	32	6	0	61	1.21
27399689--27399726	16	2.3	17	86	4	51	42	5	5	47	1.48
27406183--27406215	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
27406693--27406723	10	3.0	10	90	9	53	58	3	0	38	1.15
27407773--27407826	22	2.6	21	83	13	67	46	0	25	27	1.53
27412795--27412833	16	2.5	15	84	12	51	28	5	25	41	1.77
27419937--27419981	22	2.0	22	100	0	90	35	17	13	33	1.89
27423991--27424028	20	1.9	20	88	0	58	47	10	0	42	1.38
27424369--27424409	21	2.0	21	85	0	55	56	7	9	26	1.58
27425558--27425596	16	2.4	16	91	4	60	58	15	0	25	1.37
27440712--27441025	22	14.2	21	78	8	295	41	18	11	28	1.85
27440721--27441028	66	4.7	66	84	0	409	41	17	11	28	1.85
27441804--27441921	42	2.8	43	80	3	123	31	26	16	25	1.97
27444404--27444614	113	1.9	112	86	3	298	30	22	22	25	1.99
27444611--27445252	115	5.6	114	78	7	587	32	18	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27444610--27445252	230	2.8	223	81	6	758	32	18	21	27	1.97
27446696--27446769	23	3.1	22	76	18	69	20	36	2	40	1.67
27446696--27446760	23	2.8	23	78	17	71	20	36	1	41	1.61
27448283--27448315	15	2.2	15	100	0	66	39	0	6	54	1.25
27448264--27448375	45	2.5	45	89	2	165	37	3	7	51	1.47
27448483--27448566	17	5.2	17	84	11	122	34	5	8	51	1.57
27448635--27448681	24	1.9	25	91	4	78	53	19	2	25	1.56
27448641--27448683	16	2.6	16	88	3	59	53	18	2	25	1.56
27448693--27448903	9	24.8	9	71	12	79	49	20	1	27	1.59
27448732--27448903	16	10.1	17	78	12	151	47	22	1	29	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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