genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14076996--14077064	16	4.3	16	79	0	84	27	23	4	44	1.72
14086646--14086733	34	2.6	34	96	1	160	18	13	21	46	1.83
14098638--14098667	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
14100602--14100656	17	3.3	17	82	5	67	21	0	10	67	1.21
14101019--14101068	6	8.7	6	75	16	52	30	2	0	68	1.01
14101024--14101068	17	2.7	16	78	21	56	31	2	0	66	1.04
14108658--14109371	260	2.7	259	91	1	1153	41	14	10	34	1.79
14112064--14112122	17	3.4	17	75	9	55	69	1	25	3	1.13
14112129--14112170	3	14.0	3	100	0	84	33	0	66	0	0.92
14112169--14112229	3	20.3	3	93	0	104	68	1	29	0	0.99
14114039--14114146	20	5.4	20	70	8	67	29	23	33	13	1.93
14114071--14114146	40	1.9	40	88	0	116	26	21	34	18	1.96
14114140--14114254	40	2.9	40	84	2	151	36	17	27	18	1.93
14114099--14114251	80	1.9	79	81	7	184	35	18	27	18	1.95
14115954--14116006	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
14116031--14116078	25	2.0	24	87	4	69	64	10	2	22	1.35
14116102--14116139	9	4.2	9	89	0	58	28	10	21	39	1.86
14116791--14116845	16	3.5	16	75	5	67	30	3	3	61	1.30
14120383--14120427	20	2.2	20	88	7	65	20	42	0	37	1.52
14120372--14120427	20	3.0	19	82	14	64	23	35	0	41	1.55
14128998--14129075	40	2.0	40	84	0	102	24	23	17	34	1.96
14137293--14137333	17	2.4	18	80	12	50	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14147367--14147394	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
14147403--14147450	24	2.0	24	100	0	96	20	25	25	29	1.99
14148606--14148656	21	2.4	22	83	6	61	9	21	0	68	1.18
14151910--14151955	14	3.2	15	81	12	51	50	19	0	30	1.48
14157433--14157461	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
14159267--14159325	30	2.0	30	86	0	82	33	16	20	28	1.95
14160896--14160925	13	2.3	13	94	0	51	73	10	10	6	1.25
14171909--14171941	16	2.0	17	94	5	59	24	24	0	51	1.48
14173970--14174004	8	4.4	8	89	10	54	2	34	0	62	1.10
14179155--14179231	34	2.2	34	79	6	84	29	22	22	25	1.99
14179236--14179294	29	1.9	31	86	10	86	40	10	15	33	1.81
14179694--14180032	27	12.6	26	83	5	338	20	15	18	44	1.86
14179694--14180028	54	6.2	54	83	4	374	20	15	18	44	1.86
14179692--14180032	81	4.2	79	83	4	389	21	15	18	44	1.86
14186326--14186364	6	6.5	6	100	0	78	35	0	15	48	1.45
14190766--14190790	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14193701--14193773	31	2.4	31	85	0	101	31	9	13	45	1.76
14199649--14199724	27	2.7	27	82	11	84	52	3	0	43	1.19
14199654--14199708	18	3.1	18	75	12	60	54	5	0	40	1.23
14199654--14199720	19	3.6	19	80	6	66	55	4	0	40	1.20
14208811--14208841	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
14209861--14209940	40	2.0	41	92	5	135	36	3	13	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14210493--14210567	11	6.8	11	73	22	52	41	1	2	54	1.23
14217179--14217290	40	2.9	39	80	5	129	27	20	21	30	1.98
14217155--14217286	40	3.4	39	76	9	128	27	18	23	31	1.97
14220831--14220889	29	2.0	29	90	0	91	35	5	1	57	1.31
14227603--14227701	41	2.4	41	93	0	162	30	20	21	28	1.98
14227603--14227715	41	2.8	40	80	15	133	30	21	22	25	1.98
14230643--14230717	37	2.0	37	97	0	141	50	5	17	26	1.67
14233119--14233226	43	2.5	43	86	3	137	33	30	12	23	1.92
14236925--14237011	41	2.1	41	93	0	147	39	17	16	27	1.90
14237230--14237277	24	2.0	25	84	12	64	58	2	4	35	1.29
14238819--14239014	41	4.8	41	90	0	293	29	26	22	21	1.99
14239094--14239188	40	2.4	40	87	3	129	17	17	24	40	1.91
14248800--14248834	18	1.9	18	94	0	61	51	0	0	48	1.00
14249060--14249390	95	3.5	95	79	4	355	40	3	17	39	1.65
14254984--14255105	61	2.0	61	95	0	217	43	14	17	24	1.86
14257211--14257243	6	5.8	6	96	3	52	36	0	27	36	1.57
14257203--14257244	12	3.8	11	84	12	59	38	0	23	38	1.55
14257731--14257788	25	2.3	25	81	0	71	20	29	18	31	1.97
14257814--14257864	23	2.2	24	89	3	77	19	19	23	37	1.94
14257827--14257884	25	2.4	23	80	5	62	20	25	20	32	1.97
14260147--14260210	30	2.2	30	83	8	78	67	7	1	23	1.26
14260985--14261066	42	1.9	43	82	7	105	34	1	47	17	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14263888--14263923	18	1.9	19	88	5	56	38	2	0	58	1.13
14264370--14264419	11	4.5	11	80	9	57	28	30	2	40	1.68
14264379--14264478	51	2.0	51	86	4	139	27	27	2	44	1.65
14264575--14264878	125	2.4	124	88	2	432	28	21	17	31	1.96
14265000--14265042	22	2.0	22	86	4	61	53	34	0	11	1.37
14266104--14266420	96	3.3	95	84	6	401	41	2	17	38	1.62
14273062--14273149	37	2.4	37	90	0	140	29	5	12	52	1.62
14273592--14273617	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14275882--14275911	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14293333--14293501	35	4.8	35	85	2	205	18	17	27	36	1.93
14296926--14296968	21	2.0	21	83	16	54	30	0	16	53	1.43
14304153--14304278	45	2.8	45	90	0	189	26	19	8	45	1.79
14309060--14309085	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
14312695--14312739	19	2.4	19	88	0	63	31	22	31	15	1.95
14316025--14316063	19	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
14317329--14317413	9	9.0	9	72	10	53	58	3	3	34	1.32
14317331--14317430	47	2.1	47	81	7	114	61	5	3	31	1.33
14318222--14318255	4	8.5	4	86	0	50	0	5	23	70	1.09
14318323--14318380	26	2.2	27	87	3	82	53	10	10	25	1.66
14318381--14318419	15	2.6	15	83	0	51	17	15	20	46	1.84
14318804--14318888	10	8.9	10	72	10	54	30	3	1	64	1.17
14318797--14318873	27	2.8	28	78	6	84	31	3	1	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14318877--14318930	27	1.9	28	88	7	83	44	0	1	53	1.11
14318813--14318967	27	5.6	27	69	15	77	32	2	2	61	1.23
14320106--14320516	124	3.3	125	94	1	709	31	18	20	29	1.96
14323002--14323111	49	2.2	49	95	0	202	44	10	2	41	1.54
14325233--14325280	10	4.7	10	82	14	62	72	0	0	27	0.84
14325230--14325278	21	2.3	21	92	0	80	71	0	0	28	0.86
14325276--14325375	51	2.0	51	86	4	139	45	1	27	27	1.60
14325337--14325389	22	2.5	22	82	11	67	45	0	28	26	1.54
14326150--14326204	27	2.0	27	96	0	101	30	9	3	56	1.48
14328986--14329027	19	2.2	20	86	4	59	21	4	0	73	1.01
14334983--14335165	59	3.1	60	81	3	196	48	13	15	23	1.80
14335239--14335276	19	2.0	19	89	0	58	18	2	10	68	1.30
14335327--14335521	96	2.1	92	86	8	268	48	2	4	44	1.37
14335322--14335527	97	2.1	100	81	13	277	46	2	4	46	1.35
14336198--14336356	41	3.9	41	84	3	221	19	18	30	30	1.96
14336196--14336356	82	2.0	82	92	0	268	19	18	30	31	1.96
14336702--14336750	14	3.4	14	80	5	62	26	0	34	38	1.57
14342568--14342658	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
14342819--14342851	13	2.5	13	100	0	66	51	15	0	33	1.43
14343034--14343385	43	8.2	43	77	2	305	24	18	26	30	1.98
14343034--14343385	86	4.1	86	79	1	348	24	18	26	30	1.98
14343033--14343389	129	2.8	127	80	3	356	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14347984--14348052	25	2.8	25	77	18	72	49	2	1	46	1.25
14348035--14348144	36	3.0	37	75	20	108	52	0	2	43	1.21
14349188--14349356	43	4.0	43	79	6	168	34	28	12	24	1.92
14349188--14349356	86	2.0	83	82	7	207	34	28	12	24	1.92
14353536--14353726	23	7.7	25	75	18	186	40	5	0	53	1.27
14353542--14353727	27	7.4	27	74	18	154	41	5	0	52	1.28
14353536--14353733	50	4.0	50	94	1	344	41	5	0	53	1.27
14354072--14354113	21	2.0	22	90	4	68	40	35	0	23	1.55
14354096--14354135	8	5.1	8	93	3	64	47	27	0	25	1.52
14354373--14354405	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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