genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14590478--14590611	41	3.3	40	81	11	164	27	20	27	23	1.99
14593267--14593449	101	1.8	102	88	5	282	24	19	26	30	1.98
14593270--14593447	51	3.5	49	81	9	200	24	19	26	30	1.98
14593267--14593457	102	1.9	101	86	5	278	24	19	27	29	1.98
14593453--14593551	46	2.2	43	84	12	128	24	18	25	32	1.97
14593675--14593706	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
14606926--14606964	20	1.9	21	89	5	62	30	5	12	51	1.62
14607641--14607892	115	2.2	115	100	0	504	28	20	23	26	1.99
14608884--14608918	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
14611195--14611347	40	3.8	40	88	1	200	35	18	14	31	1.91
14619204--14619743	47	11.3	47	93	3	837	32	8	29	29	1.88
14619913--14619991	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14622105--14622172	24	2.9	24	78	10	77	16	38	5	39	1.73
14623580--14623621	10	4.5	10	82	17	63	54	0	0	45	0.99
14625980--14626061	11	7.4	11	69	13	51	19	6	6	68	1.33
14625982--14626061	22	3.6	22	82	1	79	18	6	6	68	1.32
14626245--14626285	21	1.9	21	85	5	55	68	4	0	26	1.10
14632785--14632836	16	3.2	16	80	0	50	51	5	5	36	1.50
14633546--14633587	18	2.3	19	84	12	52	35	4	2	57	1.33
14633547--14633618	28	2.5	28	82	8	92	38	4	1	55	1.28
14633564--14633610	18	2.5	19	80	13	53	38	4	2	55	1.31
14645529--14645727	102	2.0	101	87	1	290	34	15	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14647360--14647408	24	2.0	26	84	8	66	26	24	2	46	1.63
14648771--14648826	26	2.1	26	83	9	69	0	30	3	66	1.09
14648880--14648912	5	7.0	5	86	13	52	57	0	0	42	0.98
14651283--14651310	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
14653687--14653744	27	2.2	26	81	12	64	0	29	5	65	1.14
14662110--14662154	18	2.4	19	81	7	56	37	4	6	51	1.49
14662120--14662181	31	2.0	30	82	14	74	38	3	3	54	1.32
14680654--14680751	39	2.5	38	77	11	101	54	2	0	43	1.12
14688787--14689071	50	5.8	50	78	14	256	23	28	20	28	1.99
14694063--14694108	16	2.6	17	80	19	51	45	0	32	21	1.52
14694188--14694247	30	2.0	30	83	3	75	40	0	36	23	1.55
14694541--14694571	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
14694734--14695105	187	2.0	187	97	0	699	14	22	11	50	1.75
14698132--14698169	18	2.1	18	100	0	76	60	0	0	39	0.97
14704156--14704225	31	2.3	30	87	2	95	44	7	10	38	1.65
14708554--14708600	22	2.2	22	84	3	60	25	0	42	31	1.55
14723765--14723816	20	2.6	20	85	11	63	63	7	0	28	1.22
14724104--14724153	26	1.9	26	83	0	64	26	22	10	42	1.84
14724565--14724589	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
14730564--14730700	50	2.7	51	78	6	147	22	23	21	32	1.98
14731920--14731991	31	2.3	31	85	4	101	44	11	1	43	1.48
14736351--14736387	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14739762--14740243	69	7.0	69	81	2	484	20	19	23	36	1.95
14739762--14740243	138	3.5	138	82	1	536	20	19	23	36	1.95
14739767--14740243	207	2.3	207	83	0	596	20	19	23	37	1.95
14743852--14743877	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
14745474--14745516	22	2.0	21	86	13	61	39	39	4	16	1.69
14748638--14748914	46	6.0	46	92	0	428	37	9	25	28	1.86
14749586--14749610	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14755448--14755499	24	2.2	24	82	0	59	51	11	3	32	1.56
14757411--14757462	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14758312--14758356	19	2.3	19	88	3	63	55	6	6	31	1.52
14758390--14758583	96	2.0	96	92	0	325	36	26	12	24	1.91
14760149--14760218	24	2.9	24	71	0	68	35	38	5	20	1.76
14761221--14761250	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
14764555--14764590	5	7.4	5	87	6	56	77	0	2	19	0.88
14764559--14764589	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
14767923--14768035	43	2.6	42	78	1	109	28	15	24	30	1.96
14774183--14774243	31	1.9	32	83	9	81	34	9	0	55	1.33
14778385--14778422	16	2.4	16	90	0	58	47	0	18	34	1.49
14778704--14778740	15	2.4	15	90	4	56	56	0	5	37	1.22
14778664--14778745	25	3.2	24	74	16	76	56	0	3	40	1.17
14795755--14795812	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
14795846--14795886	20	2.0	21	85	4	57	51	2	0	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14795995--14796056	31	2.0	31	90	0	97	46	4	9	38	1.58
14798529--14798558	14	2.1	14	100	0	60	30	20	13	36	1.90
14798915--14799091	73	2.4	72	84	0	210	30	23	22	23	1.99
14798989--14799196	113	1.8	114	88	1	319	27	20	24	27	1.99
14799778--14800151	192	2.0	191	83	4	486	28	9	19	42	1.82
14801130--14801432	43	7.1	42	86	3	338	24	15	28	31	1.96
14801139--14801432	85	3.4	85	85	3	376	24	16	28	30	1.96
14802813--14802851	14	2.6	15	88	8	53	51	2	0	46	1.14
14802816--14802860	23	2.0	23	82	8	56	51	2	2	44	1.26
14807894--14807971	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
14807925--14808250	173	1.9	174	92	0	546	30	14	23	31	1.94
14820013--14820083	36	2.0	36	97	0	133	35	21	8	35	1.84
14827610--14827684	24	2.9	26	68	9	73	40	14	9	36	1.78
14827305--14827710	153	2.7	153	85	0	542	37	19	10	32	1.86
14827305--14827710	51	8.0	51	82	0	479	37	19	10	32	1.86
14839101--14839240	40	3.5	40	78	6	151	30	25	18	26	1.98
14839106--14839241	41	3.4	41	78	9	156	31	25	17	25	1.97
14843996--14844022	9	3.0	9	100	0	54	44	44	0	11	1.39
14844508--14844630	44	2.8	43	87	7	194	26	23	3	46	1.68
14845092--14845154	5	12.8	5	73	20	53	76	6	17	0	0.99
14848603--14848637	3	11.7	3	93	0	61	68	0	28	2	1.04
14851394--14851457	5	12.8	5	75	18	62	76	6	17	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14851430--14851481	26	2.0	26	85	7	70	73	0	26	0	0.84
14851394--14851470	32	2.4	32	79	10	88	75	5	19	0	0.99
14851438--14851481	13	3.6	13	77	22	51	72	0	27	0	0.85
14851430--14851481	14	3.9	14	80	14	58	73	0	26	0	0.84
14851394--14851483	22	3.8	23	75	15	58	72	4	23	0	1.03
14852345--14852522	40	4.5	40	80	6	184	24	16	25	33	1.96
14857621--14858385	235	3.4	225	77	11	662	36	10	7	44	1.68
14859654--14859693	11	3.6	11	82	0	53	2	12	17	67	1.33
14860237--14860279	12	3.4	12	83	6	50	83	4	9	2	0.87
14867977--14868039	22	3.2	22	64	36	61	39	4	14	41	1.67
14867975--14868046	37	1.9	37	100	0	144	38	5	15	40	1.70
14869651--14869727	35	2.2	36	88	4	120	28	3	15	51	1.61
14871080--14871117	14	2.7	14	91	0	67	42	18	5	34	1.73
14871045--14871111	34	1.9	35	84	3	91	46	11	7	34	1.69
14872412--14872695	43	6.7	43	83	1	320	27	28	18	26	1.98
14872412--14872695	128	2.2	128	82	5	342	27	28	18	26	1.98
14873238--14873317	36	2.2	36	95	0	142	47	15	12	25	1.80
14874866--14874943	39	2.0	39	100	0	156	30	25	5	38	1.78
14876938--14876983	21	2.2	21	88	0	65	32	47	0	19	1.50
14876951--14876996	7	6.6	7	89	0	74	32	50	0	17	1.47
14876986--14877107	61	2.0	63	88	3	185	47	20	0	31	1.56
14877165--14877197	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14877550--14877593	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
14877751--14877908	65	2.4	65	85	6	221	26	21	22	29	1.99
14877821--14878244	113	3.8	113	83	6	496	27	22	22	28	1.99
14880886--14880947	17	3.6	17	70	8	54	58	0	1	40	1.08
14890669--14890715	21	2.2	22	77	11	53	27	17	29	25	1.97
14893933--14893986	13	4.2	13	88	4	74	37	20	1	40	1.63
14893933--14893986	26	2.1	26	89	6	83	37	20	1	40	1.63
14893933--14893999	13	5.2	13	83	7	73	34	19	2	43	1.66
14897349--14897394	21	2.2	21	96	0	83	43	13	17	26	1.85
14909236--14909520	44	6.5	44	68	10	165	27	18	25	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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