genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18452279--18452329	27	1.9	26	88	11	77	39	3	5	50	1.45
18467127--18467154	14	2.0	14	100	0	56	21	0	14	64	1.29
18476136--18476230	27	3.6	27	91	1	147	43	20	17	18	1.89
18476136--18476241	27	4.0	27	88	2	133	40	21	16	20	1.91
18476815--18476903	37	2.4	37	83	9	101	28	21	22	28	1.99
18477189--18477251	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
18477180--18477254	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
18477388--18477465	38	2.0	39	92	2	131	17	3	26	51	1.63
18477446--18477470	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
18479100--18479133	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
18479572--18479628	30	2.0	29	89	6	89	49	7	1	42	1.40
18489720--18489753	17	2.0	17	100	0	68	23	17	17	41	1.90
18504663--18504704	13	3.5	12	84	15	52	50	14	0	35	1.43
18505813--18505884	32	2.2	32	82	0	90	43	12	2	41	1.57
18507671--18507772	26	3.9	26	84	7	120	28	17	11	42	1.85
18507671--18507772	52	2.0	52	84	7	136	28	17	11	42	1.85
18510614--18510683	21	3.2	21	62	18	52	44	12	20	22	1.85
18510570--18510736	90	1.9	90	87	5	248	47	13	18	20	1.82
18510659--18510728	21	3.2	21	64	18	52	52	8	18	20	1.71
18510570--18510761	45	4.3	45	81	10	223	46	13	18	20	1.83
18522119--18522200	26	3.2	26	82	1	103	24	15	15	43	1.86
18529479--18529531	9	5.9	9	81	0	61	32	11	20	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18529484--18529531	18	2.7	18	96	0	87	29	10	22	37	1.88
18529869--18529927	17	3.4	17	71	17	57	37	3	3	55	1.33
18536055--18536146	42	2.2	42	82	7	116	22	31	20	25	1.98
18536240--18536328	26	3.4	26	89	3	126	42	12	10	34	1.76
18536240--18536341	26	3.9	26	86	7	118	42	10	12	34	1.78
18548459--18548508	23	2.2	23	89	7	75	60	0	0	40	0.97
18548585--18548632	10	4.7	10	74	5	51	58	0	2	39	1.10
18548585--18548632	20	2.3	21	85	3	62	58	0	2	39	1.10
18549033--18549065	15	2.2	15	100	0	66	42	0	6	51	1.26
18563984--18564019	17	2.1	17	89	0	54	11	44	0	44	1.39
18568628--18568671	21	2.2	20	83	4	52	56	0	2	40	1.11
18569366--18569444	34	2.3	34	97	0	149	36	6	20	36	1.78
18569704--18569757	21	2.8	20	77	11	67	25	3	3	66	1.25
18575126--18575160	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
18575846--18575878	11	3.0	11	100	0	66	63	0	27	9	1.24
18581844--18581972	42	3.0	42	83	1	159	43	15	24	17	1.87
18587940--18588200	84	3.1	81	79	6	292	46	11	10	31	1.74
18587932--18588369	87	5.2	85	78	5	359	43	11	11	33	1.77
18588325--18588613	76	3.6	78	80	11	273	38	13	15	32	1.86
18588453--18588624	89	2.0	88	84	4	231	40	12	12	34	1.80
18594642--18594678	19	1.9	19	88	0	56	75	0	5	18	0.99
18600258--18600326	35	2.0	35	97	0	129	17	50	10	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18600702--18600750	9	5.8	8	79	11	53	81	4	2	12	0.91
18600844--18600877	11	3.1	11	88	12	52	0	52	0	47	1.00
18600834--18600877	22	2.0	22	86	8	63	0	56	0	43	0.99
18600842--18600879	11	3.4	11	83	16	51	0	52	0	47	1.00
18601356--18601380	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18605538--18605620	39	2.1	39	86	0	112	32	4	14	48	1.65
18608895--18610761	814	2.3	817	87	3	2774	35	9	17	37	1.83
18618423--18618462	21	1.9	21	89	0	62	37	17	42	2	1.63
18618346--18618543	87	2.3	86	82	6	229	40	17	29	12	1.86
18618511--18618566	21	2.7	21	85	0	76	39	17	37	5	1.73
18618882--18619261	43	8.8	43	86	2	478	27	20	28	24	1.99
18619549--18619597	25	1.9	26	88	12	75	63	0	4	32	1.13
18619774--18619829	16	3.2	17	87	10	69	67	0	0	32	0.91
18620485--18620534	21	2.4	22	86	6	68	38	2	2	58	1.21
18620652--18620757	52	2.0	52	98	0	203	38	19	11	30	1.87
18622095--18622351	125	2.1	125	86	2	356	29	15	21	32	1.95
18624386--18624617	23	9.6	23	79	14	254	28	0	24	47	1.52
18626772--18626805	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
18626999--18627040	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
18627012--18627070	30	2.0	30	89	0	91	35	0	33	30	1.58
18626990--18627092	52	2.0	51	85	9	138	35	0	32	32	1.58
18627042--18627133	22	4.2	22	88	5	141	41	0	28	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18635357--18635384	6	4.7	6	100	0	56	35	14	32	17	1.90
18635353--18635393	18	2.3	18	83	4	57	41	12	31	14	1.83
18637309--18637345	11	3.4	11	84	0	56	51	0	0	48	1.00
18637273--18637345	22	3.1	23	77	12	78	46	1	0	52	1.09
18638773--18638809	10	3.7	10	88	0	56	18	43	27	10	1.83
18644964--18645005	18	2.3	18	88	8	59	61	2	0	35	1.09
18646623--18646764	76	1.9	76	85	5	198	30	19	18	32	1.95
18660022--18660074	24	2.2	24	93	0	88	52	1	22	22	1.56
18663047--18663076	16	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
18668403--18668443	17	2.3	18	83	4	57	14	12	4	68	1.36
18668411--18668454	23	1.9	23	86	9	63	18	6	4	70	1.27
18675059--18675099	20	2.0	22	85	9	59	56	0	7	36	1.27
18675744--18675805	30	2.1	30	87	6	90	48	11	8	32	1.68
18682965--18683043	23	3.5	22	78	16	90	21	32	15	30	1.94
18685500--18685540	21	1.9	22	85	5	57	58	7	7	26	1.51
18685631--18685682	25	2.1	25	88	0	77	65	7	5	21	1.40
18685961--18685992	16	1.9	17	93	6	57	75	0	3	21	0.95
18695734--18695796	25	2.5	25	87	5	83	33	14	14	38	1.86
18695742--18695809	25	2.7	25	86	4	75	35	16	13	35	1.87
18695895--18695929	14	2.5	14	90	9	54	48	14	5	31	1.67
18718197--18718403	42	4.9	42	75	11	183	17	28	34	19	1.95
18718408--18718508	42	2.5	42	87	9	140	16	28	35	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18718589--18718615	13	2.1	13	100	0	54	22	22	33	22	1.97
18723843--18723912	24	2.9	24	82	0	86	7	34	35	22	1.82
18723923--18725456	43	35.9	43	76	6	1120	17	30	33	18	1.94
18723923--18725459	128	12.0	127	75	7	1069	17	30	32	18	1.94
18724027--18725459	85	16.8	85	78	5	1180	17	30	33	18	1.94
18724109--18724939	426	2.0	426	93	0	1410	18	31	32	18	1.94
18723940--18725463	299	5.1	298	78	5	1256	17	30	33	18	1.94
18731492--18731544	24	2.2	24	93	0	88	5	41	33	18	1.74
18731492--18731564	24	3.0	24	82	4	85	8	38	32	20	1.82
18731575--18731931	85	4.2	85	86	1	482	16	31	33	18	1.93
18731575--18731931	42	8.4	43	74	8	318	16	31	33	18	1.93
18733370--18733501	30	4.5	28	75	8	102	25	25	10	39	1.87
18734029--18734714	341	2.0	340	97	0	1291	40	16	10	32	1.83
18736192--18736433	50	4.9	50	81	2	238	28	21	27	22	1.99
18741684--18741810	47	2.7	47	83	0	146	24	16	16	42	1.88
18743614--18743696	30	2.9	29	90	3	123	22	13	14	49	1.78
18743886--18743924	20	2.0	20	84	0	51	30	5	0	64	1.15
18751104--18751144	21	2.0	21	90	0	64	53	7	14	24	1.66
18751171--18751219	21	2.3	22	79	10	57	67	6	16	10	1.39
18756052--18756081	13	2.3	13	94	0	51	46	0	3	50	1.18
18763590--18763638	21	2.3	20	79	6	53	38	20	0	40	1.53
18765110--18765262	27	5.7	27	84	0	144	32	20	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18765109--18765285	54	3.3	53	80	3	165	34	19	12	33	1.89
18765109--18765285	27	6.6	27	80	2	122	34	19	12	33	1.89
18765109--18765285	81	2.2	81	77	4	185	34	19	12	33	1.89
18766697--18766756	27	2.2	27	82	5	77	33	15	28	23	1.94
18772175--18772221	4	12.5	4	86	13	73	0	23	0	76	0.78
18779039--18779078	21	2.0	20	85	5	53	45	2	2	50	1.28
18781202--18781252	21	2.4	21	83	3	57	60	1	9	27	1.39
18782441--18782503	30	2.1	30	93	0	108	60	12	3	23	1.47
18785184--18785235	26	2.0	26	85	7	70	44	0	5	50	1.26
18785711--18785735	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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