genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  46  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13424005--13424101	33	2.8	35	72	25	91	44	4	1	50	1.28
13424286--13424347	13	4.8	13	74	7	63	33	20	8	37	1.83
13427434--13427468	11	3.0	12	83	8	54	65	0	0	34	0.93
13429863--13430075	118	1.8	118	82	6	279	30	24	16	27	1.96
13440547--13440595	26	1.9	26	87	4	73	53	16	18	12	1.73
13441443--13441475	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
13446309--13446402	39	2.4	39	92	1	154	39	22	20	18	1.92
13446434--13446783	41	8.5	41	90	0	538	18	20	29	32	1.96
13446842--13446879	17	2.4	17	86	8	53	7	52	0	39	1.31
13449365--13449550	43	4.3	43	92	0	318	19	17	32	30	1.95
13449282--13449550	86	3.2	86	84	4	233	24	16	29	30	1.96
13464507--13464534	7	4.0	7	100	0	56	14	0	57	28	1.38
13467244--13467278	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
13482307--13482397	46	2.0	46	100	0	182	28	43	7	19	1.78
13482788--13482821	9	3.8	9	96	0	59	44	17	11	26	1.83
13482870--13482930	30	2.0	31	87	3	88	18	44	1	36	1.59
13483313--13483375	12	5.2	12	72	16	58	34	1	0	63	1.04
13488237--13488275	3	13.0	3	86	0	51	33	5	2	58	1.33
13490003--13490187	101	1.8	102	88	3	284	24	17	27	31	1.97
13490109--13490189	26	3.2	25	67	28	62	23	12	28	35	1.91
13489995--13490189	51	3.8	52	82	7	231	24	16	28	31	1.96
13490413--13490444	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13492561--13492592	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
13492818--13493003	101	1.8	101	89	4	295	31	26	17	24	1.97
13492810--13493007	51	3.9	50	75	7	195	30	27	17	24	1.97
13515263--13515304	22	2.0	21	85	4	57	76	2	16	4	1.07
13515721--13516026	42	7.3	42	82	3	346	21	17	22	38	1.93
13515721--13516026	83	3.6	81	81	8	310	21	17	22	38	1.93
13516652--13516694	17	2.6	16	79	13	59	0	18	0	81	0.69
13516871--13517175	151	2.0	149	89	3	461	41	3	11	42	1.60
13519523--13519548	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
13520434--13520497	31	2.1	31	88	5	94	23	25	9	42	1.84
13526681--13526730	20	2.5	20	83	6	66	28	12	16	44	1.83
13532326--13532363	20	1.9	20	84	10	51	63	10	5	21	1.46
13532557--13532609	26	2.0	26	82	7	63	39	20	3	35	1.71
13533044--13533086	21	2.0	21	100	0	86	48	0	4	46	1.22
13546061--13546154	46	2.0	46	95	0	170	24	21	23	30	1.99
13560225--13560290	20	3.3	20	73	0	69	36	10	18	34	1.85
13560245--13560311	20	3.3	20	76	0	80	32	14	22	29	1.94
13560225--13560326	40	2.5	40	90	0	150	35	14	19	30	1.92
13563660--13563718	21	2.7	21	79	10	55	32	1	5	61	1.28
13572822--13573388	88	6.4	88	90	0	875	28	28	23	19	1.98
13573021--13573156	43	3.1	43	66	12	123	27	30	25	17	1.97
13572875--13573097	44	5.1	44	62	12	107	28	28	23	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13572977--13573119	45	3.2	45	68	11	141	30	28	23	16	1.96
13573399--13573607	44	4.8	44	82	6	255	26	17	26	29	1.97
13574085--13574241	44	3.6	43	80	10	156	29	19	22	28	1.98
13573955--13574279	44	7.5	44	72	10	132	31	19	19	29	1.96
13574174--13574407	128	1.8	128	85	3	328	28	20	21	29	1.98
13575795--13575854	3	20.3	3	75	21	56	31	1	3	63	1.20
13576358--13576423	32	2.1	32	94	0	114	19	4	6	69	1.27
13583850--13583943	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
13589689--13589751	19	3.3	18	74	23	58	26	28	0	44	1.55
13589688--13589742	27	2.0	27	82	6	67	27	27	0	45	1.54
13595250--13595369	38	3.1	38	75	11	118	35	15	14	35	1.87
13596625--13596744	42	2.8	43	91	2	197	25	29	19	25	1.98
13602236--13602277	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
13602450--13602558	42	2.6	43	79	4	123	44	30	1	23	1.64
13602490--13602527	14	2.7	14	88	8	51	50	23	2	23	1.62
13602467--13602535	35	2.0	35	88	5	104	44	28	2	23	1.67
13602903--13603059	41	3.9	41	91	0	244	28	30	21	19	1.98
13603092--13603228	40	3.4	38	78	11	134	20	20	20	38	1.93
13611628--13611690	31	2.0	31	87	6	92	22	17	9	50	1.74
13630625--13630663	18	2.2	18	100	0	78	35	33	0	30	1.58
13631865--13631907	20	2.2	19	91	4	68	4	25	0	69	1.07
13635077--13635364	75	3.8	75	76	6	235	32	5	18	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13635686--13635777	41	2.2	41	82	0	103	23	19	25	31	1.98
13645866--13645930	25	2.6	25	80	9	87	23	27	20	29	1.98
13648666--13648693	8	3.5	8	100	0	56	39	10	0	50	1.37
13658261--13658301	16	2.3	19	80	16	52	9	4	24	60	1.47
13658268--13658302	18	1.9	18	88	11	54	5	5	22	65	1.36
13660303--13660348	19	2.6	18	89	6	67	41	2	2	54	1.25
13665606--13665665	30	2.1	29	81	6	68	36	6	1	55	1.36
13666072--13666116	22	2.0	22	83	8	56	0	17	4	77	0.92
13669171--13669211	21	2.0	20	95	4	73	63	2	0	34	1.08
13669257--13669294	19	1.9	19	89	5	58	57	2	21	18	1.52
13670765--13671188	87	4.9	87	90	0	659	25	23	22	29	1.99
13670765--13671188	175	2.4	174	91	0	659	25	23	22	29	1.99
13670856--13670994	44	3.2	44	69	22	137	26	25	22	25	2.00
13671244--13671287	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
13683355--13683518	73	2.2	72	86	6	215	29	21	24	25	1.99
13683417--13683766	114	3.1	114	87	0	513	25	20	27	27	1.99
13684003--13684093	7	12.4	7	68	17	51	15	3	43	37	1.63
13684000--13684127	38	3.5	35	86	6	148	15	3	43	37	1.63
13684453--13684506	27	2.0	26	83	16	67	77	3	3	14	1.04
13684465--13684507	19	2.3	18	80	11	50	76	4	2	16	1.05
13689738--13689838	43	2.3	43	76	6	107	32	23	16	26	1.96
13690186--13690246	12	5.3	12	71	11	56	4	39	16	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13690183--13690258	33	2.3	33	93	0	125	5	40	15	38	1.70
13695333--13695398	7	10.0	7	79	12	68	34	39	0	25	1.56
13695338--13695362	13	1.9	13	100	0	50	32	52	0	16	1.44
13695336--13695398	32	2.0	32	87	6	92	36	36	0	26	1.57
13695579--13695625	20	2.3	20	85	0	58	27	51	2	19	1.58
13695617--13695675	22	2.7	23	79	10	70	42	33	0	23	1.55
13695657--13695733	39	2.0	39	86	0	109	50	16	1	31	1.54
13707756--13707795	21	1.9	21	84	0	53	32	0	2	65	1.06
13715290--13715440	67	2.3	67	80	9	157	36	19	20	23	1.95
13727800--13727905	53	2.0	53	90	0	167	33	26	16	23	1.96
13730623--13730671	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
13730992--13731048	11	5.4	10	76	12	60	64	0	1	33	1.04
13733976--13734052	22	3.4	22	67	19	68	36	25	2	35	1.70
13733963--13734057	46	2.1	46	100	0	190	41	23	2	33	1.66
13737778--13737981	101	2.0	101	98	0	390	24	27	14	32	1.95
13741319--13741374	26	2.4	24	75	24	57	30	1	7	60	1.33
13746297--13746381	43	2.0	43	100	0	170	44	4	22	28	1.73
13746348--13746409	28	2.2	28	100	0	124	46	6	17	29	1.73
13747300--13747352	23	2.3	23	100	0	106	18	32	20	28	1.97
13760777--13760816	15	2.7	15	84	3	55	77	0	0	22	0.77
13762132--13762376	44	5.5	44	73	15	157	26	23	20	29	1.98
13762685--13762796	44	2.5	44	86	2	154	30	17	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13763109--13763395	44	6.7	44	76	8	241	26	27	18	27	1.98
13763740--13763882	42	3.3	42	75	7	153	25	23	25	25	2.00
13763673--13763903	86	2.6	87	91	2	347	25	24	20	29	1.99
13765206--13765235	15	1.9	16	93	6	53	3	16	0	80	0.85
13771622--13771675	15	3.7	14	74	16	56	77	0	0	22	0.76
13771619--13771675	9	6.4	9	76	11	55	77	0	0	22	0.77
13771622--13771674	23	2.4	21	85	14	72	77	0	0	22	0.77
13775334--13775393	32	1.9	31	90	10	95	36	0	13	50	1.42
13775323--13775393	32	2.5	28	79	18	83	38	0	11	50	1.38
13777462--13777524	30	2.2	30	82	5	76	69	3	0	26	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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