genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  33  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9459424--9459456	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
9473510--9473561	21	2.5	21	87	3	70	23	21	30	25	1.99
9477867--9477917	4	11.8	4	80	19	50	21	0	1	76	0.88
9477867--9477921	5	11.2	5	83	11	53	21	0	1	76	0.88
9481868--9481892	11	2.3	11	100	0	50	60	0	24	16	1.36
9487481--9487518	7	5.4	7	87	0	58	81	0	2	15	0.80
9488210--9488280	21	3.4	22	84	9	78	30	2	1	64	1.16
9488229--9488320	25	3.9	23	79	12	89	31	5	1	61	1.25
9488222--9488287	21	3.0	21	89	10	89	34	1	0	63	1.04
9491666--9491840	65	2.7	64	85	5	219	33	16	18	32	1.93
9491835--9491867	16	2.1	16	100	0	66	33	24	0	42	1.55
9496732--9496795	25	2.7	23	81	11	83	18	20	25	35	1.95
9523737--9523894	44	3.4	44	83	11	208	31	22	15	31	1.94
9523724--9523887	51	3.4	50	83	8	205	29	23	14	32	1.94
9529977--9530010	16	2.2	16	89	5	52	35	8	5	50	1.58
9540317--9540590	50	5.4	50	78	9	162	22	27	20	29	1.98
9540353--9540589	50	4.6	49	82	6	240	22	28	20	28	1.98
9540564--9540684	48	2.5	48	94	0	206	24	28	18	28	1.98
9540567--9540706	48	2.9	48	84	2	138	24	29	19	27	1.98
9542913--9542967	28	2.0	28	100	0	110	18	18	10	52	1.73
9543520--9543587	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
9558099--9558123	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9558804--9558864	29	2.1	29	100	0	122	21	3	29	45	1.67
9559964--9560024	30	2.0	31	90	6	99	34	1	4	59	1.29
9560332--9560372	18	2.3	18	86	0	55	26	0	7	65	1.18
9562178--9562285	53	2.0	53	87	0	153	25	9	20	45	1.80
9567359--9567400	21	2.1	20	91	8	68	40	4	14	40	1.67
9567364--9567419	19	2.9	19	84	10	71	41	7	16	35	1.75
9567369--9567435	23	3.0	23	81	12	70	40	5	16	37	1.73
9567752--9567790	3	13.0	3	88	0	51	28	2	5	64	1.28
9567920--9567954	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
9568110--9568168	32	1.9	30	86	6	82	33	3	5	57	1.37
9568316--9568350	8	4.6	8	86	13	56	22	0	8	68	1.16
9568316--9568342	14	1.9	14	100	0	54	22	0	7	70	1.12
9570640--9570682	16	2.9	16	80	13	56	23	18	13	44	1.86
9573378--9573914	44	12.2	43	74	12	394	27	14	26	31	1.95
9573363--9573902	132	4.1	132	92	0	882	27	13	27	30	1.94
9573363--9573915	265	2.1	264	91	0	890	27	14	26	31	1.95
9573882--9574029	45	3.3	45	66	11	115	30	25	24	19	1.98
9573896--9574213	88	3.6	88	85	0	449	28	28	22	20	1.99
9573482--9574029	265	2.1	264	82	4	638	28	17	26	27	1.98
9574213--9574422	44	4.8	44	82	3	262	28	17	25	29	1.98
9574157--9574482	132	2.5	132	69	13	290	28	20	23	26	1.99
9575210--9575235	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9575222--9575269	19	2.4	20	93	6	80	37	10	14	37	1.81
9575227--9575292	19	3.0	22	82	12	66	37	7	16	37	1.77
9575609--9575656	3	16.0	3	91	0	51	31	8	2	58	1.39
9575606--9575630	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
9575564--9575626	23	2.8	22	76	9	65	25	1	7	65	1.29
9575778--9575821	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
9575980--9576036	30	1.9	30	89	7	89	36	3	3	56	1.34
9577296--9577332	17	2.2	17	90	4	58	48	8	2	40	1.47
9579257--9579299	18	2.4	17	81	11	50	25	2	4	67	1.22
9579622--9579654	17	1.9	17	93	0	57	39	0	3	57	1.14
9579792--9579826	7	5.0	7	100	0	70	85	0	0	14	0.59
9582014--9582194	91	2.0	91	97	2	346	43	9	3	44	1.53
9583876--9583919	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
9584130--9584202	25	2.9	25	74	11	78	30	23	23	23	1.99
9586820--9586875	24	2.5	22	83	11	69	32	35	16	16	1.90
9586833--9586881	24	2.0	24	100	0	98	32	38	16	12	1.86
9589723--9589961	51	4.7	51	79	9	258	25	17	25	30	1.97
9589723--9589998	101	2.7	101	82	4	315	27	16	25	31	1.96
9592379--9592469	47	1.9	48	84	6	123	24	14	28	32	1.94
9595655--9595832	51	3.5	49	80	11	191	25	16	26	30	1.97
9595600--9595875	101	2.7	101	84	6	346	26	15	27	30	1.96
9601533--9601656	23	5.4	23	69	14	94	26	21	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9601533--9601652	46	2.6	46	88	2	161	27	21	15	35	1.93
9601533--9601679	46	3.2	44	81	5	141	25	21	17	36	1.94
9604105--9604147	6	7.2	6	100	0	86	81	0	0	18	0.69
9608772--9608824	6	8.5	6	87	8	79	79	1	0	18	0.83
9614606--9614788	51	3.6	51	78	6	176	24	16	27	31	1.96
9614606--9614790	101	1.8	102	89	5	295	24	16	27	31	1.96
9614794--9614886	45	2.1	45	93	0	159	25	19	23	31	1.98
9615020--9615044	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
9615124--9615168	23	2.0	22	87	12	65	46	4	17	31	1.68
9616938--9616988	23	2.2	23	82	0	57	31	19	11	37	1.88
9616948--9616992	23	2.0	23	95	0	81	26	17	17	37	1.93
9620593--9620651	16	3.6	16	77	4	64	23	16	15	44	1.86
9625930--9625987	20	2.9	20	92	0	98	44	3	27	24	1.69
9626697--9626741	20	2.4	19	92	7	74	26	4	26	42	1.74
9628334--9628383	3	16.7	3	95	0	73	26	34	6	34	1.81
9639161--9639222	26	2.4	26	86	0	88	35	12	12	38	1.82
9648157--9648276	60	2.0	60	83	3	152	28	18	22	30	1.97
9662232--9662269	15	2.3	17	86	13	53	7	23	0	68	1.16
9672482--9672527	24	1.9	24	82	8	58	6	13	13	67	1.41
9677612--9677724	38	2.9	39	81	3	106	32	13	19	34	1.90
9677867--9677918	22	2.4	21	78	6	59	34	17	15	32	1.91
9679281--9679352	36	2.0	36	91	0	117	19	19	18	43	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9679424--9679478	3	18.7	3	96	3	103	0	32	0	67	0.91
9681328--9681380	26	2.0	26	92	0	88	49	3	1	45	1.31
9683230--9683260	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
9683314--9683350	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
9683564--9683623	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
9684376--9684406	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
9684920--9685266	126	2.8	125	88	2	491	28	14	22	34	1.94
9684920--9685266	125	2.8	125	88	3	491	28	14	22	34	1.94
9687242--9688148	29	30.1	29	83	12	1109	28	2	25	42	1.69
9687269--9687353	44	2.0	44	92	2	145	32	3	18	44	1.67
9687242--9687381	72	1.9	72	98	0	271	32	2	21	44	1.64
9687312--9688150	57	14.1	58	86	9	1153	28	2	25	42	1.69
9687484--9687572	44	2.0	44	95	2	162	31	3	21	43	1.69
9687512--9687543	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
9687242--9688148	329	2.8	329	94	2	1572	28	2	25	42	1.69
9687813--9687901	44	2.0	44	95	2	162	31	3	21	43	1.69
9687841--9687872	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
9688183--9688230	25	1.9	25	95	0	87	37	14	2	45	1.57
9688706--9688740	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
9690597--9690631	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
9691365--9691401	17	2.1	18	95	5	67	35	0	0	64	0.94
9691341--9691410	26	2.7	26	84	6	79	34	0	1	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9691365--9691404	19	2.2	19	91	8	66	37	0	0	62	0.95
9693262--9693336	30	2.5	30	84	0	96	44	4	33	18	1.69
9694537--9694561	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
9695934--9695967	16	2.1	16	88	0	50	44	0	8	47	1.34
9696318--9696420	41	2.5	40	86	9	113	25	19	26	29	1.99
9697138--9697172	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
9700451--9701011	289	1.9	290	89	1	867	36	12	15	35	1.86
9705123--9705155	14	2.5	13	90	9	50	24	12	24	39	1.89
9705068--9705261	51	3.8	49	76	9	160	23	17	27	31	1.97
9705073--9705261	102	1.9	101	87	3	281	23	16	27	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207