genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  87  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25489811--25489889	24	3.2	24	66	16	63	64	15	2	17	1.40
25491037--25491070	16	2.1	17	88	5	52	44	0	11	44	1.40
25492966--25493004	17	2.3	17	86	8	53	48	0	0	51	1.00
25492980--25493022	17	2.6	16	88	7	59	44	0	0	55	0.99
25495341--25495389	20	2.4	22	83	10	59	32	6	8	53	1.55
25501595--25501625	16	2.0	15	93	6	53	29	19	25	25	1.99
25505954--25506017	33	1.9	33	93	0	110	17	29	20	32	1.95
25510177--25510212	17	2.1	17	100	0	72	58	0	13	27	1.36
25511930--25512328	68	5.9	68	81	0	429	35	18	22	23	1.96
25513818--25513880	29	2.1	29	85	2	81	44	15	6	33	1.72
25514818--25514879	32	1.9	32	93	0	106	37	22	9	30	1.86
25516426--25516494	15	4.7	15	69	15	54	28	2	4	63	1.28
25517587--25517625	13	2.8	14	80	11	53	10	10	7	71	1.30
25517664--25517735	37	1.9	37	97	0	135	54	2	22	20	1.58
25521239--25521381	54	2.6	54	80	4	128	27	24	25	23	2.00
25522740--25524338	801	2.0	802	96	0	2966	28	13	23	34	1.93
25554033--25554104	37	2.0	37	84	10	96	40	6	5	47	1.54
25554858--25554920	33	1.9	33	83	6	83	60	0	1	38	1.07
25554910--25554958	24	2.0	24	88	0	71	67	6	6	20	1.35
25554955--25555011	27	2.1	27	87	6	80	68	0	5	26	1.11
25563457--25563546	28	3.2	28	75	18	98	24	1	4	70	1.13
25563482--25563546	15	4.4	15	72	14	55	24	1	3	70	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25563457--25563580	55	2.2	56	89	1	187	24	3	4	67	1.25
25563475--25563575	28	3.7	26	71	19	80	21	3	4	69	1.24
25571737--25571765	9	3.2	9	100	0	58	58	0	10	31	1.31
25572166--25572345	100	1.8	100	85	0	252	33	17	22	26	1.96
25579571--25579724	33	4.6	33	70	12	116	32	15	24	27	1.95
25579545--25579762	101	2.2	101	88	0	319	31	16	24	27	1.96
25579732--25580170	215	2.0	217	93	0	756	34	12	22	30	1.91
25584070--25584169	42	2.4	42	91	0	164	28	28	9	35	1.87
25585034--25585067	17	2.1	17	88	5	52	32	17	0	50	1.47
25586417--25586511	41	2.3	41	92	0	154	23	28	20	28	1.98
25586493--25586678	41	4.5	41	91	1	248	30	25	17	26	1.97
25590014--25590045	16	2.0	17	88	11	50	9	6	9	75	1.20
25595038--25595082	23	2.0	23	81	0	54	71	2	8	17	1.23
25596678--25596756	38	2.1	38	87	0	113	53	5	7	34	1.51
25596696--25596755	18	3.2	18	68	15	50	53	5	6	35	1.49
25610506--25610543	20	1.9	20	94	0	67	55	2	0	42	1.14
25612229--25612286	25	2.3	25	82	5	73	34	18	25	20	1.96
25612302--25612397	25	3.8	25	77	8	88	35	19	23	20	1.96
25612324--25612414	27	3.5	26	78	6	103	38	17	20	23	1.93
25612313--25612421	52	2.1	52	94	0	191	35	16	25	22	1.94
25612339--25612421	27	3.2	26	79	6	105	36	15	25	22	1.94
25612313--25612453	52	2.7	52	84	6	180	35	17	23	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25612496--25612579	24	3.5	24	78	13	91	32	20	28	19	1.96
25612508--25612554	25	1.9	24	91	4	76	38	19	25	17	1.92
25612720--25612774	22	2.5	21	75	19	51	50	16	0	32	1.45
25612728--25612766	22	1.9	20	85	15	53	51	15	0	33	1.44
25616428--25616918	47	10.3	47	94	0	685	32	9	29	28	1.89
25617037--25617115	37	2.1	37	88	4	115	24	17	31	26	1.97
25629726--25629755	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
25634244--25634424	86	2.1	86	98	1	355	40	4	7	47	1.52
25634490--25634707	51	4.0	51	84	15	296	45	18	7	28	1.76
25634581--25634608	12	2.3	12	100	0	56	57	21	0	21	1.41
25634529--25634659	63	2.1	63	98	1	253	47	18	6	28	1.72
25634653--25634763	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
25637786--25638408	120	5.2	119	96	2	1131	43	2	5	47	1.40
25638116--25638150	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25637786--25638408	241	2.6	240	96	1	1144	43	2	5	47	1.40
25638357--25638391	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25638556--25638646	45	2.0	45	82	2	112	37	27	6	28	1.82
25638627--25638695	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
25638627--25638695	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
25639141--25639202	27	2.3	27	78	18	74	53	0	3	43	1.17
25639164--25639216	16	3.5	15	76	10	54	54	0	5	39	1.24
25639226--25639266	16	2.3	18	84	12	50	48	0	4	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25646400--25646566	56	3.1	56	83	15	262	44	8	23	23	1.81
25646456--25646551	47	2.0	47	97	0	183	43	8	21	26	1.81
25646636--25646664	13	2.2	13	100	0	58	86	0	13	0	0.58
25647712--25647932	39	5.7	40	84	9	253	23	22	29	24	1.99
25647712--25647932	76	2.8	78	84	6	268	23	22	29	24	1.99
25647765--25647965	76	2.6	76	85	5	217	24	20	29	24	1.99
25654418--25654535	54	2.1	56	96	3	222	44	9	23	22	1.81
25655707--25655888	39	4.6	39	86	2	222	24	20	28	26	1.99
25655667--25655890	40	5.7	40	83	6	244	23	21	28	26	1.99
25655736--25655923	79	2.4	79	78	6	186	25	19	28	26	1.99
25672645--25672790	28	5.1	27	72	14	89	26	16	19	37	1.92
25672730--25672823	30	3.1	29	84	3	116	34	17	15	32	1.91
25672741--25672847	30	3.6	30	84	1	135	31	15	14	37	1.89
25675932--25675971	8	5.0	8	84	0	53	27	35	7	30	1.84
25682602--25682634	17	1.9	17	88	11	50	60	12	0	27	1.32
25683190--25683228	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
25683526--25683621	50	1.9	50	89	0	147	17	31	25	26	1.97
25687898--25687991	41	2.3	41	76	10	95	36	2	23	38	1.67
25688054--25688149	23	4.2	23	81	7	124	15	2	36	45	1.58
25688054--25688149	45	2.1	45	88	5	140	15	2	36	45	1.58
25688690--25688961	135	2.0	135	98	0	526	34	20	19	25	1.96
25692383--25692424	19	2.3	19	91	4	68	4	14	2	78	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25693284--25693331	17	2.8	17	74	0	51	64	8	2	25	1.32
25694531--25694557	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
25716331--25716376	16	2.9	16	93	0	74	39	0	32	28	1.57
25716590--25716631	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25716599--25716640	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25716593--25717155	120	4.7	120	97	0	1027	49	5	1	43	1.35
25716709--25717000	15	19.6	15	64	23	68	50	5	0	43	1.29
25716858--25717033	54	3.1	51	67	25	136	49	5	1	44	1.32
25717070--25717124	15	3.5	15	80	14	58	49	1	1	47	1.23
25717071--25717247	91	1.9	92	82	7	218	46	4	3	45	1.40
25718643--25718669	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
25722613--25722654	22	2.0	21	95	4	75	47	9	35	7	1.64
25726851--25726897	10	4.4	10	76	23	51	85	8	6	0	0.75
25727332--25727369	12	3.2	12	85	7	51	81	5	13	0	0.85
25727347--25727384	12	3.2	12	85	3	51	78	2	18	0	0.86
25727331--25727387	24	2.3	24	79	8	62	78	5	15	0	0.91
25727346--25727385	19	2.2	17	91	8	62	80	2	17	0	0.83
25727714--25727909	108	1.8	108	93	0	338	26	17	10	46	1.79
25728863--25728901	18	2.2	17	90	4	60	66	28	0	5	1.12
25729281--25729305	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
25730199--25730233	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
25730894--25731100	107	1.9	107	90	1	326	29	17	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25732344--25732405	31	2.0	31	93	0	106	30	8	17	43	1.78
25732943--25733002	27	2.3	27	91	8	97	0	16	11	71	1.14
25733539--25733600	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
25738147--25738171	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
25739806--25739946	71	2.0	71	92	0	237	39	17	17	26	1.91
25742642--25742677	6	6.0	6	96	0	54	0	11	50	38	1.38
25742638--25742676	12	3.2	12	92	0	60	0	7	51	41	1.31
25744007--25744064	5	11.6	5	98	0	107	60	0	1	37	1.07
25744356--25744394	19	2.1	19	95	0	69	30	17	10	41	1.83
25744414--25744465	25	2.0	26	92	7	88	30	3	1	63	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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