genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  63  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18127616--18127787	73	2.4	71	87	2	227	26	23	21	27	1.99
18129838--18129907	20	3.5	20	80	0	86	7	25	25	41	1.81
18130667--18130730	30	2.1	30	88	0	92	29	35	18	15	1.92
18131815--18131941	27	4.7	27	83	6	170	34	13	18	33	1.89
18131815--18131941	54	2.4	54	87	9	188	34	13	18	33	1.89
18141045--18141340	50	5.8	50	84	3	243	25	29	18	26	1.98
18141045--18141332	100	2.8	100	80	9	323	25	29	19	26	1.98
18147859--18148099	50	4.9	49	81	1	239	23	28	20	27	1.99
18151444--18151492	25	2.0	25	83	0	62	34	12	18	34	1.88
18159355--18159451	43	2.2	44	98	1	187	31	13	16	38	1.87
18165254--18165328	25	3.0	25	88	2	114	33	21	20	25	1.97
18176431--18176515	25	3.4	25	80	0	89	25	17	20	36	1.94
18182093--18182178	21	4.0	21	80	8	86	38	20	22	18	1.94
18182380--18182468	36	2.4	37	81	5	101	31	23	1	43	1.61
18183303--18183362	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
18183328--18183364	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
18189461--18189569	23	5.0	23	83	8	147	37	22	22	17	1.94
18189762--18189821	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
18189787--18189823	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
18191072--18191109	18	2.1	19	85	14	53	0	21	0	78	0.74
18191071--18191111	13	3.2	13	90	10	66	0	24	0	75	0.80
18196125--18196294	83	2.0	83	93	4	290	35	12	10	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18198820--18199090	100	2.7	100	89	3	395	26	17	22	33	1.96
18198820--18199090	50	5.4	50	74	5	233	26	17	22	33	1.96
18203626--18203668	20	2.2	20	100	0	86	34	9	4	51	1.55
18205622--18205689	31	2.2	31	81	2	84	36	8	10	44	1.70
18206910--18206952	17	2.5	17	78	10	52	65	2	0	32	1.06
18208113--18208173	11	5.6	10	87	12	77	21	29	0	49	1.50
18212797--18213087	126	2.3	126	90	0	474	27	21	18	31	1.97
18213162--18213353	94	2.0	95	85	3	262	41	18	2	38	1.62
18214462--18214616	10	15.9	9	68	16	60	56	3	3	36	1.34
18214462--18214543	30	2.8	30	83	9	98	56	1	3	39	1.25
18215294--18215348	20	2.9	19	83	5	58	34	1	1	61	1.17
18215315--18215353	20	1.9	21	89	5	62	33	0	2	64	1.08
18215306--18215355	20	2.6	19	74	20	50	36	0	2	62	1.07
18216694--18216740	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
18216814--18216860	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
18216577--18217234	120	5.5	120	96	0	1174	49	5	2	43	1.37
18217216--18217384	47	3.7	46	71	18	154	46	2	3	46	1.35
18219071--18219110	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
18219056--18219122	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
18219289--18219393	51	2.1	50	92	1	174	47	8	3	40	1.52
18219698--18219919	111	2.0	111	100	0	444	39	15	11	33	1.83
18229257--18229470	62	3.4	61	80	4	185	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18230485--18230560	38	2.0	38	100	0	152	42	0	15	42	1.47
18233256--18233290	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
18236861--18236885	13	1.9	13	100	0	50	20	8	40	32	1.81
18237563--18237595	15	2.3	15	89	5	50	54	0	18	27	1.44
18239024--18239095	22	3.2	22	62	11	56	41	4	8	45	1.53
18242894--18242941	9	5.6	9	92	2	73	54	8	0	37	1.31
18243003--18243043	16	2.6	16	88	0	55	41	9	2	46	1.50
18242897--18243035	66	2.2	64	78	16	157	48	9	1	40	1.44
18244919--18245113	62	3.1	61	80	5	187	25	22	28	24	2.00
18247264--18247297	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
18250538--18250578	20	2.1	20	86	4	57	65	0	19	14	1.26
18253923--18253966	23	2.0	22	82	13	54	40	4	13	40	1.65
18255128--18255198	36	2.0	36	97	2	135	54	2	16	25	1.56
18255187--18255257	34	2.1	34	94	0	124	47	8	16	26	1.75
18255328--18255399	29	2.4	29	81	4	81	48	15	12	23	1.79
18259081--18259126	18	2.5	19	82	10	60	28	15	30	26	1.96
18259094--18259132	18	2.2	18	85	0	51	28	15	33	23	1.95
18259271--18259313	14	2.9	15	75	6	52	34	2	4	58	1.32
18267311--18267365	24	2.3	24	81	9	60	34	1	3	60	1.25
18270549--18270583	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
18271224--18271251	6	4.7	6	100	0	56	32	35	32	0	1.58
18271830--18271921	48	1.9	48	90	0	148	51	10	6	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18271855--18272045	62	3.1	62	96	0	355	49	7	6	36	1.57
18273322--18273390	16	4.3	16	94	0	120	39	5	33	21	1.77
18273372--18273464	44	2.1	46	91	4	154	29	4	30	36	1.77
18273372--18273477	39	2.5	44	82	11	123	30	3	31	34	1.75
18283432--18283472	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
18309439--18309539	28	3.4	28	78	12	94	30	21	21	25	1.98
18309640--18309693	26	2.1	26	82	0	63	35	20	22	22	1.96
18309883--18309964	27	3.0	28	89	3	114	21	17	17	43	1.87
18309901--18310029	65	2.0	65	84	0	168	18	13	23	44	1.84
18309964--18310036	27	2.7	27	85	4	94	17	10	26	45	1.82
18311419--18311542	50	2.5	50	76	2	124	30	25	26	17	1.97
18311485--18311602	49	2.4	49	81	7	141	33	21	24	21	1.97
18313064--18313101	5	7.8	5	85	5	51	81	2	0	15	0.80
18314232--18314291	22	2.6	23	81	10	77	70	10	16	3	1.29
18321792--18321940	56	2.7	56	96	0	271	26	18	27	26	1.98
18321792--18322036	56	4.6	52	83	7	239	27	20	26	24	1.99
18327095--18327207	51	2.2	51	90	0	181	36	28	9	25	1.88
18328454--18328496	14	2.8	15	80	13	52	34	0	25	39	1.56
18330320--18330421	45	2.3	44	83	5	123	25	19	9	45	1.81
18339403--18339436	17	2.0	17	100	0	68	41	11	29	17	1.85
18341618--18341659	21	2.0	22	85	4	59	61	4	14	19	1.49
18366132--18366171	11	3.7	12	84	15	52	22	0	15	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18366812--18366852	21	2.0	21	85	0	55	48	7	4	39	1.52
18368885--18368911	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
18374366--18374409	24	1.9	23	86	9	63	43	6	20	29	1.78
18383217--18383261	23	2.0	22	83	8	56	31	11	8	48	1.69
18384198--18384232	16	2.1	18	89	10	56	54	2	0	42	1.15
18384280--18384356	28	2.6	30	83	6	104	41	5	5	48	1.48
18384306--18384364	28	2.1	27	87	6	82	44	6	3	45	1.47
18397707--18397871	43	3.9	42	75	10	129	32	25	16	24	1.96
18399086--18399166	43	1.9	42	82	9	103	32	25	13	28	1.94
18399104--18399211	43	2.5	43	83	3	119	30	25	15	27	1.96
18399819--18399873	23	2.5	21	83	13	67	7	10	1	80	0.99
18400499--18400669	69	2.5	66	76	12	159	34	6	4	54	1.45
18400498--18400764	24	11.6	23	68	15	135	34	6	5	53	1.50
18400613--18400764	68	2.2	68	79	10	168	34	6	5	53	1.50
18405765--18406126	190	1.9	190	88	1	546	39	20	7	32	1.80
18414352--18414376	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86
18419313--18419391	26	3.1	27	80	14	89	58	0	0	41	0.98
18419311--18419385	5	15.0	5	71	18	50	58	0	0	41	0.98
18419567--18419612	23	2.0	24	82	4	58	41	2	2	54	1.25
18424804--18424829	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
18431235--18431264	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
18431246--18431308	26	2.4	26	87	7	92	66	1	0	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18431541--18431573	10	3.3	10	95	0	57	27	30	18	24	1.98
18434240--18434276	15	2.5	15	100	0	74	43	5	16	35	1.71
18435770--18435808	11	3.5	11	83	13	53	58	2	0	38	1.12
18435942--18436091	70	2.2	69	85	6	196	36	16	26	21	1.93
18437885--18437951	17	3.9	18	70	16	61	46	13	7	32	1.71
18438014--18438057	23	2.0	23	95	4	81	31	29	13	25	1.94
18438584--18438644	18	3.4	18	79	0	77	42	21	8	27	1.81
18438582--18438662	36	2.2	36	86	4	110	44	20	7	27	1.78
18440363--18440429	32	2.1	31	83	8	82	40	2	0	56	1.14
18444412--18444491	41	2.0	41	82	0	97	38	16	22	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207