genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17182495--17182928	88	4.9	89	75	8	284	27	23	18	29	1.98
17182672--17182822	45	3.4	45	63	7	110	31	27	13	27	1.94
17182166--17183194	396	2.6	396	88	1	1458	28	23	19	29	1.98
17182582--17183153	308	1.9	308	82	5	726	28	23	19	28	1.98
17182392--17182978	132	4.4	132	70	8	469	28	23	18	29	1.98
17182920--17183468	88	6.2	89	79	4	504	28	23	20	27	1.99
17182706--17183128	220	1.9	219	81	5	514	27	24	18	29	1.98
17183154--17183374	89	2.5	89	87	2	291	27	24	20	26	1.99
17183778--17183824	24	2.0	24	95	0	85	31	19	12	36	1.89
17195414--17195443	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
17200804--17200886	31	2.7	31	83	9	91	54	7	10	27	1.61
17203442--17203648	92	2.3	89	86	4	276	36	21	9	33	1.85
17203760--17203818	19	3.2	19	78	2	66	64	1	6	27	1.28
17203850--17203915	19	3.3	21	76	19	61	56	1	9	33	1.40
17203762--17203904	57	2.5	55	76	13	148	58	2	7	32	1.38
17204113--17204158	10	4.8	10	73	10	51	39	0	0	60	0.97
17204222--17204434	92	2.3	92	83	4	252	29	8	20	40	1.83
17211462--17211558	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
17211772--17211968	41	4.8	41	90	5	299	27	22	21	28	1.99
17213475--17213522	24	2.0	25	84	12	64	58	8	4	29	1.46
17219123--17219219	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
17219432--17219628	41	4.8	41	91	5	308	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17221145--17221192	24	2.0	25	84	12	64	58	8	4	29	1.46
17226887--17226951	33	2.0	33	90	3	105	38	23	9	29	1.85
17227168--17227362	41	4.8	41	87	8	265	28	22	21	27	1.99
17227848--17227907	25	2.5	22	72	23	59	35	15	0	50	1.44
17234494--17234590	33	2.8	33	84	7	106	37	22	10	29	1.87
17234803--17234999	41	4.8	41	90	5	299	27	22	21	28	1.99
17238302--17238393	37	2.5	37	83	0	103	19	11	26	42	1.86
17241206--17241233	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
17241639--17241698	27	2.3	26	79	2	75	53	3	0	43	1.17
17243862--17243919	29	2.0	29	96	0	107	27	25	13	32	1.94
17244708--17244747	21	1.9	21	85	10	55	40	2	0	57	1.12
17248255--17248329	37	2.0	37	92	0	123	44	14	5	36	1.68
17248262--17248346	37	2.3	37	83	4	100	48	14	3	34	1.61
17251217--17251595	133	2.8	134	80	8	441	32	12	21	34	1.90
17251965--17252016	21	2.5	20	81	6	68	21	3	38	36	1.72
17254541--17255572	521	2.0	510	93	2	1767	21	11	19	48	1.80
17256454--17256500	21	2.2	21	88	0	67	34	19	42	4	1.70
17256884--17257130	42	5.9	41	88	3	325	36	19	21	23	1.95
17257767--17257796	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
17257788--17257922	18	8.0	18	72	17	94	42	1	2	53	1.22
17257693--17257880	57	3.1	60	67	25	142	45	1	4	48	1.31
17258068--17258173	44	2.5	41	75	18	108	35	29	3	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17258085--17258173	46	2.0	46	88	4	137	37	29	4	29	1.77
17258155--17258219	16	4.1	16	89	0	94	26	32	4	36	1.77
17258243--17258351	39	2.8	39	91	1	184	19	2	26	51	1.60
17258654--17258690	6	5.8	6	93	3	56	2	16	0	81	0.81
17259401--17259441	19	2.1	20	90	4	66	26	2	7	63	1.33
17260762--17260797	13	2.8	13	91	4	56	13	0	44	41	1.44
17260752--17260784	17	1.9	17	100	0	66	12	0	48	39	1.40
17260749--17260806	30	1.9	31	92	3	100	17	0	41	41	1.49
17262084--17262139	27	2.1	27	100	0	112	37	16	7	39	1.76
17265380--17265583	90	2.4	87	82	6	245	35	20	8	35	1.84
17265701--17265754	19	2.8	20	85	5	74	61	1	3	33	1.25
17265659--17265754	21	4.7	20	74	17	81	63	2	4	30	1.24
17265658--17265789	10	13.4	10	69	17	71	62	1	3	32	1.22
17266051--17266128	10	8.4	10	70	23	55	35	1	0	62	1.03
17265991--17266080	37	2.4	36	76	8	92	35	2	2	60	1.22
17265991--17266112	9	13.6	9	70	13	72	35	1	1	61	1.16
17266136--17266329	89	2.2	87	82	9	225	32	7	21	38	1.82
17276085--17276147	19	3.3	19	68	0	54	41	11	3	44	1.56
17276182--17276216	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
17277531--17277620	27	3.3	27	87	6	137	14	33	22	30	1.93
17277621--17277652	16	1.9	17	93	6	57	6	6	18	68	1.32
17280288--17280321	16	2.1	17	94	5	61	79	0	0	20	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17280315--17280359	19	2.3	20	92	3	74	60	0	0	40	0.97
17280427--17280482	19	2.7	22	76	18	66	71	1	3	23	1.11
17280289--17280486	9	21.0	9	67	20	52	63	2	3	30	1.22
17280656--17280820	28	5.9	29	76	12	148	31	1	2	64	1.14
17280714--17280795	37	2.2	37	85	8	105	32	0	1	65	1.00
17280666--17280819	10	16.4	9	70	16	91	32	0	1	64	1.09
17280893--17281206	89	3.5	88	78	5	301	34	7	19	38	1.79
17280887--17281206	177	1.8	176	85	3	455	34	7	20	38	1.80
17284026--17284050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
17284712--17284770	8	7.4	8	73	21	52	49	16	1	32	1.56
17284712--17284770	15	3.7	15	73	20	57	49	16	1	32	1.56
17284709--17284784	33	2.3	33	100	0	152	48	17	3	30	1.65
17284727--17284782	18	3.3	18	72	23	66	48	19	3	28	1.66
17284920--17284978	20	2.9	19	73	9	55	42	20	3	33	1.69
17285141--17285231	23	4.0	22	80	13	105	35	20	25	18	1.96
17285141--17285231	45	2.0	45	83	10	114	35	20	25	18	1.96
17291385--17291425	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
17299002--17299072	28	2.5	28	86	11	92	61	2	1	33	1.19
17298972--17299079	10	12.0	9	75	17	84	63	2	0	32	1.15
17298972--17299079	19	6.0	18	73	20	84	63	2	0	32	1.15
17299530--17299704	10	18.6	9	65	22	67	30	2	3	63	1.23
17299612--17299689	18	4.3	17	77	18	61	30	1	3	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17299631--17299694	29	2.2	29	83	5	76	26	1	4	67	1.19
17299659--17299708	18	2.7	18	80	17	57	22	0	6	72	1.07
17299718--17299770	22	2.4	22	87	6	72	26	7	5	60	1.46
17305526--17305581	27	2.1	27	89	0	85	48	7	5	39	1.54
17306682--17306734	27	2.0	28	88	7	83	50	5	13	30	1.64
17306686--17306746	27	2.3	27	80	8	72	54	6	14	24	1.64
17307275--17307317	7	6.1	7	100	0	86	13	44	0	41	1.44
17309802--17309848	19	2.5	19	96	0	85	61	19	8	10	1.53
17315840--17315870	16	1.9	16	93	0	53	48	3	9	38	1.52
17316017--17316085	25	2.7	27	80	8	81	62	2	1	33	1.19
17323876--17323908	6	5.7	6	92	7	59	87	12	0	0	0.53
17323876--17323908	11	2.8	12	95	4	59	87	12	0	0	0.53
17325024--17325075	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17326990--17327041	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17329681--17329714	18	1.9	17	94	5	59	52	0	8	38	1.33
17334602--17334763	26	6.6	25	73	17	83	35	21	24	18	1.95
17334686--17334756	26	2.8	25	85	6	90	38	22	21	18	1.94
17339298--17339336	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
17341497--17341533	7	5.0	7	90	9	56	81	5	13	0	0.86
17343583--17343627	22	2.0	22	100	0	90	42	8	26	22	1.83
17353546--17353653	49	2.2	48	82	6	128	33	14	29	22	1.94
17354326--17354376	23	2.2	23	86	6	68	47	19	13	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17356278--17356335	25	2.3	25	85	5	73	41	24	18	15	1.89
17358216--17358258	12	3.5	12	81	12	52	69	2	4	23	1.18
17358216--17358259	21	2.1	21	87	8	63	70	2	4	22	1.17
17359733--17359939	44	4.5	44	67	18	116	27	22	23	26	1.99
17359814--17360514	44	14.9	45	65	15	256	26	22	20	29	1.99
17359733--17360523	143	5.5	143	89	2	1160	27	22	20	29	1.99
17362560--17362652	45	2.1	45	91	0	150	32	22	19	25	1.97
17362647--17362844	51	3.9	50	78	4	218	29	28	17	24	1.97
17362656--17362840	101	1.8	101	90	3	300	30	28	17	23	1.97
17365063--17365104	16	2.7	16	82	14	52	4	0	9	85	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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