genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2025315--2025505	95	2.0	95	100	0	382	41	13	3	41	1.60
2027963--2028028	19	3.4	19	69	23	57	53	6	0	40	1.26
2027971--2028026	19	2.9	19	78	7	60	55	5	0	39	1.23
2028038--2028104	21	3.1	21	79	8	73	67	2	2	26	1.20
2032040--2032168	40	3.3	39	71	11	111	32	22	15	29	1.95
2032326--2032372	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
2033180--2033218	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
2039092--2039133	21	1.9	23	85	9	61	9	4	11	73	1.22
2039505--2039535	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2042559--2042979	208	2.0	208	96	0	770	33	19	17	28	1.95
2054771--2054827	29	2.0	29	83	13	73	42	5	8	43	1.58
2059825--2059857	15	2.3	15	89	5	50	51	0	0	48	1.00
2062209--2062456	57	4.4	57	86	1	320	23	25	24	27	2.00
2066089--2066117	15	1.9	15	100	0	58	41	6	13	37	1.72
2066414--2066550	3	45.7	3	100	0	274	66	0	33	0	0.92
2068594--2068677	44	1.9	44	83	11	111	29	28	16	25	1.97
2068722--2068751	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
2070048--2070096	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
2070032--2070096	35	1.9	35	84	12	91	35	7	0	56	1.28
2082516--2082818	43	7.1	43	64	14	178	30	20	22	25	1.98
2082502--2082849	86	4.1	86	93	1	549	31	20	22	25	1.98
2082985--2083265	43	6.5	44	76	10	220	31	20	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082986--2083265	87	3.2	87	73	9	309	31	20	21	26	1.98
2083073--2083184	41	2.6	44	81	7	122	25	22	23	28	1.99
2083596--2083625	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
2084915--2084963	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
2084899--2084963	35	1.9	35	84	12	91	35	7	0	56	1.28
2087570--2087662	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2088756--2088789	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
2088778--2088828	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
2088977--2089013	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
2089856--2089882	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
2097297--2097386	41	2.1	43	82	11	107	28	21	20	30	1.98
2107083--2107121	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2107921--2107965	11	4.0	11	81	16	56	0	11	6	82	0.84
2117079--2117166	37	2.3	38	84	9	115	55	4	1	38	1.28
2126293--2126409	51	2.3	52	81	7	134	57	5	5	30	1.47
2126667--2126705	3	14.0	3	84	15	57	69	0	0	30	0.89
2126667--2126705	19	2.0	20	95	5	71	69	0	0	30	0.89
2126908--2126948	17	2.2	17	87	12	55	73	4	9	12	1.24
2126908--2126949	18	2.2	20	87	8	61	73	4	9	11	1.22
2127135--2127168	17	2.0	17	88	0	50	35	20	8	35	1.84
2132435--2132466	3	10.7	3	93	0	55	0	3	34	62	1.11
2134984--2135041	27	2.2	26	79	11	64	44	1	1	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2135164--2135197	17	2.1	17	88	5	52	38	5	0	55	1.24
2138844--2138887	24	1.9	24	86	9	65	38	0	2	59	1.10
2138954--2139132	68	2.9	59	82	13	241	45	8	5	41	1.56
2139043--2139070	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2138984--2139154	68	2.5	68	93	1	292	46	7	4	40	1.53
2139145--2139184	16	2.5	16	91	0	62	42	7	2	47	1.45
2139158--2139219	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
2148975--2149014	17	2.4	17	87	4	55	52	25	2	20	1.59
2149559--2149588	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2156231--2156284	27	2.0	27	100	0	108	37	11	14	37	1.82
2156488--2156591	52	2.0	51	94	1	181	34	18	15	31	1.92
2162943--2162977	18	1.9	18	100	0	70	17	17	0	65	1.27
2163685--2163737	16	3.3	16	86	0	61	33	9	9	47	1.68
2167196--2167241	18	2.6	18	89	0	65	6	0	50	43	1.28
2174904--2174941	20	1.9	20	84	10	51	26	0	18	55	1.43
2175382--2175585	43	4.7	42	75	8	178	29	32	15	21	1.94
2175378--2175585	86	2.4	86	85	1	265	29	32	15	22	1.94
2175936--2176004	21	3.3	21	81	4	95	8	43	15	31	1.78
2175981--2176122	66	2.2	66	85	5	189	14	28	18	38	1.90
2175996--2176141	66	2.2	66	86	4	197	15	26	18	39	1.90
2180753--2180805	20	2.6	20	79	8	54	24	1	7	66	1.28
2181145--2181177	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181247--2181277	14	2.1	15	94	5	55	38	32	0	29	1.57
2181523--2181563	21	2.0	21	85	9	57	34	41	0	24	1.55
2181980--2182069	41	2.2	42	82	4	103	31	28	22	17	1.97
2182036--2182731	114	6.2	114	87	2	985	27	22	19	30	1.98
2182034--2182731	223	3.1	227	88	2	996	28	22	19	30	1.98
2183687--2183731	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
2184870--2184935	34	1.9	34	87	3	96	43	15	9	31	1.77
2185631--2185703	29	2.5	29	84	2	83	36	8	10	43	1.70
2186659--2186800	60	2.3	63	83	6	184	41	19	15	23	1.89
2187259--2187283	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
2201689--2201736	20	2.4	19	83	10	60	52	2	0	45	1.12
2202994--2203032	6	6.5	6	90	0	60	33	51	15	0	1.44
2209522--2209578	16	3.6	16	92	0	96	45	3	5	45	1.43
2209631--2209709	34	2.3	35	86	6	108	39	3	7	49	1.49
2209624--2209791	83	2.0	85	94	3	295	39	4	8	48	1.53
2215237--2215275	6	6.5	6	96	0	69	12	0	53	33	1.39
2215754--2215814	31	2.0	31	83	6	79	40	11	18	29	1.85
2238859--2238902	22	2.0	22	86	0	61	40	11	18	29	1.85
2254112--2254193	30	2.8	29	87	5	103	28	7	6	58	1.49
2261209--2261256	20	2.4	20	82	6	62	64	2	0	33	1.05
2266913--2266947	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
2266907--2266948	12	3.4	12	90	3	66	59	0	9	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268362--2268737	50	7.7	49	65	7	206	23	18	24	32	1.97
2268320--2268794	98	4.8	98	91	0	709	21	20	24	32	1.97
2268511--2268785	48	5.6	48	67	9	153	21	20	24	32	1.98
2281528--2281574	3	15.7	3	95	0	85	63	0	2	34	1.06
2284510--2284544	13	2.7	13	95	0	61	31	40	0	28	1.57
2290848--2290903	21	2.4	24	81	18	66	41	14	1	42	1.56
2290843--2290902	26	2.4	25	75	8	68	43	11	1	43	1.51
2292710--2292849	42	3.4	42	80	2	129	44	17	22	15	1.86
2298475--2298503	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2305252--2305285	17	1.9	18	88	5	52	44	5	8	41	1.60
2306026--2306068	20	2.1	21	83	12	54	60	2	4	32	1.30
2315024--2315073	17	2.9	17	82	14	59	54	0	0	46	1.00
2315496--2315525	15	1.9	16	93	6	53	33	3	3	60	1.30
2317139--2317226	29	3.0	28	77	9	79	26	2	6	64	1.30
2322352--2322386	19	1.9	19	88	11	56	40	0	14	45	1.45
2324855--2324888	17	2.0	17	88	0	50	29	17	2	50	1.61
2325082--2325123	15	2.8	15	85	7	50	35	4	0	59	1.19
2327249--2327325	31	2.4	32	84	2	102	32	22	12	32	1.92
2327470--2327607	74	1.9	74	82	8	174	30	19	10	39	1.85
2332641--2333154	184	2.8	184	85	6	684	40	20	14	24	1.90
2341977--2342024	9	5.2	9	85	11	62	56	2	0	41	1.11
2341983--2342026	20	2.2	20	88	11	65	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2341977--2342035	29	2.1	28	87	3	82	59	1	0	38	1.08
2341963--2342036	9	7.7	9	76	8	58	62	2	0	35	1.10
2347945--2347976	13	2.4	14	94	5	57	68	6	0	25	1.12
2348525--2348600	38	2.0	38	92	0	125	17	17	22	43	1.88
2354065--2354210	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
2354174--2354396	52	4.6	46	89	7	284	27	22	14	35	1.93
2354217--2354390	52	3.3	52	93	1	285	26	22	14	36	1.93
2360706--2360744	17	2.4	17	86	4	53	69	0	0	30	0.89
2363010--2363052	14	2.8	15	82	13	52	27	2	2	67	1.15
2366212--2366265	21	2.6	21	85	5	65	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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