genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7895285--7895313	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
7902976--7903063	30	2.9	32	81	11	121	32	23	17	26	1.96
7906911--7906984	38	1.9	38	84	10	98	36	20	21	21	1.95
7907017--7907252	41	5.8	41	84	5	291	22	22	25	29	1.99
7907889--7907945	28	2.0	28	86	6	80	54	5	3	36	1.40
7910631--7910805	86	2.0	87	83	1	217	30	5	16	47	1.70
7910897--7911147	86	2.9	86	83	4	290	34	9	14	41	1.78
7911159--7911243	40	2.1	40	84	4	109	30	5	14	49	1.66
7913310--7913472	43	3.8	43	81	3	159	22	15	29	33	1.94
7914416--7914445	6	5.0	6	100	0	60	16	33	33	16	1.92
7916471--7916506	19	1.9	18	88	5	54	22	0	30	47	1.52
7919986--7920080	47	2.0	47	100	0	190	38	4	25	31	1.75
7920617--7921187	114	5.2	108	80	8	577	30	17	17	34	1.94
7921805--7921853	24	2.0	24	84	0	62	38	0	6	55	1.25
7927049--7927078	12	2.5	12	94	0	51	43	0	0	56	0.99
7936736--7936775	18	2.2	18	86	0	53	70	0	2	27	1.01
7937061--7937329	10	28.6	9	66	18	77	31	1	5	61	1.26
7937061--7937144	19	4.4	19	75	12	66	28	2	5	63	1.31
7937097--7937152	21	2.7	21	83	5	60	28	3	5	62	1.34
7938889--7939339	169	2.7	169	94	0	778	24	32	19	23	1.98
7940616--7940838	92	2.5	93	84	6	291	39	21	9	29	1.85
7947302--7947337	14	2.5	14	90	4	54	55	0	13	30	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7947302--7947337	15	2.4	15	90	9	56	55	0	13	30	1.39
7947306--7947350	14	3.1	14	83	3	54	51	0	17	31	1.46
7948996--7949047	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
7952296--7952442	64	2.3	64	97	0	285	36	8	13	41	1.76
7956102--7956145	21	2.1	21	95	0	79	11	15	29	43	1.82
7958780--7958804	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
7959179--7959205	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7972230--7972281	22	2.4	22	90	6	79	42	19	25	13	1.87
7972231--7972293	22	2.9	22	83	4	65	41	19	22	17	1.90
7972268--7972329	25	2.5	25	86	0	88	40	17	20	20	1.92
7972875--7972999	47	2.6	47	75	15	119	35	30	12	21	1.91
7975552--7975596	22	2.0	22	91	0	72	55	8	13	22	1.65
7980301--7980348	22	2.4	19	75	21	53	45	0	0	54	0.99
7980297--7980342	21	2.1	22	88	11	69	47	0	0	52	1.00
7982195--7982243	25	2.0	24	88	4	71	53	20	4	22	1.63
7984288--7984312	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
8008398--8008431	16	2.1	16	88	0	50	55	2	23	17	1.55
8022405--8022447	20	2.2	20	100	0	86	34	4	16	44	1.68
8022395--8022426	13	2.5	13	100	0	64	34	6	12	46	1.67
8022739--8022808	27	2.7	25	80	8	77	20	27	20	32	1.97
8022771--8022826	24	2.3	24	78	9	60	14	28	25	32	1.94
8022811--8022890	25	3.2	26	74	13	69	16	25	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8022769--8022890	49	2.5	48	80	6	127	17	27	21	34	1.95
8029007--8029041	16	2.3	15	90	5	52	40	0	11	48	1.39
8031368--8031465	41	2.3	42	78	3	117	48	15	17	18	1.81
8031458--8031507	21	2.4	21	80	6	57	50	14	20	16	1.78
8033049--8033082	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8041147--8041176	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
8041158--8041218	29	2.2	28	91	5	97	70	0	1	27	0.97
8044115--8044145	13	2.4	13	94	0	53	48	6	3	41	1.45
8045555--8045809	90	2.8	89	82	5	253	28	24	14	32	1.94
8045606--8045829	90	2.5	90	82	5	274	26	25	16	32	1.96
8052777--8052810	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8052950--8053054	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
8052948--8053056	45	2.6	44	81	8	129	31	29	5	33	1.80
8053036--8053089	16	3.4	16	86	0	72	29	37	0	33	1.58
8053106--8053284	56	2.9	63	70	20	182	51	6	1	41	1.34
8053348--8053403	26	2.1	27	90	3	87	44	0	5	50	1.25
8058886--8059080	107	1.8	106	88	3	302	29	15	19	34	1.93
8062527--8062572	24	1.9	24	81	0	56	78	2	15	4	1.01
8062533--8062572	13	3.2	13	89	3	55	82	0	15	2	0.77
8064719--8065083	50	7.6	50	75	10	341	31	20	22	26	1.98
8064714--8065165	95	4.8	95	87	1	620	31	21	22	25	1.98
8065093--8066207	100	11.2	100	82	3	1135	31	22	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8065100--8066207	298	3.7	297	82	4	1210	31	22	21	24	1.99
8065453--8066022	50	11.5	50	64	13	156	30	23	21	23	1.99
8065093--8066129	398	2.6	399	88	0	1488	30	23	21	24	1.99
8066704--8067425	132	5.5	132	92	0	1124	31	19	23	26	1.98
8066798--8067273	44	10.8	44	65	12	181	30	19	24	26	1.98
8067718--8067772	27	2.0	28	82	10	69	50	34	1	12	1.51
8068186--8068210	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
8069738--8069934	107	1.9	106	88	4	299	28	17	19	35	1.94
8078834--8078954	61	2.0	61	82	9	149	43	3	13	39	1.60
8080569--8080620	19	2.7	19	84	0	59	30	28	21	19	1.97
8087368--8087423	29	1.9	29	86	13	80	42	3	1	51	1.29
8087752--8087825	30	2.4	30	82	6	78	25	6	1	66	1.24
8087864--8087939	19	4.1	18	78	10	73	36	0	5	57	1.21
8087872--8087929	18	3.2	18	80	9	73	37	0	1	60	1.07
8087890--8088005	49	2.3	51	79	10	132	38	1	4	55	1.30
8087877--8088034	9	15.7	10	64	25	50	37	1	4	56	1.27
8088040--8088082	19	2.3	18	88	8	59	53	2	0	44	1.13
8089087--8089160	27	2.6	29	79	8	80	68	2	22	5	1.23
8094816--8094921	51	2.1	51	96	0	194	37	13	16	32	1.88
8100338--8100399	24	2.7	23	87	9	65	20	12	14	51	1.75
8100350--8100399	24	2.1	24	100	0	100	20	12	18	50	1.78
8101509--8101595	28	3.1	28	64	26	76	42	26	2	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8101508--8101598	33	3.1	33	63	31	87	41	28	2	27	1.68
8101484--8101598	55	2.1	55	98	0	221	42	28	1	26	1.65
8125397--8125426	15	1.9	16	93	6	53	16	13	26	43	1.85
8127246--8127270	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
8128922--8129026	41	2.6	41	84	6	124	24	18	27	29	1.98
8134090--8134171	29	2.9	28	83	5	94	40	19	28	12	1.87
8134091--8134177	28	3.1	28	80	8	95	39	19	27	13	1.90
8137536--8137635	51	1.9	52	87	2	148	47	19	3	31	1.64
8141166--8141218	26	2.1	25	82	10	63	18	0	20	60	1.36
8141862--8141968	44	2.5	44	80	7	130	26	17	28	28	1.98
8149329--8149649	98	3.3	97	86	5	436	39	18	1	40	1.61
8155694--8155739	22	2.1	22	100	0	92	32	30	8	28	1.87
8159176--8159209	8	3.8	9	88	11	52	29	0	26	44	1.55
8160804--8160857	24	2.2	24	81	15	58	40	14	7	37	1.74
8161621--8161668	15	3.1	15	88	11	62	25	0	2	72	0.95
8162258--8162295	15	2.4	17	82	13	53	86	0	2	10	0.66
8162259--8162295	8	4.8	8	86	6	58	86	0	2	10	0.67
8162717--8162754	20	1.9	19	85	15	51	63	7	0	28	1.23
8171702--8171745	19	2.3	19	80	7	54	50	2	0	47	1.13
8186110--8186263	77	2.0	77	96	0	281	36	9	7	46	1.64
8188499--8188912	132	3.1	132	89	2	609	26	26	19	28	1.98
8188499--8188912	131	3.1	131	88	3	598	26	26	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188904--8189285	89	4.3	89	79	2	372	26	21	22	28	1.99
8188939--8189285	178	1.9	177	81	5	414	26	22	22	28	1.99
8189350--8189476	45	2.8	45	75	9	132	25	26	16	30	1.97
8189793--8189848	24	2.3	24	93	0	94	30	25	10	33	1.90
8191727--8191769	23	1.9	22	80	4	50	6	25	0	67	1.15
8194788--8194834	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
8209796--8209826	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
8215599--8215657	23	2.6	23	91	0	91	22	27	20	30	1.98
8215920--8215973	25	2.2	25	82	0	63	42	5	12	38	1.67
8222604--8222651	19	2.6	18	83	6	60	66	4	14	14	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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