genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7025936--7026073	59	2.4	59	89	7	205	38	13	9	38	1.78
7027199--7027223	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7028235--7028259	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7028414--7028448	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
7030315--7030354	17	2.4	17	87	8	55	35	0	0	65	0.93
7030447--7030482	17	2.2	17	95	5	65	72	0	16	11	1.12
7031152--7031176	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7036384--7036428	22	2.0	22	87	8	65	42	6	0	51	1.28
7036395--7036473	24	3.5	22	77	14	74	45	2	0	51	1.14
7036429--7036471	12	3.6	12	75	12	52	46	0	0	53	1.00
7040780--7041740	29	35.5	29	79	13	790	32	1	22	42	1.63
7040860--7041723	23	32.4	23	71	22	407	32	1	22	42	1.62
7040780--7041734	51	17.7	51	72	13	322	32	1	23	42	1.62
7042957--7042998	21	2.0	21	100	0	84	38	14	4	42	1.66
7043908--7043941	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
7044139--7044180	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
7044152--7044210	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
7044130--7044232	52	2.0	51	84	5	136	33	0	32	34	1.58
7044181--7044251	22	3.2	22	90	7	108	36	0	28	35	1.58
7044720--7044765	23	2.1	22	88	8	67	63	0	2	34	1.07
7049504--7049564	27	2.2	27	97	2	113	11	24	0	63	1.27
7060388--7060429	17	2.5	17	80	0	57	47	2	2	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7061349--7061468	40	2.9	38	78	12	91	22	28	25	23	1.99
7066503--7066550	14	3.4	14	76	18	55	66	2	18	12	1.33
7066502--7066550	21	2.3	21	86	6	64	67	2	18	12	1.32
7067807--7068928	44	25.4	44	79	3	1022	30	14	23	31	1.94
7067807--7068906	89	12.4	88	82	4	950	30	14	23	31	1.94
7067879--7068889	133	7.6	133	82	3	952	30	13	23	31	1.93
7067879--7068957	221	4.9	221	86	4	1124	31	13	23	31	1.94
7067811--7068950	133	8.6	130	80	6	372	30	14	23	31	1.94
7070184--7070228	24	1.9	23	90	4	72	42	4	4	48	1.43
7070192--7070230	17	2.5	15	80	15	51	43	2	2	51	1.29
7071526--7071618	19	4.9	19	89	0	150	39	8	13	37	1.76
7073363--7073408	9	5.1	9	86	0	65	32	13	10	43	1.78
7073623--7073680	23	2.4	25	77	16	68	39	3	3	53	1.35
7081372--7081557	77	2.4	77	99	0	363	23	31	15	30	1.95
7083930--7084829	43	21.1	42	76	6	370	18	34	30	16	1.93
7084164--7084771	256	2.4	255	85	2	806	18	33	31	17	1.94
7084082--7084771	299	2.3	299	84	4	874	17	33	31	17	1.94
7083949--7084842	128	7.0	127	77	5	730	18	34	30	16	1.94
7084849--7084925	24	3.2	24	83	7	102	20	35	38	5	1.75
7085134--7085411	42	6.6	42	78	8	260	19	32	27	19	1.97
7085143--7085372	84	2.7	86	85	6	326	19	33	28	18	1.95
7085134--7085411	85	3.3	84	80	6	328	19	32	27	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7095951--7096795	85	9.9	84	78	5	637	18	33	31	17	1.94
7096159--7096795	256	2.5	256	85	2	852	18	32	30	18	1.95
7096000--7096792	299	2.6	297	83	4	900	18	32	31	17	1.94
7095990--7096795	43	18.9	43	76	6	683	18	32	31	17	1.94
7096802--7096877	24	3.2	24	84	3	100	17	30	42	10	1.82
7102870--7103517	43	15.2	43	71	12	202	18	34	29	17	1.94
7102870--7103552	86	8.0	84	74	10	525	18	33	30	17	1.94
7102874--7103611	256	2.9	254	80	8	747	18	33	30	17	1.94
7113879--7113916	11	3.5	11	82	3	51	63	0	0	36	0.95
7117567--7117608	14	2.8	15	77	22	52	76	4	4	14	1.12
7119213--7119445	40	5.8	40	88	4	333	25	21	24	28	1.99
7119215--7119445	122	1.9	121	88	4	349	25	21	25	28	1.99
7119211--7119447	82	2.9	81	88	4	343	24	21	24	28	1.99
7119482--7120227	50	15.0	50	66	4	322	25	23	20	29	1.99
7119466--7120227	100	7.7	100	83	2	915	26	23	20	29	1.99
7119468--7120213	299	2.5	297	85	1	965	26	23	20	29	1.99
7120528--7120573	24	1.9	24	86	0	65	30	17	13	39	1.87
7126916--7126965	21	2.4	21	75	18	50	80	4	4	12	1.00
7130375--7130433	26	2.3	26	90	0	91	38	10	16	33	1.83
7130375--7130449	26	2.9	26	84	4	89	40	8	20	32	1.81
7132058--7132101	23	2.0	23	95	4	81	70	4	9	15	1.30
7143553--7143609	29	2.0	28	89	3	78	35	8	3	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7146449--7146517	31	2.2	31	92	0	111	33	14	10	42	1.79
7150255--7150283	13	2.1	14	93	6	51	82	0	0	17	0.66
7151241--7151277	18	2.0	19	94	5	67	72	5	10	10	1.25
7155041--7155101	21	2.9	20	80	9	68	47	3	29	19	1.65
7168352--7168379	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7171088--7171135	19	2.8	16	84	15	60	66	4	6	22	1.32
7171333--7171391	25	2.5	24	84	10	77	64	1	3	30	1.20
7171321--7171410	21	4.1	20	75	19	63	63	3	2	31	1.23
7171771--7171810	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
7171862--7171997	9	15.3	9	68	20	56	25	5	1	66	1.22
7171902--7172020	8	14.0	8	73	18	73	26	5	0	67	1.17
7171863--7172030	17	9.8	17	66	20	57	26	5	1	66	1.22
7172066--7172161	27	3.4	27	76	12	95	27	6	4	62	1.38
7172074--7172161	28	3.1	28	77	11	90	26	6	4	62	1.40
7172132--7172172	17	2.4	17	91	0	64	29	2	2	65	1.18
7172148--7172218	9	7.6	9	74	13	54	29	1	2	66	1.15
7172142--7172219	30	2.8	26	71	16	68	30	1	2	65	1.14
7187122--7187173	18	2.7	20	72	25	56	55	0	5	38	1.24
7187468--7187520	26	2.1	25	86	10	72	54	1	1	41	1.22
7194620--7194654	11	3.2	11	100	0	70	42	0	25	31	1.55
7196178--7196239	31	2.0	32	87	3	90	20	33	0	45	1.52
7196185--7196255	18	4.2	17	74	15	58	21	32	1	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7197839--7197872	17	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
7211325--7211350	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
7219416--7219687	135	2.0	135	95	0	490	41	4	18	36	1.70
7219701--7219828	13	9.7	13	73	5	105	42	2	18	35	1.63
7219713--7219861	40	3.8	39	82	8	110	42	2	16	37	1.63
7219701--7219860	26	6.2	26	74	7	128	42	2	17	37	1.63
7219713--7219829	40	2.9	41	87	6	152	43	2	17	35	1.63
7222332--7222540	39	5.4	39	88	0	301	33	19	13	33	1.91
7224276--7224306	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
7224270--7224311	18	2.2	18	87	12	57	52	0	4	42	1.22
7225585--7225691	51	2.0	52	80	8	119	36	14	2	45	1.60
7226342--7226386	20	2.2	20	92	0	72	33	0	2	64	1.06
7232570--7232609	19	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
7232557--7232609	19	2.9	18	81	10	63	41	1	0	56	1.10
7232939--7232972	16	2.1	16	94	0	59	41	2	5	50	1.42
7233133--7233157	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
7234442--7234575	13	10.2	13	74	10	94	53	4	2	38	1.36
7234442--7234537	40	2.4	40	92	0	156	55	4	3	37	1.35
7234410--7234542	27	4.9	26	74	10	99	54	3	3	38	1.37
7234690--7234723	15	2.3	15	94	0	59	41	2	14	41	1.61
7234759--7234850	13	7.0	13	84	7	114	57	7	2	32	1.39
7235943--7235976	8	4.5	8	85	14	54	11	14	50	23	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7235943--7235994	22	2.4	22	87	6	70	15	11	50	23	1.76
7240204--7240234	6	5.2	6	100	0	62	32	51	16	0	1.44
7244885--7245075	95	2.0	95	94	0	337	38	13	18	29	1.89
7246591--7246643	27	2.0	27	96	0	97	49	15	5	30	1.67
7252826--7252887	29	2.1	29	96	0	115	20	24	17	37	1.94
7265405--7266012	202	3.0	202	98	0	1171	35	11	15	37	1.83
7271620--7271719	52	1.9	51	95	2	182	42	24	17	17	1.89
7278576--7278642	32	2.2	29	81	10	71	19	5	7	67	1.37
7280995--7281061	35	1.9	35	82	11	84	50	2	10	35	1.52
7281480--7281541	3	20.3	3	77	9	63	58	0	4	37	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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