genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  47  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13777466--13777528	19	2.9	21	75	18	58	66	3	0	30	1.07
13781367--13781416	24	2.1	24	92	0	82	18	28	28	26	1.98
13784624--13784659	18	2.0	18	100	0	72	27	11	50	11	1.72
13788082--13788132	20	2.5	21	72	18	61	39	0	1	58	1.09
13789041--13789080	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
13791232--13791262	6	5.2	6	92	0	53	29	35	35	0	1.58
13791235--13791272	18	2.1	18	90	0	58	26	28	42	2	1.69
13791232--13791269	12	3.2	12	92	0	58	26	34	36	2	1.71
13791382--13791462	33	2.4	34	84	10	105	17	41	12	28	1.85
13791408--13791483	33	2.3	33	86	4	100	14	40	13	31	1.84
13792533--13792609	27	2.9	27	86	0	109	28	25	22	23	1.99
13794605--13794655	23	2.3	22	80	10	59	50	0	9	39	1.35
13795655--13795707	27	2.0	25	82	7	61	52	5	3	37	1.43
13800563--13800602	19	2.0	19	85	9	53	60	0	7	32	1.25
13801046--13801075	10	2.8	11	90	10	53	66	16	0	16	1.25
13802157--13802267	44	2.5	44	83	2	134	31	20	19	27	1.97
13802270--13803103	44	19.1	44	77	5	672	30	25	13	30	1.94
13802846--13802922	36	2.1	36	82	4	91	31	24	16	27	1.97
13804433--13804462	15	2.1	15	93	6	53	13	3	13	70	1.30
13809425--13809465	19	2.1	19	86	9	55	60	0	7	31	1.24
13810223--13810253	15	2.1	15	93	0	53	19	19	29	32	1.96
13811094--13811154	27	2.3	27	88	0	86	18	32	32	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13811208--13811331	10	12.7	10	70	21	68	67	0	31	0	0.96
13811208--13811335	14	9.5	14	66	20	67	67	0	31	0	0.96
13811218--13811282	5	13.4	5	70	6	53	67	0	32	0	0.91
13811199--13811338	38	3.6	39	78	12	126	67	0	32	0	0.96
13811700--13812561	286	3.0	284	93	1	1492	50	6	11	30	1.64
13819374--13819466	27	3.4	27	92	0	141	17	29	33	20	1.95
13820545--13820632	46	1.9	46	83	0	113	21	26	15	36	1.94
13820712--13820745	16	2.1	16	88	0	50	14	20	23	41	1.89
13832223--13832343	25	4.8	25	80	5	102	32	18	27	22	1.97
13832229--13832343	50	2.3	49	83	5	133	31	18	28	21	1.97
13835218--13835253	18	1.9	19	88	5	56	58	0	16	25	1.38
13843709--13843790	34	2.6	31	86	7	103	52	6	6	35	1.51
13855527--13855572	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
13863290--13863966	44	15.7	43	72	14	303	28	19	24	27	1.99
13863290--13863963	89	7.8	87	73	12	353	28	19	24	27	1.99
13863290--13863747	216	2.1	216	90	0	729	28	19	24	27	1.99
13863644--13863829	83	2.2	83	92	0	300	27	19	21	31	1.97
13863688--13863837	40	3.7	40	76	9	149	26	19	23	30	1.98
13863428--13864044	299	2.1	300	91	1	1006	28	19	23	29	1.98
13863894--13863978	44	1.9	45	90	4	138	31	17	21	29	1.96
13865708--13865771	14	4.4	14	72	20	51	25	1	7	65	1.28
13868034--13868097	27	2.4	27	82	10	78	54	10	10	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13868045--13868095	26	2.0	26	88	7	77	56	9	13	19	1.65
13868049--13868104	27	2.1	26	83	9	69	58	12	10	17	1.61
13880219--13880385	80	2.1	80	86	2	228	25	29	19	25	1.99
13880311--13880521	68	3.1	67	79	6	210	27	25	18	29	1.98
13887666--13887804	69	2.0	69	90	2	217	29	17	10	42	1.83
13894843--13894869	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
13903082--13903175	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
13907174--13907213	20	2.0	21	95	5	73	37	0	0	62	0.95
13907178--13907221	20	2.2	20	84	8	54	36	0	4	59	1.18
13907885--13908399	37	14.1	37	71	12	287	38	16	15	29	1.90
13907885--13908204	177	1.8	174	81	4	401	38	15	15	30	1.89
13908128--13908399	112	2.4	111	88	1	382	37	17	16	28	1.92
13908033--13908366	149	2.2	150	83	0	400	38	17	16	28	1.91
13908033--13908415	75	5.1	73	76	5	295	37	16	16	28	1.91
13911146--13911217	30	2.4	30	83	0	81	31	19	23	25	1.98
13911178--13911322	66	2.2	66	87	0	200	26	13	32	28	1.93
13916532--13916567	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
13929640--13929683	19	2.5	17	85	7	52	61	0	2	36	1.09
13929842--13929882	12	3.3	12	89	3	64	85	0	14	0	0.60
13929976--13930482	106	4.6	109	87	7	731	30	17	14	37	1.89
13930170--13930482	116	2.8	117	87	4	392	33	16	14	36	1.89
13931956--13932010	22	2.5	22	87	0	83	41	5	9	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13931997--13932100	54	1.9	55	94	2	183	30	8	5	54	1.54
13932053--13932085	13	2.5	13	100	0	66	36	0	6	57	1.23
13933522--13933595	25	3.0	25	97	0	139	43	17	8	31	1.78
13934875--13934984	53	2.1	53	93	3	186	26	7	10	55	1.60
13935939--13935978	17	2.3	18	87	8	57	12	7	5	75	1.18
13939526--13939568	19	2.3	19	84	11	54	4	4	9	81	0.97
13939896--13940478	44	13.5	43	71	13	263	26	22	20	30	1.99
13939829--13940386	129	4.3	129	84	2	599	26	21	20	31	1.98
13939829--13940478	44	15.0	44	71	11	252	26	22	20	30	1.98
13947553--13947603	23	2.2	24	85	3	68	47	1	9	41	1.48
13947688--13947713	10	2.6	10	100	0	52	80	7	0	11	0.89
13953932--13954035	24	4.3	24	71	11	77	21	28	16	33	1.95
13955679--13955837	35	4.5	35	87	0	210	36	32	13	17	1.89
13966642--13966679	7	5.4	7	87	0	58	47	31	0	21	1.51
13966642--13966679	14	2.7	14	100	0	76	47	31	0	21	1.51
13966720--13966781	27	2.4	25	83	5	70	24	6	29	40	1.80
13981830--13982083	70	3.6	70	78	2	285	29	21	23	25	1.99
13981830--13982083	140	1.8	140	85	1	357	29	21	23	25	1.99
13987735--13988288	76	7.1	78	81	6	534	38	12	14	33	1.84
13987747--13988205	77	6.0	77	84	2	532	38	12	14	33	1.84
13987735--13988205	153	3.1	154	82	5	526	38	12	14	34	1.84
13990346--13990395	20	2.5	20	81	12	59	34	0	8	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14004923--14004959	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
14005997--14006036	21	1.9	21	85	10	55	32	2	12	52	1.52
14007654--14007701	25	1.9	25	95	0	87	31	20	29	18	1.97
14007654--14007720	25	2.7	25	86	6	84	32	17	31	17	1.94
14007813--14007875	25	2.6	25	79	2	74	38	17	28	15	1.91
14013750--14013939	50	3.8	50	90	0	290	20	30	24	24	1.99
14014037--14014066	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
14016688--14016749	2	31.0	2	100	0	124	50	50	0	0	1.00
14017404--14017468	25	2.6	25	76	9	78	33	20	24	21	1.97
14017837--14017883	24	2.0	24	87	8	69	44	21	23	10	1.83
14018262--14018303	21	2.0	21	85	0	57	40	16	0	42	1.48
14020091--14020155	11	6.4	11	78	21	63	58	0	3	38	1.14
14020082--14020212	38	3.4	39	91	3	219	63	0	2	34	1.07
14020179--14020224	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
14024254--14024338	41	2.1	41	95	0	152	37	23	14	24	1.92
14026337--14026376	21	1.9	21	100	0	80	57	0	0	42	0.98
14026365--14026424	11	5.9	11	72	21	51	58	0	1	40	1.08
14026350--14026480	39	3.3	39	82	12	151	64	0	0	34	0.99
14026391--14026476	32	2.9	29	82	16	104	65	0	1	33	1.01
14026410--14026474	32	2.1	30	91	8	105	67	0	0	32	0.91
14039205--14039320	61	1.9	58	86	5	160	40	4	6	49	1.47
14039207--14039340	58	2.2	60	83	8	159	41	3	6	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14041956--14042015	30	2.0	31	86	3	86	38	0	38	23	1.55
14042196--14042271	9	8.4	9	85	0	107	42	21	11	25	1.86
14046345--14046377	17	2.0	17	88	5	50	42	0	6	51	1.26
14047833--14047871	17	2.4	17	86	4	53	25	15	15	43	1.86
14049528--14049645	61	1.9	61	85	0	164	25	26	19	28	1.99
14056992--14057027	18	2.1	18	89	5	56	58	11	13	16	1.63
14058040--14058093	21	2.6	21	76	23	60	51	0	7	40	1.30
14059128--14059167	17	2.3	18	91	8	66	45	2	2	50	1.28
14076651--14076693	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
14076701--14076837	58	2.4	58	83	4	179	42	1	2	53	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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