genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  72  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20900173--20900312	70	2.0	70	95	2	255	36	7	12	44	1.69
20902971--20903046	37	2.1	37	100	0	152	25	10	15	48	1.77
20904511--20904592	17	5.0	17	72	23	61	40	1	1	57	1.14
20905028--20905073	10	4.8	10	82	17	62	73	2	10	13	1.17
20905781--20905815	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
20905955--20906020	23	2.9	22	76	10	62	42	1	21	34	1.62
20906168--20906258	37	2.4	38	81	5	105	19	23	28	28	1.98
20906168--20906262	38	2.5	37	81	5	111	20	24	28	27	1.99
20909736--20909779	20	2.2	20	87	0	61	72	2	18	6	1.17
20914962--20915016	28	2.0	27	86	10	76	58	0	3	38	1.16
20917138--20917171	15	2.3	15	89	0	50	50	2	14	32	1.58
20917725--20917760	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
20921934--20922012	41	1.9	41	84	0	104	17	20	35	26	1.95
20921960--20922043	41	2.0	41	81	4	98	15	22	36	25	1.93
20929274--20929326	27	2.0	27	92	0	88	30	20	20	28	1.98
20931045--20931078	17	2.1	17	88	5	52	32	20	2	44	1.67
20932453--20932482	15	2.0	15	93	0	51	30	13	16	40	1.87
20936664--20936706	9	4.7	9	83	13	52	6	11	4	76	1.13
20936664--20936707	18	2.3	20	77	18	58	6	11	6	75	1.20
20938173--20938304	44	3.0	44	88	0	210	32	19	9	38	1.83
20939131--20939162	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
20940644--20940693	22	2.3	23	80	13	61	32	4	18	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20948391--20948493	27	3.7	28	81	16	117	61	2	0	35	1.11
20948390--20948493	10	11.2	10	69	21	57	61	2	0	35	1.11
20948389--20948503	27	4.2	28	78	15	100	61	2	0	35	1.10
20948506--20948550	21	2.1	21	83	0	54	64	4	4	26	1.32
20948387--20948558	9	18.8	9	65	20	63	62	2	1	33	1.18
20948390--20948594	19	11.1	19	67	20	69	62	2	1	33	1.19
20948971--20949214	9	26.6	9	65	17	76	33	2	4	59	1.31
20948995--20949059	19	3.3	19	81	12	78	33	0	3	63	1.10
20949095--20949144	17	2.8	18	81	9	57	32	2	2	64	1.16
20949094--20949184	48	1.9	46	86	8	130	34	2	3	60	1.25
20956720--20956750	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
20957310--20957346	17	2.2	18	85	9	51	56	13	5	24	1.58
20960725--20960791	29	2.3	28	82	14	75	52	10	11	25	1.70
20960919--20960997	31	2.5	31	87	0	113	25	12	15	46	1.80
20968376--20968584	83	2.5	84	82	3	251	34	30	8	26	1.86
20968397--20968602	84	2.5	83	83	2	261	33	29	10	26	1.90
20969757--20969801	19	2.4	19	89	10	67	33	0	2	64	1.06
20969757--20969808	10	5.8	9	78	12	54	32	0	1	65	1.04
20970165--20970331	59	2.8	59	84	4	201	23	20	5	49	1.71
20970164--20970331	60	2.8	59	81	5	194	23	20	5	49	1.71
20970173--20970331	29	5.4	29	67	15	92	24	22	5	47	1.72
20983877--20983936	10	5.7	10	83	11	57	81	5	8	5	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20983877--20983947	11	6.5	11	80	15	58	80	7	7	5	1.03
20984378--20984435	15	3.9	14	80	13	62	79	1	12	6	1.00
20984389--20984438	7	7.0	7	84	13	57	78	0	14	8	0.97
20984389--20984429	8	5.4	8	91	8	59	80	0	12	7	0.90
20984772--20984967	108	1.8	108	90	0	320	25	17	10	47	1.78
20985342--20986231	132	6.7	132	95	0	1530	27	15	26	30	1.96
20986295--20986562	130	2.1	130	89	1	421	27	20	26	25	1.99
20994869--20994956	44	2.0	44	100	0	176	27	25	25	22	2.00
20996851--20997048	14	14.1	14	76	4	148	34	19	11	34	1.88
20996837--20997048	42	5.0	42	76	3	185	34	19	11	34	1.87
21010821--21010924	20	5.2	20	72	0	73	22	19	22	36	1.95
21010813--21010932	40	3.0	40	85	0	168	25	20	20	34	1.97
21015345--21015397	26	2.0	26	96	0	97	32	15	16	35	1.90
21016700--21016739	20	2.0	21	85	5	55	45	15	20	20	1.86
21020183--21020305	59	2.1	58	80	10	135	36	7	13	43	1.71
21024655--21024707	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
21024794--21024822	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
21024927--21024965	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
21030606--21030658	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
21030745--21030773	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
21030878--21030916	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
21033900--21033950	26	2.0	25	84	3	66	43	1	7	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21043147--21043193	25	1.9	24	86	4	67	23	0	2	74	0.93
21047407--21047493	45	1.9	45	83	0	111	40	2	12	44	1.55
21047554--21047599	24	1.9	24	95	0	83	43	13	28	15	1.83
21047683--21047753	21	3.4	21	68	0	70	19	15	16	47	1.82
21047692--21047834	42	3.4	42	85	0	178	17	20	17	44	1.87
21047769--21047851	42	2.0	42	82	0	103	18	21	18	42	1.90
21050851--21050900	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
21050857--21050900	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
21058393--21058426	17	1.9	18	88	5	52	70	0	0	29	0.87
21073407--21073441	17	2.0	17	88	5	52	57	2	5	34	1.37
21073815--21073844	12	2.5	12	88	0	51	0	76	0	23	0.78
21076419--21076475	23	2.5	23	72	11	62	26	21	12	40	1.88
21079817--21079947	67	2.0	67	95	0	235	21	17	33	27	1.96
21092798--21093326	263	2.0	265	88	1	776	42	12	16	28	1.85
21097512--21097574	25	2.5	25	77	12	65	49	1	3	46	1.27
21098649--21098695	23	2.0	23	95	0	85	36	12	10	40	1.78
21108029--21108072	22	2.0	22	100	0	88	36	9	0	54	1.32
21108623--21108737	52	2.2	52	80	0	131	23	23	20	32	1.98
21113029--21113113	16	5.3	16	92	0	143	38	5	34	21	1.77
21113257--21113344	20	4.5	21	69	20	57	57	0	0	42	0.98
21113257--21113402	57	2.5	57	80	11	147	54	2	0	43	1.14
21113289--21113398	58	1.9	57	81	10	134	52	3	0	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21113679--21113840	77	2.1	77	97	0	306	40	11	7	40	1.69
21115141--21115173	12	2.8	12	100	0	66	42	6	0	51	1.26
21115170--21115218	22	2.2	24	85	10	68	46	0	2	51	1.12
21116104--21116165	31	2.0	31	100	0	124	48	22	6	22	1.73
21116821--21116849	15	1.9	15	100	0	58	62	0	27	10	1.28
21121394--21121463	11	7.0	10	75	13	56	75	4	17	2	1.08
21121443--21121481	17	2.2	18	86	13	55	74	0	23	2	0.94
21121421--21121482	28	2.2	29	85	8	83	72	4	20	1	1.12
21121789--21121867	40	2.0	40	87	0	113	25	16	24	34	1.95
21134668--21134960	40	7.3	40	72	6	218	36	27	16	19	1.93
21134685--21134972	80	3.6	79	82	5	362	37	26	16	19	1.93
21136159--21136201	15	2.9	14	83	13	50	41	4	20	32	1.73
21138035--21138109	24	3.1	24	90	0	114	18	33	22	25	1.97
21139779--21139853	24	3.1	24	86	0	105	17	30	24	28	1.97
21141209--21141303	17	5.4	17	70	19	79	35	2	0	62	1.07
21141188--21141262	32	2.3	31	88	4	105	30	1	0	68	0.98
21141199--21141328	32	3.9	30	76	20	109	35	1	0	63	1.04
21141230--21141322	39	2.3	39	90	9	152	35	1	0	63	1.02
21141296--21141335	21	1.9	21	94	0	71	40	0	0	60	0.97
21141295--21141342	21	2.2	20	82	13	60	35	0	4	60	1.16
21141185--21141335	71	2.2	68	78	16	157	36	1	0	62	1.04
21147602--21147713	57	2.0	56	92	1	188	41	14	11	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21150176--21150237	21	3.0	20	83	4	70	41	30	0	27	1.56
21150176--21150225	7	7.1	7	83	0	55	42	34	0	24	1.55
21150192--21150229	14	2.7	14	91	0	58	44	31	0	23	1.54
21150460--21150501	10	4.1	10	79	14	50	47	0	0	52	1.00
21150463--21150510	20	2.5	20	96	3	89	50	0	0	50	1.00
21150499--21150553	22	2.5	22	79	5	58	45	0	0	54	0.99
21155609--21155773	81	2.0	81	94	0	285	35	18	3	42	1.66
21156427--21156461	17	2.0	17	88	5	52	25	17	0	57	1.40
21157361--21157477	62	1.9	61	83	8	150	48	4	4	42	1.42
21172527--21172613	44	2.0	44	93	0	147	22	20	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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