genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
472333--472384	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
472462--472528	34	1.9	35	84	3	91	47	7	7	37	1.60
473940--473991	22	2.4	22	84	9	63	7	53	9	28	1.61
476935--476993	29	2.0	29	96	0	109	22	6	11	59	1.56
488063--488087	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
490106--490141	16	2.2	17	90	5	56	41	2	25	30	1.69
493752--493796	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
499054--499096	19	2.3	19	88	8	61	13	6	0	79	0.93
524430--524476	25	1.9	25	82	4	60	44	2	21	31	1.64
530852--531029	59	3.1	59	88	4	249	38	10	1	50	1.44
530852--531029	29	6.2	29	87	5	247	38	10	1	50	1.44
531122--531224	28	3.6	28	71	15	93	10	52	3	33	1.54
531210--531253	6	7.2	6	94	5	79	15	47	0	36	1.46
531758--531801	21	2.1	21	91	8	72	43	0	9	47	1.35
541369--541447	31	2.5	31	79	4	88	26	2	11	59	1.45
549046--549088	22	2.0	21	82	13	52	60	2	2	34	1.22
549063--549097	16	2.2	16	89	0	52	57	0	2	40	1.14
551365--551394	11	2.7	11	89	0	51	56	0	3	40	1.16
560544--560614	26	2.8	26	91	2	117	11	30	36	21	1.88
560796--560828	12	2.6	13	90	9	59	0	18	0	81	0.68
561205--561302	30	3.3	30	80	7	119	35	3	24	36	1.71
561205--561302	29	3.3	29	82	4	124	35	3	24	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561491--562625	81	14.3	79	86	5	1268	35	18	16	29	1.93
573658--573695	17	2.2	17	100	0	76	39	10	0	50	1.37
579027--579101	39	1.9	39	86	0	105	30	1	12	56	1.44
580148--580176	15	1.9	15	100	0	58	27	0	6	65	1.18
582567--582617	5	10.4	5	97	2	95	37	0	21	41	1.54
582469--582584	58	2.0	56	80	6	126	30	4	23	42	1.73
595398--595544	56	2.7	54	82	9	185	23	26	24	25	2.00
595642--595673	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
595881--595937	30	2.0	29	86	6	80	31	19	0	49	1.49
600698--600763	27	2.4	27	92	0	114	27	24	37	10	1.88
600972--601046	20	3.7	21	86	10	95	30	1	10	57	1.41
600979--601046	19	3.3	20	87	6	84	32	1	10	55	1.42
604041--604085	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
604043--604094	22	2.8	18	75	25	54	0	36	1	61	1.07
604152--604253	27	3.8	27	84	7	145	22	34	21	21	1.97
604151--604253	54	1.9	54	90	7	165	22	34	21	21	1.96
604595--604751	77	2.0	77	92	0	260	31	18	20	29	1.96
605352--605392	20	2.0	21	90	4	66	43	7	4	43	1.53
609115--609177	30	2.1	30	81	3	72	49	7	3	39	1.48
610630--610707	40	2.0	40	82	10	97	38	12	3	44	1.61
612599--612648	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
617238--617287	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620565--620613	24	2.0	24	100	0	98	34	8	24	32	1.85
625419--625445	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
625481--625595	21	5.9	20	68	14	64	40	0	3	55	1.17
625501--625529	14	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
625472--625582	58	1.9	57	98	1	213	44	0	4	51	1.22
629245--629318	9	8.0	9	73	11	60	40	2	4	52	1.34
631450--631482	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
634499--634545	17	2.8	17	90	0	76	10	0	44	44	1.38
639001--639047	17	2.8	17	90	0	76	10	0	44	44	1.38
644570--644639	31	2.2	32	85	9	92	34	15	12	37	1.86
645951--645996	24	2.0	23	82	4	56	47	4	4	43	1.42
652423--652691	43	6.3	42	89	2	349	32	21	22	23	1.98
652423--652691	85	3.1	84	88	4	360	32	21	22	23	1.98
652442--652712	127	2.1	127	84	3	348	33	21	22	22	1.97
652442--652736	85	3.5	81	81	9	315	32	20	23	24	1.98
653187--653252	21	3.1	21	84	0	87	4	43	16	34	1.68
658721--659158	9	51.2	9	69	20	162	38	1	15	44	1.53
658726--658850	16	8.2	16	66	18	79	32	2	16	48	1.60
658740--659125	25	14.7	25	68	17	87	38	1	15	44	1.53
658830--658907	34	2.3	33	80	6	86	42	0	14	43	1.45
658891--658923	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
658859--659069	50	3.9	50	73	18	183	41	0	14	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658909--659022	34	3.5	33	80	9	117	42	0	13	43	1.49
659006--659119	16	7.1	16	70	23	71	35	0	17	46	1.48
658841--659100	115	2.3	114	95	2	470	41	0	13	43	1.47
659105--659175	34	2.1	34	97	0	133	42	0	9	47	1.36
658841--659175	115	2.9	115	89	6	443	41	0	13	44	1.46
658943--659168	81	2.8	81	92	4	359	40	0	13	46	1.44
659403--659445	18	2.4	18	76	0	50	65	6	0	27	1.18
659735--659823	18	4.8	18	81	14	110	42	0	12	44	1.42
659708--659823	39	3.0	38	87	12	157	43	0	11	44	1.39
659737--659833	35	2.5	40	77	19	114	44	0	12	43	1.42
662784--663174	114	3.4	114	91	1	597	26	28	20	24	1.99
673459--673659	106	1.9	106	96	0	375	30	19	20	29	1.97
676441--677184	132	5.6	132	96	0	1310	30	27	16	26	1.96
676441--677184	263	2.8	264	95	0	1310	30	27	16	26	1.96
676441--677184	395	1.9	396	94	0	1310	30	27	16	26	1.96
683969--684001	12	2.8	12	95	0	57	0	15	42	42	1.46
688558--688763	105	2.0	105	96	0	376	30	18	20	30	1.97
692167--692220	27	2.0	27	92	0	90	27	20	9	42	1.82
695469--695508	18	2.2	19	86	13	57	55	0	2	42	1.13
697262--697301	22	1.9	20	85	10	53	40	2	12	45	1.56
702206--702239	11	3.0	11	91	4	50	70	0	0	29	0.87
702728--702768	19	2.2	19	91	4	66	36	2	4	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702728--702780	20	2.8	19	82	5	63	37	1	5	54	1.35
709516--709566	26	2.0	26	84	7	68	29	0	7	62	1.23
709515--709578	26	2.4	26	79	7	67	28	3	6	62	1.34
709985--710037	15	3.5	14	80	12	52	41	5	0	52	1.25
709997--710045	15	3.2	15	80	11	55	32	6	0	61	1.21
718646--718679	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
731551--731593	22	2.0	21	86	4	59	41	0	2	55	1.12
749323--749363	21	1.9	22	85	14	59	24	2	4	68	1.22
749778--749829	25	2.1	24	85	7	68	40	3	5	50	1.45
750295--750324	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
751609--751668	29	2.1	29	100	0	120	38	13	6	41	1.70
753014--753042	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
761720--761792	32	2.3	31	81	9	83	35	9	5	49	1.59
766396--766435	20	2.0	20	100	0	80	50	10	10	30	1.69
766485--766564	29	2.6	30	82	5	90	45	15	10	30	1.78
772125--772171	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
772835--772905	19	3.4	20	72	20	65	5	18	4	71	1.22
774614--774678	26	2.6	26	85	9	82	40	0	4	55	1.21
776094--776147	28	1.9	28	100	0	108	62	11	1	24	1.37
778579--778608	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
787781--787828	24	2.0	24	100	0	96	20	20	33	25	1.97
789137--789175	21	1.9	21	94	5	71	58	12	10	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795812--795859	22	2.2	21	78	7	51	35	22	8	33	1.84
800358--800435	26	3.0	26	72	10	79	19	14	20	46	1.84
801703--801736	13	2.6	13	100	0	68	8	23	38	29	1.85
803626--803715	45	2.0	45	97	0	171	25	17	24	32	1.97
805792--805827	16	2.2	16	90	0	54	77	0	0	22	0.76
805797--805845	25	2.0	25	84	8	64	73	2	0	24	0.94
806262--806304	21	2.0	21	100	0	86	32	23	9	34	1.87
808003--808054	24	2.1	25	82	10	63	50	0	3	46	1.20
808363--808397	18	1.9	19	88	11	56	28	0	2	68	1.04
808589--808683	39	2.4	41	82	7	131	61	1	2	35	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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