genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  78  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22698235--22698276	16	2.7	16	92	3	68	69	0	2	28	1.01
22698751--22698804	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
22698728--22698804	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
22703162--22703230	32	2.2	32	86	0	93	21	21	21	34	1.97
22705661--22705685	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22706086--22706132	24	2.0	24	91	0	76	38	10	4	46	1.58
22713076--22713142	30	2.2	30	84	10	84	31	2	10	55	1.49
22724469--22724694	116	2.0	113	90	4	355	35	12	18	33	1.88
22728507--22728639	39	3.4	38	81	4	149	30	15	19	34	1.92
22728507--22728666	78	2.1	78	82	4	189	28	15	20	35	1.93
22730482--22730521	20	2.0	20	90	4	64	37	10	35	17	1.83
22737424--22737602	89	2.0	89	96	0	331	45	16	7	30	1.75
22738462--22738531	35	2.0	35	97	0	131	48	10	5	35	1.60
22742594--22742630	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
22743590--22743614	7	3.6	7	100	0	50	28	0	24	48	1.52
22744260--22744335	20	3.8	20	78	14	86	38	1	1	59	1.14
22744594--22744640	23	2.0	24	88	12	71	59	6	0	34	1.23
22744617--22744670	9	5.9	9	80	2	63	61	5	0	33	1.19
22745398--22745435	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
22746146--22746292	9	15.6	9	68	17	66	31	2	5	60	1.31
22746348--22746387	19	2.1	19	85	4	53	27	5	7	60	1.45
22747053--22747106	26	2.2	24	83	6	63	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22755559--22755760	101	2.0	101	99	0	395	33	21	19	25	1.97
22768149--22768173	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
22768192--22768254	20	3.1	20	64	28	51	39	11	4	44	1.61
22768806--22768836	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
22770411--22770437	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
22771834--22772026	91	2.1	92	90	2	300	44	3	4	47	1.39
22772377--22772467	45	2.0	44	89	6	139	35	29	5	29	1.80
22779271--22779363	31	3.0	31	82	1	116	20	39	0	39	1.53
22779443--22779503	17	3.4	17	78	15	61	22	27	0	49	1.50
22781698--22781732	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
22782171--22782219	15	3.2	16	70	18	50	63	8	8	20	1.48
22783023--22783062	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
22794632--22794676	23	2.0	23	90	0	72	11	0	15	73	1.10
22795119--22795149	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22795280--22795340	30	2.0	31	93	3	106	19	42	0	37	1.52
22795596--22795628	16	1.9	18	88	11	52	27	33	0	39	1.57
22799679--22799795	38	3.1	38	83	0	162	35	30	19	13	1.91
22806279--22806525	50	4.8	50	77	4	201	27	20	27	23	1.99
22818671--22818732	25	2.5	25	86	5	81	29	29	20	20	1.98
22818694--22818759	25	2.6	24	83	4	69	33	21	21	24	1.97
22818694--22818769	25	3.0	23	75	17	64	34	19	22	23	1.97
22819635--22819674	20	2.1	19	85	4	53	27	5	5	62	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22824932--22824990	17	3.6	17	71	17	52	57	1	1	38	1.19
22826408--22826546	62	2.2	62	79	0	143	31	5	17	45	1.71
22829469--22829540	3	26.0	3	75	13	57	2	29	1	66	1.14
22829466--22829523	11	5.4	11	83	4	64	3	31	0	65	1.09
22829605--22829686	40	2.1	40	83	2	103	40	7	10	41	1.68
22829627--22829705	40	2.0	40	97	0	149	40	3	10	45	1.56
22832611--22832730	59	2.0	59	95	0	213	25	21	12	40	1.89
22834421--22834643	42	5.3	42	77	3	207	24	17	17	40	1.91
22834410--22834626	84	2.6	84	81	2	247	23	17	17	41	1.89
22841521--22841554	2	17.0	2	87	0	50	2	2	47	47	1.32
22842822--22843041	87	2.4	89	82	12	263	37	24	8	30	1.84
22843058--22843154	9	10.6	9	67	12	54	63	1	2	32	1.12
22843073--22843115	19	2.3	18	92	7	77	58	0	2	39	1.11
22843094--22843156	28	2.1	31	85	8	87	65	1	1	31	1.12
22843285--22843318	10	3.3	10	87	4	50	17	5	0	76	0.98
22843279--22843318	21	1.9	21	85	10	55	25	5	0	70	1.08
22843285--22843318	11	3.3	11	92	8	54	17	5	0	76	0.98
22843342--22843529	91	2.1	90	81	2	234	38	6	16	38	1.76
22843333--22843544	91	2.3	91	78	6	230	38	6	15	39	1.74
22844724--22845359	241	2.6	236	81	8	709	28	11	14	46	1.78
22856742--22857579	276	3.0	276	94	2	1435	27	16	17	38	1.91
22857681--22857768	31	2.9	31	75	6	83	44	10	6	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22864446--22864498	4	13.2	4	83	0	70	32	26	16	24	1.97
22864446--22864502	8	7.1	8	97	0	96	33	26	15	24	1.95
22867633--22867664	16	2.0	16	93	0	55	46	6	15	31	1.71
22870449--22870477	15	1.9	15	100	0	58	34	13	0	51	1.42
22871298--22871351	24	2.3	24	78	12	58	51	7	3	37	1.48
22872408--22872772	183	2.0	183	89	1	561	19	15	26	38	1.92
22886235--22887298	132	8.1	132	95	0	1835	26	23	19	30	1.98
22888679--22888710	14	2.4	14	94	5	57	12	3	0	84	0.74
22889496--22889531	12	2.9	13	92	8	58	0	19	0	80	0.71
22889498--22889543	23	2.0	23	82	0	56	4	15	2	78	1.01
22892223--22892268	19	2.4	19	85	7	58	45	10	19	23	1.82
22893689--22893720	13	2.5	13	95	5	57	15	6	0	78	0.95
22893690--22893720	6	5.0	6	92	7	53	16	3	0	80	0.83
22894486--22894530	22	2.0	23	86	4	65	2	20	0	77	0.87
22896174--22897115	88	10.7	86	66	13	285	26	24	18	30	1.98
22896096--22897249	132	8.8	132	95	0	1985	26	24	18	30	1.98
22896096--22897249	527	2.2	528	93	1	1888	26	24	18	30	1.98
22899474--22899517	11	3.9	11	82	14	54	2	20	0	77	0.88
22899474--22899517	22	2.0	22	86	0	61	2	20	0	77	0.88
22899479--22899523	22	2.0	22	82	0	54	4	15	2	77	1.02
22902209--22902254	19	2.4	19	85	7	58	45	10	19	23	1.82
22904651--22904700	26	2.0	25	84	4	64	56	2	10	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22904662--22904718	22	2.6	22	77	0	60	50	1	8	38	1.44
22910469--22910503	2	17.5	2	93	0	61	48	0	51	0	1.00
22916118--22916154	19	1.9	19	88	0	56	16	32	29	21	1.95
22923097--22923162	21	3.0	23	77	22	79	25	4	0	69	1.07
22923099--22923173	23	3.2	24	73	24	72	26	5	1	66	1.21
22923093--22923189	43	2.3	40	77	19	99	26	4	1	68	1.14
22927944--22927998	28	1.9	29	85	3	76	9	12	7	70	1.32
22928559--22928627	29	2.4	28	76	9	68	37	4	8	49	1.54
22930233--22930372	40	3.5	40	72	6	115	31	23	17	27	1.97
22930802--22930847	23	2.0	23	95	4	83	0	26	0	73	0.83
22930799--22930873	4	18.2	4	74	15	55	2	24	1	72	1.06
22930874--22930932	31	1.9	31	90	10	95	27	3	3	66	1.24
22931828--22931856	15	1.9	15	100	0	58	55	0	10	34	1.34
22932071--22932103	13	2.7	12	95	4	57	69	0	3	27	1.03
22933309--22933342	14	2.4	14	90	0	59	0	5	35	58	1.22
22937874--22938136	107	2.5	107	82	0	292	26	17	24	31	1.97
22940370--22940429	26	2.3	26	82	8	68	25	1	8	65	1.30
22950508--22950555	24	2.0	25	87	4	71	31	2	0	66	1.03
22950528--22950627	40	2.4	41	85	13	134	33	3	0	64	1.09
22950542--22950641	40	2.6	40	89	6	154	33	2	0	65	1.04
22951486--22951511	11	2.4	11	100	0	52	26	46	0	26	1.53
22960015--22960168	75	2.1	75	80	4	168	43	7	6	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22971837--22971890	22	2.6	22	85	8	69	5	7	18	68	1.33
22973248--22973298	23	2.2	23	86	6	68	47	5	0	47	1.26
22973279--22973340	17	3.8	17	68	20	51	46	1	0	51	1.10
22973312--22973350	20	2.0	20	90	5	62	46	2	0	51	1.14
22973443--22973485	9	4.8	9	83	11	52	44	0	0	55	0.99
22973443--22973483	19	2.2	19	86	0	55	46	0	0	53	1.00
22973896--22973934	21	1.9	21	94	5	71	35	2	0	61	1.10
22973897--22973941	20	2.2	20	84	7	56	35	2	0	62	1.08
22973895--22973941	21	2.3	20	85	3	67	36	2	0	61	1.08
22975314--22975348	14	2.5	14	100	0	70	54	14	5	25	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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