genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8222604--8222652	20	2.5	20	80	12	57	67	4	14	14	1.37
8223750--8223774	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
8236455--8236480	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
8256082--8256124	7	5.7	7	79	15	50	20	2	0	76	0.89
8256504--8256564	27	2.5	22	72	22	68	29	14	14	40	1.86
8256932--8256987	11	4.9	11	84	4	67	21	32	1	44	1.63
8260609--8260653	7	6.3	7	79	5	54	46	33	0	20	1.51
8262456--8262505	20	2.3	23	83	10	61	76	8	2	14	1.10
8262560--8262622	27	2.3	27	88	0	90	9	28	34	26	1.88
8264420--8264482	27	2.3	27	83	0	81	26	33	28	11	1.91
8266126--8266163	20	1.9	20	88	0	58	44	10	2	42	1.52
8266119--8266153	12	2.9	12	91	0	52	48	11	2	37	1.54
8266623--8266784	43	3.7	42	79	10	166	34	23	19	22	1.96
8269398--8269443	22	2.1	22	95	0	83	32	32	21	13	1.92
8270568--8270596	8	3.8	8	90	9	51	37	41	0	20	1.53
8270568--8270596	15	1.9	15	100	0	58	37	41	0	20	1.53
8270161--8270786	311	2.0	310	85	5	850	41	27	3	27	1.71
8271231--8271467	41	5.8	41	86	5	268	28	30	19	21	1.97
8274142--8274180	16	2.4	17	86	4	53	69	2	2	25	1.14
8274517--8274742	92	2.4	94	81	7	246	41	11	11	34	1.79
8276053--8276090	17	2.4	16	87	12	53	26	0	2	71	1.00
8282650--8282678	14	2.0	15	93	6	51	0	13	3	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285713--8285864	54	2.8	54	78	2	153	23	21	14	40	1.90
8285796--8285908	27	4.2	27	82	0	100	26	26	8	38	1.86
8285986--8286114	45	2.9	45	78	2	143	21	22	13	42	1.87
8289759--8289823	11	5.8	12	77	15	68	24	33	1	40	1.65
8290184--8290286	40	2.6	40	87	4	147	33	19	22	24	1.97
8290320--8290480	41	3.9	40	83	4	205	19	19	31	30	1.96
8293630--8293683	24	2.3	24	80	3	65	20	14	18	46	1.84
8295793--8295830	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
8296001--8296025	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8297106--8297193	45	2.0	45	88	4	133	37	0	11	51	1.38
8297161--8297208	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
8297116--8297245	69	1.9	70	93	1	226	38	0	11	50	1.39
8300512--8300568	30	1.9	30	88	0	87	42	3	21	33	1.70
8303103--8303475	125	3.0	124	85	4	507	31	21	17	29	1.96
8317552--8317599	12	4.1	12	74	15	55	47	2	2	47	1.25
8317558--8317603	23	2.0	24	91	4	76	50	2	2	45	1.26
8317557--8317608	23	2.3	21	81	15	68	50	1	1	46	1.23
8328448--8328752	109	2.8	107	83	6	371	30	17	17	35	1.92
8336045--8336084	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
8336030--8336096	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
8336024--8336100	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
8352665--8352700	6	6.0	6	93	0	54	77	0	5	16	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8357762--8357840	39	2.0	39	97	0	149	44	6	1	48	1.36
8361847--8361896	22	2.3	22	80	13	59	48	18	2	32	1.59
8364250--8364332	37	2.3	37	76	2	87	25	21	15	37	1.93
8364457--8364538	42	2.0	42	85	0	110	32	14	10	41	1.81
8364507--8364608	28	3.6	28	74	10	91	38	14	10	36	1.81
8364494--8364622	56	2.3	56	82	2	161	35	13	10	40	1.79
8364602--8364651	14	3.6	14	75	0	55	32	8	8	52	1.60
8364603--8364668	28	2.4	28	86	0	87	28	9	12	50	1.70
8365828--8365868	17	2.5	17	80	11	50	36	4	0	58	1.20
8369580--8369628	25	2.0	24	92	4	80	55	4	8	32	1.48
8374158--8374229	30	2.4	30	95	0	126	37	12	6	43	1.70
8375916--8375958	17	2.6	16	78	10	50	30	13	0	55	1.39
8377199--8377251	22	2.4	22	100	0	106	39	0	22	37	1.54
8378479--8378514	18	2.1	17	89	5	54	36	5	16	41	1.72
8380962--8380991	5	6.0	5	100	0	60	40	20	0	40	1.52
8382489--8382521	15	2.2	15	100	0	66	24	30	18	27	1.98
8389627--8389848	71	3.1	71	81	2	239	30	15	22	32	1.94
8389655--8389893	71	3.4	71	78	6	223	31	15	22	30	1.94
8391201--8391334	72	1.9	72	98	0	259	44	23	5	27	1.74
8393139--8393218	13	6.1	13	72	2	52	33	18	2	45	1.63
8409567--8409633	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
8419920--8419955	17	2.1	17	89	0	54	72	2	22	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8422119--8422197	38	2.0	40	82	4	99	37	3	6	51	1.45
8432315--8432348	15	2.2	15	94	5	59	82	5	0	11	0.83
8432497--8432527	5	6.2	5	100	0	62	38	19	0	41	1.51
8432544--8432581	16	2.4	17	82	13	53	71	5	2	21	1.19
8432678--8432776	28	3.5	28	94	2	180	37	13	0	49	1.42
8432767--8432801	17	2.1	17	88	0	52	80	14	0	5	0.89
8432813--8432898	27	3.2	27	83	4	104	30	23	26	19	1.98
8432972--8433041	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
8432977--8433047	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
8433257--8433297	19	2.1	19	86	4	55	39	9	0	51	1.35
8433265--8433303	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
8433606--8433676	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
8433612--8433680	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
8433756--8433840	27	3.2	26	85	5	100	20	25	23	30	1.98
8433882--8433953	29	2.5	30	89	8	107	48	0	9	41	1.36
8435354--8435383	15	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
8435345--8435413	23	2.9	24	80	14	81	34	0	2	62	1.10
8436034--8436095	29	2.1	31	84	6	83	37	4	6	51	1.49
8436043--8436219	92	1.9	92	84	0	237	35	6	10	47	1.64
8438497--8438649	46	3.3	45	78	5	155	30	18	22	28	1.97
8441147--8441175	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
8441237--8441289	27	2.0	27	85	7	72	54	1	11	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8441417--8441459	22	1.9	23	85	4	61	41	6	11	39	1.68
8446370--8446395	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8447245--8447326	40	2.0	41	83	11	105	10	13	8	67	1.43
8447276--8447333	30	1.9	30	93	6	100	13	12	5	68	1.35
8447873--8448169	114	2.6	113	78	5	312	34	18	20	25	1.96
8448102--8448256	75	2.1	75	81	2	177	34	16	21	27	1.95
8447984--8448351	188	2.0	188	81	4	438	35	17	20	26	1.95
8448171--8448788	114	5.4	114	76	7	545	31	18	22	27	1.97
8448177--8448788	229	2.7	226	80	4	654	31	18	22	27	1.97
8449097--8449151	22	2.6	21	88	2	74	18	0	36	45	1.49
8449109--8449143	14	2.4	14	85	4	52	22	0	34	42	1.54
8449104--8449143	15	2.7	15	84	3	55	22	0	32	45	1.53
8450340--8450437	36	2.6	36	84	10	126	7	27	11	54	1.62
8451792--8451931	69	2.0	69	87	0	199	26	7	24	41	1.82
8453114--8453202	37	2.4	37	88	0	133	41	14	8	34	1.77
8453245--8453320	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
8456458--8456625	47	3.6	45	70	19	132	45	2	3	47	1.35
8456384--8456591	91	2.3	91	89	0	317	46	3	3	46	1.37
8456405--8456566	44	3.6	43	69	19	116	45	1	3	48	1.30
8456404--8456480	28	2.8	28	73	9	52	42	1	3	51	1.28
8456607--8456904	120	2.5	120	92	1	472	42	2	4	49	1.37
8456681--8456864	59	3.1	59	70	17	180	42	1	6	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8456680--8456867	61	3.1	61	69	19	185	43	1	6	48	1.38
8456732--8456783	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8456861--8456909	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
8458548--8458582	18	1.9	18	88	0	52	65	0	20	14	1.26
8470154--8470222	14	4.7	14	71	16	59	53	5	4	36	1.45
8470139--8470233	45	2.1	45	100	0	190	56	4	4	34	1.38
8481587--8481614	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8494207--8494261	22	2.5	22	87	0	83	40	23	10	25	1.87
8506128--8506179	25	2.1	25	100	0	104	42	23	15	19	1.89
8506123--8506182	25	2.3	27	82	14	88	45	21	13	20	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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