genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  81  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23514369--23514888	93	5.5	94	93	2	866	29	29	9	32	1.88
23514369--23514888	47	11.1	47	93	2	866	29	29	9	32	1.88
23514369--23514888	140	3.7	141	93	1	875	29	29	9	32	1.88
23523029--23523330	139	2.2	141	87	1	428	27	27	18	26	1.98
23527731--23527769	20	2.1	19	85	9	53	61	0	12	25	1.31
23530352--23530406	27	2.0	27	100	0	110	40	14	14	30	1.86
23532170--23532344	45	3.9	45	87	3	235	18	22	22	36	1.95
23533072--23533167	47	2.0	48	88	8	142	43	12	14	29	1.82
23535036--23535228	94	2.1	94	95	0	350	40	17	17	23	1.90
23540451--23540510	24	2.4	23	86	10	75	51	3	0	45	1.17
23541147--23541188	11	3.4	12	81	15	50	38	2	0	59	1.10
23541330--23541368	14	2.8	14	92	0	69	43	5	15	35	1.69
23541811--23541849	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
23541884--23541920	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
23541932--23541984	22	2.5	21	84	6	63	54	0	0	45	0.99
23559671--23559865	106	1.8	106	85	2	275	38	18	17	25	1.92
23562459--23562497	19	2.1	19	95	0	69	38	10	7	43	1.67
23565079--23565157	19	4.2	19	90	0	131	37	13	8	39	1.77
23569384--23569414	11	2.8	11	95	0	53	41	0	19	38	1.51
23572764--23572796	16	2.1	16	88	11	50	30	18	3	48	1.63
23579313--23579457	43	3.4	43	77	8	152	29	25	15	29	1.96
23586662--23586708	24	2.0	24	87	8	69	27	4	10	57	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23600717--23601833	87	12.9	87	90	1	1760	32	23	21	23	1.98
23605636--23605680	22	2.1	21	83	4	54	35	0	2	62	1.08
23606408--23606470	31	2.0	31	87	0	90	41	11	14	33	1.81
23608848--23608886	20	2.0	20	89	0	60	38	5	2	53	1.37
23609902--23609963	17	3.6	17	72	12	63	45	17	0	37	1.49
23609896--23609965	35	2.0	35	100	0	140	42	17	0	40	1.49
23614071--23614123	22	2.5	22	88	11	76	22	5	0	71	1.06
23614089--23614145	29	2.0	28	82	3	69	33	3	0	63	1.12
23615688--23615751	33	2.0	34	84	9	89	43	20	10	25	1.84
23620600--23620666	32	2.1	33	82	2	82	25	2	23	47	1.66
23620098--23620915	410	2.0	407	96	1	1496	28	10	18	41	1.84
23624768--23624802	17	2.0	18	88	5	54	74	0	2	22	0.95
23626197--23626241	18	2.6	17	82	6	56	82	4	4	8	0.94
23629939--23630016	27	2.9	26	72	14	68	41	25	15	17	1.89
23631857--23632074	97	2.2	96	82	7	244	42	3	4	50	1.37
23631857--23632046	97	1.9	97	85	4	256	43	3	3	49	1.36
23632224--23632278	28	2.0	28	86	13	78	41	0	0	58	0.98
23637634--23637669	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
23637905--23637939	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23638033--23638074	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23637808--23638099	148	2.0	148	97	0	557	45	3	4	46	1.38
23638042--23638083	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23637843--23638163	148	2.2	148	82	4	344	47	4	3	44	1.40
23638152--23638323	15	11.6	15	65	23	62	51	4	1	43	1.30
23638393--23638440	15	3.1	15	82	8	53	52	2	0	45	1.12
23638392--23638434	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
23638036--23638585	59	9.0	65	65	20	255	49	5	3	41	1.42
23638036--23638692	120	5.4	120	95	2	1133	49	5	3	42	1.42
23638516--23638563	15	3.1	15	82	8	53	52	2	0	45	1.12
23638515--23638557	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
23638634--23638921	91	3.0	93	79	11	284	49	3	3	44	1.35
23638774--23638921	47	3.2	47	66	21	121	46	4	4	44	1.43
23638708--23638921	91	2.3	90	88	4	295	47	3	3	44	1.38
23644668--23644709	22	2.0	21	95	4	75	47	9	35	7	1.64
23646045--23646077	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
23646811--23647104	51	5.8	51	76	6	274	29	14	26	29	1.95
23646811--23647105	102	2.9	102	88	2	416	29	14	26	29	1.95
23647295--23647367	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
23650355--23650417	28	2.2	28	85	0	81	25	14	25	34	1.94
23652777--23652828	3	17.3	3	79	0	59	61	0	38	0	0.96
23653730--23653775	22	2.0	23	83	4	58	30	2	23	43	1.66
23664657--23664840	40	4.6	40	76	9	162	28	26	20	24	1.99
23664660--23664840	80	2.3	80	82	9	201	28	26	20	24	1.99
23672527--23672746	79	2.8	79	80	6	205	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23672564--23672746	40	4.6	40	80	8	187	27	27	20	24	1.99
23680986--23681028	22	2.0	22	100	0	86	48	4	13	32	1.63
23690097--23690131	15	2.2	16	90	5	54	45	11	14	28	1.79
23698876--23698980	35	3.0	34	81	4	120	31	21	22	23	1.98
23711339--23711427	14	6.4	14	72	14	78	55	14	7	22	1.65
23711379--23711437	28	2.1	28	100	0	118	54	13	10	22	1.69
23713015--23713048	17	2.0	17	88	0	50	47	5	14	32	1.69
23718217--23718288	36	2.0	36	89	5	110	34	34	9	20	1.86
23720795--23720888	25	3.8	25	71	5	91	30	23	20	25	1.98
23722590--23722693	35	2.9	35	85	1	136	37	16	23	23	1.93
23736059--23736239	51	3.5	51	80	1	200	25	17	28	27	1.98
23736092--23736227	52	2.6	51	84	2	173	28	15	30	25	1.96
23738879--23738914	19	1.9	19	88	5	56	22	11	5	61	1.50
23741863--23741920	22	2.6	23	78	8	57	65	10	5	18	1.41
23742558--23742954	204	1.9	204	84	3	530	42	11	14	31	1.81
23744898--23744930	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
23744910--23744999	45	2.0	44	89	6	137	34	5	27	32	1.80
23744910--23745015	45	2.5	43	83	11	123	35	4	28	31	1.78
23745144--23745185	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23745153--23745194	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23745283--23745410	18	7.0	18	72	15	93	54	3	0	41	1.21
23745142--23745386	119	2.1	119	91	3	395	50	5	1	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23745286--23745391	37	2.9	37	77	12	105	53	3	0	41	1.25
23745283--23745483	93	2.2	94	96	3	372	52	3	1	41	1.29
23745284--23745406	37	3.4	35	69	18	99	53	3	0	42	1.22
23757858--23757913	3	20.0	3	75	17	50	30	1	3	64	1.21
23757949--23758027	28	2.7	31	79	11	96	41	11	1	45	1.48
23760801--23760913	56	2.0	56	89	1	172	25	26	18	29	1.98
23763583--23763635	19	2.8	20	75	18	58	32	3	1	62	1.24
23763696--23763750	27	2.0	27	92	0	92	43	9	0	47	1.35
23763701--23763763	27	2.3	27	86	2	81	42	9	0	47	1.36
23764823--23764885	31	2.0	31	96	0	117	25	7	12	53	1.65
23772753--23772993	105	2.3	105	85	0	320	31	15	15	36	1.89
23774195--23774346	50	2.9	52	87	5	191	25	25	29	19	1.99
23775883--23775907	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
23776068--23776140	9	8.2	8	92	7	83	39	26	10	23	1.87
23776076--23776137	18	3.4	18	93	0	106	38	27	11	22	1.88
23776068--23776137	27	2.6	27	88	0	104	38	27	10	24	1.87
23776529--23776753	105	2.2	105	86	4	312	31	20	12	36	1.89
23776723--23776945	118	1.9	118	86	1	322	30	13	16	39	1.87
23776895--23777167	106	2.6	105	82	2	305	32	15	12	39	1.85
23776983--23777174	105	1.8	106	83	1	260	34	15	11	38	1.85
23777020--23777240	105	2.1	105	79	1	228	32	16	13	37	1.88
23778179--23778267	31	3.0	28	79	14	90	16	16	17	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23778470--23778525	22	2.5	24	77	13	66	60	1	1	35	1.17
23778494--23778601	10	11.4	10	66	16	61	65	1	2	29	1.17
23778484--23778582	53	1.9	49	86	8	135	61	3	3	32	1.26
23778494--23778604	20	5.9	18	69	20	68	64	1	2	30	1.17
23780239--23780308	30	2.3	31	85	9	90	22	10	18	48	1.78
23780399--23780463	29	2.2	29	78	10	69	38	0	3	58	1.14
23780500--23780540	10	4.2	10	76	17	50	31	0	0	68	0.90
23783352--23783394	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
23786047--23786071	13	1.9	13	100	0	50	16	28	0	56	1.41
23788538--23788584	14	3.5	13	80	8	51	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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