genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  79  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22979392--22979509	29	4.2	29	74	12	120	31	15	23	29	1.95
22979345--22979509	84	2.0	84	86	2	233	32	15	23	28	1.95
22984738--22984790	22	2.4	22	87	0	70	13	11	24	50	1.73
22989282--22989340	27	2.2	27	87	0	82	27	23	11	37	1.90
22991557--22991614	24	2.5	24	94	2	100	13	20	25	39	1.90
22995449--22995473	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22999786--22999811	12	2.2	12	100	0	52	46	30	7	15	1.74
23000912--23001024	19	5.8	19	91	4	190	37	10	15	36	1.83
23000912--23001031	40	3.2	38	90	6	190	37	10	15	36	1.81
23000913--23001024	59	1.9	59	96	0	206	37	10	15	36	1.82
23001786--23001839	23	2.2	24	83	6	74	31	7	3	57	1.44
23002512--23002703	98	2.0	98	93	0	330	28	10	25	36	1.89
23007191--23007225	13	2.8	12	87	12	52	88	8	0	2	0.61
23008494--23008750	132	1.9	132	94	0	451	28	21	26	23	1.99
23008738--23009343	217	2.8	217	91	2	993	28	18	23	28	1.98
23008867--23009246	89	4.4	86	72	12	235	28	19	24	28	1.98
23008742--23009292	44	12.8	43	74	8	338	28	19	23	28	1.98
23008867--23009194	173	1.9	173	83	5	421	27	19	24	28	1.99
23009509--23009600	19	4.8	19	91	0	139	36	11	16	34	1.85
23010363--23010416	23	2.2	24	83	6	74	31	7	3	57	1.44
23011086--23011280	98	2.0	98	94	2	347	28	10	24	36	1.89
23011749--23011860	55	2.0	55	98	0	215	44	13	7	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23011758--23011876	55	2.2	54	89	6	177	47	14	6	31	1.70
23012325--23012349	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
23012749--23012845	25	3.9	26	75	11	80	18	25	21	34	1.96
23015947--23015990	17	2.6	18	78	10	56	50	0	0	50	1.00
23015947--23015989	11	3.8	11	79	14	52	48	0	0	51	1.00
23046677--23046715	19	2.1	19	100	0	78	12	15	35	35	1.86
23047169--23047237	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
23047169--23047237	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
23047218--23047308	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23047360--23047676	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
23047610--23047651	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23047619--23047660	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23047613--23047905	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
23047739--23047780	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23061713--23061754	21	2.0	22	90	4	68	54	4	0	40	1.21
23061771--23061836	19	3.6	17	75	20	62	46	0	0	53	1.00
23061772--23061843	36	1.9	38	86	5	103	48	0	0	51	1.00
23062352--23062388	17	2.1	19	85	10	51	40	5	5	48	1.49
23066081--23066128	25	2.0	25	88	12	73	54	2	0	43	1.12
23067902--23067934	15	2.1	16	88	11	50	12	9	24	54	1.66
23075609--23075661	18	3.0	18	77	2	63	35	3	28	32	1.75
23080478--23080525	19	2.6	18	87	12	62	41	4	31	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23081162--23081195	5	6.6	5	86	6	50	38	0	0	61	0.96
23086787--23086856	33	2.1	33	94	0	122	17	8	31	42	1.79
23086802--23086886	33	2.6	33	84	0	98	23	10	30	35	1.89
23087324--23087357	11	3.2	11	83	8	52	52	5	26	14	1.64
23088931--23088958	12	2.3	12	100	0	56	53	17	0	28	1.44
23105367--23105472	24	4.3	25	73	20	73	66	3	0	29	1.16
23120923--23121044	6	19.8	6	89	8	120	75	9	0	14	1.08
23120928--23121061	12	10.8	12	85	8	126	75	9	0	14	1.04
23120949--23121061	6	20.6	5	88	8	61	75	8	0	15	1.04
23122723--23122780	8	7.4	8	86	9	84	74	0	1	24	0.92
23122732--23122780	3	17.7	3	76	23	54	75	0	0	24	0.80
23122706--23122780	39	1.9	39	83	5	98	72	0	2	25	0.98
23122705--23122780	16	5.0	15	76	16	77	71	0	2	26	1.00
23129473--23129512	12	3.3	12	85	0	53	75	5	0	20	0.99
23131052--23131088	19	1.9	19	88	0	56	43	21	16	18	1.88
23132430--23132455	5	5.2	5	100	0	52	0	23	0	76	0.78
23133177--23133214	11	3.3	12	78	14	53	23	26	5	44	1.74
23139586--23139643	25	2.3	26	78	3	64	41	3	3	51	1.35
23139594--23139642	25	1.9	26	87	4	73	40	4	4	51	1.40
23140167--23140200	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
23147839--23148061	109	2.0	109	97	0	419	34	17	29	19	1.95
23151562--23151796	50	4.7	50	89	0	335	20	31	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23158416--23158553	41	3.4	41	90	0	213	28	23	15	33	1.95
23166989--23167029	17	2.4	18	84	12	59	19	7	0	73	1.07
23170600--23170661	28	2.3	27	86	8	81	30	25	22	20	1.98
23170751--23170857	26	4.1	26	84	4	144	36	23	18	21	1.95
23173283--23173323	18	2.3	18	86	0	55	21	17	17	43	1.87
23173285--23173330	24	1.9	24	86	0	65	26	13	17	43	1.85
23178772--23178818	22	2.1	22	84	7	60	76	0	2	21	0.89
23182598--23182767	32	5.4	32	77	4	157	37	20	21	20	1.94
23183018--23183164	27	5.5	27	81	3	147	24	21	17	36	1.95
23185382--23185424	17	2.5	18	85	11	63	23	0	0	76	0.78
23185386--23185424	13	2.9	13	88	3	51	23	0	0	76	0.78
23186454--23186536	17	4.8	17	73	13	64	74	1	4	19	1.06
23186454--23186538	16	5.2	16	72	17	52	74	1	4	20	1.07
23191568--23191706	42	3.2	43	78	5	138	25	17	26	30	1.97
23197115--23197252	72	1.9	72	92	0	231	29	19	18	31	1.96
23197398--23197600	106	1.9	106	85	5	284	29	16	19	34	1.93
23199211--23199258	25	1.9	25	83	8	62	20	20	10	47	1.79
23199209--23199264	25	2.2	25	78	6	60	19	21	14	44	1.86
23199278--23199417	24	5.7	25	73	13	103	17	25	20	36	1.94
23199258--23199421	49	3.4	50	73	16	155	15	26	20	37	1.93
23199258--23199446	25	7.7	24	73	10	132	16	26	20	35	1.94
23199429--23199500	25	2.9	24	70	14	65	22	22	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23202016--23202053	13	2.8	14	80	19	53	65	7	5	21	1.38
23202412--23202479	29	2.4	29	71	11	68	61	4	0	33	1.16
23203832--23203872	18	2.3	18	84	12	57	63	14	4	17	1.47
23204033--23204059	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
23205513--23205862	50	7.0	50	65	9	167	26	20	20	32	1.97
23205504--23205890	100	3.9	100	84	1	454	26	21	20	32	1.98
23206025--23206348	132	2.5	131	93	3	569	28	25	18	27	1.98
23206117--23206309	44	4.4	43	66	13	115	27	25	17	28	1.98
23206360--23206559	87	2.3	89	92	3	334	23	25	26	25	2.00
23206366--23206503	44	3.2	44	67	8	120	24	26	26	23	2.00
23206389--23206529	43	3.3	43	68	5	122	20	26	28	24	1.99
23206410--23206547	44	3.2	44	68	9	120	22	23	28	24	1.99
23209249--23209314	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
23212744--23212897	28	5.5	28	90	1	220	26	12	27	33	1.92
23216330--23216396	29	2.4	29	71	14	68	61	4	0	34	1.16
23217748--23217788	18	2.3	18	84	12	57	63	14	4	17	1.47
23217948--23217974	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
23228202--23228235	15	2.4	14	90	5	50	76	2	2	17	1.04
23230155--23230217	20	3.2	20	77	8	74	7	22	23	46	1.78
23233727--23233768	20	2.0	20	86	13	59	42	0	0	57	0.99
23235716--23235753	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
23240164--23240212	24	2.0	24	84	7	64	14	28	4	53	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23243425--23243462	19	2.0	19	90	10	60	28	2	0	68	1.03
23245578--23245624	14	3.3	13	85	11	58	17	12	6	63	1.48
23245585--23245635	14	3.8	13	80	14	52	21	7	7	62	1.48
23245613--23245640	11	2.5	11	100	0	56	32	0	10	57	1.33
23257732--23257773	14	3.1	14	89	3	68	38	14	0	47	1.44
23263141--23263209	36	1.9	36	90	0	111	37	33	11	17	1.86
23266125--23266186	31	2.0	32	93	3	108	46	20	9	22	1.80
23272391--23272480	17	5.1	17	75	11	74	34	2	1	62	1.15
23272403--23272498	36	2.6	36	83	5	111	32	2	2	63	1.18
23272446--23272498	9	5.6	10	80	12	51	33	0	1	64	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207