genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  89  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25993361--25993400	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
25993829--25993945	25	4.9	25	72	16	113	43	0	12	43	1.42
25993819--25993989	69	2.5	69	96	0	315	40	0	12	47	1.41
25993992--25994028	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
25994067--25994138	37	1.9	37	94	0	126	50	29	0	20	1.49
25994104--25994161	23	2.5	23	91	0	89	51	24	0	24	1.48
25994066--25994223	60	2.6	60	96	0	298	48	26	0	24	1.51
25994127--25994198	37	1.9	37	94	0	126	48	27	0	23	1.51
25994164--25994508	23	15.5	22	78	14	300	46	27	0	25	1.57
25994187--25994561	44	8.4	44	80	8	272	45	27	0	26	1.59
25994184--25994525	67	5.1	66	80	9	306	45	27	0	25	1.58
25994164--25994547	23	17.3	21	77	13	226	45	27	0	26	1.58
25994558--25994799	115	2.1	116	86	4	337	38	11	7	42	1.69
25997810--25998158	123	2.8	124	94	1	592	32	22	17	27	1.96
25998469--25998501	9	3.7	9	88	11	50	69	6	0	24	1.10
25999211--25999357	10	15.0	10	67	16	60	37	1	3	57	1.24
25999236--25999364	58	2.3	56	81	9	163	36	0	3	59	1.18
25999241--25999369	29	4.5	28	76	16	106	37	0	3	58	1.22
25999327--25999363	19	1.9	19	94	0	65	37	0	0	62	0.96
25999328--25999383	27	2.1	27	82	0	67	42	0	1	55	1.10
25999965--25999993	6	4.8	6	100	0	58	17	17	31	34	1.93
26001624--26001667	20	2.2	20	92	4	72	20	0	4	75	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26008396--26008439	22	2.0	23	86	4	63	36	4	9	50	1.55
26019540--26019576	18	2.1	18	100	0	74	51	10	0	37	1.37
26019779--26019841	24	2.8	22	74	11	56	34	1	6	57	1.34
26020166--26020257	43	2.1	43	95	0	166	29	18	2	50	1.59
26029360--26029410	10	4.7	11	78	9	52	64	1	0	33	1.05
26029362--26029410	21	2.3	23	79	13	59	65	2	0	32	1.04
26035259--26035567	54	5.7	53	77	6	246	25	20	15	39	1.91
26035302--26035567	108	2.5	108	82	1	318	24	20	15	39	1.91
26039846--26039878	12	2.8	12	90	4	50	42	33	18	6	1.75
26040876--26040914	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
26040935--26041021	33	2.7	32	79	13	106	48	18	6	26	1.73
26041014--26041064	20	2.6	20	93	3	86	43	15	5	35	1.71
26041464--26041516	21	2.5	22	84	6	74	30	35	5	28	1.80
26046973--26047092	45	2.7	44	85	5	143	36	16	21	25	1.94
26047113--26047323	46	4.6	46	84	2	255	45	15	20	18	1.85
26050594--26050694	20	5.1	19	75	7	76	36	19	31	11	1.88
26051240--26051282	13	3.4	13	75	18	54	41	9	0	48	1.35
26051230--26051282	25	2.1	25	100	0	106	45	7	0	47	1.31
26056608--26056637	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
26076525--26076560	18	2.0	18	94	0	63	36	5	11	47	1.63
26079594--26079646	27	2.0	27	96	0	97	39	20	16	22	1.92
26085117--26085392	25	11.0	25	87	0	381	39	17	20	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26085117--26085392	75	3.7	75	90	0	426	39	17	20	22	1.92
26085936--26086060	49	2.6	47	83	3	142	36	27	13	22	1.92
26092717--26092744	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
26095135--26095213	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26095331--26095601	47	5.7	47	97	2	472	29	30	8	30	1.87
26095331--26095601	93	2.8	95	94	3	474	29	30	8	30	1.87
26111030--26111218	40	4.8	40	82	3	193	38	16	28	17	1.91
26111042--26111218	80	2.2	79	83	1	219	37	17	28	16	1.92
26111078--26111218	20	7.1	20	66	13	67	36	18	28	17	1.93
26127308--26127383	37	2.0	38	84	2	100	72	9	6	11	1.28
26127755--26127797	14	2.9	14	86	6	59	67	2	9	20	1.30
26127803--26127839	7	5.4	7	84	15	51	67	0	16	16	1.23
26127803--26127839	13	2.8	13	91	4	56	67	0	16	16	1.23
26129150--26129467	50	6.4	50	67	3	174	32	23	20	23	1.98
26129122--26129439	100	3.2	100	85	2	424	32	22	21	23	1.98
26134835--26135113	50	5.5	50	85	4	337	25	21	29	23	1.99
26146877--26147069	50	3.7	50	78	6	172	27	21	29	21	1.99
26147320--26147369	20	2.5	20	81	15	68	56	8	24	12	1.62
26151382--26151424	21	2.0	21	100	0	86	34	18	13	32	1.90
26153214--26153264	21	2.4	22	77	9	61	43	7	1	47	1.43
26157365--26157389	4	6.2	4	100	0	50	24	0	76	0	0.80
26159440--26159482	18	2.5	17	85	7	52	25	30	0	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26163987--26164025	11	3.5	11	83	16	53	71	12	0	15	1.14
26163988--26164034	23	2.1	22	88	11	69	72	10	2	14	1.21
26170491--26171474	504	2.0	504	96	0	1824	28	34	13	22	1.93
26173444--26173484	12	3.5	12	90	3	66	85	0	14	0	0.60
26173446--26173482	16	2.2	16	95	4	65	83	0	16	0	0.64
26173446--26173493	23	2.0	25	88	11	75	79	2	18	0	0.84
26173443--26173483	17	2.4	16	88	11	64	85	0	14	0	0.60
26182199--26182438	51	4.7	50	79	4	257	30	28	15	25	1.96
26182199--26182431	101	2.3	102	84	3	301	31	28	15	24	1.96
26188119--26188198	26	3.1	26	80	5	83	21	18	22	37	1.94
26188306--26188365	28	2.2	26	91	5	93	23	20	25	31	1.98
26195281--26195334	13	4.2	12	82	13	54	24	3	0	72	1.01
26195707--26195747	14	3.0	14	75	17	50	14	21	0	63	1.30
26200440--26200532	24	3.9	24	85	0	132	29	27	19	23	1.98
26217587--26217639	25	2.1	25	100	0	106	47	22	3	26	1.68
26217587--26217628	13	3.3	13	73	6	50	42	23	4	28	1.74
26219171--26219530	187	1.9	184	82	5	447	37	12	14	36	1.84
26229656--26229881	109	2.1	109	99	0	443	31	9	17	41	1.81
26240373--26240429	26	2.2	26	87	9	80	31	0	0	68	0.90
26244872--26245189	113	2.8	113	95	0	557	29	15	17	37	1.91
26254977--26255063	25	3.5	25	81	10	99	24	24	21	29	1.99
26260302--26260342	20	2.0	20	85	0	55	53	9	12	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26273298--26273340	21	2.0	21	91	8	70	16	27	4	51	1.64
26275637--26275775	68	2.0	68	87	2	199	22	23	18	35	1.95
26276580--26276638	29	2.0	29	86	0	82	42	1	25	30	1.65
26277027--26277167	50	2.8	50	79	2	140	25	19	29	26	1.98
26285342--26285434	47	2.0	47	97	0	177	38	8	33	19	1.82
26293613--26293653	21	2.0	21	90	0	64	34	7	36	21	1.82
26307185--26307218	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
26309085--26309129	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
26315903--26315983	5	15.6	5	74	8	56	16	4	4	74	1.17
26324012--26324036	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
26334454--26334531	40	2.0	40	86	0	111	33	17	17	30	1.94
26334505--26334678	75	2.3	75	86	0	258	31	17	22	29	1.96
26335088--26335271	7	25.9	7	70	11	70	22	0	34	42	1.58
26335083--26335212	14	9.1	14	77	10	93	23	0	29	46	1.57
26336234--26336495	40	6.6	40	84	1	301	15	30	17	36	1.91
26336234--26336495	20	13.1	20	68	10	108	15	30	17	36	1.91
26338006--26338064	30	2.0	30	93	0	100	28	25	27	18	1.98
26338007--26338072	30	2.2	30	88	0	96	25	25	28	19	1.99
26338113--26338161	12	4.1	12	97	0	89	24	38	26	10	1.87
26338113--26338174	24	2.6	24	87	5	90	25	37	25	11	1.89
26344728--26344756	14	2.0	15	93	6	51	34	13	6	44	1.71
26359448--26359477	13	2.3	13	94	0	51	46	13	6	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26360487--26360525	20	2.0	20	100	0	78	30	5	0	64	1.15
26365384--26365430	19	2.4	19	76	13	51	4	17	6	72	1.22
26388823--26388939	61	1.9	61	92	0	198	49	5	1	42	1.37
26399756--26399872	61	1.9	61	92	0	198	49	5	1	42	1.37
26413089--26413126	18	2.1	18	90	0	58	23	28	31	15	1.96
26425065--26425220	71	2.2	71	82	0	186	31	28	12	28	1.92
26436441--26436566	63	2.0	63	98	0	243	49	3	8	38	1.53
26438322--26438390	36	1.9	36	88	5	104	36	14	23	26	1.93
26439322--26439376	28	2.0	28	92	0	92	47	16	10	25	1.79
26440349--26440408	31	2.0	30	83	3	75	23	21	3	51	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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