genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  196  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58957836--58958077	130	1.9	129	83	4	317	26	21	20	31	1.98
58958014--58958256	85	2.8	84	73	9	229	29	23	16	30	1.97
58958635--58961184	46	55.4	46	88	0	3618	29	29	15	25	1.96
58962071--58962357	96	3.0	97	86	2	398	47	8	17	26	1.76
58962640--58962691	8	6.6	8	86	4	61	1	15	0	82	0.75
58962640--58962707	20	3.5	19	84	6	82	1	13	2	82	0.86
58963090--58963114	13	1.9	13	100	0	50	4	0	8	88	0.64
58967291--58967325	16	2.2	16	89	0	52	68	0	2	28	1.04
58969081--58969539	44	10.7	41	69	15	162	27	23	19	30	1.98
58969081--58969245	85	2.0	84	83	6	208	27	20	22	29	1.98
58969126--58969415	129	2.2	130	82	4	345	26	22	20	30	1.98
58969208--58969544	173	1.9	173	84	4	446	27	24	18	29	1.98
58969254--58969611	173	2.1	174	82	5	422	27	24	17	29	1.97
58979455--58979495	18	2.4	17	84	15	57	70	7	2	19	1.22
58979455--58979486	9	3.7	9	95	4	57	68	9	0	21	1.17
58986056--58986104	24	2.1	23	85	7	64	24	8	6	61	1.47
58986278--58986331	25	2.2	25	86	3	74	29	1	5	62	1.28
58989678--58989883	108	1.9	105	89	2	313	33	18	18	29	1.95
58990511--58990568	30	1.9	31	85	3	82	55	1	10	32	1.44
58992047--58992080	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
58994851--58994897	17	2.6	18	83	6	51	78	4	6	10	1.06
58994860--58994899	20	2.0	20	90	4	64	80	2	5	12	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58994918--58995038	3	40.7	3	70	1	64	62	3	4	28	1.32
58996090--58996282	98	2.0	98	97	1	370	10	14	26	47	1.77
58997199--58997286	29	3.0	29	83	0	104	20	29	37	12	1.89
58997577--58997619	20	2.2	20	86	0	59	25	30	25	18	1.98
59005196--59005549	166	2.1	165	82	3	417	44	20	11	24	1.84
59014617--59014670	22	2.4	22	78	9	56	40	5	1	51	1.36
59015468--59015505	20	1.9	19	85	15	51	52	2	2	42	1.29
59016586--59016624	19	2.1	19	90	0	60	2	28	12	56	1.50
59016825--59016858	12	2.8	12	86	0	50	38	5	35	20	1.77
59024025--59024063	6	6.5	6	87	0	51	15	10	53	20	1.70
59024575--59024601	7	3.9	7	100	0	54	0	14	70	14	1.17
59029672--59029722	17	3.2	17	70	13	54	35	3	3	56	1.36
59032667--59032763	40	2.4	40	81	6	106	34	7	11	47	1.67
59032963--59033023	30	2.0	30	100	0	122	42	9	6	40	1.64
59036535--59036578	8	5.5	8	80	20	56	84	0	13	2	0.73
59040185--59040279	50	1.9	50	93	4	165	42	25	10	22	1.85
59044524--59044555	6	5.2	6	96	3	55	65	0	0	34	0.93
59056413--59056464	25	2.1	25	82	13	63	0	28	3	67	1.08
59059048--59059091	21	2.1	21	86	0	61	18	13	27	40	1.88
59059569--59059605	17	2.2	17	90	4	58	10	24	0	64	1.25
59061951--59062035	3	28.0	3	79	11	93	31	3	1	63	1.19
59065918--59065950	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59067023--59067099	30	2.5	30	83	10	95	23	7	16	51	1.70
59068874--59068915	17	2.6	16	77	7	57	59	11	11	16	1.61
59075918--59076473	193	2.8	196	89	1	805	35	16	16	31	1.91
59077186--59077238	23	2.3	24	78	15	58	67	0	0	32	0.91
59081075--59081432	194	1.8	194	89	0	554	34	15	16	33	1.91
59103286--59103338	23	2.3	24	78	15	58	67	0	0	32	0.91
59103763--59103801	19	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
59107315--59107870	193	2.8	196	89	1	814	35	16	16	32	1.91
59113395--59113752	194	1.8	194	89	0	554	34	15	16	33	1.91
59116189--59116744	193	2.8	196	89	1	805	35	16	16	31	1.91
59117759--59117827	31	2.2	31	86	0	93	24	14	13	47	1.79
59121454--59121503	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
59121639--59121672	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
59123170--59123227	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
59123439--59123470	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
59123565--59123806	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
59123565--59123814	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
59129641--59129697	30	1.9	30	85	3	80	42	1	24	31	1.65
59129909--59129940	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
59130035--59130276	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
59130035--59130284	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
59132351--59132441	44	2.1	44	81	4	103	27	21	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59132457--59133050	44	13.3	44	72	8	414	27	23	18	30	1.97
59132457--59133069	133	4.6	132	71	7	414	27	23	17	31	1.97
59132427--59133085	89	7.4	89	84	5	741	27	23	17	31	1.97
59139346--59139395	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
59139540--59139564	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59140915--59140954	20	1.9	21	85	10	55	55	0	5	40	1.22
59143981--59145021	193	5.4	193	87	4	1394	33	15	17	33	1.92
59143981--59145012	374	2.7	379	84	5	1308	33	15	17	33	1.91
59144562--59145021	196	2.4	193	88	1	659	33	15	17	33	1.91
59151564--59152866	241	5.5	239	87	2	1770	34	16	13	35	1.88
59151564--59152866	476	2.7	475	89	2	1923	34	16	13	35	1.88
59154494--59154532	17	2.3	17	82	8	53	38	0	5	56	1.22
59168187--59168225	16	2.4	16	82	4	51	38	0	2	58	1.12
59168492--59168581	43	2.0	45	89	6	139	53	5	25	15	1.64
59168783--59168815	4	8.2	4	93	0	57	72	0	24	3	0.98
59170832--59170866	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
59171662--59171750	33	2.7	33	75	0	88	20	40	15	23	1.91
59171967--59172202	65	3.7	64	87	6	293	47	11	8	32	1.71
59172196--59173552	676	2.0	677	92	1	2254	29	23	19	28	1.98
59181248--59181276	8	3.8	8	90	9	51	0	13	0	86	0.58
59181248--59181276	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
59182090--59182164	22	3.4	21	75	12	71	65	8	5	21	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59183774--59183817	21	2.2	20	84	12	54	40	2	2	54	1.25
59183897--59183936	21	1.9	21	94	0	71	42	10	5	42	1.60
59187801--59187839	5	7.8	5	97	0	69	35	0	43	20	1.52
59188207--59188231	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
59190461--59190502	18	2.2	20	83	8	52	69	0	16	14	1.20
59194395--59194432	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
59194641--59194795	3	52.7	3	68	11	61	58	3	5	32	1.39
59201542--59201610	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
59201542--59201610	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
59201591--59201681	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
59201826--59201880	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
59201832--59201880	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
59202062--59202113	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
59202197--59202237	16	2.5	17	85	14	52	53	0	2	43	1.13
59201829--59202238	120	3.4	120	94	2	702	50	5	1	42	1.36
59207983--59208023	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
59209448--59209479	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
59210481--59210574	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
59211063--59211532	9	51.6	9	69	24	176	46	15	0	37	1.50
59211234--59211484	31	7.5	31	77	16	241	46	15	0	37	1.46
59211118--59211484	103	3.5	103	95	1	619	46	15	0	37	1.51
59211425--59211500	16	4.8	16	75	15	86	44	22	0	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59211425--59211531	47	2.3	47	96	0	196	45	19	0	34	1.51
59211615--59211650	19	1.9	18	94	5	63	47	11	2	38	1.54
59216831--59216874	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
59217787--59217837	21	2.4	21	83	0	57	41	17	37	3	1.68
59217721--59217904	87	2.1	87	85	2	244	41	19	28	10	1.84
59217887--59217926	21	1.9	21	89	0	62	37	12	42	7	1.71
59218248--59218636	43	9.1	42	91	2	521	21	21	27	29	1.98
59221042--59221170	52	2.5	52	86	10	185	29	30	13	26	1.94
59225495--59225623	52	2.5	51	86	3	170	30	29	13	26	1.94
59225972--59226006	17	2.1	17	89	10	54	40	0	22	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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