genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  84  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438077--24438491	27	15.4	27	86	3	398	25	15	18	40	1.90
24438073--24438491	54	7.8	55	83	6	461	24	15	18	40	1.90
24438094--24438492	81	4.9	81	83	5	479	25	15	18	41	1.89
24444809--24444841	11	3.3	10	88	12	50	81	9	0	9	0.87
24445732--24445770	6	6.0	6	85	14	51	66	0	17	15	1.25
24445732--24445780	7	7.3	7	82	15	59	65	0	18	16	1.28
24445732--24445780	20	2.5	19	86	6	62	65	0	18	16	1.28
24445732--24445771	13	3.0	13	96	3	71	67	0	17	15	1.23
24447007--24447627	87	7.1	87	88	3	827	28	22	25	23	2.00
24447062--24447546	44	11.1	43	62	16	138	27	22	25	24	2.00
24447007--24447627	264	2.4	263	90	1	953	28	22	25	23	2.00
24447694--24447847	50	3.1	50	73	1	157	30	24	20	24	1.99
24447696--24447914	100	2.2	100	80	5	228	34	22	17	25	1.96
24450727--24450808	28	3.0	28	96	1	148	23	18	15	42	1.88
24452750--24452828	37	2.1	37	88	4	115	24	30	20	25	1.98
24452947--24453153	47	4.4	47	91	0	315	28	29	9	32	1.88
24455616--24455688	35	2.2	32	78	7	74	47	13	30	8	1.72
24459697--24459969	41	6.7	40	82	6	300	24	19	23	32	1.97
24459697--24459966	122	2.2	123	85	4	359	24	18	23	32	1.97
24460292--24460328	14	2.6	14	91	0	56	24	0	27	48	1.51
24460377--24460409	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
24460429--24460695	145	1.9	139	83	10	346	29	1	27	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24465666--24465827	43	3.7	43	79	2	173	24	18	25	31	1.97
24468334--24468381	25	1.9	25	86	0	69	29	27	18	25	1.98
24474980--24475050	17	4.3	16	75	7	79	21	14	15	49	1.79
24476319--24476409	48	1.9	47	93	2	155	39	27	14	18	1.89
24478177--24478571	27	14.9	27	76	11	223	41	19	16	21	1.90
24478192--24478542	54	6.6	53	74	12	267	42	19	17	21	1.89
24478202--24478542	81	4.3	80	80	5	333	42	19	17	20	1.90
24478460--24478497	19	2.0	19	90	10	60	47	15	15	21	1.82
24478434--24478524	46	2.0	46	82	4	112	46	18	15	19	1.84
24478406--24478544	73	1.9	73	89	0	215	44	17	16	21	1.86
24478957--24479135	28	6.4	28	85	3	236	23	21	21	32	1.98
24478957--24479130	84	2.1	84	90	2	269	23	21	21	32	1.98
24489778--24489812	13	2.7	13	86	0	52	25	5	0	68	1.11
24492751--24492828	6	12.3	6	79	15	77	1	6	12	79	0.98
24492798--24492840	14	3.2	14	80	9	54	6	4	6	81	0.98
24492792--24492834	20	2.2	20	87	8	61	4	6	9	79	1.06
24492761--24492840	26	3.2	24	77	20	76	3	6	10	80	1.02
24493738--24493762	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24508970--24509053	42	2.0	42	85	0	114	17	35	27	19	1.94
24516346--24516461	32	3.6	32	86	1	151	40	8	7	43	1.64
24520368--24520400	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24522289--24522342	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24522278--24522349	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
24522289--24522365	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
24529889--24529986	46	2.1	46	88	3	144	14	3	37	44	1.60
24530254--24530326	30	2.4	30	90	0	119	21	30	24	23	1.99
24542967--24543058	46	2.0	46	100	0	184	41	28	8	21	1.83
24568183--24568277	5	19.0	5	98	0	163	40	0	3	56	1.15
24583060--24583140	37	2.2	37	90	0	135	25	11	18	44	1.83
24587487--24587511	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
24587495--24587620	55	2.3	55	98	0	243	46	4	11	38	1.61
24587615--24587739	29	4.3	29	86	6	171	28	2	27	41	1.68
24587785--24587899	36	3.2	36	65	11	92	46	15	4	33	1.66
24587745--24587929	71	2.6	71	95	0	334	44	14	3	37	1.62
24587817--24587927	25	4.6	25	68	20	83	45	14	2	37	1.59
24588330--24588364	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
24590149--24590327	50	3.6	50	86	6	240	29	27	14	28	1.95
24590144--24590484	51	6.8	50	73	11	252	30	26	15	27	1.96
24590153--24590429	50	5.5	50	73	10	137	30	25	15	28	1.96
24590148--24590483	102	3.3	101	81	6	326	30	26	15	27	1.96
24592301--24592331	15	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
24592368--24592418	25	2.0	25	96	0	93	21	27	13	37	1.91
24592455--24592500	21	2.2	21	88	3	67	67	0	0	32	0.91
24592449--24592513	32	2.1	30	94	5	112	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24592538--24592626	29	3.3	29	59	20	66	39	1	29	30	1.64
24592515--24592636	51	2.4	51	91	4	192	40	0	29	28	1.62
24592609--24592634	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
24596292--24596323	11	2.8	11	95	4	55	46	0	0	53	1.00
24601463--24601550	44	2.0	43	84	6	115	37	19	14	28	1.91
24601827--24601884	28	2.1	28	100	0	116	51	13	3	31	1.58
24604704--24604808	53	2.0	54	90	1	167	29	14	16	40	1.87
24605697--24605740	19	2.3	20	92	7	74	13	4	6	75	1.17
24606145--24606313	7	23.7	7	68	14	60	44	33	0	21	1.57
24606203--24606250	15	3.3	15	85	2	62	43	37	0	18	1.51
24606206--24606313	22	5.0	21	68	6	74	45	31	0	22	1.59
24606203--24606318	14	8.1	14	76	11	76	46	30	0	22	1.58
24606457--24606510	14	3.8	14	75	4	54	46	33	0	20	1.51
24606533--24606651	40	3.0	39	83	3	139	26	22	21	30	1.99
24606691--24606881	40	4.8	40	88	1	274	25	24	22	27	2.00
24609068--24609101	8	4.1	8	88	7	50	82	0	5	11	0.83
24617521--24617568	6	7.8	6	84	13	53	77	0	2	20	0.88
24617522--24617568	16	3.0	16	75	6	51	76	0	2	21	0.89
24627086--24627183	41	2.4	40	81	8	126	21	25	7	45	1.77
24629210--24629291	29	2.7	30	84	5	103	46	13	9	30	1.75
24635040--24635089	21	2.4	21	79	0	55	32	8	28	32	1.86
24635301--24635362	32	2.0	31	83	3	79	41	0	4	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24639712--24639742	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24639859--24639901	22	2.0	23	90	9	72	23	32	0	44	1.54
24640761--24640786	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
24654851--24654911	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
24655086--24655127	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24655077--24655118	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24655351--24655381	16	1.9	16	93	0	53	38	38	0	22	1.54
24660994--24661092	10	10.2	10	70	12	55	64	0	4	31	1.12
24661000--24661077	29	2.7	29	78	7	88	66	0	3	29	1.09
24660994--24661092	19	5.1	20	71	10	55	64	0	4	31	1.12
24660927--24661099	28	6.1	27	69	20	90	61	1	5	31	1.25
24661410--24661565	86	1.8	85	86	2	224	27	6	23	42	1.78
24661410--24661585	86	2.0	84	82	6	210	31	7	21	39	1.81
24667176--24667431	45	5.7	45	84	2	282	37	13	21	28	1.91
24667173--24667416	89	2.7	89	81	3	283	38	12	21	27	1.90
24673827--24673871	23	2.0	23	100	0	90	20	4	40	35	1.72
24683138--24683197	25	2.4	25	80	5	68	65	0	28	6	1.18
24683122--24683181	17	3.4	18	77	8	52	68	0	25	6	1.14
24683120--24683195	39	1.9	39	84	10	102	64	0	27	7	1.21
24687186--24687210	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
24710233--24710293	29	2.1	30	84	9	81	21	32	0	45	1.52
24718462--24718498	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24718551--24718581	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24722209--24722250	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
24722354--24722568	45	4.8	45	83	1	279	44	15	18	21	1.87
24722392--24722460	22	3.1	22	66	30	56	52	11	15	20	1.74
24723406--24723485	35	2.3	35	86	0	115	20	11	30	38	1.87
24726534--24726586	22	2.5	22	79	11	58	32	16	15	35	1.90
24731302--24731338	18	2.1	18	100	0	74	21	10	0	67	1.21
24732998--24733038	19	2.2	20	82	8	50	29	0	29	41	1.56
24748109--24748161	4	13.2	4	100	0	106	24	0	24	50	1.49
24748301--24748367	18	3.8	18	71	13	59	43	7	14	34	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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