genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19994411--19994446	9	4.0	9	88	0	54	75	2	0	22	0.94
19994401--19994448	18	2.7	17	81	9	51	70	2	0	27	0.98
19994652--19994692	19	2.0	21	86	9	59	68	4	9	17	1.35
19994857--19994899	23	1.9	22	90	4	68	44	13	4	37	1.65
19994857--19994933	19	3.8	19	89	6	91	40	15	7	36	1.76
19994883--19994943	19	3.3	18	88	4	61	37	16	11	34	1.85
19995774--19996149	44	8.7	44	81	6	401	29	24	17	28	1.97
19995774--19996109	126	2.6	125	87	5	476	28	25	16	28	1.97
19995835--19996149	170	1.9	170	86	1	452	30	24	17	27	1.97
19996149--19996638	88	5.6	88	86	0	611	21	24	27	27	1.99
19996363--19996573	43	4.8	44	66	11	135	20	27	26	25	1.99
19998845--19998897	25	2.2	25	86	10	74	62	5	11	20	1.49
19998845--19998912	25	2.7	23	82	11	55	60	5	11	22	1.52
20003144--20003177	3	11.3	3	87	12	52	64	0	0	35	0.94
20003143--20003177	18	2.0	18	94	5	63	62	0	0	37	0.95
20003144--20003193	21	2.4	21	83	9	59	66	2	0	32	1.03
20003398--20003436	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
20003595--20003652	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
20003608--20003705	19	4.8	19	83	9	115	39	16	7	36	1.76
20003642--20003704	21	3.1	21	88	9	103	39	14	7	38	1.75
20004551--20004605	7	7.9	7	97	0	101	43	0	0	56	0.99
20004551--20004614	21	3.0	21	93	4	101	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20004615--20004655	12	3.4	12	86	6	57	51	0	2	46	1.14
20008646--20008723	31	2.5	29	79	10	84	74	5	17	2	1.12
20011909--20012013	37	2.8	37	91	5	160	18	16	29	36	1.92
20012964--20013020	25	2.3	25	90	0	87	21	26	35	17	1.95
20012964--20013028	25	2.6	24	85	4	76	23	27	32	16	1.96
20013763--20013819	25	2.3	25	87	0	78	24	14	21	40	1.90
20013871--20013930	13	4.5	13	76	15	59	53	1	13	31	1.50
20013868--20013992	41	3.1	41	80	7	157	45	1	18	34	1.59
20014804--20014849	22	2.1	22	95	0	83	32	4	34	28	1.77
20015578--20015621	22	2.0	22	100	0	88	9	50	4	36	1.55
20015863--20015903	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
20019018--20019054	9	4.1	9	89	0	56	35	10	40	13	1.80
20023203--20023279	27	2.9	27	73	9	77	32	15	2	49	1.58
20025294--20025471	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
20025295--20025450	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
20025291--20025471	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
20025376--20025482	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
20033389--20033566	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
20033390--20033545	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
20033386--20033566	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
20033471--20033577	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
20034031--20034081	24	2.1	24	100	0	102	21	25	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20042973--20043036	30	2.1	30	100	0	128	43	12	4	39	1.63
20050905--20051075	85	2.0	85	91	2	281	33	18	5	43	1.72
20052887--20052979	47	2.0	47	97	0	177	19	32	18	30	1.95
20053251--20053310	30	2.0	30	100	0	120	56	6	6	30	1.51
20054389--20054419	16	1.9	16	93	0	53	41	9	25	22	1.84
20054409--20054501	44	2.1	44	86	9	127	32	4	27	35	1.77
20056365--20056406	20	2.1	20	100	0	84	42	14	14	28	1.84
20058064--20058167	52	2.0	51	96	1	190	33	16	22	27	1.95
20059668--20059759	46	2.0	47	97	2	177	19	19	23	36	1.95
20062487--20062539	27	2.0	27	92	0	88	43	13	16	26	1.85
20063517--20063550	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
20064831--20064871	21	2.0	20	90	4	64	53	4	0	41	1.22
20064863--20064892	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
20067012--20067049	19	2.0	19	85	10	51	76	0	0	23	0.79
20068864--20068944	40	2.0	41	87	4	119	23	25	25	24	2.00
20069023--20069333	97	3.2	96	85	7	423	41	1	17	39	1.60
20069871--20069896	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
20069875--20069914	16	2.4	16	87	8	53	47	0	0	52	1.00
20076855--20076895	21	2.0	21	85	0	55	9	17	0	73	1.09
20076855--20076911	21	2.7	21	81	8	53	8	19	0	71	1.11
20076884--20076917	15	2.1	17	89	10	54	5	23	0	70	1.09
20079414--20079515	30	3.4	30	82	5	134	29	21	3	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20079894--20079936	3	14.0	3	81	13	52	62	0	37	0	0.95
20079894--20079922	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
20079894--20079950	24	2.4	24	85	2	71	68	0	31	0	0.90
20080033--20080072	15	2.7	14	84	7	53	85	12	2	0	0.71
20080046--20080089	21	2.1	21	86	0	61	79	13	6	0	0.92
20080227--20080290	15	4.6	14	74	14	62	78	0	21	0	0.76
20080235--20080280	10	4.4	11	84	15	62	76	0	23	0	0.79
20080425--20080493	5	12.5	6	87	7	62	28	0	0	71	0.87
20080660--20080702	22	2.0	22	86	8	63	34	13	9	41	1.77
20080814--20081157	17	19.5	18	69	17	163	29	14	10	45	1.79
20080806--20080874	36	1.9	35	88	2	102	28	14	11	44	1.80
20080856--20081157	34	8.6	34	74	13	188	29	14	10	45	1.77
20080856--20081212	34	10.2	33	71	16	156	31	12	10	45	1.76
20081158--20081213	18	3.6	15	71	15	51	41	5	8	44	1.58
20085510--20086090	44	13.2	45	83	6	199	32	23	13	30	1.92
20085548--20086064	88	5.9	88	89	3	713	33	23	12	31	1.91
20085561--20086064	132	3.8	132	92	1	780	32	23	11	31	1.91
20102376--20102415	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
20108154--20108213	21	2.8	21	79	2	66	53	21	0	25	1.46
20113063--20113131	20	3.5	20	71	11	61	40	2	17	39	1.64
20113221--20113304	20	4.2	20	67	3	53	38	3	15	42	1.64
20115479--20115512	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20120118--20120151	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
20125478--20125528	12	3.9	13	76	16	52	68	0	9	21	1.18
20125728--20125817	33	2.8	32	79	14	94	44	2	12	41	1.54
20126632--20126682	26	1.9	26	88	11	77	56	11	9	21	1.63
20126855--20126904	23	2.0	24	81	11	57	46	8	4	42	1.52
20126961--20127000	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
20142958--20143006	3	16.7	3	95	4	91	30	0	0	69	0.89
20143210--20143264	26	2.1	26	83	6	67	27	10	9	52	1.66
20144714--20144902	96	2.0	96	86	2	263	34	13	17	34	1.89
20148153--20148197	22	2.0	22	83	12	56	64	2	0	33	1.06
20159318--20159428	42	2.6	42	80	12	120	23	23	33	19	1.97
20162768--20162915	62	2.4	63	79	6	158	22	21	29	27	1.99
20164254--20164315	26	2.4	26	86	2	90	51	1	6	40	1.37
20166297--20166327	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
20168369--20168711	172	2.0	172	95	0	614	38	17	12	31	1.88
20171711--20171751	22	1.9	22	85	5	57	36	4	12	46	1.63
20184143--20184198	21	2.6	22	75	8	53	30	16	28	25	1.96
20184658--20184705	24	2.1	22	81	11	53	58	16	6	18	1.59
20184991--20185020	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
20184978--20185020	20	2.3	18	88	8	59	69	0	0	30	0.88
20188958--20189051	30	3.1	30	89	1	134	25	24	7	42	1.80
20188968--20189045	15	5.2	15	67	11	52	25	21	8	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20190331--20190365	17	2.1	17	88	0	52	20	28	0	51	1.47
20199647--20199683	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
20199732--20199792	30	2.0	31	87	3	88	19	44	0	36	1.51
20201420--20201509	30	3.0	30	76	7	94	30	20	17	32	1.95
20205186--20205240	12	4.8	12	77	20	55	52	0	3	43	1.18
20205204--20205242	14	2.8	14	88	0	60	51	0	5	43	1.24
20205373--20205443	3	22.7	3	78	16	65	64	2	5	26	1.29
20207015--20207596	100	5.8	100	89	2	756	22	22	24	30	1.99
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20207700--20208317	44	13.8	44	73	13	431	28	21	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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