genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7281480--7281541	24	2.5	25	86	5	90	58	0	4	37	1.20
7281480--7281541	19	3.0	20	83	6	72	58	0	4	37	1.20
7289623--7289659	17	2.2	17	90	0	56	35	0	16	48	1.46
7295370--7295432	20	3.2	20	75	18	60	52	1	4	41	1.32
7298208--7298245	15	2.5	15	83	8	51	15	13	2	68	1.32
7298293--7298331	19	2.1	19	90	9	62	33	10	5	51	1.58
7299219--7299252	6	5.7	6	92	0	50	88	11	0	0	0.52
7307383--7307439	28	2.0	28	100	0	114	36	21	17	24	1.94
7309566--7309620	29	2.0	28	85	7	76	43	1	5	49	1.36
7314601--7314641	7	5.9	7	100	0	82	41	0	14	43	1.45
7314806--7314853	20	2.3	21	92	3	80	14	31	20	33	1.93
7314860--7314955	22	4.3	22	79	1	102	17	29	18	34	1.94
7315754--7315779	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
7315728--7315848	42	3.0	43	80	9	139	36	1	0	61	1.06
7315786--7315853	19	3.6	19	67	15	59	36	0	0	63	0.95
7318361--7318420	23	2.6	22	76	7	57	48	5	0	46	1.24
7327584--7327610	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
7329754--7329806	15	3.3	15	73	14	52	32	9	0	58	1.30
7329754--7329811	12	5.1	12	73	12	50	31	10	0	58	1.31
7340481--7340899	45	9.4	44	72	8	294	31	17	23	27	1.97
7340491--7340915	89	4.8	89	90	1	620	30	17	23	28	1.97
7340915--7341167	132	1.9	132	83	4	323	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7341950--7341978	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
7342526--7342572	3	15.7	3	78	8	51	31	6	0	61	1.21
7342526--7342571	12	3.8	12	86	11	67	32	6	0	60	1.22
7342537--7342583	19	2.5	19	80	16	53	31	6	0	61	1.21
7343496--7343592	4	22.8	4	78	12	79	71	3	4	21	1.17
7343496--7343624	8	14.3	9	70	20	67	70	3	5	20	1.21
7343540--7343609	5	14.4	5	85	7	60	72	2	2	21	1.10
7343540--7343617	37	2.1	37	82	15	92	71	2	5	20	1.17
7345491--7345703	44	4.9	43	76	9	155	28	20	19	30	1.97
7345533--7345715	44	4.2	43	78	10	167	27	20	20	31	1.97
7345792--7345841	25	2.0	25	88	0	73	28	18	18	36	1.94
7345717--7346186	125	3.8	125	94	0	807	25	19	19	34	1.96
7346133--7347503	100	13.7	100	92	1	2142	26	19	21	32	1.97
7346165--7347490	50	26.6	50	78	8	1306	26	19	21	32	1.97
7349931--7349981	20	2.5	20	84	6	59	13	5	7	72	1.26
7349945--7350015	12	5.7	13	72	23	55	12	1	11	74	1.13
7349952--7350019	20	3.6	20	77	18	83	11	0	10	77	0.98
7349952--7350019	28	2.4	28	92	4	111	11	0	10	77	0.98
7349952--7350021	19	3.7	19	80	19	85	11	0	10	78	0.96
7350739--7350775	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
7351249--7351297	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
7352968--7353072	4	24.8	4	80	12	88	71	2	3	21	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7353011--7353089	5	16.4	5	84	8	71	73	2	2	21	1.07
7352968--7353097	43	2.9	45	79	18	121	70	3	4	21	1.19
7352968--7353097	47	2.8	46	81	14	119	70	3	4	21	1.19
7358371--7358712	125	2.8	123	88	2	506	32	21	13	31	1.93
7359966--7360013	19	2.5	19	89	3	78	60	0	0	39	0.97
7359975--7360022	26	1.9	24	83	8	60	54	0	0	45	0.99
7362509--7362703	4	48.8	4	100	0	390	50	24	0	25	1.50
7376422--7376484	33	1.9	33	90	0	99	42	11	4	41	1.61
7379271--7379346	22	3.7	22	68	20	56	48	1	10	39	1.46
7379486--7379534	3	16.7	3	78	4	55	59	4	2	34	1.28
7381160--7382868	99	17.3	99	85	1	2087	25	21	22	31	1.98
7383167--7383228	24	2.6	24	74	5	63	27	20	12	38	1.90
7383680--7383879	108	1.9	107	85	3	276	47	10	16	26	1.78
7395361--7395407	20	2.4	19	76	13	51	51	0	10	38	1.37
7395452--7395496	21	2.1	21	87	4	63	53	2	11	33	1.49
7395579--7395626	3	16.0	3	82	0	60	62	2	2	33	1.18
7398306--7398363	26	2.2	26	81	3	62	24	12	6	56	1.59
7401884--7402404	44	11.7	44	73	10	344	28	23	19	29	1.98
7402016--7402367	178	2.0	178	90	0	551	26	25	19	28	1.99
7402488--7403143	50	13.1	50	70	3	379	24	20	22	32	1.98
7402475--7403294	100	8.1	100	85	4	982	24	20	22	32	1.98
7403030--7403253	110	2.0	112	86	3	317	23	21	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7403144--7403284	46	3.0	46	71	11	124	22	21	24	31	1.98
7404162--7404198	19	1.9	19	94	0	65	0	13	2	83	0.74
7404162--7404208	16	2.7	17	87	9	60	2	10	2	85	0.78
7404160--7404208	20	2.5	20	80	6	57	2	12	2	83	0.82
7408595--7408838	120	2.0	120	97	0	461	36	25	5	31	1.80
7413255--7413452	50	3.8	50	81	4	198	28	20	27	23	1.99
7424238--7424291	26	2.1	26	100	0	108	33	7	7	51	1.58
7425266--7425298	15	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
7425293--7425364	20	3.7	19	85	7	92	37	0	6	55	1.27
7427477--7427515	16	2.6	15	88	11	62	61	2	0	35	1.10
7427811--7427877	22	3.0	22	78	8	73	16	25	16	41	1.88
7436609--7436687	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
7436806--7437198	47	8.3	47	93	1	642	29	29	8	32	1.87
7444219--7444260	21	2.0	21	81	9	50	42	0	9	47	1.36
7445986--7446041	15	3.7	15	76	7	51	62	8	0	28	1.25
7446243--7446282	21	1.9	21	84	0	53	75	7	10	7	1.20
7455215--7455256	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
7460106--7460238	50	2.6	51	85	3	180	22	18	29	29	1.98
7462090--7462126	19	1.9	19	88	0	56	32	2	16	48	1.60
7469559--7470601	477	2.2	477	94	0	1840	27	22	16	33	1.95
7474402--7474456	26	2.1	26	100	0	110	23	20	21	34	1.97
7493802--7493842	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7504046--7504194	42	3.5	42	78	11	124	24	18	26	30	1.98
7504046--7504162	42	2.7	45	81	12	129	22	19	28	29	1.98
7504981--7505257	22	12.6	22	81	0	311	29	10	18	41	1.84
7505179--7505257	11	7.2	11	71	16	65	32	5	17	44	1.71
7509937--7510088	33	4.5	34	68	23	106	19	18	28	34	1.95
7509905--7510133	102	2.2	102	92	1	370	21	18	27	32	1.97
7510072--7510176	43	2.5	42	87	1	138	23	14	24	37	1.92
7517313--7517541	102	2.2	102	90	1	352	22	17	26	33	1.96
7517480--7517583	42	2.5	42	90	6	158	26	14	24	34	1.94
7527959--7528051	20	4.7	20	78	0	105	41	22	25	9	1.84
7527959--7528051	40	2.3	40	86	0	141	41	22	25	9	1.84
7531003--7531063	30	2.0	30	87	9	88	27	1	6	63	1.28
7539098--7539138	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7542102--7542422	162	2.0	162	98	0	615	29	18	6	45	1.75
7542831--7542912	20	4.1	20	76	10	78	46	2	10	40	1.52
7544191--7544228	20	2.0	20	89	5	60	52	7	5	34	1.53
7544256--7544298	20	2.2	20	82	0	50	37	6	9	46	1.63
7544397--7544457	19	3.2	18	75	13	52	44	1	11	42	1.50
7544871--7544929	19	3.0	19	76	9	64	47	5	8	38	1.56
7546275--7546332	22	2.7	21	76	10	53	41	17	3	37	1.66
7564981--7565660	341	2.0	341	89	1	1031	36	15	16	31	1.90
7569385--7569492	57	1.9	57	96	0	198	30	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7569698--7569819	61	2.0	61	98	0	235	50	11	12	26	1.74
7576981--7577104	60	2.1	60	84	1	160	36	19	20	23	1.95
7584929--7584979	27	1.9	28	84	11	72	19	27	15	37	1.92
7589007--7589040	13	2.6	13	86	13	52	20	0	2	76	0.92
7589382--7589675	44	6.5	44	70	16	140	27	21	19	31	1.97
7589405--7589972	142	4.0	142	93	0	949	27	20	17	33	1.95
7589405--7589972	283	2.0	284	92	1	951	27	20	17	33	1.95
7593103--7593297	51	3.8	51	81	6	234	23	13	28	34	1.93
7599688--7599882	51	3.8	51	75	7	173	25	14	26	33	1.94
7605896--7606124	27	8.4	27	84	7	225	19	13	20	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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