genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  140  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42879218--42879294	39	2.0	39	82	5	93	38	16	27	16	1.91
42890208--42890250	22	2.0	22	90	0	68	25	20	34	18	1.96
42899273--42899333	25	2.4	25	79	15	63	40	8	22	27	1.82
42903300--42903355	15	3.7	15	71	7	51	53	0	1	44	1.11
42903794--42903842	24	2.0	24	96	0	89	40	10	8	40	1.69
42908235--42908316	34	2.4	34	82	13	98	28	20	25	25	1.99
42915791--42915855	34	1.9	34	90	0	103	32	20	24	23	1.98
42921653--42922159	251	2.0	251	97	0	960	37	12	17	31	1.88
42923611--42923674	13	4.9	13	90	0	101	26	7	25	40	1.82
42923843--42923961	21	5.5	21	69	17	66	48	0	3	47	1.24
42930876--42930916	21	2.0	21	90	0	64	36	41	4	17	1.71
42930836--42930914	11	7.1	11	69	8	52	37	43	3	15	1.65
42932774--42933101	27	12.1	27	84	2	383	18	14	25	42	1.88
42946743--42946786	22	2.0	23	90	4	72	54	4	0	40	1.21
42952534--42952681	29	5.2	29	80	8	153	22	19	22	35	1.96
42955104--42955150	23	1.9	26	87	12	73	40	0	21	38	1.53
42961556--42961594	18	2.0	20	85	9	55	28	12	10	48	1.74
42963727--42963801	33	2.3	33	88	0	105	56	5	1	37	1.31
42964598--42964631	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
42976693--42976724	16	2.0	16	100	0	64	56	12	0	31	1.37
42977097--42977209	45	2.6	43	86	10	153	12	20	20	46	1.82
42981257--42981437	99	1.8	99	86	0	263	36	20	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42981206--42981414	50	4.2	50	74	8	165	35	20	22	22	1.96
42982666--42982719	28	2.0	27	85	3	72	46	1	20	31	1.61
42987436--42987466	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
42987520--42987556	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
42988573--42988597	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
42992165--42992204	21	1.9	21	84	0	53	70	7	5	17	1.30
42993310--42993381	25	2.7	26	82	10	92	41	8	0	50	1.33
42993448--42993514	27	2.5	27	90	0	107	29	29	25	14	1.95
42993557--42993699	4	35.0	4	74	18	86	69	0	29	0	0.99
42993570--42993725	36	4.3	35	73	14	102	69	0	29	0	0.98
42993560--42993716	79	2.0	78	86	9	221	68	0	30	0	0.99
42993593--42993754	53	3.0	52	77	18	138	69	0	30	0	0.94
42993629--42993727	31	3.2	32	81	11	109	69	0	30	0	0.88
42993614--42993751	24	5.3	24	72	20	75	68	0	30	0	0.94
42993633--42993756	36	3.5	37	73	13	100	69	0	30	0	0.89
42994285--42994314	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
42994827--42994894	24	2.6	25	90	9	102	51	0	10	38	1.36
42997178--42997236	12	5.3	11	75	17	50	30	1	3	64	1.20
43006991--43007046	25	2.2	25	96	0	103	57	0	3	39	1.16
43007369--43007542	86	2.0	87	98	1	341	23	21	4	50	1.68
43008799--43008842	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
43008803--43008845	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43010775--43010813	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
43011042--43011160	23	5.2	23	84	9	145	21	18	27	32	1.96
43011039--43011160	46	2.7	46	89	2	183	21	18	27	32	1.97
43013302--43013732	231	1.9	231	87	1	630	39	10	19	30	1.86
43016597--43016630	13	2.6	13	100	0	68	38	50	0	11	1.39
43016615--43016692	38	2.0	39	90	7	124	51	24	2	21	1.60
43016799--43016885	37	2.4	37	86	7	115	31	3	14	50	1.60
43016823--43016888	17	3.7	17	73	11	69	33	3	15	48	1.60
43016820--43016891	37	1.9	37	94	0	126	34	2	15	47	1.60
43018088--43018121	15	2.3	15	89	0	50	41	5	14	38	1.70
43018157--43018222	13	5.0	13	85	3	87	56	9	1	33	1.40
43018157--43018222	27	2.5	26	85	2	87	56	9	1	33	1.40
43018865--43018893	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
43019309--43019342	8	4.5	8	85	14	54	11	11	50	26	1.73
43019310--43019360	22	2.3	22	86	6	68	15	7	50	25	1.71
43024772--43024950	38	4.7	38	80	4	200	16	19	27	36	1.93
43024937--43025016	41	2.0	41	85	9	110	13	13	28	43	1.83
43031404--43031614	62	3.4	62	87	0	314	24	28	23	23	1.99
43033717--43033778	24	2.7	22	72	13	63	58	1	9	30	1.40
43035333--43035410	26	3.0	26	96	0	147	28	2	26	42	1.69
43037242--43038147	44	20.9	43	71	13	399	26	22	20	30	1.98
43037247--43038147	217	4.2	217	92	1	1466	27	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43037247--43038147	432	2.1	434	92	2	1497	27	22	20	30	1.98
43052790--43053077	47	6.2	47	96	1	526	32	8	28	30	1.86
43052790--43053077	93	3.1	94	96	1	526	32	8	28	30	1.86
43053187--43053264	37	2.1	37	88	4	113	25	17	30	25	1.97
43055128--43055233	45	2.4	44	95	4	196	23	15	35	25	1.94
43055214--43055288	29	2.6	29	87	6	98	26	16	32	25	1.96
43055600--43055779	39	4.6	40	83	6	208	23	22	27	25	2.00
43059327--43059862	47	11.4	47	94	0	865	31	8	30	29	1.87
43059981--43060059	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
43065058--43065135	33	2.4	33	95	0	138	50	20	2	26	1.61
43071109--43071141	7	4.6	7	96	3	57	54	0	0	45	0.99
43071108--43071148	14	3.0	14	80	16	50	56	0	0	43	0.99
43075126--43075173	24	2.0	25	91	4	80	68	12	8	10	1.39
43075676--43075706	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
43083266--43083492	41	5.5	41	83	6	248	33	17	27	20	1.95
43083266--43083492	82	2.8	82	85	5	298	33	17	27	20	1.95
43083262--43083495	123	1.9	123	86	6	332	34	17	28	20	1.95
43083389--43083495	21	5.2	21	68	4	74	31	18	30	18	1.95
43089542--43089680	50	2.8	50	89	0	206	21	30	21	25	1.98
43093577--43093821	41	6.0	41	79	0	204	35	14	29	21	1.93
43093577--43093821	82	3.0	82	72	3	233	35	14	29	21	1.93
43099566--43099721	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43099565--43099718	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
43099566--43099721	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
43099558--43099742	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
43099558--43099742	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
43107634--43107789	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
43107633--43107786	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
43107634--43107789	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
43107626--43107810	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
43107626--43107810	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
43114107--43114149	22	2.0	22	95	0	77	39	23	23	13	1.90
43114479--43114523	16	2.8	16	86	0	63	31	11	22	35	1.89
43114651--43114847	27	7.3	27	81	2	225	25	22	19	32	1.97
43114620--43114842	81	2.7	82	83	3	254	25	21	19	34	1.96
43122013--43122131	45	2.6	45	80	2	132	41	12	20	26	1.88
43125802--43125845	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
43140549--43140617	34	2.0	34	97	0	129	24	11	27	36	1.90
43141274--43141313	21	1.9	21	89	0	62	20	22	35	22	1.96
43151498--43151544	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
43151500--43151541	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
43159235--43159266	12	2.7	12	100	0	64	43	6	0	50	1.27
43175107--43175150	20	2.2	20	83	0	52	27	29	13	29	1.94
43176651--43176700	16	3.2	15	80	8	55	62	4	12	22	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43176661--43176719	17	3.5	17	81	6	75	61	5	10	23	1.48
43176662--43176720	18	3.4	18	80	13	70	62	5	10	22	1.46
43178801--43178842	17	2.5	17	84	7	50	73	0	16	9	1.08
43178854--43178891	16	2.3	17	86	4	51	52	2	23	21	1.59
43190505--43190592	27	3.2	26	67	9	68	26	23	17	32	1.96
43190516--43190599	28	3.0	28	77	3	107	23	21	15	39	1.92
43194673--43194831	47	3.4	46	81	5	194	36	20	12	30	1.90
43194877--43194916	20	2.0	20	95	0	71	37	17	0	45	1.49
43203944--43203994	8	6.4	8	77	8	50	43	1	0	54	1.11
43204405--43205926	758	2.0	758	99	0	3026	37	12	18	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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