genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  86  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25132432--25132554	42	3.0	42	82	9	162	46	24	16	13	1.82
25132458--25132556	20	4.8	20	71	11	74	47	25	15	12	1.79
25133508--25133757	115	2.2	115	95	1	448	34	16	10	38	1.84
25138625--25138665	21	2.0	21	81	18	50	43	0	2	53	1.13
25139891--25139968	33	2.4	33	100	0	156	37	32	10	20	1.86
25140054--25140356	27	11.3	27	85	0	392	19	17	21	41	1.90
25157016--25157199	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
25157016--25157196	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
25157097--25157246	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
25164913--25165096	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
25164993--25165143	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
25167926--25168020	29	3.3	29	93	0	163	28	22	17	31	1.97
25171315--25171377	23	2.7	23	87	0	90	34	15	12	36	1.86
25176361--25176419	29	2.0	29	83	6	75	45	1	23	28	1.63
25176755--25176995	50	4.7	50	86	6	297	25	21	31	21	1.98
25195678--25195772	23	4.1	23	83	0	127	10	17	25	46	1.80
25195678--25195772	46	2.1	46	89	0	145	10	17	25	46	1.80
25198342--25198369	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
25207585--25207612	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
25209997--25210022	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
25211612--25211642	16	1.9	16	93	0	53	64	19	6	9	1.45
25215558--25215586	7	4.1	7	100	0	58	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25218402--25218591	28	6.7	28	72	8	136	26	15	22	35	1.94
25218410--25218517	56	1.9	56	86	3	155	25	14	19	39	1.90
25218316--25218589	29	9.7	29	71	7	163	27	16	21	35	1.94
25218507--25218617	57	1.9	56	80	7	125	26	18	25	29	1.98
25219696--25219721	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
25220078--25220115	14	2.6	14	84	16	51	39	2	23	34	1.69
25221245--25221310	33	2.0	33	100	0	132	54	12	6	27	1.60
25222101--25222160	3	20.0	3	96	0	102	33	3	33	30	1.74
25225105--25225410	43	7.2	43	80	4	307	26	16	28	28	1.97
25225119--25225410	86	3.4	85	82	3	338	27	17	27	27	1.97
25225452--25225480	12	2.4	12	100	0	58	0	20	37	41	1.53
25245234--25245464	42	5.5	42	79	2	209	29	18	22	29	1.97
25245252--25245410	84	1.9	83	89	1	246	32	16	20	30	1.95
25246216--25247249	344	3.0	343	95	0	1872	31	10	16	41	1.82
25259294--25259354	29	2.1	29	96	0	113	49	11	11	27	1.73
25264090--25264118	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
25271622--25271690	26	2.7	26	93	0	120	33	24	23	18	1.97
25275774--25275812	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25276038--25276113	23	3.3	23	86	0	116	21	19	27	31	1.97
25281459--25281539	26	3.1	26	85	0	126	35	20	20	22	1.96
25282466--25282510	18	2.5	18	100	0	90	42	24	15	17	1.88
25284877--25284952	33	2.3	33	82	8	93	44	11	38	5	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25292047--25292077	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
25292495--25292527	16	2.0	17	88	5	50	24	9	0	66	1.20
25292853--25292895	5	9.0	5	92	7	72	41	16	0	41	1.48
25302262--25302439	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25302263--25302418	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25302259--25302439	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25310447--25310624	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25310448--25310603	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25310444--25310624	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25313284--25313327	16	2.7	17	79	10	56	43	4	20	31	1.72
25322129--25322170	19	2.2	20	95	4	77	30	4	9	54	1.53
25322250--25322292	18	2.4	18	92	0	68	48	2	0	48	1.14
25325169--25325231	31	2.1	31	93	3	110	26	6	7	58	1.50
25331092--25331134	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
25331214--25331255	19	2.2	19	86	4	57	52	14	9	23	1.71
25349229--25349272	11	4.0	11	82	8	54	56	4	2	36	1.32
25353730--25353810	35	2.3	35	100	0	162	38	22	9	29	1.86
25359686--25359719	5	6.8	5	100	0	68	41	20	0	38	1.53
25373825--25374015	71	2.7	71	80	9	205	42	27	6	22	1.79
25376688--25376764	40	1.9	40	81	5	93	36	9	14	40	1.77
25376649--25376772	20	6.2	20	75	7	83	38	7	13	40	1.73
25378697--25378729	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25378888--25378917	16	1.9	15	93	6	51	33	0	3	63	1.11
25379556--25379589	17	1.9	17	88	5	50	55	14	5	23	1.61
25380385--25380595	41	5.2	41	86	1	253	22	19	28	28	1.98
25381622--25381654	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
25382253--25382279	14	1.9	14	100	0	54	37	0	55	7	1.28
25385701--25385970	43	6.3	43	85	1	337	22	15	28	32	1.95
25385708--25385962	85	3.0	86	87	2	361	22	16	29	31	1.96
25387885--25387922	19	2.0	20	84	5	51	57	13	5	23	1.56
25396754--25396782	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25397990--25398034	19	2.4	19	84	0	63	46	0	8	44	1.34
25397999--25398046	19	2.5	19	86	0	60	50	0	4	45	1.21
25399802--25399839	18	2.2	18	86	13	53	26	5	21	47	1.71
25405610--25405727	62	1.9	60	83	10	150	47	5	3	43	1.44
25409941--25409969	8	3.6	8	100	0	58	13	24	0	62	1.32
25411871--25411909	18	2.2	18	90	0	60	17	35	30	15	1.91
25432064--25432135	37	2.0	35	84	10	92	54	2	2	40	1.29
25435261--25435292	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
25439764--25439793	12	2.5	12	100	0	60	43	6	0	50	1.28
25439944--25440088	73	2.0	73	97	2	274	37	17	22	22	1.94
25446910--25446949	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
25446933--25446972	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25446918--25446984	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25446912--25446988	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
25448883--25448910	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
25451042--25451078	11	3.5	11	78	14	51	56	0	18	24	1.41
25451036--25451078	20	2.2	20	95	0	77	55	0	18	25	1.42
25451319--25451344	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
25451928--25451965	18	2.2	18	90	4	60	44	0	2	52	1.14
25453351--25453407	29	2.0	29	89	0	87	61	0	0	38	0.96
25454202--25454233	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
25454366--25454467	18	5.4	19	71	14	59	41	0	7	50	1.31
25454420--25454467	20	2.5	19	90	10	71	37	0	8	54	1.31
25454752--25454790	20	2.0	20	84	0	51	41	5	5	48	1.47
25457335--25457732	82	4.7	85	74	11	286	33	12	12	42	1.79
25457381--25457617	87	2.7	87	78	9	214	33	12	11	42	1.79
25458230--25458258	14	2.1	14	93	6	51	51	20	6	20	1.70
25458474--25458533	31	1.9	31	100	0	120	36	13	23	26	1.92
25464059--25464084	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
25464070--25464117	22	2.2	22	85	10	64	35	0	0	64	0.94
25467946--25467986	21	2.0	21	90	0	64	31	43	17	7	1.76
25471235--25471504	126	2.2	125	90	2	425	29	15	18	36	1.92
25471523--25471844	126	2.6	127	89	1	477	29	16	15	38	1.90
25471311--25471720	216	1.9	216	90	1	660	30	16	16	37	1.90
25471904--25472009	34	3.2	33	82	8	133	46	14	0	39	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25473629--25473714	38	2.2	40	89	4	131	54	8	1	36	1.38
25475780--25475804	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
25476048--25476112	30	2.2	30	86	5	87	23	7	18	50	1.72
25477233--25477263	14	2.1	15	94	5	55	35	0	16	48	1.46
25481111--25481277	88	1.9	87	90	1	262	31	15	12	40	1.85
25482704--25482776	27	2.7	27	82	0	92	20	28	27	23	1.99
25484426--25484482	21	2.8	20	81	5	78	31	17	29	21	1.96
25486751--25486987	49	4.9	49	91	2	354	30	11	12	45	1.77
25489785--25489852	15	4.2	16	67	18	52	66	10	1	22	1.30
25489778--25489907	49	2.6	49	86	6	199	63	13	2	20	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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