genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6523936--6524011	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
6523729--6524276	190	2.9	190	95	0	965	33	8	29	29	1.86
6525940--6526142	85	2.4	85	96	1	383	32	24	20	23	1.98
6526051--6526331	124	2.3	125	84	5	372	33	23	14	28	1.94
6527126--6527198	31	2.4	31	90	0	110	45	8	8	38	1.64
6527767--6527803	13	2.9	13	85	14	51	67	0	0	32	0.91
6527895--6527929	13	2.7	13	95	0	61	42	28	17	11	1.83
6533846--6533873	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6539047--6539080	15	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
6539051--6539080	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
6546634--6546665	12	2.7	12	95	0	55	68	0	6	25	1.12
6546873--6546949	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
6550866--6550922	30	1.9	30	88	0	87	42	3	22	31	1.71
6551134--6551165	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6551260--6551501	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6551260--6551509	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6558452--6558509	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
6558720--6558751	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6558846--6559087	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6558846--6559095	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6560648--6560704	30	1.9	30	88	0	87	42	3	22	31	1.71
6560917--6560948	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6561045--6561292	100	2.4	103	85	7	335	26	24	28	20	1.99
6561045--6561284	50	4.7	50	81	8	254	27	25	28	19	1.99
6568241--6568298	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
6568510--6568541	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6568636--6568877	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6568636--6568885	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6571431--6571512	36	2.2	36	82	6	92	36	14	10	37	1.82
6571525--6571601	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
6572370--6572453	42	2.0	43	92	2	143	58	4	0	36	1.19
6573032--6573075	17	2.7	16	82	13	54	45	2	2	50	1.27
6573198--6573269	34	2.1	34	100	0	144	20	13	18	47	1.82
6584955--6585002	24	2.0	24	100	0	96	41	20	16	20	1.90
6585043--6585152	57	1.9	57	85	3	150	32	20	10	35	1.88
6591043--6591086	20	2.2	20	91	0	70	36	0	2	61	1.09
6605493--6605534	20	2.1	20	82	8	50	47	4	35	11	1.61
6605613--6605637	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
6616312--6616408	51	1.9	51	82	0	122	41	11	7	40	1.69
6627958--6627991	16	2.1	17	88	5	52	11	17	0	70	1.16
6654055--6654105	19	2.6	20	84	9	61	66	1	3	27	1.20
6655402--6655437	18	2.1	17	89	5	54	27	2	0	69	1.02
6658973--6659065	7	12.7	7	81	12	73	79	1	18	1	0.85
6658971--6659059	9	9.6	9	72	22	60	79	1	17	1	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6658974--6659047	25	2.9	25	80	15	82	79	1	17	1	0.87
6658974--6659066	6	15.0	6	78	14	77	78	1	19	1	0.87
6659992--6661366	44	30.4	44	67	14	317	31	17	21	29	1.96
6660026--6661374	92	14.8	93	71	14	538	31	17	21	29	1.96
6660016--6660503	181	2.7	180	86	3	620	31	17	21	29	1.96
6660292--6660732	137	3.2	137	88	0	648	32	16	19	30	1.94
6661069--6661198	49	2.7	49	77	8	142	30	15	22	31	1.95
6660888--6661366	137	3.5	134	75	8	346	30	18	21	29	1.97
6661112--6661401	44	6.5	44	75	9	144	29	20	21	28	1.98
6663099--6663347	43	5.8	43	85	4	342	31	25	18	24	1.97
6663101--6663347	129	1.9	129	89	3	381	31	25	18	24	1.97
6674273--6674350	28	2.8	27	80	7	93	56	1	10	32	1.41
6675728--6675814	28	3.0	29	70	21	74	35	4	8	51	1.52
6688684--6688838	44	3.5	43	80	6	152	29	23	22	24	1.99
6692872--6692932	20	3.2	18	78	17	61	68	6	21	3	1.27
6693252--6693302	26	1.9	27	92	4	86	13	3	41	41	1.63
6693382--6693414	16	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
6695118--6695151	16	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
6704287--6704322	15	2.4	15	100	0	72	44	0	33	22	1.53
6721210--6721257	24	2.0	24	87	0	69	37	4	10	47	1.57
6723707--6723740	17	2.0	17	88	0	50	70	0	2	26	1.01
6723892--6723933	22	2.0	22	85	4	59	64	9	9	16	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6725522--6725551	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
6728877--6728911	17	2.1	17	100	0	70	40	17	5	37	1.73
6728877--6728919	17	2.7	16	89	10	54	44	16	4	34	1.68
6729321--6729345	13	1.9	13	100	0	50	24	32	4	40	1.73
6730887--6730917	7	4.4	7	100	0	62	41	29	0	29	1.56
6733697--6733763	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
6736804--6737146	45	7.9	42	83	6	337	25	25	21	27	1.99
6736804--6737145	87	3.9	86	78	8	343	25	25	21	27	1.99
6736804--6737147	42	7.9	43	79	7	302	25	25	21	28	1.99
6739270--6739933	9	76.9	9	64	20	165	33	2	19	44	1.63
6739268--6739364	25	3.9	24	73	16	90	34	0	20	45	1.52
6739303--6739463	34	4.9	33	74	13	136	29	2	22	45	1.65
6739324--6739451	63	2.0	62	89	7	197	28	3	23	45	1.68
6739548--6739676	16	8.0	16	70	19	72	34	1	18	45	1.59
6739680--6739740	20	3.1	20	81	9	72	36	0	14	49	1.44
6739704--6739861	43	3.5	43	76	11	163	36	1	17	43	1.60
6739699--6739904	93	2.2	93	96	0	376	34	2	18	43	1.65
6739616--6739960	113	3.0	116	81	6	375	35	2	18	43	1.64
6739794--6739851	20	2.7	21	73	10	55	39	0	17	43	1.49
6739886--6739946	20	3.1	20	81	9	72	36	0	14	49	1.44
6739917--6740019	21	5.0	21	71	14	70	48	0	6	44	1.29
6739631--6739996	206	1.8	206	88	6	532	36	2	16	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6742046--6742095	22	2.3	22	96	0	91	44	18	14	24	1.86
6742816--6743089	104	2.6	107	85	5	364	29	12	13	44	1.80
6743065--6743104	21	1.9	21	100	0	80	25	0	0	75	0.81
6743065--6743111	21	2.2	21	92	3	76	27	2	2	68	1.13
6743653--6743701	7	6.9	7	76	4	53	30	46	2	20	1.62
6743663--6743703	15	2.8	15	88	3	57	34	46	2	17	1.61
6743684--6743724	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
6744140--6744470	115	2.9	115	86	2	459	27	27	20	24	1.99
6744366--6744613	73	3.4	73	86	2	363	25	26	22	25	2.00
6746231--6746262	14	2.1	16	88	11	50	40	0	0	59	0.97
6747281--6747310	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
6748655--6748713	25	2.4	25	85	5	75	42	13	16	27	1.86
6760012--6760073	15	4.1	15	73	6	54	24	3	8	64	1.36
6760013--6760071	30	2.0	30	83	6	75	25	3	8	62	1.39
6763597--6763633	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
6764353--6764406	9	6.3	9	85	12	78	81	7	0	11	0.87
6764352--6764455	9	11.6	9	74	15	63	80	4	6	7	1.01
6764353--6764406	16	3.2	17	86	7	83	81	7	0	11	0.87
6764410--6764455	8	5.5	8	82	10	56	84	0	13	2	0.71
6764410--6764455	14	3.3	13	85	11	56	84	0	13	2	0.71
6764417--6764455	20	2.0	20	94	0	69	87	0	12	0	0.55
6768980--6769151	46	3.8	46	92	2	278	31	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6769750--6770323	50	11.5	50	78	6	574	32	22	19	25	1.98
6769750--6770484	100	7.4	100	90	1	951	31	23	20	24	1.98
6769792--6770483	50	13.9	50	72	7	467	31	22	20	24	1.98
6770745--6770875	44	3.0	44	85	4	167	33	19	19	27	1.96
6772367--6772422	15	3.7	15	72	6	51	25	3	7	64	1.35
6777358--6777474	30	3.9	30	85	0	144	15	29	32	22	1.95
6778561--6778666	3	35.3	3	100	0	212	33	0	33	33	1.58
6778822--6778889	25	2.6	25	86	4	91	42	7	11	38	1.69
6779816--6779860	23	2.0	23	86	0	63	57	0	13	28	1.36
6782466--6782554	41	2.2	39	80	4	106	23	15	21	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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