genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779222--2779263	4	10.0	4	90	10	66	23	2	0	73	0.94
2779222--2779262	18	2.4	17	88	11	66	21	2	0	75	0.92
2787853--2788911	502	2.1	502	95	0	1888	24	16	20	37	1.93
2789170--2789343	96	1.8	96	84	0	240	21	17	17	43	1.88
2791785--2791883	28	3.5	28	93	4	155	38	13	0	48	1.42
2791921--2792004	27	3.1	27	98	1	161	23	30	27	17	1.97
2792495--2792555	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
2793054--2793110	27	2.2	26	93	3	96	15	26	31	26	1.96
2793152--2793249	27	3.5	28	93	6	164	47	0	13	38	1.42
2793142--2793278	57	2.4	57	72	6	136	40	0	10	48	1.37
2810454--2810492	17	2.4	17	91	4	62	33	17	10	38	1.84
2811087--2811131	20	2.3	19	81	11	54	73	0	4	22	1.01
2811934--2811986	21	2.5	22	78	12	56	52	1	3	41	1.30
2818595--2818768	96	1.8	96	83	2	233	21	17	17	43	1.88
2820898--2820937	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
2821018--2821076	24	2.4	24	80	11	66	42	10	1	45	1.48
2821017--2821079	26	2.4	27	81	5	76	41	11	1	46	1.49
2821142--2821188	18	2.6	18	86	6	60	31	2	2	63	1.18
2823193--2823266	37	2.0	37	100	0	148	21	21	13	43	1.87
2823526--2823642	59	2.0	59	100	0	234	37	17	13	30	1.89
2833421--2833475	28	2.0	28	100	0	110	7	14	14	63	1.50
2834760--2834793	11	2.8	13	91	8	54	44	2	8	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835934--2835985	26	2.0	26	88	0	77	19	21	28	30	1.97
2835858--2836059	102	2.0	102	90	1	316	20	19	27	32	1.97
2839119--2839173	19	3.1	18	77	15	60	74	0	21	3	0.97
2839445--2839533	45	2.0	44	88	2	133	26	11	8	52	1.66
2839497--2839698	109	1.9	109	89	0	314	26	15	8	48	1.75
2840368--2840404	16	2.4	16	95	4	67	40	21	5	32	1.76
2841158--2841187	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
2845146--2845177	14	2.3	14	100	0	64	50	12	21	15	1.77
2849662--2849785	60	2.1	60	84	6	162	57	0	7	35	1.27
2849676--2849785	19	5.6	19	68	15	62	56	0	8	35	1.29
2853365--2853389	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2853610--2853673	31	2.1	31	94	2	112	37	7	3	51	1.47
2858088--2858125	18	2.1	19	85	5	51	60	10	0	28	1.30
2859915--2860015	50	2.0	50	96	0	184	30	17	27	23	1.97
2864958--2865133	96	1.8	96	85	0	244	22	17	16	44	1.87
2867906--2867966	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
2868465--2868521	27	2.2	26	93	3	96	15	26	31	26	1.96
2868563--2868662	29	3.5	29	95	4	177	49	0	13	38	1.42
2874011--2874035	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
2876768--2876815	21	2.3	21	83	13	64	60	2	0	37	1.09
2879621--2879741	58	2.1	57	83	10	147	57	0	7	35	1.27
2879887--2879961	30	2.6	28	78	14	80	45	2	12	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882220--2882279	6	9.7	6	90	5	93	15	13	0	71	1.14
2882220--2882280	12	4.8	13	94	6	108	14	13	0	72	1.13
2883087--2883136	6	8.3	6	84	8	57	8	10	0	82	0.86
2888130--2888251	58	2.1	57	83	9	147	57	0	7	35	1.27
2888163--2888259	18	4.9	19	68	17	63	55	0	7	37	1.27
2890728--2890787	6	9.7	6	90	5	93	15	13	0	71	1.14
2890728--2890788	12	4.8	13	94	6	108	14	13	0	72	1.13
2891597--2891630	12	2.8	12	86	0	50	11	5	0	82	0.83
2895574--2895598	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2895810--2895916	3	34.7	3	73	15	67	59	3	5	30	1.38
2895801--2895862	30	2.1	29	87	6	88	66	9	0	24	1.22
2897118--2897158	8	5.5	8	80	13	52	24	0	2	73	0.96
2897148--2897181	17	2.0	17	88	0	50	29	5	0	64	1.17
2897312--2897372	19	3.2	19	76	17	63	42	11	9	36	1.74
2897312--2897354	20	2.2	20	88	12	63	46	11	11	30	1.76
2897333--2897407	36	2.1	36	87	7	109	37	14	8	40	1.76
2897313--2897407	18	5.2	19	78	15	87	38	13	8	38	1.75
2898978--2899016	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2918194--2918241	25	1.9	25	83	8	62	22	2	6	68	1.23
2921298--2921567	130	2.1	131	87	2	391	49	7	8	33	1.63
2922544--2922586	4	10.8	4	100	0	86	51	25	0	23	1.49
2925770--2925803	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2926134--2926169	17	2.2	17	90	5	56	33	5	5	55	1.46
2926593--2926653	31	2.0	31	83	6	79	31	13	11	44	1.79
2929026--2929076	24	2.2	22	78	21	52	49	13	3	33	1.61
2936846--2936925	40	2.0	40	90	4	126	28	8	13	48	1.72
2938158--2938207	20	2.5	21	81	15	61	36	0	0	64	0.94
2938750--2938799	21	2.5	20	80	3	55	38	6	6	50	1.52
2939253--2939298	23	2.0	22	84	12	58	41	10	15	32	1.82
2939950--2940089	71	2.0	69	89	6	214	26	6	7	60	1.48
2940432--2940468	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
2940454--2940489	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
2940478--2940542	25	2.7	24	77	17	71	49	1	3	46	1.27
2940531--2940617	38	2.3	40	76	15	94	54	0	1	44	1.07
2947342--2947410	30	2.3	31	82	7	79	47	2	21	27	1.65
2950780--2950810	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
2952545--2952636	30	3.1	30	100	0	184	32	13	16	38	1.87
2960082--2960111	15	2.0	15	100	0	60	40	20	6	33	1.78
2966350--2966422	30	2.4	30	84	8	78	19	46	0	34	1.50
2971607--2971657	15	3.3	15	79	15	59	33	0	1	64	1.05
2971594--2971643	21	2.3	23	86	6	68	30	0	2	68	1.01
2971608--2971660	16	3.4	16	82	12	65	33	0	1	64	1.05
2977830--2977856	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2977865--2977901	18	2.1	19	90	10	60	51	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2979045--2979214	83	2.0	84	90	2	270	35	4	38	21	1.73
2981052--2981102	23	2.2	23	82	6	59	25	23	19	31	1.98
2992426--2992487	26	2.4	26	84	7	83	54	0	6	38	1.26
2993989--2994023	6	6.0	6	86	6	54	54	14	31	0	1.40
3008614--3008653	17	2.4	17	87	8	55	67	2	0	30	1.04
3008625--3008659	17	2.1	16	89	5	52	71	2	0	25	1.00
3013791--3013850	29	2.1	28	81	6	68	50	16	10	23	1.75
3021103--3021174	25	2.8	25	77	10	83	66	4	2	26	1.23
3021081--3021334	90	2.7	91	73	16	250	61	3	4	30	1.33
3021192--3021305	26	4.8	24	79	13	103	57	1	5	35	1.32
3021093--3021305	48	4.6	47	73	15	165	59	3	4	32	1.34
3026487--3026626	40	3.6	39	73	8	106	32	22	18	26	1.97
3027044--3027072	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
3054007--3054099	42	2.2	43	88	1	134	29	23	20	26	1.99
3054535--3054603	21	3.3	21	85	4	95	5	40	15	37	1.72
3060067--3060119	7	7.0	7	91	8	70	30	0	16	52	1.44
3060074--3060991	9	102.7	9	72	14	574	33	2	15	48	1.58
3060081--3060734	27	23.6	27	82	9	651	32	2	15	49	1.57
3060602--3060654	8	6.0	8	79	16	52	30	0	11	58	1.33
3060610--3060707	20	4.7	23	73	17	63	33	0	12	54	1.38
3060910--3060960	25	2.0	25	88	0	75	31	1	21	45	1.63
3061037--3061088	22	2.4	21	87	3	68	38	1	19	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3061084--3061121	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
3061069--3061141	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52
3061037--3061213	95	1.9	95	93	3	311	35	2	15	46	1.59
3061133--3061213	21	3.8	21	73	17	69	34	2	16	46	1.60
3061147--3061255	52	2.1	52	91	3	175	33	5	13	47	1.66
3062169--3062244	36	2.1	36	100	0	152	38	13	10	38	1.79
3062517--3062615	52	1.9	52	97	0	189	32	18	5	44	1.71
3062524--3062606	25	3.2	26	63	13	71	32	21	4	40	1.74
3064497--3064543	14	3.4	14	81	0	58	46	27	2	23	1.63
3064461--3064549	35	2.5	35	79	1	97	46	24	2	26	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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