genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  83  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24119053--24119092	10	3.8	10	81	12	53	37	0	5	57	1.21
24123289--24123323	18	1.9	18	88	11	54	60	8	2	28	1.41
24127384--24127420	18	2.1	18	100	0	74	21	29	27	21	1.99
24128269--24128301	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
24128239--24128307	27	2.5	28	80	19	76	44	1	1	52	1.19
24129850--24129887	10	3.5	11	86	13	53	34	0	2	63	1.09
24133136--24133267	46	2.9	46	82	4	151	43	21	15	18	1.87
24133140--24133225	23	3.7	23	71	11	86	41	22	18	17	1.90
24142911--24142951	17	2.4	18	80	19	52	36	7	4	51	1.51
24143328--24143353	12	2.2	12	100	0	52	69	15	0	15	1.20
24148395--24148426	16	1.9	17	93	6	57	31	18	0	50	1.48
24148780--24148825	22	2.1	21	84	4	56	58	10	0	30	1.32
24148928--24148996	36	1.9	36	82	11	88	57	5	1	34	1.31
24149073--24149125	18	2.8	19	83	11	65	69	3	0	26	1.05
24149094--24149126	8	4.1	8	88	11	50	72	0	0	27	0.85
24153016--24153062	21	2.2	21	88	0	67	29	25	10	34	1.90
24157022--24157056	18	1.9	18	88	11	54	60	8	2	28	1.41
24174879--24174918	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
24176809--24177780	128	7.6	128	87	1	1245	25	23	19	31	1.98
24176947--24177780	383	2.2	383	89	2	1260	24	23	19	32	1.98
24177767--24178344	88	6.6	86	83	6	585	22	25	24	26	2.00
24177961--24178095	45	3.0	45	68	8	141	22	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24188156--24188205	7	7.3	7	79	20	61	16	16	0	68	1.22
24188165--24188202	13	2.8	14	96	4	69	13	13	0	73	1.09
24189038--24189112	35	2.1	37	82	5	91	12	13	6	68	1.39
24193484--24193523	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
24193875--24193944	23	2.9	25	76	19	78	67	0	0	32	0.91
24198356--24198415	32	1.9	31	89	3	93	58	3	0	38	1.15
24198400--24198435	15	2.4	15	90	0	54	63	0	0	36	0.94
24198432--24198554	60	2.0	60	87	9	180	42	0	2	55	1.13
24198472--24198524	23	2.3	22	81	9	61	43	0	3	52	1.19
24198514--24198538	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24198734--24198772	16	2.4	16	91	0	60	33	28	0	38	1.57
24200709--24200761	21	2.7	20	85	11	65	37	5	16	39	1.73
24201816--24201845	15	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
24211090--24212235	381	3.0	381	98	0	2168	43	18	8	29	1.79
24215946--24216512	126	4.5	125	81	3	649	30	16	21	31	1.95
24215946--24216512	251	2.3	250	85	3	748	30	16	21	31	1.95
24219563--24220592	22	47.7	22	83	5	1135	24	1	30	44	1.62
24219563--24220592	43	23.8	42	80	8	1035	24	1	30	44	1.62
24219957--24220031	29	2.6	29	79	10	73	22	2	30	44	1.67
24219564--24220595	65	16.0	62	77	12	495	24	1	30	44	1.62
24220861--24220907	21	2.2	21	81	7	60	2	23	36	38	1.67
24221809--24221850	7	6.0	7	83	10	50	50	14	0	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24222019--24222056	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24222905--24223002	51	1.9	51	85	8	137	44	4	24	26	1.71
24222964--24223040	11	6.9	11	73	24	72	44	1	28	25	1.62
24222964--24223040	22	3.5	22	83	16	97	44	1	28	25	1.62
24222964--24223040	33	2.3	33	82	10	102	44	1	28	25	1.62
24226641--24226689	22	2.3	21	86	10	64	36	2	0	61	1.08
24232627--24232922	131	2.3	131	83	2	369	38	16	15	30	1.89
24239966--24240024	29	2.0	31	90	6	95	20	40	0	38	1.53
24256080--24256465	194	2.0	194	88	3	571	45	12	7	34	1.69
24256524--24256604	27	2.8	29	81	9	87	64	1	0	34	1.02
24256582--24256630	6	8.3	6	90	2	73	57	0	0	42	0.99
24263068--24263180	38	2.9	39	88	1	156	12	18	32	36	1.88
24267633--24267683	21	2.4	21	96	0	93	37	11	7	43	1.71
24270034--24270072	21	1.9	21	89	5	62	35	23	12	28	1.91
24270169--24270200	5	6.4	5	100	0	64	56	0	0	43	0.99
24270611--24270685	29	2.6	29	80	2	96	54	0	1	44	1.08
24270630--24270667	17	2.1	19	90	9	62	47	0	0	52	1.00
24270611--24270697	18	4.3	20	73	17	56	54	0	1	44	1.07
24271225--24271268	21	2.1	21	83	8	54	40	2	0	56	1.11
24273866--24273912	21	2.3	20	85	3	58	59	0	6	34	1.23
24286129--24286219	29	3.1	29	76	14	89	26	6	2	64	1.29
24286149--24286265	47	2.5	48	78	10	134	30	3	0	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24286241--24286286	19	2.4	19	85	3	56	34	0	2	63	1.07
24286149--24286285	29	4.8	29	72	13	88	31	2	1	64	1.17
24290124--24290567	136	3.3	136	90	4	640	30	13	29	26	1.93
24305575--24305780	44	4.7	43	80	4	214	23	13	21	41	1.88
24308288--24308358	21	3.3	21	78	2	88	30	12	25	30	1.93
24308288--24308368	42	1.9	43	92	2	137	29	13	25	30	1.94
24308288--24308368	21	3.8	22	77	4	85	29	13	25	30	1.94
24314699--24314752	24	2.2	25	93	3	92	38	1	14	44	1.56
24320074--24320130	19	2.9	19	78	5	60	15	24	42	17	1.88
24321756--24321780	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24324200--24324268	21	3.3	21	89	2	104	57	8	21	11	1.60
24333898--24333931	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
24334515--24334569	27	2.0	27	96	0	101	49	18	0	32	1.48
24338365--24338413	19	2.7	19	81	6	57	71	0	4	24	1.03
24338386--24338416	11	2.8	11	100	0	62	70	0	0	29	0.87
24338367--24338439	30	2.3	30	79	11	76	67	0	2	30	1.05
24338387--24338478	11	8.4	11	74	20	50	63	1	0	35	1.02
24338384--24338470	35	2.5	33	79	17	88	65	0	0	34	0.93
24338386--24338487	24	4.5	24	70	21	67	61	1	0	36	1.07
24338420--24338470	16	3.1	16	79	17	59	64	0	0	35	0.94
24338431--24338472	21	2.0	21	95	0	75	64	0	0	35	0.94
24338401--24338523	56	2.2	56	81	11	135	59	1	2	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24341279--24341337	19	3.2	19	64	9	50	22	13	6	57	1.59
24341274--24341347	36	2.1	36	94	0	130	29	13	5	51	1.63
24341274--24341371	36	2.8	36	85	4	101	28	13	6	52	1.64
24348587--24348617	14	2.3	13	94	5	53	38	9	0	51	1.35
24360028--24360283	40	6.6	39	85	9	280	25	28	21	25	1.99
24368052--24368311	79	3.3	79	85	8	338	25	28	21	24	1.99
24368052--24368311	40	6.7	40	85	8	331	25	28	21	24	1.99
24375521--24375616	48	2.0	48	100	0	192	33	20	8	37	1.83
24376893--24376944	23	2.2	25	82	6	63	50	3	0	46	1.20
24384553--24384584	5	6.4	5	100	0	64	40	18	18	21	1.91
24385248--24385318	31	2.3	31	87	2	99	46	0	26	26	1.53
24385363--24385442	29	2.8	29	98	0	151	36	0	42	21	1.53
24385494--24385530	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
24385582--24385612	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24387558--24387629	25	2.8	25	82	13	92	13	25	22	38	1.91
24387558--24387630	27	2.8	26	86	10	96	13	24	23	38	1.91
24391079--24391104	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
24396685--24396733	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
24396988--24397116	50	2.6	50	79	4	136	24	28	21	25	1.99
24405147--24405179	15	2.1	17	88	11	52	18	15	12	54	1.71
24409363--24409581	119	1.8	120	83	6	293	24	27	23	24	2.00
24409357--24409581	40	5.7	40	84	6	269	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24411729--24411761	16	2.0	17	88	5	50	57	9	3	30	1.45
24417574--24417611	12	3.2	12	84	0	58	26	47	15	10	1.78
24421627--24421676	24	2.2	23	82	7	57	36	2	2	60	1.20
24428139--24428199	16	3.4	19	72	22	51	47	1	26	24	1.61
24431858--24431893	15	2.3	17	86	13	51	22	16	5	55	1.62
24432750--24432776	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24437536--24437645	32	3.5	32	81	1	132	39	20	20	20	1.93
24437645--24437698	26	2.1	26	89	0	81	37	25	20	16	1.93
24437686--24437750	27	2.4	27	80	14	73	33	23	23	20	1.97
24437826--24437872	24	2.0	24	91	0	76	55	17	8	19	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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