genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14917375--14917427	24	2.2	24	84	15	74	35	9	24	30	1.87
14917119--14917460	140	2.4	141	83	7	385	36	10	21	30	1.88
14917257--14917639	199	1.9	198	83	7	490	36	10	21	31	1.88
14917456--14917765	141	2.2	141	85	2	408	34	10	21	32	1.89
14918629--14918681	24	2.2	24	100	0	106	30	16	20	32	1.95
14931100--14931153	25	2.2	25	86	0	72	40	12	14	31	1.84
14942479--14942504	12	2.2	12	100	0	52	15	23	0	61	1.33
14945717--14945804	45	2.0	45	95	0	158	26	15	22	35	1.94
14945881--14945953	37	1.9	37	84	13	96	42	1	23	32	1.63
14949038--14949098	20	3.0	20	81	11	70	32	0	1	65	1.02
14949050--14949176	9	13.7	9	68	13	53	37	0	3	58	1.17
14949106--14949159	28	2.0	27	82	10	65	38	0	7	53	1.29
14949112--14949175	19	3.3	20	87	8	89	37	0	4	57	1.19
14950613--14950656	19	2.3	19	85	11	63	54	0	0	45	0.99
14952695--14952784	44	2.0	44	91	0	144	46	3	7	42	1.49
14953815--14953852	11	3.7	10	83	16	51	28	28	10	31	1.90
14954096--14954241	40	3.7	40	83	0	184	34	20	20	23	1.96
14954096--14954156	20	3.0	20	65	0	59	32	22	21	22	1.98
14958322--14958471	81	1.9	81	81	2	185	37	14	20	27	1.92
14962220--14962292	37	2.0	36	89	2	110	27	16	28	27	1.97
14963295--14963366	28	2.6	28	93	0	117	38	13	11	36	1.81
14963699--14963758	31	1.9	31	93	0	102	38	8	16	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14967199--14967243	22	2.0	22	83	8	56	57	0	8	33	1.30
14977807--14977831	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
14978973--14979056	42	2.0	42	85	2	114	23	17	25	33	1.97
14978917--14979075	43	3.7	42	76	7	151	23	17	25	32	1.97
14989524--14989726	25	8.2	26	71	12	117	19	26	19	33	1.96
14989681--14989739	25	2.4	25	85	5	75	20	28	22	28	1.98
14996560--14996622	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
14996652--14996682	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
15000636--15000660	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
15006759--15006797	19	2.1	19	85	0	51	30	2	2	64	1.21
15010187--15010221	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
15016081--15016131	12	4.5	11	78	9	50	1	13	15	68	1.30
15016082--15016154	33	2.2	34	85	7	96	5	12	10	71	1.30
15017221--15017245	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
15021001--15021037	13	2.8	13	92	8	58	45	21	5	27	1.73
15021508--15021532	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
15021776--15021824	12	3.8	13	84	10	57	71	4	2	22	1.13
15026087--15026127	21	2.0	21	90	0	64	41	2	19	36	1.65
15027254--15027438	101	1.8	102	89	3	293	23	16	28	31	1.96
15027250--15027440	51	3.8	50	78	8	217	23	15	28	31	1.95
15027442--15027536	45	2.1	45	88	0	145	28	18	22	30	1.97
15029891--15029945	24	2.3	24	83	0	65	20	27	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15037138--15037182	21	2.1	21	87	0	63	40	0	20	40	1.52
15044790--15045039	57	4.4	57	84	3	301	30	11	16	41	1.83
15044790--15045040	113	2.2	113	87	2	344	30	11	16	41	1.83
15044791--15045074	56	5.1	56	81	4	279	29	11	17	41	1.84
15045952--15045993	9	4.7	9	90	0	66	23	9	26	40	1.85
15045953--15045993	18	2.3	18	100	0	82	24	9	24	41	1.85
15048915--15048947	15	2.1	16	94	5	59	75	6	3	15	1.11
15050261--15050306	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
15056738--15056790	25	2.1	25	89	0	79	30	13	32	24	1.93
15057893--15058030	45	3.1	45	69	15	117	30	22	23	23	1.99
15058216--15058456	44	5.6	43	76	13	183	28	21	24	25	1.99
15058211--15058416	84	2.4	87	81	10	228	28	22	23	25	1.99
15058659--15058691	15	2.1	16	94	5	59	75	6	3	15	1.11
15059861--15059912	20	2.7	18	77	13	59	36	7	1	53	1.41
15059864--15059907	20	2.2	20	87	0	61	36	9	0	54	1.32
15060024--15060072	22	2.2	22	92	0	80	20	20	14	44	1.86
15061247--15061295	21	2.3	21	89	0	71	30	28	26	14	1.95
15061388--15061437	25	2.0	26	84	11	68	28	28	0	44	1.55
15062484--15062527	3	14.3	3	85	4	61	61	0	2	36	1.09
15063414--15063499	43	2.0	43	90	2	138	45	2	23	29	1.65
15064843--15064881	20	2.0	20	90	5	62	28	10	7	53	1.62
15067337--15067365	11	2.5	12	88	11	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15067339--15067364	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
15076350--15078049	577	3.0	578	91	2	2747	35	17	17	30	1.93
15078732--15078838	20	5.8	18	70	18	60	50	3	2	42	1.34
15078764--15078839	11	6.8	11	68	24	52	52	2	2	42	1.29
15078732--15078822	17	5.4	17	67	23	57	52	3	2	41	1.30
15081773--15081937	81	2.0	81	92	0	276	35	10	24	28	1.89
15091961--15092013	17	3.1	17	81	13	63	13	7	5	73	1.23
15095994--15096151	76	2.1	76	90	0	244	27	18	24	29	1.98
15118346--15118475	65	2.0	65	95	4	239	48	22	3	26	1.65
15119693--15119797	43	2.4	43	88	3	147	31	20	17	30	1.96
15119712--15119798	43	2.0	44	95	2	158	31	24	17	27	1.97
15122770--15122860	26	3.6	26	76	12	84	16	27	21	34	1.95
15122934--15123024	25	3.7	25	77	1	94	19	23	18	38	1.93
15127164--15127247	35	2.4	35	84	4	98	30	17	11	39	1.86
15127530--15127762	41	5.7	41	89	0	331	23	27	20	27	1.99
15134207--15134290	35	2.4	35	84	4	98	30	17	11	39	1.86
15134578--15134805	41	5.6	41	88	0	339	23	28	20	27	1.99
15136923--15138021	293	3.8	293	88	2	1627	25	18	14	42	1.87
15144522--15144575	25	2.2	25	83	6	65	51	11	12	24	1.72
15155228--15155269	20	2.1	20	95	0	75	47	14	4	33	1.65
15162815--15163047	118	2.0	118	96	0	430	36	18	16	28	1.92
15164912--15164969	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15167631--15167761	60	2.2	57	80	11	142	52	3	3	40	1.35
15169365--15169480	25	4.6	25	74	12	83	19	25	21	33	1.97
15169419--15169509	25	3.7	25	75	8	78	18	26	24	30	1.98
15169393--15169487	50	1.9	49	86	2	136	17	24	23	34	1.96
15169469--15169537	24	2.8	25	85	10	90	21	21	23	33	1.97
15169485--15169550	24	2.7	24	83	4	69	24	22	21	31	1.98
15176030--15176158	41	3.1	41	89	3	206	22	25	20	31	1.98
15183008--15183078	25	2.8	25	79	12	74	21	22	22	33	1.97
15183024--15183127	25	4.2	26	77	11	110	25	25	20	28	1.99
15193420--15193460	21	1.9	22	85	5	57	21	4	34	39	1.75
15194576--15194635	30	2.0	30	100	0	120	26	6	20	46	1.75
15196797--15196893	48	2.0	49	84	6	126	31	16	7	44	1.75
15197445--15197486	21	2.0	21	95	0	75	19	4	21	54	1.62
15200946--15201090	49	3.0	49	76	0	128	26	21	26	26	1.99
15228141--15228174	16	2.0	18	88	11	54	64	5	5	23	1.38
15229192--15229223	16	2.1	15	94	5	55	65	0	3	31	1.08
15229186--15229238	25	2.1	25	82	10	63	64	0	5	30	1.17
15229421--15229458	12	3.2	12	82	10	51	55	0	10	34	1.34
15229412--15229458	24	2.0	24	87	8	69	57	0	10	31	1.33
15230893--15232258	44	31.0	44	85	4	1635	30	24	13	31	1.94
15230920--15232258	177	7.6	176	85	4	1649	30	24	13	31	1.94
15231741--15231856	35	3.1	35	75	20	124	31	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15238459--15238490	16	2.1	15	94	5	55	65	0	3	31	1.08
15238453--15238504	26	2.1	26	82	13	65	65	0	5	28	1.16
15238687--15238724	12	3.2	12	82	10	51	55	0	10	34	1.34
15238678--15238724	24	2.0	24	87	8	69	57	0	10	31	1.33
15246929--15247152	51	4.3	51	85	7	322	29	25	14	31	1.95
15246930--15247152	58	4.1	58	79	17	287	28	25	14	31	1.95
15246929--15247152	109	2.1	104	87	5	326	29	25	14	31	1.95
15247076--15247113	14	2.7	14	87	0	58	21	28	10	39	1.86
15250908--15251118	41	5.2	40	78	3	224	18	18	25	36	1.94
15250858--15251118	82	3.2	80	80	5	269	18	18	26	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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