genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  95  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28082096--28082261	90	1.8	88	86	7	235	27	17	20	34	1.95
28082170--28082368	76	2.7	75	89	2	303	31	15	22	31	1.94
28081922--28082418	239	2.1	237	87	7	718	27	16	19	36	1.94
28082510--28082757	76	3.3	75	85	8	337	25	18	22	34	1.96
28083466--28083596	30	4.4	30	94	0	226	27	48	3	19	1.66
28083466--28083638	60	2.9	60	86	3	226	27	47	4	20	1.68
28083466--28083638	30	5.8	30	86	6	194	27	47	4	20	1.68
28084216--28084359	25	5.6	25	74	12	87	34	6	2	56	1.41
28084477--28084556	16	4.7	15	74	19	52	31	2	1	65	1.14
28084513--28084552	8	5.3	7	90	6	53	32	0	2	65	1.06
28084506--28084550	16	2.9	15	90	6	63	31	2	2	64	1.18
28086404--28086438	18	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
28087284--28087313	15	1.9	16	93	6	53	70	6	0	23	1.11
28090387--28090417	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
28096122--28096163	22	1.9	22	85	0	57	23	0	11	64	1.27
28104103--28104142	9	4.7	9	87	12	66	30	35	0	35	1.58
28104103--28104142	16	2.4	17	91	8	64	30	35	0	35	1.58
28117980--28118042	29	2.2	29	85	0	81	15	30	30	23	1.96
28121172--28121213	15	2.9	15	89	3	68	50	2	19	28	1.60
28130646--28130743	25	4.0	24	78	12	92	29	21	23	25	1.99
28137476--28137551	37	2.1	37	94	0	134	30	14	9	46	1.76
28137678--28137791	25	4.6	25	71	14	83	35	21	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28137678--28137793	50	2.3	50	81	8	137	35	20	20	23	1.96
28141814--28142055	121	2.0	121	90	1	387	33	20	14	31	1.92
28146528--28146561	17	2.0	17	100	0	68	35	23	23	17	1.95
28148233--28148287	27	2.0	28	89	6	87	50	1	0	47	1.11
28151491--28151540	17	2.9	16	82	11	55	80	6	0	14	0.90
28153176--28153213	17	2.2	17	86	9	51	18	2	0	78	0.86
28164188--28164266	37	2.1	37	83	4	97	25	29	17	27	1.98
28164385--28164989	47	13.1	47	91	3	924	29	29	8	32	1.87
28170294--28170651	88	4.1	88	84	3	434	25	25	26	23	2.00
28170308--28170622	44	7.2	44	65	5	170	24	25	26	23	2.00
28170740--28170844	44	2.4	45	80	1	122	28	23	22	24	1.99
28170936--28171084	44	3.5	44	72	9	162	29	16	22	31	1.96
28170977--28171124	41	3.5	41	74	7	154	26	18	22	33	1.97
28170936--28171130	85	2.3	85	94	1	338	28	17	23	30	1.97
28171149--28171570	173	2.4	172	90	0	655	30	19	22	27	1.98
28171345--28171960	218	2.8	218	91	0	980	31	18	23	26	1.98
28171514--28171614	44	2.3	45	87	1	141	33	20	26	18	1.96
28171021--28171790	391	2.0	392	93	0	1310	31	19	22	27	1.98
28171712--28171836	44	2.8	45	82	2	144	32	19	21	27	1.97
28172250--28172283	18	1.9	18	88	5	52	82	2	0	14	0.79
28177498--28177595	49	2.0	49	97	0	187	27	19	12	40	1.87
28189459--28189496	17	2.2	18	85	4	51	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189451--28189509	30	2.0	30	83	6	75	42	1	3	52	1.28
28189468--28189500	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
28189588--28189644	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
28191108--28191158	26	2.0	26	88	0	75	47	11	11	29	1.76
28194338--28194362	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
28195037--28195086	26	1.9	26	100	0	100	24	26	16	34	1.95
28204883--28205067	67	2.7	67	88	1	271	21	23	17	37	1.94
28211896--28211941	15	3.0	16	81	9	60	15	4	0	80	0.86
28219950--28220134	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
28219931--28220134	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
28227907--28228088	39	4.6	39	80	8	192	24	28	21	25	1.99
28232265--28232365	50	2.0	50	98	0	193	47	13	9	28	1.75
28235329--28235426	28	3.5	28	94	1	162	25	13	29	31	1.93
28235329--28235439	28	4.0	27	89	3	116	27	12	27	32	1.93
28237564--28237751	24	7.6	24	68	14	87	35	21	25	18	1.96
28240654--28240752	43	2.3	43	78	3	119	23	19	20	37	1.94
28246559--28246621	22	2.9	21	73	15	65	44	22	23	9	1.82
28250204--28250264	27	2.3	27	86	5	81	16	16	21	45	1.85
28254750--28255033	43	6.7	43	83	7	296	28	27	18	25	1.98
28254748--28255021	85	3.2	83	85	5	343	28	28	18	25	1.98
28254750--28255021	128	2.1	129	86	6	383	27	28	18	25	1.98
28258413--28258611	103	1.9	105	90	4	321	29	10	11	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28259394--28259451	19	3.4	17	81	13	66	79	6	1	12	1.00
28262245--28262697	47	9.6	47	91	1	674	29	29	8	32	1.87
28265715--28265824	45	2.4	45	87	3	159	40	17	18	24	1.91
28281400--28281467	35	1.9	35	87	3	100	29	11	13	45	1.79
28282551--28282599	20	2.5	20	89	0	71	30	6	8	55	1.54
28283044--28283087	22	2.0	23	86	4	63	31	0	2	65	1.05
28283036--28283089	14	4.0	14	73	7	58	33	0	1	64	1.04
28296936--28297002	33	2.0	33	100	0	134	29	2	23	43	1.69
28296983--28297051	19	3.6	19	65	7	59	43	4	20	31	1.71
28300376--28300464	44	2.0	44	100	0	178	42	11	16	29	1.83
28306802--28306870	34	2.0	34	100	0	138	28	8	17	44	1.78
28317960--28318015	21	2.7	21	85	0	85	28	8	33	28	1.87
28335592--28335654	27	2.3	27	78	10	74	33	28	14	23	1.94
28335509--28335783	144	1.9	144	96	0	514	36	24	17	21	1.95
28335737--28335873	27	5.1	27	74	7	125	34	27	16	21	1.95
28340578--28340781	43	4.7	43	87	0	300	29	33	18	18	1.95
28340578--28340830	43	5.9	42	81	5	165	29	30	17	22	1.97
28343276--28343319	9	4.9	9	100	0	88	22	31	11	34	1.90
28344292--28344325	14	2.4	14	95	0	59	29	47	0	23	1.52
28344317--28344357	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
28345423--28345736	41	7.7	41	87	0	380	30	27	21	20	1.98
28345776--28345909	40	3.4	38	77	7	133	23	20	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28351706--28351736	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
28355943--28356045	43	2.4	43	73	1	100	28	20	20	31	1.97
28357213--28357237	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
28359924--28359954	16	2.0	16	93	6	55	74	6	12	6	1.21
28367797--28368194	199	2.0	198	92	0	652	28	12	25	33	1.92
28368445--28368522	41	1.9	41	91	0	129	30	12	6	50	1.66
28368537--28368605	36	1.9	35	88	2	102	39	1	20	39	1.61
28368757--28368920	75	2.2	76	86	1	231	21	20	26	31	1.98
28372457--28372500	20	2.2	20	92	8	72	31	11	11	45	1.76
28372472--28372899	216	2.0	216	92	1	725	34	18	14	33	1.90
28388025--28388066	21	2.0	21	85	0	57	69	0	9	21	1.17
28393433--28393480	17	2.8	17	87	0	69	25	27	2	45	1.64
28398512--28398702	41	4.6	41	93	0	310	25	27	18	28	1.98
28406290--28406480	41	4.6	41	95	0	328	25	28	19	27	1.99
28408781--28408830	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
28409466--28409540	27	2.8	27	89	4	107	26	22	14	36	1.93
28418142--28418215	24	3.2	24	64	21	68	37	4	4	54	1.39
28418138--28418228	44	2.1	44	95	0	164	37	5	3	53	1.40
28418154--28418226	24	3.2	24	64	33	61	35	6	4	53	1.47
28420710--28420743	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
28427111--28427184	24	3.0	24	67	18	62	36	21	18	22	1.95
28437123--28437175	28	1.9	28	88	3	81	26	26	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28437134--28437210	28	2.8	28	87	0	109	25	25	25	22	2.00
28437580--28438209	27	23.5	27	78	8	533	19	20	18	41	1.90
28438827--28438856	12	2.5	12	88	0	51	53	0	46	0	1.00
28440590--28441281	359	1.9	359	95	0	1249	38	22	10	28	1.88
28441038--28442608	526	3.0	523	84	4	1971	41	19	13	25	1.88
28448981--28449019	18	2.1	19	90	4	62	7	10	2	79	1.02
28452744--28452868	41	3.0	41	91	3	198	41	18	7	32	1.78
28466612--28466691	22	3.7	22	75	13	76	28	13	5	52	1.61
28470921--28470966	23	2.0	23	95	0	83	30	23	6	39	1.80
28473242--28473695	223	2.0	226	93	2	781	33	9	17	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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