genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  82  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23795534--23795559	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
23797728--23797774	22	2.1	22	92	0	76	57	0	2	40	1.11
23801061--23801317	125	2.1	125	93	0	435	30	24	14	30	1.94
23801226--23801273	17	2.8	17	78	12	53	27	33	14	25	1.94
23801252--23801320	17	4.1	17	76	0	66	24	31	18	24	1.98
23801251--23801318	34	2.0	34	82	0	82	25	29	19	26	1.98
23801340--23801382	17	2.5	17	81	7	52	30	27	18	23	1.98
23806519--23806567	21	2.3	23	79	13	59	48	8	4	38	1.52
23815386--23815470	10	8.7	10	76	16	63	22	4	0	72	1.02
23815386--23815470	14	6.2	14	76	16	72	22	4	0	72	1.02
23817488--23817732	85	2.9	85	90	1	348	32	22	14	29	1.94
23818267--23818432	28	5.8	29	71	12	110	55	7	10	26	1.60
23818275--23818431	58	2.8	56	77	13	151	56	7	10	26	1.58
23818240--23818433	29	6.8	27	72	12	122	55	7	11	25	1.60
23818572--23818602	12	2.6	12	100	0	62	12	16	45	25	1.83
23821113--23821172	29	2.3	25	83	13	68	41	3	1	53	1.27
23822226--23822313	34	2.6	34	85	3	106	53	12	4	29	1.58
23827465--23827492	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
23827871--23827927	19	3.1	19	94	2	98	31	5	10	52	1.58
23828306--23828443	66	2.1	66	94	2	244	13	10	21	55	1.67
23828304--23828409	32	3.3	31	67	22	85	13	8	22	55	1.64
23843829--23843888	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23847440--23847646	105	2.0	105	93	1	353	33	11	25	29	1.91
23850252--23850314	25	2.6	25	82	5	85	31	25	23	19	1.98
23853421--23853547	28	4.5	28	84	2	148	33	9	28	28	1.88
23866926--23866976	21	2.6	19	82	11	75	35	13	11	39	1.82
23867285--23867309	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
23873199--23873250	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
23873928--23874029	31	3.3	30	69	16	91	41	6	10	41	1.67
23880885--23880936	27	1.9	27	92	0	86	28	32	25	13	1.93
23880850--23881216	103	3.6	102	91	1	619	31	29	20	17	1.96
23881812--23881845	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
23884735--23884902	84	2.0	84	96	0	309	29	15	8	46	1.76
23887872--23887902	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
23889980--23890015	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
23889996--23890086	45	2.0	44	82	2	110	29	5	28	36	1.80
23890251--23890285	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23890138--23890453	156	2.0	157	93	1	546	43	3	5	48	1.41
23890387--23890428	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23890396--23890437	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23890422--23890609	61	3.1	60	67	19	174	48	6	2	42	1.42
23890390--23890691	120	2.5	120	93	4	497	50	4	2	42	1.39
23890506--23890557	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23890696--23890902	92	2.3	89	84	8	256	46	3	3	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23894134--23894466	97	3.4	97	98	0	648	37	7	14	40	1.74
23894551--23894577	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
23897018--23897064	21	2.2	21	81	11	51	14	6	2	76	1.08
23902897--23902949	21	2.5	21	87	6	72	73	0	15	11	1.09
23902897--23902950	17	3.0	17	83	8	54	74	0	14	11	1.08
23904069--23904531	44	10.5	44	67	8	242	28	18	25	27	1.98
23904000--23904534	132	4.1	132	92	1	882	28	18	25	27	1.98
23904021--23904672	132	5.0	130	85	4	726	30	19	23	26	1.98
23904025--23904662	264	2.4	264	87	3	826	29	19	24	26	1.98
23904506--23904774	129	2.1	128	92	2	450	33	23	19	23	1.97
23904501--23904741	44	5.6	41	67	21	120	34	23	19	22	1.96
23906161--23906216	13	4.2	13	78	15	53	14	8	3	73	1.21
23914163--23914194	9	3.6	9	95	0	55	75	0	0	25	0.81
23922587--23922640	25	2.2	25	86	0	72	35	27	9	27	1.87
23922624--23922698	25	2.9	26	88	4	107	42	26	12	18	1.85
23922624--23922723	51	2.0	51	81	0	119	41	29	11	19	1.85
23924744--23924809	26	2.6	25	80	7	69	16	25	21	36	1.94
23924851--23924904	24	2.2	24	90	0	81	20	27	16	35	1.94
23927737--23927845	57	1.9	57	86	3	157	24	26	18	30	1.98
23929920--23930140	109	2.0	109	100	0	442	26	20	17	35	1.95
23934311--23934361	17	3.0	17	76	0	57	70	7	5	15	1.30
23949027--23949882	427	2.0	428	97	0	1633	39	17	16	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23950729--23950794	13	5.5	13	76	20	81	48	15	0	36	1.45
23950738--23950796	10	5.2	11	74	22	59	49	15	0	35	1.45
23950727--23950798	23	3.1	23	95	0	135	45	15	0	38	1.46
23951282--23951314	15	2.1	16	88	5	50	75	3	3	18	1.06
23964568--23964730	84	1.9	85	85	6	224	28	22	21	28	1.99
23964529--23964852	128	2.5	128	92	0	531	28	21	21	28	1.99
23964526--23964863	44	7.9	44	75	7	273	28	21	21	28	1.99
23965054--23965086	15	2.1	16	88	5	50	75	3	3	18	1.06
23970583--23970650	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
23978202--23978247	23	2.0	23	83	8	58	67	4	2	26	1.21
23981726--23981765	21	1.9	21	89	0	62	55	0	5	40	1.22
23983959--23984016	8	7.4	8	77	14	59	51	3	1	43	1.28
23984522--23984574	21	2.5	20	82	8	61	33	7	26	32	1.84
23989919--23990458	269	2.0	269	97	0	1017	32	13	19	34	1.91
23992978--23993036	27	2.2	27	96	0	109	13	30	32	23	1.93
23993431--23993488	28	2.1	28	100	0	116	43	10	10	36	1.73
23994755--23994817	27	2.3	27	91	5	101	22	33	30	14	1.93
23994870--23994914	11	4.4	11	77	11	51	20	2	2	75	1.01
23994867--23994915	19	2.4	21	86	6	66	22	2	2	73	1.04
23995097--23995124	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23995782--23995866	42	2.0	42	100	0	170	34	16	7	42	1.75
24001891--24001942	16	3.3	16	76	12	54	15	30	1	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004213--24004238	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
24013255--24013290	18	1.9	19	88	5	56	47	0	2	50	1.15
24016197--24016295	47	2.1	47	88	0	144	21	14	18	46	1.83
24021067--24021180	57	2.0	57	91	0	183	42	21	8	27	1.82
24045615--24045663	12	4.1	12	76	7	55	65	2	0	32	1.04
24045736--24045786	23	2.2	23	100	0	102	60	3	3	31	1.33
24045742--24045841	12	8.7	11	72	19	80	60	7	6	27	1.46
24045800--24045841	21	2.0	21	90	0	66	64	9	2	23	1.35
24045742--24045844	23	4.5	23	73	10	95	60	6	5	27	1.45
24046576--24046609	4	8.5	4	86	0	50	70	0	2	26	1.01
24048292--24048369	27	2.9	26	88	1	102	43	10	24	21	1.83
24052201--24052245	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
24057144--24057190	20	2.3	20	92	0	76	65	0	6	27	1.16
24057500--24057553	23	2.2	26	87	9	78	22	0	3	74	0.98
24065396--24065543	21	7.1	21	71	1	118	46	16	20	16	1.84
24065390--24065560	42	4.1	42	86	1	227	47	16	21	15	1.82
24065381--24065560	83	2.2	84	83	3	229	47	16	21	15	1.82
24080651--24080842	42	4.6	41	86	2	206	45	15	22	16	1.84
24080678--24080824	21	7.0	21	72	4	91	45	14	21	18	1.85
24080728--24080841	21	5.4	20	73	8	84	48	15	21	14	1.81
24087553--24087680	48	2.6	49	75	7	125	38	17	24	19	1.93
24090064--24090131	15	4.4	15	71	21	52	23	1	1	73	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24090068--24090132	22	3.1	21	78	12	71	23	1	1	73	1.00
24090069--24090136	30	2.2	32	87	7	97	23	1	1	73	1.00
24090260--24090298	13	2.8	13	84	7	51	20	2	0	76	0.90
24090260--24090316	29	2.0	29	83	10	73	19	5	0	75	0.99
24091305--24091352	14	3.6	14	73	21	50	75	4	8	12	1.18
24094822--24094871	21	2.3	22	82	10	66	34	4	20	42	1.70
24100921--24100966	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
24106505--24106547	21	2.0	21	100	0	86	44	37	0	18	1.50
24112237--24112316	36	2.2	36	93	0	133	41	31	11	16	1.83
24117804--24117838	15	2.5	13	90	9	52	48	17	0	34	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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