genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  73  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21174457--21174563	51	2.1	52	84	5	137	56	6	5	31	1.48
21174830--21174869	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
21174832--21174883	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
21175234--21175316	21	4.1	21	80	9	93	37	12	7	43	1.70
21175253--21175317	19	3.3	19	84	4	85	38	13	6	41	1.70
21180310--21180335	9	2.9	9	100	0	52	46	0	42	11	1.40
21180999--21181072	21	3.6	21	85	1	96	28	6	8	56	1.54
21181782--21181829	24	2.0	24	87	4	69	47	0	2	50	1.12
21183435--21183468	17	2.0	17	94	0	59	35	8	11	44	1.72
21200962--21200991	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21201307--21201396	36	2.5	34	86	10	126	52	1	7	38	1.38
21202738--21202784	14	3.3	15	76	11	53	14	8	40	36	1.77
21203435--21203609	86	2.0	87	82	3	210	28	24	18	29	1.98
21205049--21205180	65	2.0	65	87	8	189	12	18	15	54	1.71
21206035--21206111	30	2.6	29	82	12	77	10	7	2	79	1.03
21206063--21206111	14	3.4	14	86	8	62	14	2	4	79	0.97
21206040--21206084	24	1.9	24	86	4	65	11	11	0	77	0.99
21206072--21206125	22	2.5	22	87	3	74	12	1	7	77	1.05
21206070--21206132	15	4.1	15	84	10	74	12	1	7	77	1.05
21206086--21206128	22	2.0	22	100	0	86	11	0	9	79	0.95
21210635--21210724	36	2.5	34	86	10	126	52	1	7	38	1.38
21212375--21212454	25	3.2	25	83	1	81	20	26	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213620--21213650	12	2.6	12	89	0	53	22	41	29	6	1.78
21219510--21219609	40	2.7	36	79	11	114	32	24	22	22	1.98
21219510--21219729	74	3.0	73	70	15	211	34	22	21	22	1.97
21219460--21219686	35	6.4	34	71	12	118	34	21	22	21	1.97
21219461--21219729	144	1.9	143	88	2	405	34	21	21	21	1.96
21222734--21222836	53	1.9	53	98	0	197	23	9	28	38	1.86
21225571--21225654	41	2.0	41	97	0	159	25	1	9	64	1.31
21226049--21226129	3	27.0	3	97	0	153	65	0	34	0	0.93
21226363--21226462	41	2.5	39	78	12	96	37	4	11	48	1.58
21226359--21226571	76	2.7	77	75	10	209	34	3	10	50	1.55
21230045--21230088	2	22.5	2	95	4	81	50	0	50	0	1.00
21230714--21230824	58	1.9	58	94	0	195	33	18	25	23	1.97
21232928--21232975	23	2.1	23	100	0	96	18	29	16	35	1.93
21239954--21240050	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
21241669--21241693	12	2.1	12	100	0	50	80	8	0	12	0.92
21241772--21241802	13	2.3	14	94	5	55	74	6	3	16	1.16
21242711--21242781	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
21242721--21242770	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
21242831--21242861	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
21242856--21242926	30	2.3	30	83	7	81	64	0	22	12	1.27
21245004--21245100	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
21249773--21249969	32	6.2	32	80	2	209	39	19	18	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21249786--21249968	96	1.9	96	87	2	269	38	19	19	23	1.93
21249786--21249963	64	2.8	64	84	0	230	38	18	19	24	1.93
21250023--21250083	27	2.3	27	81	15	74	32	21	24	21	1.98
21250148--21250281	24	5.6	24	84	0	151	44	19	8	28	1.79
21250300--21250524	54	4.2	54	84	2	283	24	23	18	33	1.97
21250299--21250524	27	8.5	26	84	3	254	24	23	19	33	1.97
21250516--21250576	27	2.3	27	79	0	68	22	14	19	42	1.88
21250937--21251042	53	2.0	53	88	0	158	19	23	21	34	1.96
21252353--21252401	21	2.4	21	86	3	64	36	0	4	59	1.17
21258464--21258522	31	1.9	31	89	0	91	27	32	16	23	1.96
21262074--21262105	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
21267640--21267673	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
21276369--21276440	25	2.9	25	93	0	117	26	20	26	26	1.99
21293005--21293040	16	2.3	15	90	9	63	66	0	5	27	1.13
21293060--21293111	24	2.2	23	82	3	59	73	3	3	19	1.15
21296781--21296815	17	2.1	17	94	0	61	20	31	11	37	1.88
21301115--21301155	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
21302755--21302820	13	5.5	13	72	20	72	36	1	13	48	1.52
21302753--21302822	23	3.0	23	93	0	113	37	1	14	47	1.53
21303444--21303480	16	2.4	16	86	13	51	40	8	2	48	1.47
21305298--21305339	18	2.3	18	95	0	75	19	21	2	57	1.52
21307445--21307482	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21308856--21308910	18	3.1	17	82	12	65	67	1	0	30	1.01
21311061--21311100	15	2.7	15	92	0	62	17	7	27	47	1.74
21311910--21311981	27	2.5	29	80	6	67	73	16	2	6	1.17
21321409--21321435	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
21321404--21321453	21	2.3	21	86	10	66	70	0	16	14	1.18
21321404--21321453	7	7.0	7	82	17	59	70	0	16	14	1.18
21322828--21323233	44	8.8	44	72	16	277	32	18	20	28	1.96
21322857--21323284	142	3.0	142	93	0	750	33	17	19	28	1.95
21323204--21323311	44	2.6	41	75	10	101	30	18	20	30	1.96
21323352--21323800	50	8.9	50	71	3	321	32	21	20	25	1.97
21323352--21323800	101	4.5	100	90	1	693	32	21	20	25	1.97
21330498--21330571	38	1.9	38	91	0	121	27	22	16	33	1.95
21332898--21332951	23	2.3	23	87	0	81	22	25	18	33	1.97
21342550--21342607	26	2.2	26	75	0	62	29	6	12	51	1.65
21347914--21347940	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
21348162--21348196	13	2.8	13	91	8	56	65	0	0	34	0.93
21350423--21350474	25	2.1	25	100	0	104	15	26	15	42	1.87
21351355--21351871	120	4.3	120	95	0	901	42	2	5	49	1.39
21351588--21351634	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
21351688--21351721	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
21351699--21351753	15	3.7	15	79	13	53	47	0	1	50	1.11
21351810--21351869	16	3.8	16	76	12	54	45	0	1	53	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21351819--21351860	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21353614--21353968	147	2.4	147	81	2	392	38	9	10	41	1.73
21360779--21361127	173	2.0	173	98	0	671	25	10	21	42	1.84
21361233--21361316	39	2.2	39	95	0	150	23	7	28	40	1.81
21362803--21362850	19	2.5	19	83	9	62	39	4	0	56	1.19
21363173--21363252	29	2.7	29	72	12	83	32	7	1	58	1.34
21368653--21368685	16	2.1	16	94	0	57	51	21	0	27	1.48
21368679--21368903	17	13.3	17	82	2	220	44	22	8	24	1.80
21372053--21372148	25	3.9	23	75	18	72	31	22	27	18	1.97
21372053--21372237	74	2.5	75	78	6	178	35	20	26	17	1.95
21372104--21372256	25	6.2	25	72	13	102	35	20	26	16	1.94
21378780--21378830	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
21379376--21379447	36	2.0	36	100	0	144	25	22	13	38	1.91
21380261--21380337	4	19.2	4	97	0	145	25	1	24	48	1.59
21386814--21386875	31	2.0	31	100	0	124	32	3	22	41	1.70
21401057--21401761	40	16.8	40	72	14	352	22	20	23	33	1.97
21400992--21401561	129	4.5	128	80	5	606	22	19	24	33	1.97
21401139--21401643	82	5.9	86	73	16	194	21	20	23	34	1.97
21401562--21401808	129	1.9	129	92	0	413	23	19	23	32	1.98
21401842--21402566	50	14.5	50	68	1	378	25	21	21	31	1.98
21401826--21402588	100	7.7	99	88	1	927	25	21	22	30	1.99
21402869--21402925	23	2.4	24	91	2	89	28	24	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21403814--21403855	11	3.8	11	84	6	50	2	14	2	80	0.90
21403814--21403855	16	2.5	17	82	17	52	2	14	2	80	0.90
21406968--21407019	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
21413364--21413541	44	4.2	42	80	9	202	33	25	20	20	1.97
21413413--21413557	41	3.5	41	82	9	186	35	26	18	19	1.95
21413401--21413557	84	1.9	85	91	4	264	35	25	19	19	1.96
21413678--21413702	11	2.3	11	100	0	50	28	8	0	64	1.22
21423394--21423451	24	2.4	24	83	13	75	50	6	10	32	1.63
21423392--21423450	23	2.5	23	86	8	75	49	6	10	33	1.63
21436494--21436780	79	3.6	79	80	4	337	30	16	12	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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