genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57606263--57606711	81	5.7	80	84	7	537	29	18	20	31	1.96
57606879--57607011	29	4.5	29	77	9	135	30	21	4	43	1.72
57606879--57607027	28	5.0	28	74	12	129	31	22	4	42	1.72
57607250--57607306	18	3.1	18	74	18	53	63	0	36	0	0.95
57607258--57607297	20	2.0	21	90	5	64	60	0	40	0	0.97
57607259--57607307	20	2.6	18	78	12	62	57	0	42	0	0.99
57607386--57607436	10	5.3	10	83	2	61	78	0	21	0	0.75
57607544--57607587	19	2.3	19	88	7	63	77	4	18	0	0.94
57607695--57607790	9	9.7	9	71	22	68	80	0	19	0	0.72
57607715--57607783	11	6.6	11	81	9	74	76	0	23	0	0.78
57607693--57607772	30	2.7	28	86	7	97	80	0	20	0	0.72
57607691--57607790	41	2.5	40	90	6	148	79	0	21	0	0.74
57607941--57607978	16	2.4	16	91	8	60	34	0	0	65	0.93
57608142--57608184	20	2.2	20	88	12	63	32	13	9	44	1.76
57608320--57608366	19	2.3	21	78	7	53	42	10	10	36	1.74
57608523--57608566	23	2.0	23	86	4	63	40	9	6	43	1.63
57608428--57608692	127	2.1	129	81	7	317	32	12	10	44	1.76
57608440--57608912	18	26.1	17	67	22	143	33	12	12	42	1.79
57608649--57608696	22	2.2	22	88	7	71	47	12	6	33	1.66
57608445--57608780	127	2.6	127	78	8	292	32	12	12	42	1.79
57608581--57608780	35	5.6	35	71	14	133	34	12	12	41	1.80
57608758--57608821	21	3.0	20	82	11	74	46	9	10	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57608807--57608926	53	2.3	53	84	5	145	30	10	14	44	1.79
57608855--57608957	37	2.8	35	77	12	100	30	6	17	45	1.74
57608855--57608964	36	3.0	34	76	15	96	32	7	16	43	1.75
57608429--57608968	17	29.8	17	68	15	146	32	11	12	43	1.78
57611779--57611835	21	2.8	20	76	7	60	26	3	24	45	1.69
57613123--57613255	30	4.4	30	74	10	103	33	20	4	41	1.72
57613123--57613255	60	2.2	60	81	5	144	33	20	4	41	1.72
57613814--57613869	4	14.5	4	82	14	73	78	0	21	0	0.75
57613817--57613874	15	4.1	14	82	14	75	81	0	18	0	0.70
57613810--57613872	12	5.2	12	78	14	67	77	0	22	0	0.76
57613808--57613874	26	2.6	26	90	4	100	77	0	22	0	0.77
57614537--57614576	20	2.0	21	85	5	55	35	15	10	40	1.80
57616408--57616523	59	2.0	59	100	0	232	43	13	10	32	1.78
57617355--57617413	23	2.4	26	70	18	63	66	0	1	32	1.02
57619007--57619068	20	3.2	19	82	15	65	54	0	1	43	1.09
57623516--57623570	19	2.8	20	78	13	60	47	0	5	47	1.25
57624212--57624268	21	2.8	20	76	7	60	26	3	24	45	1.69
57626993--57627094	30	3.4	30	83	5	127	29	21	3	45	1.70
57627616--57627693	4	20.5	4	72	12	58	75	0	24	0	0.80
57627618--57627693	14	5.3	14	75	20	59	76	0	23	0	0.79
57627630--57627693	12	5.5	11	77	15	67	78	0	21	0	0.76
57627619--57627687	6	10.3	7	75	19	51	75	0	24	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57627616--57627688	10	6.8	11	79	14	73	75	0	24	0	0.81
57627618--57627693	33	2.2	34	82	15	95	76	0	23	0	0.79
57627616--57627692	40	2.0	38	84	5	100	76	0	23	0	0.78
57627688--57627714	11	2.5	11	100	0	54	70	0	7	22	1.12
57627616--57627693	24	3.4	23	81	11	81	75	0	24	0	0.80
57628362--57628444	36	2.3	37	85	2	114	36	15	9	38	1.81
57628296--57628780	17	27.8	18	71	13	252	33	10	11	43	1.76
57628396--57628501	55	1.9	54	88	1	158	36	12	11	39	1.79
57628343--57628781	35	12.7	34	71	15	217	34	10	11	43	1.75
57628800--57628836	17	2.3	17	81	9	51	37	16	10	35	1.83
57633693--57633746	4	14.5	4	81	14	71	77	0	22	0	0.76
57633693--57633749	11	5.2	11	85	10	73	78	0	21	0	0.74
57633696--57633734	14	2.7	14	96	4	69	79	0	20	0	0.73
57634411--57634450	20	2.0	21	85	5	55	35	15	10	40	1.80
57635834--57635865	14	2.4	14	90	10	50	84	3	6	6	0.86
57640081--57640119	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
57640149--57640185	20	1.9	20	94	5	67	45	0	8	45	1.32
57640492--57640583	25	3.5	25	82	15	98	64	1	1	33	1.08
57645322--57645386	33	2.0	33	85	11	89	38	4	18	38	1.72
57645333--57645464	54	2.5	55	86	3	189	34	6	16	43	1.73
57645670--57645694	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
57646050--57646088	9	4.0	9	90	6	51	30	0	2	66	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57652564--57652728	90	1.8	90	85	2	233	44	15	13	26	1.83
57653732--57653765	18	2.0	17	88	11	52	58	0	5	35	1.22
57653990--57654031	21	2.0	21	86	4	59	50	4	2	42	1.36
57654806--57654952	68	2.2	68	85	4	199	29	20	19	29	1.97
57657981--57658058	25	3.2	25	85	5	99	43	15	21	19	1.87
57660765--57660803	11	3.5	11	82	6	51	33	0	0	66	0.92
57662774--57662917	25	5.8	25	71	8	91	34	18	25	21	1.96
57662837--57662917	24	3.3	24	75	13	85	38	20	22	18	1.94
57662872--57663012	74	1.9	75	86	1	203	34	19	26	20	1.96
57662893--57663018	25	5.0	26	70	12	93	33	20	26	19	1.97
57663742--57663766	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
57665015--57665232	110	2.0	109	91	5	361	48	11	17	22	1.79
57680176--57681018	420	2.0	420	98	0	1641	39	16	16	27	1.90
57688659--57688792	19	6.8	19	84	6	187	35	14	10	40	1.80
57688659--57688792	40	3.4	39	88	8	200	35	14	10	40	1.80
57688652--57688789	61	2.4	58	88	8	201	35	13	10	40	1.79
57688968--57689485	44	11.8	44	76	11	438	26	23	21	29	1.99
57688965--57689485	89	5.9	89	76	11	459	25	23	20	29	1.99
57689009--57689263	133	1.9	133	93	1	440	25	25	20	29	1.99
57688958--57689569	217	2.8	216	89	3	879	26	22	20	29	1.99
57688968--57689485	133	3.9	129	76	11	425	26	23	21	29	1.99
57689108--57689699	217	2.7	215	85	3	611	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57689648--57690096	44	10.2	44	63	14	174	24	24	21	28	1.99
57689556--57690206	132	4.9	132	95	0	1135	24	25	20	29	1.99
57691405--57691541	30	4.6	30	79	6	129	32	24	3	39	1.73
57692112--57692181	29	2.5	29	81	4	81	82	0	12	4	0.80
57692112--57692177	8	8.0	8	86	9	57	83	0	12	4	0.79
57692113--57692158	25	1.9	23	86	8	65	82	0	15	2	0.76
57692115--57692177	21	3.0	20	84	6	81	84	0	11	4	0.77
57692477--57692509	7	4.9	7	92	7	59	87	12	0	0	0.53
57692478--57692508	13	2.4	13	100	0	62	87	12	0	0	0.55
57693050--57693101	21	2.4	21	75	9	52	40	9	5	44	1.61
57693082--57693291	35	6.1	34	77	11	169	30	13	10	46	1.76
57693046--57693292	18	13.8	18	74	11	188	31	12	10	45	1.76
57693092--57693289	52	3.8	53	80	6	199	29	13	10	46	1.76
57698857--57698928	9	7.8	9	81	6	81	83	8	5	2	0.89
57698857--57698928	19	3.8	19	85	1	92	83	8	5	2	0.89
57699818--57701004	74	15.6	74	87	7	1193	27	15	20	36	1.93
57699790--57701004	226	5.3	224	83	9	1252	27	15	20	36	1.93
57699818--57701004	300	3.9	303	82	9	1260	27	15	20	36	1.93
57700579--57701039	79	6.0	72	80	12	383	26	17	22	33	1.96
57701199--57701333	30	4.6	30	83	9	145	34	22	2	40	1.70
57701214--57701352	30	4.8	28	81	10	147	35	21	3	39	1.71
57701219--57701380	58	2.8	56	82	7	173	34	21	4	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57701918--57701965	22	2.4	19	78	18	53	77	2	20	0	0.88
57701925--57701992	21	3.2	21	83	6	68	80	1	14	2	0.89
57701941--57701992	6	8.5	6	81	12	52	84	0	11	3	0.74
57701917--57701988	9	7.9	9	78	9	58	80	1	15	2	0.89
57701923--57701992	10	6.7	10	81	6	68	81	1	14	2	0.88
57702268--57702298	13	2.4	13	94	0	53	87	9	3	0	0.66
57702870--57702916	18	2.9	16	87	9	60	25	17	8	48	1.74
57702884--57703098	18	12.2	18	74	11	178	29	13	11	45	1.79
57702895--57703095	53	3.8	53	77	10	205	27	13	11	46	1.78
57702895--57703145	35	7.1	35	74	6	213	29	13	10	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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