genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60168343--60168482	57	2.4	56	79	9	145	30	20	25	23	1.98
60168381--60168490	57	1.9	57	85	3	150	30	19	25	25	1.98
60168559--60168689	67	2.0	67	95	0	235	21	16	33	28	1.95
60175987--60176054	34	2.0	34	100	0	136	41	23	14	20	1.89
60177231--60177293	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
60183911--60183968	31	1.9	30	89	3	89	41	12	17	29	1.85
60188298--60188377	31	2.5	31	83	2	97	47	16	8	27	1.76
60191231--60191294	30	2.3	27	82	12	69	18	12	3	65	1.38
60193400--60193428	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
60196069--60196096	11	2.5	11	100	0	56	82	0	0	17	0.68
60219549--60219604	15	3.9	14	77	11	51	64	1	1	32	1.14
60229360--60229426	28	2.4	29	85	5	77	23	14	11	49	1.77
60229377--60229433	28	2.0	28	96	0	105	24	14	15	45	1.83
60240294--60240483	95	2.0	95	95	2	346	43	17	16	22	1.87
60257415--60257463	25	1.9	26	84	12	66	51	14	4	30	1.61
60257895--60257927	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
60258036--60258078	21	2.0	21	86	9	59	58	2	2	37	1.24
60265152--60265211	25	2.3	26	78	21	65	8	1	35	55	1.40
60265178--60265220	16	2.6	16	74	3	50	9	2	34	53	1.46
60269535--60269597	32	2.0	32	100	0	126	19	9	20	50	1.74
60283075--60283250	87	2.0	87	98	0	343	39	13	10	36	1.80
60283752--60283790	18	2.2	18	86	9	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60284551--60284610	27	2.2	27	79	5	68	16	31	25	26	1.96
60284647--60284897	99	2.5	102	85	6	330	55	13	0	29	1.42
60287569--60287734	82	2.0	82	98	0	323	30	16	19	32	1.95
60292883--60292952	25	2.9	25	75	12	74	17	20	18	44	1.87
60293029--60293108	27	3.2	24	76	11	79	18	28	20	32	1.96
60293089--60293208	49	2.4	48	82	6	134	18	28	20	33	1.96
60293136--60293207	25	2.9	24	78	10	83	20	29	18	31	1.96
60297405--60297436	16	2.0	16	93	0	55	78	3	6	12	1.06
60298592--60298647	26	2.2	26	87	3	78	41	16	16	26	1.88
60302314--60302353	11	3.5	11	86	3	53	75	2	2	20	1.04
60305461--60305501	22	2.0	21	86	13	59	4	14	21	58	1.55
60308408--60308507	31	3.3	29	72	10	94	54	10	9	27	1.63
60308522--60308548	13	2.1	13	100	0	54	37	11	14	37	1.82
60311781--60311824	20	2.2	20	83	0	52	45	36	2	15	1.59
60311876--60311916	21	2.0	21	95	0	73	26	9	29	34	1.88
60319214--60319246	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
60320819--60320863	22	2.1	21	83	4	54	6	4	37	51	1.49
60321235--60321996	50	15.2	50	72	2	544	25	21	22	31	1.98
60321243--60321989	100	7.5	100	87	1	1005	25	21	21	31	1.98
60322122--60322162	16	2.7	15	85	7	64	31	2	21	43	1.66
60322887--60322935	7	7.4	7	84	9	59	0	16	2	81	0.78
60322886--60322948	13	5.1	12	73	7	54	1	17	1	79	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60322900--60322939	20	2.0	20	90	5	62	2	15	0	82	0.77
60322888--60322946	25	2.4	25	88	2	84	1	15	1	81	0.86
60326145--60326197	24	2.2	25	82	3	63	45	7	20	26	1.78
60331046--60331240	25	8.0	23	74	13	86	36	20	24	18	1.95
60331079--60331240	50	3.3	48	77	9	175	35	20	25	18	1.95
60331079--60331240	74	2.2	74	86	2	227	35	20	25	18	1.95
60331079--60331242	49	3.3	48	74	13	156	35	20	25	18	1.95
60333383--60333450	31	2.2	32	84	7	86	58	8	10	22	1.58
60335801--60335832	16	1.9	17	93	6	57	81	3	15	0	0.82
60336555--60336636	3	26.7	3	75	4	65	36	4	1	57	1.28
60336574--60336637	21	2.9	22	81	9	76	40	6	1	51	1.36
60336816--60336906	42	2.3	40	78	14	100	34	5	9	50	1.59
60345333--60345377	21	2.1	21	87	0	63	22	8	15	53	1.69
60345988--60346030	21	2.0	21	100	0	86	13	27	18	39	1.89
60348102--60348137	15	2.5	14	86	8	54	44	2	8	44	1.48
60351102--60351140	20	2.0	20	84	0	51	28	7	35	28	1.85
60354598--60354681	31	2.7	31	80	14	102	20	3	1	75	1.03
60354605--60354673	4	17.5	4	80	19	67	20	2	1	75	1.01
60356595--60356629	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
60359382--60359421	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
60360216--60360301	29	3.2	26	79	12	91	19	11	10	58	1.62
60385454--60385515	24	2.6	24	94	0	106	37	6	25	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60390789--60390842	26	2.1	26	96	0	99	35	7	18	38	1.79
60393327--60393403	39	1.9	39	82	7	93	38	5	1	54	1.31
60400343--60400375	6	5.5	6	100	0	66	33	0	0	66	0.92
60401181--60401218	15	2.7	14	84	8	51	39	0	0	60	0.97
60403258--60403302	14	3.3	13	81	9	54	28	2	4	64	1.25
60405113--60405139	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
60405997--60406120	59	2.1	60	92	3	214	50	12	7	29	1.67
60406756--60406807	22	2.4	21	72	12	52	53	0	3	42	1.19
60409761--60409790	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60412890--60413034	18	8.0	18	74	14	95	44	10	13	32	1.77
60412890--60412975	36	2.3	38	83	13	108	45	10	11	32	1.75
60413076--60413132	25	2.1	28	84	9	59	54	12	12	21	1.69
60412906--60413154	18	13.4	18	71	15	116	44	10	12	32	1.75
60413139--60413194	28	2.0	29	96	3	105	44	14	8	32	1.76
60413181--60413246	18	3.8	18	76	6	64	37	12	13	36	1.82
60413182--60413246	17	3.8	17	75	4	67	38	12	13	35	1.83
60413309--60413356	17	2.7	18	76	23	57	41	10	16	31	1.82
60413474--60413511	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
60413948--60414013	29	2.3	29	78	17	75	0	28	0	71	0.87
60414519--60414635	30	3.9	30	80	7	105	45	3	21	29	1.68
60414534--60414635	30	3.4	30	86	2	134	45	3	21	29	1.70
60414633--60414668	16	2.2	17	90	5	56	19	0	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60414633--60414668	17	2.1	17	89	0	54	19	0	2	77	0.88
60415004--60415054	14	3.6	14	75	12	50	64	1	11	21	1.36
60415077--60415487	73	5.5	73	76	14	406	32	21	15	29	1.95
60415254--60415287	14	2.5	14	90	4	52	64	8	8	17	1.47
60415497--60415638	72	2.0	73	90	1	223	39	23	14	21	1.91
60415669--60415993	72	4.5	72	91	3	480	32	20	15	30	1.94
60415987--60416021	14	2.5	14	90	0	52	57	5	14	22	1.59
60416001--60416230	70	3.2	72	86	5	322	35	20	16	27	1.94
60415809--60416224	231	1.8	231	90	3	685	33	19	17	29	1.95
60416114--60416463	116	2.9	118	91	4	544	37	22	14	26	1.92
60416352--60416522	66	2.5	69	85	2	213	32	22	14	29	1.94
60428184--60428328	18	8.0	18	74	14	95	44	10	13	32	1.77
60428184--60428269	36	2.3	38	83	13	108	45	10	11	32	1.75
60428200--60428448	17	13.4	18	70	16	109	44	10	12	33	1.76
60428433--60428489	29	2.0	29	93	6	98	43	14	8	33	1.76
60428476--60428516	18	2.3	18	86	0	55	39	9	12	39	1.76
60428603--60428650	17	2.7	18	76	23	57	41	10	16	31	1.82
60428768--60428805	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
60429223--60429262	11	3.6	11	89	0	62	0	12	0	87	0.54
60429239--60429304	29	2.3	29	78	17	75	0	28	0	71	0.87
60429813--60429929	30	3.9	30	80	7	105	45	3	21	29	1.68
60429828--60429929	30	3.4	30	86	2	134	45	3	21	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60429925--60429961	15	2.4	16	86	13	51	27	0	2	70	1.01
60430613--60430639	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
60431497--60431620	59	2.1	60	92	3	214	50	12	7	29	1.67
60432255--60432306	22	2.4	21	72	12	52	53	0	3	42	1.19
60443519--60443547	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
60450162--60450231	22	3.2	21	69	26	56	38	11	1	48	1.48
60450874--60450912	14	2.8	14	96	0	69	58	7	7	25	1.52
60451341--60451368	9	3.1	9	100	0	56	0	21	10	67	1.20
60457447--60457493	20	2.3	20	92	0	85	44	10	12	31	1.77
60457477--60457506	14	2.2	13	94	5	51	40	13	6	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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