genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  66  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19090206--19090284	27	2.9	27	82	0	95	13	16	37	31	1.88
19090858--19090889	15	2.1	16	88	11	50	21	0	9	68	1.17
19093873--19093921	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
19094317--19094398	43	1.9	43	89	0	128	56	0	18	25	1.42
19095288--19095362	30	2.6	30	89	4	118	29	29	28	13	1.94
19100648--19100703	2	28.0	2	100	0	112	50	50	0	0	1.00
19109767--19110101	166	2.0	166	94	0	580	24	13	17	45	1.84
19119837--19120006	81	2.1	81	98	0	331	36	21	21	20	1.95
19120235--19120285	21	2.4	21	96	3	93	41	21	3	33	1.72
19123276--19123433	64	2.4	64	82	7	174	35	7	15	41	1.76
19123472--19123584	41	2.8	41	81	8	115	19	19	28	32	1.96
19123556--19123595	16	2.5	16	100	0	80	12	25	30	32	1.92
19127005--19127043	21	1.9	20	84	5	51	48	10	5	35	1.59
19128181--19128318	20	6.9	20	72	9	77	38	18	28	14	1.90
19129954--19130034	42	1.9	42	100	0	162	43	9	4	41	1.59
19131576--19131651	11	6.8	11	68	19	50	55	2	3	38	1.33
19131544--19131650	19	5.8	18	68	18	51	52	3	3	40	1.37
19136328--19136424	38	2.6	38	85	1	124	25	22	28	22	1.99
19142364--19142434	23	3.0	24	75	10	65	78	2	9	8	1.05
19144276--19144311	9	4.0	9	100	0	72	44	33	0	22	1.53
19148279--19148318	20	2.0	20	90	9	64	50	30	7	12	1.68
19149417--19149513	25	3.9	25	79	11	83	30	21	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19152341--19152407	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
19152780--19152821	21	2.0	21	85	0	57	35	23	9	30	1.87
19155664--19155712	9	5.4	9	85	0	71	24	8	20	46	1.77
19156035--19156070	18	1.9	19	94	5	65	11	8	13	66	1.44
19157888--19157912	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19164617--19164670	27	2.0	27	96	0	99	22	27	18	31	1.97
19165625--19165667	20	2.2	19	83	8	50	60	2	2	34	1.22
19166024--19166086	18	3.5	18	76	22	53	68	0	3	28	1.05
19166051--19166086	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
19168778--19168802	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19170181--19170293	41	2.8	41	93	0	181	21	20	23	34	1.97
19170182--19170306	41	3.1	39	88	3	126	21	20	24	34	1.97
19172662--19172709	11	4.3	12	77	15	50	41	10	27	20	1.85
19172672--19172718	22	2.1	23	88	4	69	40	14	25	19	1.90
19173373--19173542	62	2.7	63	78	7	193	25	31	21	22	1.98
19174775--19174820	19	2.4	19	85	10	58	67	4	2	26	1.21
19174784--19174821	19	2.0	19	90	10	60	68	2	0	28	1.03
19174885--19174915	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
19174871--19174928	23	2.5	22	75	10	62	43	1	5	50	1.35
19174933--19174970	19	2.0	19	89	0	58	18	7	0	73	1.06
19175647--19175686	11	3.5	11	86	3	53	65	0	0	35	0.93
19176566--19176621	20	2.8	21	77	20	66	57	8	0	33	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19180657--19180765	41	2.7	41	94	2	184	31	1	0	66	1.02
19184984--19185123	25	5.6	25	74	1	120	27	21	22	27	1.99
19184984--19185123	50	2.8	49	77	4	145	27	21	22	27	1.99
19187981--19188064	41	2.0	41	100	0	168	47	14	14	23	1.80
19187984--19188051	23	3.2	23	65	26	67	47	14	14	23	1.82
19192265--19192414	37	4.1	37	77	5	115	18	15	27	38	1.91
19192265--19192411	74	2.0	74	80	7	165	18	14	27	38	1.90
19198777--19198860	40	2.1	40	84	4	107	34	17	25	22	1.96
19200842--19200869	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
19207407--19207746	50	6.8	50	74	7	233	25	19	22	32	1.98
19207400--19207746	100	3.5	100	89	5	515	25	19	22	32	1.98
19209317--19209351	8	4.4	8	92	0	61	11	8	0	80	0.92
19209783--19209810	6	4.7	6	100	0	56	14	0	14	71	1.15
19212206--19212249	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
19222634--19222694	28	2.1	29	87	3	88	16	27	0	55	1.41
19225543--19225581	16	2.4	16	86	0	51	69	7	2	20	1.26
19232285--19232346	25	2.5	25	81	5	72	25	12	27	33	1.93
19232309--19232492	25	7.4	25	68	11	90	22	17	25	34	1.95
19232285--19232731	50	8.9	50	72	5	285	22	15	25	36	1.94
19232648--19232695	25	1.9	25	95	0	87	29	16	18	35	1.93
19233954--19234011	27	2.2	26	84	6	80	68	8	8	13	1.37
19237765--19237797	5	6.8	5	86	6	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19239030--19239060	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
19239939--19239981	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
19240002--19240057	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
19240013--19240057	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
19242875--19243012	69	2.0	69	87	5	199	42	14	23	19	1.88
19242862--19243005	34	4.2	34	73	11	132	43	13	22	20	1.87
19243048--19243088	19	2.2	19	95	0	73	36	0	17	46	1.48
19243223--19243264	22	1.9	22	85	9	59	35	21	4	38	1.75
19244969--19245083	34	3.4	34	77	10	126	18	25	13	42	1.87
19246139--19246286	69	2.2	68	87	3	208	18	23	14	42	1.88
19246140--19246286	34	4.3	34	80	5	170	19	23	14	42	1.87
19249089--19249133	21	2.1	22	84	12	58	13	6	6	73	1.24
19249089--19249133	20	2.1	20	84	12	54	13	6	6	73	1.24
19253429--19253467	13	2.9	14	92	7	64	46	5	12	35	1.65
19253465--19253507	22	2.0	21	86	4	59	51	4	6	37	1.50
19255580--19255667	43	2.0	43	91	4	142	32	25	0	42	1.55
19268129--19268162	13	2.5	14	85	4	52	0	23	0	76	0.79
19268129--19268161	9	3.7	9	88	12	50	0	21	0	78	0.75
19268156--19268188	17	2.0	17	88	5	50	6	21	0	72	1.05
19270897--19271025	50	2.6	50	79	4	143	34	20	11	34	1.89
19277749--19277794	19	2.4	19	77	19	51	43	2	15	39	1.59
19281275--19281325	25	2.0	25	92	0	84	39	21	17	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281806--19281837	1	32.0	1	93	0	55	3	0	0	96	0.20
19301866--19301916	6	8.5	6	100	0	102	50	33	0	15	1.44
19304063--19304123	13	4.7	13	95	0	104	24	9	26	39	1.86
19307250--19307309	30	2.0	30	87	6	86	41	15	40	3	1.63
19307708--19307737	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
19318716--19318799	44	1.9	44	92	0	141	28	20	20	30	1.97
19318727--19319104	44	8.7	44	71	15	186	27	22	20	30	1.98
19318973--19319268	147	2.0	147	90	0	466	26	24	19	29	1.98
19319269--19319379	44	2.5	44	88	2	161	29	18	21	29	1.97
19335959--19336644	140	5.0	140	75	8	584	27	19	21	32	1.97
19336250--19336642	126	3.0	126	81	9	378	27	19	21	32	1.97
19336155--19336642	266	1.8	265	88	1	744	27	19	21	32	1.97
19343799--19344226	148	2.9	145	84	5	565	25	21	15	37	1.93
19343799--19344226	73	5.8	73	85	3	574	25	21	15	37	1.93
19346716--19346808	43	2.2	40	83	14	109	17	17	26	38	1.91
19348876--19348929	27	2.0	27	100	0	108	29	14	7	48	1.71
19355710--19355859	70	2.1	71	90	3	232	30	28	17	23	1.97
19355780--19355996	101	2.1	102	91	3	357	31	30	19	17	1.96
19356326--19356389	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19356333--19356389	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19363183--19363332	70	2.1	72	90	3	234	30	29	16	23	1.96
19363253--19363470	104	2.1	101	90	5	341	32	31	18	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19363799--19363862	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19363806--19363862	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19366458--19366566	42	2.6	42	94	0	182	14	37	26	21	1.92
19368479--19368535	28	2.0	28	90	6	89	40	14	17	28	1.88
19374282--19374310	5	5.8	5	100	0	58	62	0	37	0	0.96
19374267--19374307	15	2.4	18	80	15	52	60	0	36	2	1.10
19374874--19374917	9	4.9	9	82	0	61	43	20	11	25	1.85
19385910--19385940	16	1.9	16	93	0	53	25	6	16	51	1.68
19391396--19391467	30	2.4	29	78	15	76	52	4	9	33	1.53
19391756--19391794	16	2.4	16	86	0	51	46	2	10	41	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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