genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448732--27448914	25	7.2	25	85	4	217	47	21	1	29	1.60
27454373--27454419	21	2.2	21	96	0	85	31	12	48	6	1.66
27454852--27455166	43	7.4	42	84	5	341	25	23	20	30	1.98
27455893--27455922	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
27459049--27459078	11	2.6	12	94	5	53	40	0	0	60	0.97
27459176--27459262	44	2.0	44	95	0	156	43	17	24	14	1.86
27464123--27464185	9	6.8	9	78	7	72	34	1	39	23	1.65
27464131--27464187	19	3.0	19	86	0	78	35	1	36	26	1.67
27464439--27464497	29	2.1	29	83	3	75	40	16	11	30	1.85
27466700--27466811	56	2.0	56	91	0	179	32	17	31	18	1.95
27469269--27469323	20	2.4	25	77	22	68	58	5	5	30	1.44
27470025--27470055	14	2.2	14	94	0	53	77	3	12	6	1.08
27474264--27474315	27	2.0	26	84	3	68	53	0	0	46	1.00
27475104--27475198	32	3.2	31	75	19	94	36	2	0	61	1.08
27475122--27475201	31	2.8	27	80	17	90	40	2	0	57	1.12
27475113--27475210	11	9.4	11	70	23	61	38	3	0	58	1.14
27475667--27475710	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
27476304--27476355	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27478106--27478372	43	6.2	43	82	3	252	31	22	18	27	1.97
27478130--27478372	86	2.8	86	82	1	308	31	24	18	25	1.98
27478134--27478369	129	1.8	129	86	3	341	32	23	17	26	1.97
27488203--27488264	3	20.7	3	93	0	106	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27488203--27488274	15	4.9	15	94	3	112	73	0	26	0	0.83
27489621--27490129	100	5.1	100	90	0	714	29	20	22	26	1.98
27489671--27490046	50	7.5	50	67	4	229	30	21	22	26	1.98
27489921--27490077	50	3.1	50	65	7	138	29	18	23	28	1.98
27490136--27490434	44	6.9	44	74	11	249	28	19	24	27	1.99
27492129--27492266	28	5.1	28	70	13	92	35	1	4	58	1.27
27494006--27494200	9	21.1	9	82	7	203	31	1	23	44	1.60
27494027--27494200	66	2.7	66	93	0	305	31	0	22	44	1.57
27494262--27494358	9	10.6	9	73	4	68	35	2	20	42	1.64
27494528--27494567	22	1.9	20	85	10	53	62	2	0	35	1.09
27494531--27494587	23	2.5	24	80	8	64	56	1	1	40	1.20
27494367--27494569	67	3.0	68	67	13	182	54	1	3	39	1.30
27495762--27495877	28	4.1	28	82	3	126	21	18	3	56	1.55
27498638--27498944	154	2.0	154	95	0	551	35	15	20	28	1.93
27499857--27499898	19	2.2	19	86	0	57	4	26	0	69	1.08
27503852--27503876	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
27505560--27505585	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
27508782--27508824	17	2.4	18	81	14	54	41	6	0	51	1.29
27508794--27508825	17	1.9	17	93	6	57	43	9	0	46	1.35
27509304--27509376	23	3.1	23	69	9	67	32	17	23	26	1.97
27511323--27511412	39	2.3	39	88	0	126	34	16	32	16	1.92
27513962--27514019	27	2.1	27	87	6	82	25	31	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27513978--27514063	27	3.2	27	74	9	68	25	26	22	25	2.00
27518529--27518687	44	3.7	44	68	15	116	30	27	16	25	1.97
27522147--27522198	7	7.0	7	93	6	77	55	0	0	44	0.99
27522147--27522233	8	11.0	8	82	6	90	47	0	1	51	1.08
27522477--27522800	130	2.5	130	89	1	479	34	7	16	41	1.77
27525844--27525998	52	3.0	52	85	6	208	38	13	16	31	1.88
27526038--27526079	20	2.2	19	83	12	50	59	4	2	33	1.31
27526222--27526376	57	2.8	57	81	5	169	26	7	3	63	1.36
27526279--27526376	52	1.9	51	85	10	137	26	7	3	63	1.35
27526730--27526767	16	2.4	16	100	0	76	18	5	5	71	1.25
27526747--27526845	52	1.9	52	85	8	139	26	7	3	63	1.34
27526278--27527200	469	2.0	468	99	0	1837	29	13	8	48	1.72
27528554--27528590	7	5.3	7	90	0	56	45	0	35	18	1.50
27540718--27540759	19	2.4	18	84	11	52	40	0	38	21	1.53
27550114--27550181	34	2.0	35	88	2	102	55	7	7	29	1.54
27550591--27550785	43	4.5	43	79	3	205	26	28	17	28	1.98
27551047--27551137	43	2.1	42	84	4	119	43	10	10	34	1.75
27557975--27558020	20	2.2	21	84	3	58	30	4	19	45	1.70
27574446--27574581	68	2.0	67	85	4	184	36	17	23	22	1.94
27574512--27574828	40	7.9	40	80	1	323	33	16	27	23	1.95
27574513--27574786	120	2.3	120	86	2	372	33	17	27	21	1.96
27574512--27574828	120	2.6	118	80	8	370	33	16	27	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27577831--27578007	95	1.9	95	87	2	266	35	17	15	31	1.91
27584745--27584787	19	2.3	19	95	0	77	46	6	23	23	1.76
27586240--27586626	191	2.0	192	97	0	740	34	17	14	33	1.91
27590697--27591274	190	3.0	194	87	2	858	46	13	15	24	1.82
27595715--27595865	71	2.1	71	78	4	160	33	23	18	23	1.97
27599636--27599713	40	2.0	40	100	0	156	25	23	20	30	1.98
27601440--27601660	110	2.0	110	98	0	424	37	19	19	24	1.94
27602618--27602678	23	2.5	26	84	15	85	29	22	26	21	1.99
27602618--27602711	26	3.8	24	79	13	84	32	21	23	22	1.98
27612200--27612224	9	2.8	9	100	0	50	20	32	24	24	1.98
27614125--27614156	16	2.1	16	94	5	57	40	3	6	50	1.43
27614276--27614330	23	2.4	24	82	8	62	32	3	3	60	1.32
27614740--27614818	31	2.5	31	87	4	106	24	15	12	48	1.79
27619398--27619595	62	3.1	62	70	18	161	41	3	4	50	1.40
27619529--27619562	12	2.8	12	86	0	50	47	0	2	50	1.16
27621904--27621956	20	2.6	21	79	8	65	18	0	7	73	1.06
27621901--27621948	19	2.6	18	83	9	60	16	0	6	77	0.97
27622596--27622651	29	2.0	29	89	3	87	28	16	16	39	1.89
27622906--27622970	22	2.9	22	88	4	58	30	29	0	40	1.57
27622915--27622970	22	2.5	22	97	2	103	28	30	0	41	1.57
27622923--27623023	52	1.9	54	91	4	170	28	33	0	37	1.58
27622975--27623027	22	2.4	22	87	6	81	32	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27623060--27623116	29	2.0	29	89	6	89	40	0	1	57	1.09
27624205--27624229	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27624800--27624836	13	2.9	13	96	4	67	24	40	24	10	1.87
27625404--27626141	29	25.6	29	89	1	1047	43	22	1	32	1.61
27629350--27629615	125	2.1	126	88	4	396	32	21	15	29	1.95
27629645--27629705	23	2.7	23	97	0	113	42	36	8	13	1.74
27630946--27630979	10	3.3	10	88	8	50	0	2	26	70	1.01
27632590--27632619	13	2.4	12	94	5	51	16	0	0	83	0.65
27632590--27632619	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
27632642--27632702	23	2.5	22	77	15	59	36	1	0	62	1.05
27632601--27632677	34	2.4	32	79	10	84	25	2	1	70	1.08
27634224--27634296	18	4.1	18	74	8	60	46	0	2	50	1.15
27634257--27634302	19	2.3	21	81	11	60	41	0	4	54	1.20
27645482--27645732	116	2.2	116	92	0	421	29	21	20	28	1.98
27646056--27646127	36	2.0	36	94	0	126	37	15	18	29	1.91
27650597--27650634	16	2.3	17	81	9	51	23	31	23	21	1.98
27671735--27671786	6	8.7	6	100	0	104	65	0	0	34	0.93
27673129--27673184	18	2.8	20	76	10	62	30	19	19	30	1.97
27676835--27676886	22	2.4	22	80	9	61	51	1	7	38	1.42
27684458--27684491	17	2.0	17	100	0	68	58	11	0	29	1.33
27689264--27689398	50	2.7	50	88	1	198	21	30	22	25	1.99
27689366--27689433	35	1.9	35	93	0	118	25	30	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27689775--27689832	30	1.9	30	82	6	73	32	22	6	37	1.81
27696990--27697136	44	3.2	44	68	17	118	35	18	19	27	1.95
27696919--27697546	94	6.8	93	78	7	575	34	17	21	26	1.95
27696953--27697114	44	3.5	45	68	17	118	32	19	19	27	1.97
27697243--27697487	44	5.3	43	68	21	138	32	16	23	27	1.96
27696926--27697466	275	2.0	274	84	2	701	34	17	21	26	1.96
27699204--27699238	9	3.9	9	96	0	61	40	11	2	45	1.55
27699324--27699395	25	2.8	26	78	18	71	23	5	4	66	1.30
27699324--27699384	24	2.4	27	84	13	76	26	6	1	65	1.26
27703657--27703705	25	2.0	25	84	8	64	30	6	12	51	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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