genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1609634--1609677	22	2.0	23	90	4	72	72	0	9	18	1.10
1609662--1609702	16	2.5	17	80	15	50	75	7	2	14	1.12
1611784--1611815	16	2.0	16	93	0	55	15	12	21	50	1.77
1611929--1612192	45	5.9	45	93	0	420	39	15	19	25	1.91
1615720--1615751	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1615865--1616128	45	5.9	45	93	0	420	39	15	19	25	1.91
1627894--1627939	2	23.5	2	95	4	85	0	50	0	50	1.00
1630452--1630839	111	3.5	112	86	8	567	43	14	15	26	1.85
1630388--1630843	224	2.0	222	83	7	611	41	14	16	27	1.87
1630453--1630843	110	3.5	110	88	7	560	43	14	15	26	1.85
1630842--1631362	112	4.6	113	90	4	836	24	16	14	43	1.86
1630842--1631362	227	2.3	225	91	3	852	24	16	14	43	1.86
1631831--1631878	25	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
1631829--1631898	20	3.3	19	73	26	52	52	0	4	42	1.20
1644757--1644790	15	2.3	15	90	5	52	76	0	5	17	0.98
1644873--1644906	3	11.7	3	87	6	52	67	2	0	29	1.05
1654190--1654240	2	25.5	2	84	7	59	43	3	1	50	1.31
1655407--1655465	20	2.9	20	82	2	64	23	3	28	44	1.70
1656560--1656596	16	2.2	17	86	13	51	54	24	2	18	1.57
1657279--1657338	4	15.5	4	80	13	56	23	1	1	73	1.01
1659024--1659048	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1662813--1662846	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673238--1673290	26	2.0	26	81	0	61	49	1	5	43	1.37
1676133--1676188	16	3.6	15	75	17	60	32	8	16	42	1.79
1676133--1676182	16	3.2	16	76	23	61	32	8	16	44	1.76
1679153--1679211	24	2.4	25	78	13	61	62	1	0	35	1.05
1679167--1679220	10	5.5	11	76	24	50	61	0	0	38	0.96
1679167--1679243	40	2.0	37	82	7	91	62	0	0	37	0.96
1685166--1685207	16	2.5	17	84	3	59	40	2	0	57	1.12
1689275--1689315	19	2.2	19	86	0	55	56	0	0	43	0.99
1693372--1693408	17	2.2	18	85	14	60	64	0	0	35	0.94
1719224--1719267	19	2.2	20	84	11	56	40	4	0	54	1.21
1719224--1719267	20	2.3	19	84	11	54	40	4	0	54	1.21
1720419--1721025	199	3.1	196	88	4	869	29	16	17	36	1.92
1725275--1725333	29	2.0	29	83	0	73	35	5	20	38	1.75
1729108--1729161	16	3.7	15	79	18	69	72	5	0	22	1.05
1729131--1729159	12	2.4	12	100	0	58	68	6	0	24	1.13
1732662--1733110	179	2.5	179	83	6	522	30	12	18	39	1.87
1732662--1733226	179	3.1	180	80	9	521	29	11	17	40	1.86
1736375--1736409	4	8.8	4	90	0	52	25	17	28	28	1.97
1736375--1736412	20	1.9	20	100	0	76	26	15	26	31	1.96
1736403--1736438	13	2.6	14	86	8	56	33	5	19	41	1.75
1736700--1736767	32	2.1	32	100	0	136	5	17	10	66	1.41
1741571--1741633	10	6.4	10	73	14	51	71	0	1	26	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741521--1741644	40	3.0	41	90	8	189	63	0	2	33	1.13
1741581--1741650	30	2.3	29	85	9	88	65	0	2	31	1.07
1747566--1747626	19	3.2	18	76	19	61	52	0	0	47	1.00
1747692--1747717	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1756912--1756939	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1758331--1758378	22	2.2	23	85	10	66	62	0	0	37	0.95
1758913--1758962	24	2.1	23	82	10	57	48	6	0	46	1.27
1759747--1759840	37	2.5	37	84	0	107	24	18	10	46	1.80
1761012--1761044	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
1760995--1761044	21	2.6	21	84	12	63	46	2	0	52	1.12
1768929--1768985	28	2.0	29	96	3	107	21	10	10	57	1.61
1772880--1772913	12	2.8	12	95	0	59	70	2	17	8	1.25
1773163--1773239	34	2.2	34	88	2	118	35	14	3	46	1.63
1773229--1773278	20	2.4	21	80	3	66	48	0	12	40	1.40
1790341--1790417	40	1.9	40	94	0	136	41	10	24	23	1.85
1790925--1790965	21	2.0	20	85	4	55	2	29	4	63	1.28
1793193--1793232	20	2.0	21	85	9	57	52	7	10	30	1.62
1797369--1797488	60	2.0	60	82	8	145	27	11	15	45	1.80
1797355--1797488	61	2.2	60	80	9	148	28	11	15	44	1.82
1806092--1806135	15	2.9	15	83	16	63	68	4	4	22	1.27
1807315--1807357	16	2.8	15	72	6	50	48	6	4	39	1.51
1809038--1809328	27	10.8	27	84	3	338	31	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1813366--1813514	39	3.8	39	84	4	201	36	2	0	61	1.13
1813386--1813499	11	11.4	11	74	17	81	36	1	0	60	1.13
1813483--1813521	20	2.0	20	84	0	51	41	0	0	58	0.98
1820138--1820358	111	2.0	111	91	0	361	32	17	17	33	1.93
1832124--1832295	44	3.9	44	87	0	236	29	21	25	23	1.99
1832136--1832323	44	4.3	44	83	4	209	29	20	26	23	1.99
1832868--1832911	22	2.0	22	82	8	54	65	2	11	20	1.35
1840001--1840153	77	2.0	77	94	0	270	41	18	3	36	1.69
1840600--1840638	16	2.4	17	83	12	55	30	0	0	69	0.89
1840621--1840663	23	2.0	22	86	9	61	34	2	0	62	1.08
1844203--1844289	18	4.8	18	86	0	120	27	21	16	34	1.95
1844197--1844289	36	2.6	36	91	0	150	27	21	16	34	1.95
1859999--1860421	76	5.6	76	78	4	390	24	17	14	44	1.85
1860017--1860421	152	2.7	151	85	1	533	23	17	14	44	1.85
1859951--1860444	151	3.3	151	82	1	558	24	18	13	43	1.86
1863072--1863113	13	3.2	13	81	15	50	73	0	0	26	0.83
1866992--1867030	19	2.0	20	90	10	62	20	2	12	64	1.40
1867950--1867980	12	2.6	12	89	0	53	16	22	32	29	1.95
1868797--1868853	15	3.5	15	71	17	51	47	0	3	49	1.18
1868885--1868923	13	3.1	13	82	17	55	51	0	0	48	1.00
1868884--1868937	12	4.6	11	77	11	54	53	0	1	44	1.11
1870436--1870528	48	1.9	48	86	0	132	39	11	25	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1873638--1873716	30	2.7	30	76	7	83	51	5	6	36	1.49
1878890--1878927	17	2.2	18	85	4	51	28	0	13	57	1.36
1892261--1892343	16	5.2	16	67	11	62	50	21	6	21	1.70
1904336--1904440	25	4.3	25	89	3	144	21	22	15	40	1.91
1904336--1904462	25	5.3	24	87	8	131	22	22	14	40	1.91
1907086--1907144	23	2.6	23	78	2	66	54	1	0	44	1.10
1908404--1908436	16	2.1	16	100	0	66	30	24	0	45	1.53
1916262--1916287	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
1945430--1945468	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
1945425--1945474	21	2.4	22	76	10	59	36	0	0	64	0.94
1946942--1947001	21	2.9	21	76	16	63	61	1	0	36	1.06
1946952--1947032	30	2.6	31	79	14	89	60	1	0	38	1.05
1946971--1947029	29	2.1	30	87	9	88	61	0	0	38	0.96
1946974--1947022	19	2.5	20	80	12	57	59	0	0	40	0.98
1946983--1947029	20	2.5	19	86	6	60	61	0	0	38	0.96
1946945--1947043	30	3.4	27	80	13	83	60	2	1	36	1.15
1946942--1947043	48	2.1	50	87	3	145	60	1	0	36	1.14
1954667--1954707	21	1.9	22	90	5	66	51	2	4	41	1.36
1956130--1956442	92	3.4	90	76	8	238	35	7	14	42	1.75
1957244--1957286	21	2.2	20	87	8	61	30	0	4	65	1.13
1957243--1957287	20	2.3	18	82	14	54	33	0	4	62	1.15
1958077--1958114	18	2.1	19	90	5	60	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1969630--1970049	141	3.0	141	95	1	718	28	20	20	30	1.98
1970234--1971511	142	8.8	141	72	11	945	27	19	20	32	1.97
1969607--1971252	602	2.7	601	85	3	2204	28	18	19	33	1.96
1976792--1976845	23	2.3	23	96	0	99	24	20	7	48	1.75
1991709--1991743	18	2.1	16	89	10	52	51	0	2	45	1.16
1992859--1992915	30	1.9	30	85	7	80	29	3	0	66	1.08
2009825--2009865	19	2.1	20	86	4	57	34	0	0	65	0.93
2013355--2013554	99	2.0	98	97	0	373	37	4	20	39	1.71
2016719--2016757	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
2025289--2025330	11	3.6	11	81	12	57	59	4	0	35	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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