genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14354720--14354763	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
14354768--14354922	41	3.9	41	86	5	210	29	29	20	21	1.98
14354952--14355043	40	2.3	40	84	3	114	19	23	19	36	1.95
14360934--14361428	249	2.0	248	91	2	789	47	13	22	16	1.82
14367501--14367588	36	2.4	35	81	14	90	54	2	3	39	1.30
14367524--14367589	25	2.7	24	73	19	64	56	0	1	42	1.08
14367526--14367590	14	4.9	14	71	19	50	55	0	1	43	1.09
14370993--14371217	43	5.3	43	88	1	299	28	28	16	25	1.97
14370993--14371217	85	2.6	86	86	2	319	28	28	16	25	1.97
14374738--14374895	76	2.1	78	89	4	241	29	12	15	43	1.83
14375527--14375578	21	2.4	22	83	3	70	38	40	0	21	1.53
14375560--14375722	89	1.8	89	88	2	247	46	26	1	25	1.60
14375559--14375745	89	2.1	89	84	4	243	47	26	1	25	1.59
14375738--14375784	14	3.4	14	81	0	58	31	42	0	25	1.55
14375721--14375803	28	2.9	28	76	5	78	38	34	0	26	1.57
14376336--14376444	40	2.8	39	83	8	132	21	19	22	37	1.94
14379938--14379982	16	2.8	16	77	12	56	33	0	2	64	1.06
14379936--14379993	30	1.9	30	85	0	80	34	1	1	62	1.16
14384856--14385007	26	5.9	26	67	13	80	58	7	7	26	1.52
14384973--14385019	24	2.0	22	84	8	58	57	6	6	29	1.49
14386073--14386107	18	1.9	18	100	0	70	5	0	8	85	0.73
14394358--14394424	32	2.1	33	91	2	109	40	7	1	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14394362--14394453	32	2.9	32	82	9	100	38	6	1	54	1.34
14400974--14401027	27	2.0	26	82	10	65	50	11	0	38	1.38
14402166--14402276	41	2.7	41	77	0	105	21	25	16	36	1.94
14402205--14402291	41	2.1	41	85	4	113	20	29	18	31	1.96
14416968--14417049	30	2.8	30	85	8	107	42	1	0	56	1.07
14418163--14418229	33	2.1	31	83	8	82	49	2	1	46	1.26
14422933--14422977	23	2.0	22	91	4	72	40	17	4	37	1.70
14422930--14423030	19	5.0	19	81	12	121	40	15	6	36	1.75
14422967--14423029	21	3.1	21	88	9	103	39	14	7	38	1.75
14422930--14423029	40	2.4	41	86	6	141	41	15	7	37	1.74
14423599--14423841	50	4.8	50	86	2	290	21	30	20	26	1.98
14423599--14423841	100	2.4	100	86	2	326	21	30	20	26	1.98
14439353--14439403	21	2.4	21	90	0	75	25	11	15	47	1.80
14440604--14440628	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
14444393--14444640	29	8.6	29	77	5	115	25	26	11	36	1.90
14444456--14444640	58	3.2	58	83	3	203	26	27	10	35	1.90
14444397--14444640	58	4.2	58	78	3	188	25	26	11	36	1.90
14455735--14455799	22	3.0	21	70	16	60	43	18	23	15	1.88
14457566--14457612	24	2.0	24	83	8	60	23	34	6	36	1.80
14462978--14463018	15	2.5	17	88	7	59	51	7	12	29	1.66
14472760--14472948	29	6.5	29	80	8	136	23	24	12	39	1.89
14472784--14472953	58	2.9	57	70	17	152	23	24	12	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14472696--14472919	87	2.6	87	83	5	272	25	25	10	38	1.88
14472727--14472953	116	1.9	117	88	0	339	24	24	12	39	1.89
14478783--14479032	124	2.0	124	97	0	473	34	7	20	37	1.81
14487219--14487257	3	13.0	3	94	0	69	2	33	33	30	1.72
14487291--14487363	6	12.2	6	91	0	74	23	19	38	19	1.93
14487339--14487412	18	4.1	18	68	6	51	14	17	45	21	1.84
14494836--14495366	245	2.1	248	90	2	838	32	17	19	30	1.95
14494836--14495366	124	4.3	124	90	3	829	32	17	19	30	1.95
14497866--14497908	18	2.4	18	80	0	50	46	9	25	18	1.79
14498423--14498506	19	4.4	18	82	8	80	38	8	17	35	1.80
14498425--14498499	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
14498426--14498488	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
14498438--14498522	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
14498488--14498532	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
14498706--14498744	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
14498949--14498992	3	15.0	3	81	13	56	31	2	0	65	1.05
14498994--14499143	46	3.3	45	74	18	134	32	10	9	48	1.69
14499031--14499114	23	3.7	23	78	12	93	29	9	11	48	1.71
14499012--14499122	44	2.4	45	86	7	143	33	8	9	49	1.64
14498994--14499136	23	6.2	22	70	16	76	32	9	8	49	1.64
14499334--14499395	32	1.9	33	86	3	90	35	11	1	51	1.47
14499593--14499634	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14505387--14505571	44	4.2	44	64	13	119	30	18	23	27	1.98
14505342--14505753	132	3.1	132	91	0	655	31	19	23	25	1.98
14505736--14506763	44	23.7	43	69	13	393	29	19	22	28	1.98
14505741--14506326	217	2.7	215	85	5	743	27	19	23	29	1.98
14505955--14506454	173	2.9	173	85	7	547	28	19	23	29	1.98
14505864--14506770	390	2.3	391	84	4	1136	29	19	22	28	1.98
14505741--14506548	217	3.7	212	80	9	716	28	19	23	28	1.98
14506081--14506544	173	2.7	172	86	7	561	27	19	24	28	1.98
14506252--14506722	217	2.2	219	87	3	664	29	20	22	27	1.98
14507062--14507114	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
14507086--14507130	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
14507096--14507140	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
14507312--14507352	20	2.0	22	85	9	59	14	9	4	70	1.30
14507607--14507738	45	2.9	46	86	5	189	31	7	9	51	1.63
14507594--14507734	23	6.2	23	73	7	117	32	7	8	51	1.61
14507930--14507991	32	1.9	33	86	3	90	35	11	1	51	1.47
14508189--14508230	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
14509192--14509229	20	1.9	20	84	10	51	52	5	5	36	1.47
14510168--14510265	51	1.9	51	87	4	144	46	2	24	26	1.63
14510227--14510278	11	4.7	12	73	21	51	42	1	30	25	1.66
14510229--14510278	22	2.3	22	89	6	75	42	2	32	24	1.66
14511801--14511899	28	3.6	26	76	22	80	45	3	0	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14511790--14511931	54	2.6	56	69	16	125	42	3	0	52	1.23
14518423--14518459	19	1.9	19	94	0	65	32	0	10	56	1.34
14518911--14518954	20	2.2	20	87	0	61	9	27	25	38	1.86
14521998--14522083	37	2.3	37	77	2	91	20	19	25	33	1.97
14534606--14534650	22	2.0	23	91	4	74	37	8	11	42	1.72
14537765--14538010	123	2.0	123	100	0	492	30	14	17	37	1.90
14542185--14542264	38	2.1	38	92	0	133	45	16	5	33	1.69
14547411--14547437	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14552067--14552122	3	18.7	3	88	0	85	30	3	1	64	1.21
14554010--14554357	123	2.8	123	95	0	633	29	15	21	32	1.95
14557467--14557491	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
14557519--14557564	18	2.6	18	100	0	92	50	4	6	39	1.48
14557475--14557619	73	2.0	74	93	4	249	44	5	13	36	1.66
14557614--14557773	29	5.3	29	89	10	257	27	0	28	44	1.55
14557819--14557933	36	3.2	36	65	11	92	46	15	4	33	1.66
14557776--14557961	25	7.7	25	65	18	90	44	13	3	38	1.60
14557779--14557963	71	2.6	71	93	0	316	45	13	3	37	1.60
14558365--14558399	18	1.9	18	88	0	52	28	8	34	28	1.87
14559051--14559075	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
14560156--14560221	10	6.5	10	71	3	51	63	0	0	36	0.95
14560159--14560219	31	2.0	31	100	0	122	62	0	0	37	0.96
14560245--14560333	29	3.3	29	62	20	75	40	0	29	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14560222--14560343	51	2.4	51	93	4	201	41	0	29	28	1.56
14560316--14560341	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
14561650--14561706	19	2.9	19	79	7	62	59	1	1	36	1.18
14562479--14562538	6	10.0	6	100	0	120	33	0	0	66	0.92
14565276--14565339	34	1.9	33	84	6	85	50	26	4	18	1.67
14566484--14566524	21	1.9	22	85	5	57	21	7	4	65	1.37
14570802--14570857	27	2.1	27	96	0	103	19	28	17	33	1.95
14574981--14575018	3	12.7	3	100	0	76	34	0	34	31	1.58
14576507--14576547	19	2.2	19	86	0	55	65	12	4	17	1.42
14589489--14589547	6	10.0	6	98	1	111	32	0	16	50	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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