genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811114--811579	219	2.1	220	94	1	830	32	12	16	38	1.85
817555--818041	207	2.4	206	81	7	551	31	23	17	27	1.97
818902--819032	59	2.2	60	86	5	178	29	22	11	36	1.89
823561--824049	183	2.8	173	85	9	672	47	13	14	25	1.80
823900--824173	140	2.0	140	90	5	439	46	16	15	21	1.84
827947--828002	29	2.0	29	85	3	78	25	16	17	41	1.89
828362--828796	126	3.5	124	86	3	588	29	17	22	29	1.97
828971--829103	51	2.6	51	91	2	223	49	1	20	28	1.58
829071--829115	11	3.9	12	78	18	51	48	0	26	24	1.51
837298--837383	31	2.7	31	77	7	84	31	12	8	47	1.71
837298--837386	33	2.8	31	77	11	83	32	12	7	47	1.70
838793--838830	20	2.0	20	85	10	53	34	5	2	57	1.35
838960--839002	3	14.0	3	95	4	77	34	0	0	65	0.93
840258--840308	18	2.8	18	84	3	57	35	0	1	62	1.06
840671--840741	29	2.4	28	82	13	81	57	2	7	32	1.40
846422--846486	27	2.4	27	92	7	107	24	3	0	72	0.99
846422--846488	26	2.5	27	90	9	111	26	2	0	70	1.02
846452--846498	19	2.5	19	82	6	60	27	2	0	70	0.99
847450--847504	28	1.9	29	82	10	69	56	1	1	40	1.21
853951--853991	17	2.4	17	95	4	73	29	17	14	39	1.89
854434--854674	123	2.0	123	97	0	455	35	12	16	36	1.86
856843--856882	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856828--856894	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
856822--856898	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
857730--857771	20	2.1	20	90	0	66	45	16	4	33	1.69
857750--857822	30	2.4	30	80	8	87	36	10	9	42	1.73
858576--858745	82	2.1	82	98	1	333	18	14	25	41	1.89
859173--859207	13	2.5	14	90	9	54	42	2	0	54	1.15
859768--859852	20	4.2	19	67	16	55	28	2	7	62	1.34
869672--869733	32	1.9	32	90	3	97	41	11	1	45	1.50
869918--869948	15	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
870048--870074	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
870117--870154	17	2.3	17	86	13	53	71	2	0	26	1.00
870117--870154	16	2.3	16	86	13	51	71	2	0	26	1.00
873842--873870	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
876482--876517	14	2.5	15	86	9	56	50	0	2	47	1.15
881028--881076	24	2.0	24	92	0	80	32	6	10	51	1.61
885306--885356	24	2.1	24	85	7	68	47	1	3	47	1.32
885334--885368	15	2.4	14	95	4	61	48	0	0	51	1.00
895487--895531	24	1.9	23	86	4	63	51	11	0	37	1.38
895868--895902	13	2.8	13	91	4	54	57	0	2	40	1.14
901688--901751	30	2.1	30	94	0	110	9	39	9	42	1.70
902141--902171	5	6.2	5	100	0	62	0	0	58	41	0.98
904151--904193	14	3.0	14	75	3	50	65	4	0	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904136--904201	29	2.3	30	73	7	73	62	3	3	31	1.26
904408--904504	41	2.4	40	89	5	160	32	2	0	64	1.05
904452--904485	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
904428--904515	11	8.4	11	69	18	62	36	2	0	61	1.09
904478--904517	21	1.9	21	100	0	80	32	0	0	67	0.91
904477--904523	21	2.2	20	89	10	76	29	0	2	68	1.02
904439--904530	31	3.0	29	78	10	94	33	1	1	64	1.08
905410--905458	22	2.3	21	82	10	55	67	14	2	16	1.33
906086--906588	215	2.3	215	88	0	718	31	13	23	31	1.93
910091--910135	1	45.0	1	88	0	63	0	2	4	93	0.41
911133--911197	12	5.5	12	80	15	66	73	0	4	21	1.00
911125--911198	17	4.2	19	77	16	79	72	0	5	21	1.04
920254--920323	31	2.3	31	84	0	95	42	10	11	35	1.74
923297--923330	17	1.9	18	88	5	52	58	2	5	32	1.37
929002--929065	31	2.1	31	82	5	76	31	12	17	39	1.87
930358--930390	17	1.9	17	88	11	50	66	3	9	21	1.33
934412--934509	40	2.4	40	91	5	153	46	13	17	22	1.82
938549--938609	31	2.0	31	84	12	81	47	9	8	34	1.66
946642--946740	50	2.0	48	94	3	171	14	11	19	55	1.68
947680--947763	39	2.1	41	93	4	145	50	10	7	32	1.64
948233--948292	31	2.0	30	83	3	75	45	8	5	41	1.56
948753--948824	33	2.3	30	83	7	81	34	16	9	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948753--948828	30	2.4	33	84	6	95	34	15	9	40	1.79
951554--951614	29	2.0	30	81	12	72	32	6	13	47	1.68
952350--952399	24	2.1	24	92	0	82	48	6	10	36	1.61
953195--953235	21	2.0	21	90	9	66	48	2	0	48	1.14
976267--976326	31	1.9	31	89	0	93	53	8	5	33	1.53
977627--977689	31	2.0	31	84	3	81	46	15	9	28	1.78
978923--979063	40	3.5	40	74	8	135	29	21	18	29	1.97
979942--979994	20	2.6	19	88	8	70	0	22	3	73	0.99
979954--980000	25	2.0	23	91	8	76	0	19	4	76	0.95
980838--980862	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
982751--982806	27	2.1	27	100	0	112	30	19	17	32	1.95
982910--983013	31	3.4	30	72	7	86	40	6	13	39	1.71
982921--983021	29	3.4	28	73	8	76	38	6	12	41	1.70
988850--988878	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
991284--991314	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
993717--993742	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1003394--1003771	124	3.1	124	77	6	383	39	17	12	30	1.87
1003640--1004087	150	2.9	153	83	5	492	40	17	10	31	1.83
1003931--1003959	8	3.6	8	100	0	58	37	24	0	37	1.56
1003923--1003969	16	2.9	16	81	12	60	38	25	2	34	1.68
1003640--1004087	162	2.9	151	82	7	488	40	17	10	31	1.83
1004080--1004329	119	2.1	118	82	8	301	42	16	10	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004337--1004571	116	2.0	116	100	0	470	43	14	6	35	1.72
1005500--1005536	20	2.0	20	84	10	51	40	2	2	54	1.29
1009165--1009189	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1010075--1010312	68	3.4	67	73	8	176	44	10	11	32	1.76
1013038--1013078	22	2.0	20	85	9	55	39	0	4	56	1.21
1018775--1018874	49	2.0	49	98	0	191	31	12	12	45	1.78
1021202--1021231	14	2.1	14	100	0	60	36	0	13	50	1.42
1025485--1025526	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
1027523--1027606	41	2.0	41	97	0	159	46	1	16	35	1.55
1034607--1034795	84	2.2	84	81	0	207	35	8	20	35	1.83
1063635--1063667	17	2.1	16	88	11	50	24	0	18	57	1.40
1067859--1068148	52	5.8	51	85	7	384	34	14	22	29	1.93
1067845--1068165	98	3.3	98	87	7	438	35	13	22	28	1.92
1068043--1068076	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
1067859--1068148	150	1.9	150	93	0	499	34	14	22	29	1.93
1068061--1068198	46	3.2	46	87	8	177	39	14	19	26	1.90
1068129--1068237	37	3.0	37	91	2	177	36	16	22	24	1.94
1070339--1070389	6	8.2	6	77	16	50	21	3	0	74	0.98
1071540--1071572	17	2.1	16	88	11	50	24	0	18	57	1.40
1076469--1076502	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1081108--1081141	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1089376--1089409	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1094015--1094048	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1098282--1098310	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
1106084--1106111	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1109368--1109427	29	2.1	29	96	0	111	18	23	31	26	1.97
1111721--1111796	30	2.5	30	84	0	107	40	1	5	52	1.32
1126049--1126146	43	2.3	42	89	1	142	37	12	27	22	1.90
1126546--1126726	50	3.7	48	83	6	231	27	19	32	20	1.97
1130075--1130127	3	17.7	3	92	0	88	0	64	32	3	1.12
1130075--1130126	18	2.9	18	100	0	104	0	63	32	3	1.12
1141631--1141660	7	4.3	7	100	0	60	73	0	0	26	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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