genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  172  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53131228--53131383	69	2.3	69	95	2	278	39	11	22	26	1.88
53134760--53134797	18	2.0	20	90	10	62	36	15	26	21	1.93
53137707--53137751	22	2.0	22	100	0	90	37	13	8	40	1.76
53138956--53138992	11	3.4	11	100	0	74	40	8	0	51	1.32
53138978--53139046	29	2.3	30	87	7	97	34	1	0	63	1.03
53138947--53139030	11	8.5	10	78	10	50	36	3	0	59	1.15
53139529--53139663	40	3.4	38	77	8	130	37	21	20	20	1.94
53139528--53139663	39	3.5	39	76	7	125	38	21	19	20	1.94
53140713--53140746	7	4.9	7	92	0	50	17	0	50	32	1.47
53140799--53141066	110	2.4	111	83	8	319	31	2	23	42	1.68
53141619--53141653	16	2.3	15	90	5	52	31	34	2	31	1.73
53144851--53144905	21	2.6	21	100	0	110	29	18	18	34	1.94
53145294--53145340	13	3.6	13	72	11	51	38	4	4	53	1.40
53145286--53145338	26	2.0	26	100	0	106	39	3	7	49	1.49
53145442--53145599	43	3.7	42	88	2	228	26	19	29	24	1.98
53145458--53145599	42	3.4	41	90	2	203	26	20	29	23	1.99
53154137--53154221	40	2.2	40	82	2	100	64	9	2	23	1.35
53156441--53156573	42	3.2	42	81	0	149	43	16	23	16	1.87
53156431--53156510	21	3.9	21	75	1	81	43	17	22	16	1.87
53156460--53156594	63	2.1	63	83	0	162	42	16	24	17	1.88
53163734--53163770	19	1.9	19	89	10	58	54	10	0	35	1.36
53164398--53164490	43	2.2	43	98	0	177	40	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53164419--53164491	20	3.4	22	70	11	78	39	0	13	46	1.44
53164556--53164601	21	2.1	21	88	4	65	63	10	0	26	1.27
53175992--53176054	27	2.3	27	83	5	74	68	9	19	3	1.31
53176000--53176061	27	2.4	25	79	12	72	66	12	17	3	1.38
53177520--53177584	31	2.1	31	91	0	103	21	12	38	27	1.89
53180615--53180651	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
53180700--53180751	27	1.9	27	96	0	95	23	38	0	38	1.55
53180705--53180763	27	2.2	27	81	0	64	18	49	0	32	1.48
53186804--53186834	15	2.1	14	94	5	53	61	19	3	16	1.48
53186903--53186969	33	2.0	33	97	0	125	56	17	7	17	1.63
53191220--53191457	50	4.7	50	84	7	277	28	24	16	30	1.97
53216218--53216256	20	2.0	20	89	0	60	30	12	7	48	1.69
53218245--53218305	28	2.1	29	85	8	81	45	0	13	40	1.43
53218269--53218387	33	3.6	32	78	12	123	42	0	15	42	1.46
53218263--53218387	66	1.9	65	86	4	171	44	0	14	40	1.45
53218429--53218936	117	4.1	126	81	8	569	38	17	15	28	1.90
53230813--53230917	40	2.6	40	81	1	129	42	20	16	20	1.89
53234754--53234784	16	1.9	16	100	0	62	35	12	12	38	1.82
53235869--53235900	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
53240991--53241022	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
53241687--53241913	43	5.3	43	82	5	264	19	17	30	32	1.95
53250727--53250760	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53252318--53252354	16	2.2	18	85	9	51	48	0	2	48	1.15
53252687--53252724	19	2.0	19	85	10	51	50	0	13	36	1.42
53253316--53253407	22	4.2	22	88	0	112	30	27	0	42	1.56
53253357--53253459	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
53253409--53253450	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
53253492--53253547	28	2.0	29	92	3	96	37	0	1	60	1.07
53253492--53253555	28	2.2	29	88	2	94	37	0	1	60	1.06
53253645--53253700	24	2.3	23	77	19	60	28	0	5	66	1.14
53255830--53255864	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
53255850--53256543	28	24.5	28	76	14	561	46	23	0	29	1.54
53255818--53255906	23	3.8	23	81	8	117	46	25	0	28	1.53
53255854--53256543	114	6.1	115	77	15	579	46	23	0	29	1.54
53255850--53256530	203	3.4	200	85	10	867	46	24	0	29	1.54
53256457--53256551	23	3.9	23	77	18	95	48	22	0	29	1.51
53259718--53259959	124	1.9	125	89	4	373	31	24	14	29	1.94
53259721--53259998	124	2.2	125	84	5	366	33	24	13	29	1.93
53264754--53264814	29	2.1	28	85	8	79	26	14	16	42	1.87
53274409--53274443	7	5.0	7	100	0	70	28	57	14	0	1.38
53275432--53275532	32	3.3	32	72	13	122	43	4	3	47	1.43
53275432--53275554	59	2.1	59	98	0	237	41	5	3	49	1.42
53276921--53276999	11	7.6	11	65	18	53	51	2	1	44	1.23
53276921--53277038	61	1.9	62	91	1	193	50	4	1	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53283630--53283696	31	2.2	31	97	0	125	49	14	13	22	1.79
53299427--53299769	51	6.8	50	74	7	248	27	16	26	28	1.97
53299427--53299769	102	3.4	102	82	6	405	27	16	26	28	1.97
53309081--53309129	25	1.9	25	84	12	64	30	16	10	42	1.81
53314263--53314293	13	2.5	13	94	5	55	41	0	0	58	0.98
53314440--53314483	19	2.2	20	88	4	63	59	0	0	40	0.98
53314549--53314603	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
53314605--53314666	30	2.1	30	85	11	83	77	4	14	3	1.06
53316301--53316739	220	2.0	220	99	0	869	30	6	19	43	1.75
53322859--53322883	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
53323424--53323448	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
53323503--53323602	9	11.6	9	73	12	50	48	16	1	35	1.53
53323501--53323602	43	2.4	43	94	0	186	48	15	0	35	1.52
53328661--53328702	22	1.9	22	100	0	84	57	9	11	21	1.63
53338457--53338494	6	6.3	6	100	0	76	34	0	50	15	1.45
53339656--53339705	24	2.1	24	96	0	91	52	8	2	38	1.43
53342445--53342560	57	2.0	58	86	10	164	31	21	23	24	1.99
53347438--53347489	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
53349001--53349197	45	4.4	45	90	1	297	21	17	19	41	1.91
53349175--53349223	6	7.8	6	81	2	53	20	18	16	44	1.86
53351766--53351798	17	1.9	17	93	0	57	30	0	0	69	0.88
53352032--53352087	12	4.5	13	78	17	57	26	1	0	71	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53352031--53352086	24	2.5	22	85	5	76	28	1	0	69	0.98
53355536--53355610	15	4.8	15	68	20	55	40	16	26	17	1.90
53355509--53355630	48	2.5	48	100	0	244	39	13	27	18	1.89
53364188--53364522	44	7.9	42	71	11	195	29	18	21	30	1.97
53364189--53364477	127	2.3	127	91	0	470	30	17	21	29	1.97
53365822--53365854	17	1.9	17	93	0	57	30	0	0	69	0.88
53365832--53365879	24	2.0	24	88	8	71	33	2	4	60	1.27
53371860--53371901	21	2.0	22	81	13	52	61	2	2	33	1.21
53374858--53374916	28	2.0	28	87	6	82	45	0	10	44	1.37
53377555--53377620	3	22.0	3	85	0	69	33	7	1	57	1.36
53383065--53383098	18	2.0	16	88	11	50	41	0	0	58	0.98
53385099--53385135	18	2.1	19	85	10	51	72	0	0	27	0.84
53385443--53385482	16	2.4	17	88	12	57	50	2	17	30	1.59
53386060--53386182	45	2.7	45	81	5	122	43	15	17	23	1.88
53386147--53386452	45	6.8	45	87	3	375	38	17	19	23	1.93
53386106--53386437	90	3.7	89	83	5	355	40	17	18	23	1.91
53386147--53386496	90	3.9	90	85	3	400	39	17	19	23	1.92
53386155--53386496	45	7.6	45	84	5	318	38	17	19	23	1.93
53386149--53386496	135	2.6	135	82	4	382	39	17	19	23	1.92
53393049--53393177	52	2.5	52	87	6	174	27	27	16	27	1.97
53400262--53400439	52	3.5	52	86	6	215	28	29	15	26	1.96
53403012--53403061	25	2.0	25	92	0	82	44	34	6	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53404484--53404555	36	2.0	36	97	0	135	38	18	16	26	1.91
53404772--53404811	21	1.9	21	89	0	62	30	20	25	25	1.99
53417127--53417155	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
53427535--53427570	6	6.0	6	93	0	54	33	11	5	50	1.61
53427535--53427569	18	1.9	18	94	0	61	34	8	5	51	1.56
53429741--53429780	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
53429764--53429803	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
53429749--53429815	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
53429743--53429819	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
53430190--53430231	21	2.0	21	90	0	66	38	21	9	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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